Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020474.4
Sequence Length
3970 nt
GC Content
0.3781
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGGCCGCGGGACCGGCCGCGACCGCCGCGGCCGGCCCGGAGGACGCCUGCCGCCGCCGCCGCCGCGCGCCUAGCGAGGGUAUGAACGUGAUUUCUGAUGAAACUGGAUUGGAAUAAUUUUCAUGAUCUUUGUAUAUUUAUAUAUAUAUAUUUUUAAAUUUUGCAUUUGACUUAAAGUGCCAUGAGAAAAUUUGCAUACUGCAAGGUGGUCCUAGCCACCUCCUUGAUUUGGGUACUCUUGGAUAUGUUCCUGCUGCUUUACUUCAGUGAAUGCAACAAAUGUGAUGAAAAAAAGGAGAGAGGACUUCCUGCUGGAGAUGUUCUAGAGCCAGUACAAAAGCCUCAUGAAGGUCCUGGAGAAAUGGGGAAACCAGUCGUCAUUCCUAAAGAGGAUCAAGAAAAGAUGAAAGAGAUGUUUAAAAUCAAUCAGUUCAAUUUAAUGGCAAGUGAGAUGAUUGCACUCAACAGAUCUUUACCAGAUGUUAGGUUAGAAGGGUGUAAAACAAAGGUGUAUCCAGAUAAUCUUCCUACAACAAGUGUGGUGAUUGUUUUCCACAAUGAGGCUUGGAGCACACUUCUGCGAACUGUCCAUAGUGUCAUUAAUCGCUCACCAAGACACAUGAUAGAAGAAAUUGUUCUAGUAGAUGAUGCCAGUGAAAGAGACUUUUUGAAAAGGCCUUUAGAGAGUUAUGUGAAAAAACUAAAAGUACCAGUUCAUGUAAUUCGAAUGGAACAACGUUCUGGAUUGAUCAGAGCUAGAUUAAAAGGAGCUGCUGUGUCUAAAGGCCAAGUGAUCACCUUCCUGGAUGCCCAUUGUGAGUGUACAGUGGGAUGGCUGGAGCCUCUCUUGGCCAGGAUCAAACAUGACAGGAGAACAGUGGUGUGUCCCAUCAUCGAUGUGAUCAGUGAUGAUACUUUUGAGUACAUGGCAGGCUCUGAUAUGACCUAUGGUGGGUUCAACUGGAAGCUCAAUUUUCGCUGGUAUCCUGUUCCCCAAAGAGAAAUGGACAGAAGGAAAGGUGAUCGGACUCUUCCUGUCAGGACACCUACCAUGGCAGGAGGCCUUUUUUCAAUAGACAGAGAUUACUUUCAGGAAAUUGGAACAUAUGAUGCUGGAAUGGAUAUUUGGGGAGGAGAAAACCUAGAAAUUUCCUUUAGGAUUUGGCAGUGUGGAGGAACUUUGGAAAUUGUUACAUGCUCACAUGUUGGACAUGUGUUUCGGAAAGCUACACCUUACACGUUUCCAGGAGGCACAGGGCAGAUUAUCAAUAAAAAUAACAGACGACUUGCAGAAGUGUGGAUGGAUGAAUUCAAGAAUUUCUUCUAUAUAAUUUCUCCAGGUGUUACAAAGGUAGAUUAUGGAGAUAUAUCGUCAAGAGUUGGUCUAAGACACAAACUACAAUGCAAACCUUUUUCCUGGUACCUAGAGAAUAUAUAUCCUGAUUCUCAAAUUCCACGUCACUAUUUCUCAUUGGGAGAGAUACGAAAUGUGGAAACGAAUCAGUGUCUAGAUAACAUGGCUAGAAAAGAGAAUGAAAAAGUUGGAAUUUUUAAUUGCCAUGGUAUGGGGGGUAAUCAGGUUUUCUCUUAUACUGCCAACAAAGAAAUUAGAACAGAUGACCUUUGCUUGGAUGUUUCCAAACUUAAUGGCCCAGUUACAAUGCUCAAAUGCCACCACCUAAAAGGCAACCAACUCUGGGAGUAUGACCCAGUGAAAUUAACCCUGCAGCAUGUGAACAGUAAUCAGUGCCUGGAUAAAGCCACAGAAGAGGAUAGCCAGGUGCCCAGCAUUAGAGACUGCAAUGGAAGUCGGUCCCAGCAGUGGCUUCUUCGAAACGUCACCCUGCCAGAAAUAUUCUGAGACCAAAUUUACAAAAAAACGAAAAAAAUAAGGAUUGACUGGGCUACCUCAGCAUACAUUUCUGCCACAUUCUUAAGUAGCAAAAAAGGAAAAGUGCUUUCCUCCUCUGCAGGAUGUAAGGUUUAUCAGCCAUUAAAACUUAGACUUCUCUAGCUUUUCACUAGCUGUGAACCAGCCUUCCUGUCCAUGGACGUGAAACUGCAUAGUAAUGAGACUGUGCACACUGAUGUUUACAAGAUUGAAAGAGUCUUUCUCCGAAAAUCAUGGUAAAGAAUACUGAGACAAUGAAAAAAAAUCAACAAAAUAUGCUUUCUGGAGAACUGUACCUUUUAUGGUUUGCUUGCACAUCAGUAGUUUCUGCUGAACGUGCUGUCAUAAUGAAGAGAUUUCCAAGAUUUUUUUUCCUGAUUAGAACUGGUAGCCAGUAUAUUAAAUAUUGAUAUAAAAAUAAAAGAACUGGAACCAGAUUCAGAAUCAUGAAAACAACAUUUUUACAACAACAAAAAAACUAUAUUAAACAGGGUUUAAAGGAAAUUAAAACAGAACUAUGAGAAGUACAAUUUGUUAUAGUAUAGUAUCAAAUUUCUAUAUAGAUUUUAUACCUCAGUGGGGAAAAAUAACUGAUUCCAAUGACAUUCAUUUUGUUUUCAUCUGUGAUAGUCAUGGAUGCUUUUAUUUUCCUUGGGGUGCUGAAAUUGAGCUGAAAAAAAAAGGCUCUUUGAAUAUAGUUUUAAUUUCUCUCUACAGUUUUUUUUGUUUGGUUUGUGGGCUGUUGGAAUUGUAAUUUUUAAUUGCCUUCUAAAAAAUGGAAAUUUAACAAUGUCUGAUCUCAGCUGAACAAAUUAGAUGUUUCAGUUGCUCUUGGGUCAACUGGCUUACAGAUUUACAUGUGCACACACACACAAAUUUCUUAUCACAUUUUCGACUUCUUCACUUGACCUAACUGAUUAUGCGAAAUACCCAAGAUUCAUGCUACUGUACCACAGAUUUGUUUUCACAGCAAUAAAUCUUCAGUUCUUUGUUUAUGAUUCCACUUAACAAAAGGCCUGCAGAAGUGAUUUAUUAUUUGGGUAUUUGGAGAUAAUACAUUUGAUGGUUUUUUGGAAAACCUUUUUCACUCCAUACUCAGAUAUGCUUCAUUGUCAAAUGCAUAUUUAGAUUAGAUUAUUGAAUUGUAAUGUUUAUCUGCUGCUUUUUUUAAAUAAAAUUUGACUGAAAAUGUUUAAUUGGCAUUUUUUAAUGACUUAGCCAAAGAAGUGCAGCUAUUAUUCCAUAUUAAUAGGCUUGCAUUUCUUUUCCUAAAUCUUAUUUAGGCUAAAUCAGUUUUAUUUUUCUCUGAUUUUUUUUAAUACCACAGAAUCACCUGAGUGUCAAUUGAAAGUUGUCAAUUAAAAGGUAACCUUUUAAUCUCGUAGGAGGAAUCUCAUUAAGACAUUUUUCCUGAUAUGUAGAGCAGUCUGUUGGCAAAAAUGCAUAUAUUUUCUUUCAUAUUUGUAAAAUUAUAUUUAAUGGAAUUCUUUUCUUUGAUUAUCAAGGACUUUCACUGCAGGCAGUGCUAUUUCUUGUGCCUAAGAAUGUUUCCAAAAGUCGCAUCGCUAAUGAUAUUUGCCAAGUUGAGUGUACACAAAGUUUCUCAUAUCCUGUUCAAGUUAAUCAACAUCAAGCACAUGGGGAUGCUUUAGGGUGAGUCUAUAGUACAAAAUGCAUAAACCAUGUCCCCAGGAAAUUUGAAAGGAAGCAGGUGCUGAAUGGAAUUUUUUUCCUUUUCCAUGAGCUGUGUUAAUUCUAUCUCCAGUAGGCCUAAUGCUUGAAUAAGCAAGAUGUCUAAUCAAUAAAUUAUUUUCAUGCUCAGAAUUUCAGGUUUUUGUACUCCAGCAUAGCUUGGUCUUAUUUCUUACUGUAUGAAAGCUUAACAGCAAUGUGAUUUAAGGUUUUGUUUUAAAUGGGAGAUGUAAGUGAUUUAAUUCAUGGGUACUUUUAGAACCUGAUAGAUAAUCCCAUUGCCUUUAUUUUUCUAAUUAAAGAAUUCCUAAAUACUUUGAAAAUACAAAAUAUUCCUGAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1067.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1147.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 946.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((..(((((((((((.(((((((....(.((((.(((((.....((((.(((((((((.....)))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))))))(((((..((((((((((.(((.((((((((((((((((.((((((...............(((((((......)))))))............((((((......)))))).((((((((.((((..(((....(((((((....))))))).((((((((((........(((.....)))((.((((((((....))))).))).))...((((((......(((((.......)))))..((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((((((...((((.((......)).)))))))....((.((((((((((((((((((((((..........((((((.((((.(((......))))))).))))))....((((((((((((((...((((((((....((((((((........((.....))((((..(((((((((.......((((.((....)).))))((((((((........(((((((((...((((((((.(((((................)))))....(((((.......)))))......((((((((((((((((.(((((((((...(((......((((((((((((...(((...))).....))))))))))))(((((......))))).((....((((((((..............(((((((((((...(((((((.((.....((((.(....(((((((((....)))))))))....).))))..)).))))))).((((...((((.((.(.....).)).)))))))).(((((((.((....)).))))))).......)).)))))))))))))))))....))...)))...)))))...)))))))...)))))))))))))((.((.....)).))..)))))))).....(((((......)).)))(((((((((.......)).)))))))(((((((((.(((.((((((((((..(((....(((((((....((((((((.((((((.(.((((((((((((((((..((.......(((((((((((((.(((((((((.((((..........((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((...............)))))..)))))))((((..((((.(((............(((((.(((((....)))))(((((.(((.........))).)))))......((((((....((((....))))....))))))....))))).((((((((((((.(((((..............(((........))).....((((((..........))))))...((((((((..(((((((((.....)))))))).)..))))))))........))))))))....((((((((((((....(((......)))....))))))...))))))((((((((((.(((...))).))))))))))((((..(((((..(((......)))...))))).(((((....)))))......((((..(((......))).....))))..........)))))))))))))(((.......)))..)))))))..)))).)))))))))).)))))).))))((((((......((........))....))))))((((((((.....((((........))))((((...((((((((...........)))))..)))(((((...))))).))))...............................)).))))))..)))).))).......)))))).)))))...........)))))))).))..)))))))))).((((((.....((((((.((((....((((.(((((....))))).)))).....)))))))))).....))))))...(((((((.(...((((((((......))))))))...).))))))).((((((.....))))))..........((((.((..((....))...)).)))).............)))))).).)))))).((((((((.....))))))))....((((.(((((((...)))))))..)))).))))).)))....)))))))........(((((.(((((.((((((((..((((((((((((...)))))))............))))).))))).)))..))))).)))))..................(((((((((...((((((...)))))).((((((((((((...(((((((.((((...)))).)))))))((((..........))))...((((((((((((((...(((((((.(((..(..((((.((((..((((..((....))...))))..))))))))..)..))))))))))))))))).)))))))(((((..........)))))..........))))))))))))......))))))))).(((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((..........)).))))))))..))))).)))))...)))))..)))))))))))((..((((.((((((((((...(((.....))).......((((........)))).........((.(((..(((......((....))......)))..))).))...)))))))).....)).)))).))...(((((((((........)))))))))..))))))))))))))))...........))))))))))))))))))......((((((((((..(((((..........(((.((((((....))))))....)))))))))))))))))).))))))))(((((((...((((((((..((.....(((((......))))).......))...))))))))..)))))))(((.(((.(((((((((((((.......((.((((..((((((((((((((((((........))))).)).)))))))))))..)))).))....(((((..(((((((............)))))))..))))).....(((......)))))))))))))))).))).)))(((((((((...)))))))))...))))))))))))).......))))))))))))))))))))))..))))))))(((....)))......)))))))))).........((((....))))......)))))).)))))).)).)))))))))).)).)))).)))).......)).)))).)))))))))))).......))))))............)))))))))).)))..)))).)))))))).((((.((((((((.................((((((((((.((((.....)))).)))..................)))))))...))))))))))))((((.(.(((..((((((...........)))))).)))).)))).))))))..)))))(((((.(..(((((....)))))..).))))).............)))))...))))))..))).))))..))))))..)).)))))))))).....((((....((.(((((..(((..((((((.((((..((((((((.........((((((....((((......))))..)).)))))))))))).......)))).))))))..))).)))))))....))))((((...((((.((((......)))).))))...)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((,.(((((((((((.(((((((....(.((((.((({(..,,.((((.(((((((((.....)))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))))))|{,{(..((((((((({.(((,(({(((({{{((((((.((((((.,,,,,,,,{.....(((((((....,}))))),}............((((((......)))))).((((((({.{(((..{{{,,,,(((((((....))))))).((((((((((........(((.....))){{.((((((((....))))).))).}|..,((((({......(((({.,....})))))..((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((({({{..{(((.({......)).)))))}},...((.{((((((((((((((((((((({{{.......((((((.{(({,(({......))})))}.))))))....((((((((((((((...((((((((..,{((((((({........{{,,,..}}{(((..(((((((((......(((((.((....)).))))},{{{{({.{((((({(((((((((,..((((((((.(((((................)))))....(((((.,...,.))))).,....((((((((((((((((.(((((((((...(((..{{,.((((((((((((...(({...})}.....))))))))))))(((((......))))).{{.,,.((((((((............,.(((((((((((,,,(((((((.((...,,,{({.||.,.(((((((((....)))))))))..{,|.}}})..)).))))))).((((...((((.((.(.....).)).)))))))){(((((,(,({..,})},))))),}....,,.)).))))))))))))))}))..,||)}}.)))...))))}..,)))))))...))))))))))))){{.{{{.......,}..))))))))...,.,,(((......))}}}|(((((((((.......)).)))))))|((((((((.((,{((((((((((..,{{.,,,{,.,{{({{{{({{.{({(((((({,{(((({({,((((((((((..,{,{.....{{((((({(((({.((((((((({((((....,,,,..((((((((,((.(({({({(((.{.{{(((({{{(({{{,,........,,,.})}))),|}}}}}}|{(((..((((.(({............(((({,{{{,{.|||||||,(((((.,{{,,,....,.))).)))}}......((((((....((((....))))....)))))).}}.))))).{((((((((((,,(((((..............{{{......,,||}..,|,{{|||,........{{||||,,...((((((((..(((((((((.....)))))))).)..))))))))..}}}}}}))))))))....((((((.,{{(({,,.{{(......}))....)))))....))))))((((((((((.((,...}}).)))))))))),(((,.(((((..{((......}})...))))).(((((....)))))......||||..(((......)))....,|||,..........))))})))))))|(((.......))),.}))))))..))))}}}))))))}}.}}}}}},}}||((((((......{{.,,...{,||..,,|}||||((((((((.....{{{|,}......||||((((,..((((((((,,,...,,,..))))}.})))(((({...})))).}}}}...........................}}}})),)))))).,)))}.}}}.......}))))}.}}}}}...,,......}})))))}.)},.)))))))))).((((((.{,..((((((.((((....((((.(((((....))))).)))).....)))))))))).....))))))...{((((((.,...((((((((......))))))))...}.))))))).{(((((.....)))))|((((((,{{.{(,{{{{{..,..,})}}.,}...|{{.......}},........}}.)))}}))))),.,|,{{(......))}..|,..((((.(((((((...)))))))..)))).,|||...,},.,(((((((((.,,{,{,(((((.(((((.((((((((..(((((((((((,...}))))))............))))).))))).)))..))))).))))}.,,.,.,,,,{{{{{((((((((((((...{(((((...)))))}.((((((((((((...(((((((.((((...)))).))))))){{{(.,........})}}...((((((((((((((...(((((((((((..(..(((,,((((..((((..((....))...))))..))))))))..)..))))))))))))))))).)))))))(((((..........)))))..........)))))))))))},,....))))))))))))),},,|}|}|(((.(((((((.......))))))).)))}.,.......))))))))}...}))})))|,}}.}}||,,,,,,.}}}}.,)))))))))),,{(((((((...(((.....))),......((((......}}}},,.,.......,,.,,,{{(((.,....(({.,{|...,,,.)))..,.}}))}}.})))))))....{{|..,,|},....(((((((((........)))))))))..})})))))))))))}}...........))))))))))))))))))......((((((((((..{((((...........{{.((((({....}))))).,,.,,,)))))))))))))))})))))),.(((((({,,,{{((((((,.({{{{{{{{{{,.,},,,})}}),,,}.,,}....}}}})}}}..))))))){{{.{{{.{(((((((((({({,,,,,{((,{{{{..((((((((((((((((((........)))))}})}})))))))))).,||||{|...}}}}|}}..{((((((............))))))}.....,......(((......)))})))))))))))),)}),)))|((((((((...)))))))))...)))))))))}))).......)))))))}))))))))))))))..))))))))(((....)))..}}},)))))))))}...,,{,..,,||,,..},,,.....,)))))))}})))}.)).)))))))))).)).)))).))))}......,).)))),})))))))))))...,,..)))}})....,,....,,)))))))))).))}..)))).}))))))).((((.((((((((...............{.((((((((({.({{{.....}}}}.,}},......}}}}...,}}}))))))},},))))))))))))((((.{.(({.,({((((...........)))))).)))}.)))).))))))..)))))|((((.,..(((((....)))))..,.)))),,,,,..,,,,,,,.)))),,,))}}}}..|||,|}||..|||}}|,.}}.,}})))))}}.,,,,((((...,{{,(((({,,(((..{({{{{.{{{{,,||{||||||,,,,,.,||||||{,,,.{(((......))))},}),)}}}})))))}}}},....}})).)))))),.}}}.}}}}},,..,,)))}{(((...{(((.((((......)))).))))...)))}.
Back