Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020310.3
Sequence Length
4925 nt
GC Content
0.6128
AUCUUGUUGCAAAGCCCUUUCUUGUCGGCGGGACUCCCGGGGGCCGCGGGGCGGGAGGCAUCGGAAGGGAGGUAGAGAGGGAGGGGAAGAAGGGAGGCAGUGCCGCCUUUUUUUUUUUUUUGCAUCCCAUUUUUUUAAAUUUGCAAUUUUAUAUUUUGCAAAUAUUUUGAGAGACAUUGAUUUUUCUCCCCGUGCUCCCCCGUUCUUCCCUGCGGAGUGCGCUGCGCCGCCCAGCCCUGUCGCCCCCCGGAGGUGAUCCCUCCCUCCUGCCUGCCCGCCAGCCUGACCUGUGCCCGGCUCGCGGGCCGCAGCCUCGGCCCCGGCGCGCCCCCGGCAGCUCUCGGCGCGAUGAGCAUAGAGACGCUACUGGAGGCGGCCCGCUUCCUGGAAUGGCAAGCGCAGCAACAACAGAGAGCACGUGAGGAGCAGGAGCGGCUUCGCUUGGAGCAGGAGCGAGAGCAGGAACAGAAGAAGGCCAAUAGCCUGGCCAGGCUGGCACAUACCCUUCCUGUGGAGGAACCCCGCAUGGAGGCGCCACCCCUGCCUCUGUCUCCACCGGCUCCCCCGCCGGCACCCCCACCACCACUUGCCACCCCUGCCCCACUGACUGUCAUCCCUAUCCCUGUGGUGACCAACUCCCCUCAGCCUCUACCCCCACCCCCACCCUUGCCCGCGGCAGCCCAGCCUCUGCCCCUGGCGCCUCGUCAGCCGGCCCUGGUUGGCGCCCCCGGACUCAGCAUUAAGGAGCCUGCCCCCCUGCCCAGCAGGCCGCAGGUGCCCACCCCUGCUCCCCUACUGCCGGACUCGAAGGCCACCAUUCCACCCAAUGGCAGCCCCAAGCCUUUGCAGCCCCUCCCCACGCCUGUCCUGACCAUAGCGCCACACCCUGGAGUCCAGCCUCAGCUGGCCCCCCAGCAGCCGCCCCCACCCACGCUGGGGACCCUGAAGUUGGCACCAGCUGAAGAAGUCAAAUCCAGUGAACAGAAGAAGAGGCCCGGGGGGAUCGGAACCAGAGAAGUCCACAACAAAUUGGAGAAGAACAGGAGGGCCCAUCUGAAAGAGUGCUUUGAGACCCUGAAGCGGAACAUCCCCAACGUGGAUGACAAGAAGACGUCCAAUCUGAGCGUGCUGCGGACGGCGCUGCGGUACAUCCAGUCCCUGAAGAGGAAGGAGAAGGAAUAUGAGCAUGAAAUGGAGCGGCUGGCACGUGAGAAGAUUGCCACGCAGCAGCGGCUGGCAGAGCUCAAGCACGAGCUGAGCCAGUGGAUGGACGUACUGGAGAUUGACCGCGUGCUGCGGCAGACGGGCCAGCCCGAGGAUGACCAGGCCUCCACCUCCACCGCCUCUGAGGGUGAGGACAACAUAGACGAGGAUAUGGAGGAGGACCGGGCGGGCCUGGGCCCACCUAAGCUGAGCCAUCGUCCCCAGCCGGAGCUGCUGAAGUCCACCCUGCCACCCCCCAGCACCACCCCUGCGCCUCUGCCUCCACACCCACACCCUCACCCCCACUCCGUGGCCCUACCUCCUGCCCACCUCCCCGUGCAGCAGCAGCAGCCACAGCAGAAGACCCCUCUGCCAGCCCCUCCUCCCCCACCGGCUGCCCCUGCCCAGACACUGGUGCCAGCUCCAGCCCAUCUGGUGGCGACGGCUGGGGGUGGCUCCACGGUCAUCGCCCACACAGCCACCACUCACGCUUCAGUCAUCCAGACUGUGAACCACGUUCUGCAGGGGCCAGGCGGCAAGCACAUCGCCCACAUCGCCCCCUCGGCCCCCAGCCCUGCGGUGCAACUGGCGCCUGCCACACCCCCCAUUGGGCACAUCACUGUGCACCCUGCCACCCUCAACCAUGUGGCCCACCUGGGCUCCCAGCUGCCCUUGUACCCGCAGCCCGUGGCAGUGAGCCACAUCGCCCACACCCUCUCGCACCAGCAAGUCAACGGCACGGCCGGCCUGGGGCCCCCGGCUACUGUCAUGGCAAAGCCGGCCGUGGGGGCUCAGGUGGUGCACCACCCCCAGCUGGUGGGCCAGACCGUGCUCAACCCUGUGACCAUGGUCACCAUGCCCUCCUUCCCAGUCAGCACACUCAAGCUGGCUUGAGGACGAGGCCACUCAGAGGCCCCCAGUGGGGACAGGGAGGGGGACCUGUCCCCCACUCUCUCACCCACCAGCUCCACACAUUCCAGCCAGGCCCAGGCCAGCCCCCCCACCCACCCCCAGGCCUCCUAGGGGAAGGGGGUGCAAAGACUCUGAGCCAAGGGAGGGAAGGGCCACCCUGCUGCACUAGGACUUGGUAAGAUGACUCUGAGAAAAUGCGAGACUCUGAUGGAAUGUGCCACCUGUCCGGCCCAGUGCCAGCUCCAGUGCCGCUCCUGCUUCCCCUCCCUACCCUCGGAAAUCAGUGCGAUGUGGACGUCACGCUCCCUGACUUCUCCCCCGCCCUGCCCCGCCUUCGUGUGCUGCUGCUGCUAUUGCUGUCUGGUGAGGUGGCCCAGGCCCCCGGCUUUCCUCCGGAGCCUCAUGUUCUCUUCCCAGGCCUUUGGAGGGGAAAUGGGGAAAGCAGAACUGAAGCCACUUGGCCCAGAAAGCUGCGGAUUGGGGUGAUAAGGGGCCUUGCUCUGAGCACAGGUGACAGAUCAUAGGAAGUGGCUGGUCUGGAGUCCCACCCGGACAGGUGGGGCCUCAGCCUGGGGCUCUCUGACCCGGUUGCAGUCACUGUGAUUCGUUACCGUAGAUACUACUUAAAAUGAUUCUCUACCAACAAUAAACCAAACCCAGCCACUGCCAAGCUUCCUGUGCCCUCACCCCAAUCCCUGCCACUGGGCUCUGGACCUCAGGAGGGCAGGCUGAGGUGGGGAAGGAGGGACUUGGCUGUCCUUCCCCUUCCCCGUCCCCUGCAGCCUGGGUCUGGAUGGGAGGAGAGCCACUGGGCCCCUGUCCCCAGUCCCCAGUCCCCAGCCCUGGGCUUGGCUCUUGGCUUCCAGAAGGCAGCAAAGAGGGGCGCUGUCCUGCGUUCAGCCCCUGAUCUCUGACCUCUGCUGAGUGCUGGGCACUGCUCCAAGGGACAGGUGGGCCUGGCGGCCUGUGGGUUUGGGUGCCUCCUGCAGUUUGGGAGACAUGGACCAGCAUCUGGUCUUGUUUCCAGGAGCAUAGAAGCCACAUCGUUGAGACAUCAGGAAGGUAAAAACCCAGCGGCUUAGCCAAGCCCUAAGCCUGUCCCCAGACCAACCCUGGGACCUAUACAGAACAGAGGGCCAGAGCUAGGGCUGCUGCUUCUGCUCCAGCCCCUUUGCCUCUGUCCUCCCAUCCCCUCAACACCCUGCUUCUCCCGGGGACGCUUUUGAGUGGGCCCUGCCCGGGGAGCUGCAGAGCAGCAGCACCUUUCUCUGAGAAGAGGUCCUUGGUUGGGUCAAGGACAGGGCUGAGCGUGGAAGGGGGAGGAGUCAGGGGCUCUGUGUUAGGAUGCGGCUUUCUCUGCCUCUGGGCAGCCUGCUUUGGCCUUUCCUUGUAUGUGGGUGUUUAUUACAAGUGGCUUUGUGUCAGACACGCUCGGCUCCCCACCUGGACACACACUCACCAGUGGCCUUUCAGUGUAGCGGGAGGAAGCCGGUGUCCCUGGAUGUGAAGCUCACACUGAUGGGCUGGGGCAGGGGCCUGGGCCGGCGAGGGGGCCGGGGGGAGGGGACAGAGCUGAGGAUUUCCUGGAGUGCCCUGCAGGCACAGAGGAGGUCAGCAAAGGUCUUGAAUAGAUUUUCUCUGGAAAUAAAGAAUCCUUAGAUGCCUAAAAAUUCCCUUCCUGUUCCCUCCUGGUCCUGGACACCUCCCAGGGGACUGUUCCUUAUUUCUCUCUCCUGGUGUGGGUAAAGGGACAGUUACAAACCAGGUCACCAUCCUCAGAGGCUGAGCCCUGUACCCACCCCAGCACAGCCACCUCCGCCAGACCCCGUGGCUCUGGGAGAGCCAGCUUUGCUAUUCCCAUUGUGACAGCGAUGGCAGGCCUGACCCACGGGGCAGUUAGAGCAGCCUCGUGGAGCUCGCCCCUCCCCUCAGCCUGCCCACCUCUCCCUGCAUCCUGAGGCCAGUGGCCCCCGGGCCUGCACAGAUACCUCAUCAUCCACCCGCUGCCCCUCCCCGUCCCUGUCCCCCAGCAUCGGGGGCCUGCAAAUCUAGUGCCGAAUGACUAUGUCCAGAUUGGUGACGAUGGGUGUUGCUGUUUUUCUUGUCGUUUGUGAACGCUGUGAUGCUGUGUGCCCAAGUGGGCAGUCACCACCCAGCCCUUCCUUGGGCGUCUCCCCCAGAGUGCUGUCGGGACCACAUCUGUCCUCACCCUGUGGGACCGCCUGGCCCUCCCUCCCUAGCCCUUCCAGCCUGGGACACACACACACACACACACACACACACACGCACGCACACGCACACAUCUUACCUCUCAUGCGUGUUUUACCUUUUGAUGUUCAGAGUGGCUCACUGGCUGGGAGUCCUUACCUCGGGGAGAGGGGGAGGUUGGUUCCUUGGGGGGCCAAAGAAGGCAGGGAAUGCCUGGAGGGUAACUGGGGGGCCACCAUGACCCCUUCUCUCUCCAGAAACAGCUGCUUCUCCCCCCAUCCCAGGGUCCCACCCCCAACCCCCAGAGGUGGCCCUUGUUUACAGUGAGGACUCGGCCACUGUGUCUCUGUUUCCUGAAAUAUAAACUGUAGCGACCCCAGACUGUAGAGAUUUUUAUGUGUUUGGAUACAUCUGCUGUGUGGAAAAAAAAAAAAACUACAAAAACCCUAAUUUUGUACAUACUGUAUUUUUACUAUUGAACUGUAUUCUAGUGGCUGUUCAUGCUCCAAGACUUUAGUUACCGAGACAUGAAUACUAUCCAUGUAAUAAGCACUUGCCUGGAAUAAAAUAUAAAACUGAAAUAAACCUGCACUGAAACCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2045.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2124.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 1333.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((............((.(((((((......((((((((((((.((((((....((..(((((((((((..(.(((((((((((((((((......)))))))))))).....((...((((((......((((((((.........)))))))).....((((((........))))))..(((((((.....(((((((((..(((((((((.((((((((((((......((((.(((((((.((....)))))))(((..((((((.((((.(........).)))).)))))).)))((....))...(((.((((.((((.(((((((...((.....))...)))).))).)))).)))))))(((((((......)).)))))...........((.((((.(((.((.(((((.(.(((......(((....((((..((((((((..........(((((......))))).((.((((......(((((.(((((.......))))).))))).)))))))))).))))..)))).(((((......)))))........)))......))).).)))))))))))).)).))..........((.((((..((...(((((((.((((((......................(((((.((((((((...(((.((((((...))))))..)))...)))))).))....((((((((((....((.((((((...(((((...)))))..)))))).))......))))......((((.((.((....(((..(((((......)))))..)))...))))...))))...........((((((.......)))).)).........)))))).......(((((....))))).))))).........((((((((((.((..(((((....)))))..))..)))...))))))).........))))))..)))))))..)).)))).))...((((........))))........)).))))...(((.((((....)))).))).((......))..((((((....).)))))........((((.((...)).)))))))).)).)))))).)).)))).)))....(((....))).))).))))))....))))))))))))).))((.(((((.(((....((((..((.(((((..(((((((...(((((......)))))...((((((........))))))....((.((((.....))))))(((((((((((...(((.((.((((((((((.(((((.(((((((.....(((.......)))....))))...))).)))))...))..))))))))...)))))..)))).)))..)))).)))))))..))))))).)))))))..))))).))..........))))).)..)))))))))).)..))....)))....))).))))))))))))...))))))).)).......)))))))(((((((((((.((.((.((((.....((((.((((.((((..((((((((((...((((((((...)))).).)))...))))).....))))).)).))..)))).)))).....)))).))))(((((((((.........((((.((((....((((.((((...)))).))))..(((((((((.(((..................))).))).))))))..((((((.((((....((((....))))))))...))..))))...((((((((.((...(((((..........)))))......(((((((((((...........((((.....))))(((((((((((...((..((((((..((((((((((((((((.((((((((((.(((((((.(((((((((........(((...)))))))).)))).)))))))(((.(((((........))))).))).(((((((.(((......))).))))))).......(.(((((...(((((((........))))))).))))).).))))......((((((((.(((((((((((((.(((((((((....((((...((((((...((((....((((...((((((.(...((((..((.(((((.....((((.(((...))).))))..))))).))......((((((...((((((((.((((...))))((.(((((.(((.((((((........(((.(.....((..(((...(.(((......))).).)))..)))))))))))).)))))))).)).........))))))))...))))))...(((.(((..(.(((.((((.......)))).))).)..))).)))....)))).).)).)))).)).)).....))))...))))))))))..)))).(((((..(((((((((((((((..............))).))))))))))))..)))))...((((..(((..(((....))).)))....))))((((((((((((...(((((((((((...)))).)))).......((((((((((((((((.((((.((((((((......))))))))(((((((.(((.........)))))))).)).....(.((.(((((...((((...))))....))))).)).)...................)))))))..)))..)))))))))))))))))))))))))..((((((((.(((.(((...((((.(((((((((((((.((((.((((((((..(((((.(((((((...(((.....(((........)))...))).))))))).)))))(((((((((((.(((((((((.((((.((((.....(((...((((...((((((((((.(((((...((((((.(((.((((((((...(((((((((.((((..(((((.((...((((.(((.(((.(((..(((((((((((((.((((((((..(((((((...(((((((((..((((.(((((((.(((((((...)))))))))))))).(..((......))..).......))))..)))).))))).)))))))..))))..)))).))))...)))))))))..((((((((..(((((((...((((...((((((.(((((..((((((..((....))..))))))....).))))))))))...(((((......(((((.......)))))((........))((((...)))))))))(((((......))))).......)))).....))))))).)))).))))..)))))).))).)))).)).)))))..)))))))))))))...)).))))))))).))))))))))))))))).))))......))))...)))......))))(((.....))).((((((((...((((..((((.((((((((((((((((....((((....))))....))))).))....)).)).)))))))))..))))....))))).)))))))..))))))))))))))))))))(((((.((((((((.(((((((((((.((...((((((((((((((.((....)).))))..(((((((((((..(((.....)))....)))))))))))........)))))))))).))))).....))))).))).)))))))))))))(((((.......)))))(((....))).......))))))))((.(((((((.((((.(((((.......(((.......)))....)))))..)))).))))))).))((((.(((...(((..(((((((....)).)))))..)))...))).))))....(((((((....)))))))..(((..(..(((((((((.((....)).)))))))))..)..))).))))))))))))))))).......))))..))).))).))))))))....((((..((...(((........))).....)).)))).))))).)))))))))))..))...)))))))).........))))))..))))).)))......))))).))).)))))).)).........((((((.((((...(.((((.((.((((((((((((.((((............))))...)))))))..........(((.((((.(((..(((((..((....))...)))))..))).).))).)))..((((..((.......))..)))).......))))))))))))...)))).))).))).(((((((................))))))).......(((((...)))))))))))))))))))))))))))(((((((((((...(((((....(((..((((((((((....(((((.(((.......((((((((.....(((((..........)))))...))))))))......))))))))...)))..)))))))..))))))))...)))).))))))).....)).))))))))((((.(((...))).))))..................)))).))))...((((((((((((....)))))).))))))........)))))))))..............(((((((.......)))))))......(((....))).................)))))))(((((((((...(((....)))...))).)))))).....((((.((((.......)))).))))........................))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,..{(((((,,({,,,,,{,|{{|((|((({,..(((((((((((((({{(((.((,...((..(((,((((({(,{,(((((((((((((({(((...,,.}))))))))},.......................((((((((.........)))))))).....((((((........))))))...((((((,.((((........)))).||,,(((((((.{,{||,|{,.{,,((,....{{{||,||.,,,)))))))|||,,((((((.((((.{....,.,,}.)))}.)))))),)}}((,,,,|}...(((.((((.((((.(((((((...((.....))...)))).))).)))).))))))),)},.},.}}..|))|,,)))}}}}..,....|,|||}}}(((,((,(((((,(,({{..,|},|((|.{,((((.{{(((((((,.........(((({......))))).((.((((......{((((,(((((.{....,))))).))))).))))}}}})))))))}.)))).(((((......)))))........,,,......))).}.))))))}}}}.,...((((((,{.......).))))))....}}}||||,,,}|||}}|||}.,||,,.}}}}}|||}}}|||,({{{{{{{.,,|||.{{|||(,,,|}||}|,,|||,,.||}}}}.}|||||||,,{{((,....,((,((((((,,.(((((...)))))..))}}}}.,}..,,|||}|(((((..{{||.(({((,,..(((..(((((......)))))..))),{.||||..||}||((,((((,...((((({.,{,...,,,|.,.......(((((...,.,(.((((((((..{{(((((.,..,.{{{{,.....},))))).,.}}}..}}}))..)))))))}.}..,.....))))),|{{|{|,{,{,{||||,,|{||||{,{((..,{,,.,..,{{((..,.....}}||{{{{{{{((,((,(((((((,....,..,({{{(,,,....,}}}}}|,..{{{{{,....,.))}}}.........||}|{{{{(((.({(((,{{((,.{{{{{|||,|||,,.,.||{((((({{.,.||..(((,{.(({....({(,.,,...{{{,({{({{(((({(((.,..((((.{((,({,{({.({((((((..(((((......)))))..))))||,}.,}..,,},,})).,,}|,.||||}}}}}))}))}{{{((({{(((..,{(({((,,(((((((((.((((((..((((,...{{(,({({{{{.|,,....{{||...|||{||{||.{{{{,.||||||||{,,{{|||..||||.||,..,}},..))))}|{{|||||,|.}}}}}....,},||,|...|||||........|||,..,,)}.,,,...........,,,,...,,.|,,,)}))},,,.,,,,,,|.{((({,,.,{{.{{(((((((((((({{(,(((((.({{{..,,,||((.((({.{(,,,.((((((((((...((((((((...)))).)}}))...))))).....))))).),.))..)))|,||||,....|||}.,,}},.....|||,,,,..,,,.}}}.(((((.....))))).|{,,,{,|,}}.((.(((((..(((((..,((....,|,(((((((((......((((((((((...(.((((((..((((....))))...........||(((((....))))).}}..(((((..........)))))((((((((((((((.(((((..........)))))..(((((.....)))))...(((........{(.((....)).)).....))){((((((((.,...(((...(((....)))..)))...))))))))))))))))))))))))))))).}.....))))).))))).(((((((.(((......))).))))))).....(,(((({{({,,(((((((........))))))).),))).)}))},.(((((((.......(((((((.((((.((((((....)))))).)))).)).)))))..(({...........}))..(((....))).((.(((((.....((((.(((...))).))))..))))).)).....)))))))((.(((((((((.(((.,,....((.(((((.(((.((((((,,,...,{(,,.......,{,,|,|}}.,.{{{.....{||,...,},.})).}}.)))))).)))))))).))....,...))).))))).)))).))......}.))))))))).,|{{{.},,...})}}.......)))))..)))))))...,))),))))))))))))..))))),.,))})))))))}}))))}}})))).})))))))),.,)))).)}))))},})})))))...}))))))),...||||...((((..(((..(((....))).)))....))))((((((((((({..,(((((((((((...)))).)))).......((((((((((((((((.{(((.((((((((......)))))))){{(((((.(((.,.....,.)))))))),||.....|.((.(((((...((((...))))....))))).)).,.............,,....))))))),.}))..,))))))))))))))))))))))))..{{{{{|||,|{{.{{{...|||{,||||((((((((({((((((((((((((......))))))}},,))))))}.||||,,.,{{|,||||||||..}||{||..}||}},,(((((((((.(((((((((.((((,((((.....(((...((((...(((((((((,,(((((...((((((.(((.((((((((...(((((((((.((((..(((((.((...((((.(((.(((.(((..(((((((((((((.((((((((..(((((((...(((((((((..((((.(((((((.(((((((...)))))))))))))).{..((......))..}.......))))..)))),,)))).)))))))..))))..)))).))))...)))))))))..((((((((..(((((((...((({...(((((,{(((({..((((((..((....))..)))))),,..)}))))))))))...{((((......(((((.......))))),,,,,...,,)}((((...))))))))}(((((......))))).......}))).....))))))).))))})}))..)))))).))).)))),)).)))))..)))))))))))))...)),,)))))))).))))))))))))))))).))))......))))...))}.,...,}))){((.....))}.(((((((({{(((((..((((.((((((((((((((((....((((....))))....))))).)).,.})).)}.,))))))))..))}}))}}))))).)))))))..))))))))))))))))))|||||||,||{|||||.|||||{{||||.,|,,,||||||((((((({.{(,,,,}}.)))),,{{{{||{{{((,.{{{,,,..|}}....)))))))))))........}}})))}})).,,})).....)))}}))))})))))))))))}))),{{...,,||}}}||||,,}|}})),,,...,}}))},||((.(((((((.((((.(((((.......(((.......)))..,.)))))..)))).))))))).)))|.,.{||,.,|||,.|||||||}...))}))}))}.}}|,..||},})))..,.{{{{{((...,))))))||,(((.,(..(((((((((.({....}).))))))))).,)..))),}...})))))))))))}.....,,}}})..})).))),)}))))))))})))))))),.,,|.....,,.,},})}.},,)))))))))},,,,))),},))),}).,}.}))))))},)),,.,}}}|||}}}}..}},,}}})).}))})))}||,,))))))),)),))))}}}})}|{{,||,|||{...{,((((.((.(({(((((((((.((((.,........,.))))...))))))),..,,,,.,.({(.({{{.{((,.((({{..,{,,,.}},..))))),,)}).,,))).)))..{(((..({.......))..)))}..,,,,,,}}}},,},,,,,,,}},}.},}|},|,{{{{||{................})))))).....,,|||,.,,,}}}}||,}}||||,{|||}|||}|||}..{{{{{||||,}.||||{.||,,{{.,||{(((((((....(((((((((.......((((((((.....(((((..,.....,.)))))...))))))))......))))))))))))))}..,,}))}.,)}|))}})...}}}}.)}))))))})}.||,,.|||||||{,,.|{(((((({.|||,||{{{|...,,.,,,,,....||||.,,..(((.((.(((((....{{{{,..,,.)))).,..))))).)).)))..............(((((((.......))))))).,....|||,,,,,,,....}}},.},,,..}))))))|{(((((((((...(((....)))...))).))))))},...((((.((((.......)))).)))).......................,)}})))))},,,..,.
Back