Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020482.6
Sequence Length
4099 nt
GC Content
0.3764
GAGUCCACACUGCAAGUCCAGAGAGCAGGGAACUACCUUGAGUAUUCUACUCAAACUUAUGUCUCAGAGUUCCCCAAUUUCCCAAGAAGGGAGAGAUAGAGGCCACAAUCCAGGGGGCCAUCUCUUAAGGUACCAAUAAUUUUGCAGCCCAGUAGGAGUCAUGUACACGGUAUAAGACUUGGAGGAAAUGCAGGGACCCUUCUGUUUUCUCCUGCAAAGUUGAAAAAGCUGCAUGCAGUUGGAAGGGAUCUUCAGAUGGUGCUGGUGACUUUCUGUUCCUUUUGGAGUUGACAUGCAUGUGGAUUGGAGGAAAAAUAAUCAACAUAUAUUCUCCUUUCGUACUGUUUAAAUCACAGGAAGAAGCGGCUUUAAGACAAAGAUCAAACCAAAAUGACAACUGCUCACUUUUACUGUCAAUACUGCACAGCAUCACUUCUUGGGAAGAAAUAUGUACUAAAGGAUGACAGUCCAUACUGUGUUACAUGUUAUGAUCGUGUAUUUUCUAACUAUUGCGAGGAAUGCAAAAAACCAAUUGAAUCUGAUUCUAAGGAUCUUUGUUACAAAGACCGGCACUGGCAUGAAGGAUGCUUCAAGUGCACCAAAUGCAAUCACUCUUUGGUGGAAAAGCCUUUUGCUGCCAAGGAUGAGCGCCUGCUGUGCACGGAGUGCUAUUCUAACGAGUGCUCCUCCAAGUGCUUCCACUGCAAGAGGACCAUCAUGCCUGGUUCCCGCAAAAUGGAAUUUAAGGGAAACUACUGGCAUGAAACCUGUUUUGUGUGUGAGAAUUGCCGACAACCUAUAGGGACAAAGCCUUUGAUCUCCAAAGAGAGUGGCAAUUAUUGUGUGCCAUGUUUUGAGAAGGAGUUUGCUCACUACUGCAACUUUUGUAAGAAGGUGAUAACUUCAGGUGGGAUAACAUUUUGUGACCAGCUAUGGCAUAAAGAGUGUUUUCUGUGUAGUGGCUGUAGGAAAGAUCUCUGUGAAGAACAGUUCAUGUCCAGAGACGACUAUCCAUUCUGCGUGGACUGCUACAACCAUCUUUAUGCCAACAAGUGUGUAGCCUGUUCCAAACCCAUUAGUGGUCUCACAGGUGCCAAGUUUAUCUGCUUUCAAGACAGCCAGUGGCAUAGCGAAUGCUUUAACUGCGGGAAAUGCUCUGUCUCCUUGGUGGGUAAAGGCUUCCUGACCCAGAACAAGGAAAUCUUCUGCCAAAAAUGUGGCUCCGGAAUGGACACUGACAUCUAGGAGACAGUCCUUGCCCACCUAAAAUCCAUUUUGCCUUCGUUGUCACUAAAGCCAGAACUCAGUUGCGGUCUUAUUUUUGACUUAAGUUUUAGAAAAUAUUCAUGUAGUUUAGAGUGGAAAAGUUUUUGCACACAUUUUGAUCGAACUAUAUUCUAAGCACACAAAAAGCACAGUAGAACAGAAAUGAAUAUAUGCUAAAUCACAAAGACAACUCUCCUUGCAAAAUACUGCACUCUGCUGUUAGAAGCAGAGGAAAAUAUCUCUUCAUAAUCAAAUAUAUGACAUAUACCUAGGAGCUGUGGAUGUAAUUACUGAAGAAUGAGGUUUUUCAUACCUGAAGAGUAAAAGAAAAACUAAGAGAUCAAACUGAGAGGUAUACAUGAGGCUAGUGUUUGCAUUCCUGGUUAUAUGUAAUGUGAUAAAUUAGCUAUGAAUGGUAAAAGAACAAAACUGAUCAGAGUAAAUUCAUUAGCAAUUAUCACAUUUAAGAAUUGUUAUCAUUUAAAAAUCAUCCUUUUUUUCACACAUACUGACUGUAGAAUUAAAAAACAAAGCUACAAUUUGCCCUCAUACACACUGCUUCCACAGCUUGCUAGUUCUGUGUUUACUCAAUGGAAUAUGAGAACUGAGGACAUUAUGGCUCUCAUAAUCUGCAUAGGUAUAAAGAGGAUCAUUUCUACCUAGGGAUAGCCAAAGCAUGGGUUUCAACACGUUUUGUAUUAAAUAUAUUUUCAAAGUCCACAGUGAUUUUUCUAAACGCUUACAGAUUCCAUGAAAUAAAAGUCUAUUCUUUCAAGUGGAGCUAACCAGGAUAAUCUUUGUCCCCAAAGGCAAACCUUUAAAAUAAAUAGAUCAUUAAAUCUUCACUUGUGGAAAUGAGUUUUAGGGAAGGGAUUGAGUCUUGGAACAUGACUUUCAUCCAGAUAUCUAACGACAUAAUAGAAUGCAUAAUUAGCUCUGUGCCUCAUGCAUUAUUGCCUUCUAAAAUUACAUAAAUGAUUAAUGGGCAGACAUAAAAGUGGGCUUUAAAGAAAUCUAGUAAUAAUAAAAGCUGAAAAAGAAUAAUUCACUGCUGAUAAUUCAGAACCUGCAAAGCAGCACAAUAGAGUAAUGUGGGCUGUAGGCGAGCCCUCCCCACUCUUCCCCCACACCUGUGCCACACCCCCCUUACCCCAAGCCAGUUGUGCCCCCAGUUUCAAUCUCCUGCAUAACCAGGAGGUGCACUCCUAACCCUAAGCAACUGUCCUAUAAGUCAGUCAGUGUUUAUUGAUCACACAGGAAGUAAAGAGCCUUAGUGAGAAGUCCAUCACCAGGUUUAUCUUUAUACCAGACUUUAACUGAUCAUGACCCUAUCUUGCUACCCCUGGAUAUUUUCCACAUUACUUGGGACAAAUGGAAAGCAACCUCUGCUCUCCAUGAUCUGUUUUCACAUUGGUUAUAGCAUCUCUUGGAUGGAGUAGAGGGAGGUCAGGAGAAGAAGCCCACAUAGAUAUAUAACUGUCUUCUCUCAGAUUACACAUUAUAGCAUUAAAGGUUUUGAUUAAAAUCUAAUUGUAAGAUACUGCUGAUUACAAUUACCAAAAUAGCAUCACAGGAGAUUCAAUUAAAAUUGUUAUGGAAAUAAUUUUUGAAAUAGUUUAAAAUGCAAGAAUAUUCAGCGAUGUUAAUAAUUUAGAGAUACUAAUAAGUGUUCUGCUAGAUAGACUAUUUGAAAACUAUAAAUGUAUUUUUGGAUUAACAAUGCCAAGGUAUUUUUUCAUAUUCACAUUGAAAAAUACAGGCAAAACUAUCAAUAUUUUUUCUGCAUUAUAUGAAAUUUCACAGGUAGAACUAAAUCUAUGAUAUAGAAAAUAAUAGCACAUUACACAUAGAGAAAACCAAGCCACUUAGGUUUAGAUAGAUAUAUAACAUGUAACAUCUUCUCUGUUAACCAAUUAUAGAUACAUAUACAACAUGUAAUGUUUUCUUAGUUAAACAAUUGGAAAUGUUUAGGCAUUUUACUGUGUGGGGGCAGUGAGUAUGCACAUGAUCAGACUUGUAUUCUAGCUUUACAAUUAAAAUUCACAGAAUCAUUUCCUAAAGAUUUUAUUAUCCUUUCAUAAGUAUAAAUAUAUAUACUUUUACAUAUAAAUAGUUCUGCAUUUAGAAGGUAUCCUACACAUCAAACAUCCAUUAAACAUGUACUAUGCCAAAAGUUAGAGCUUAUACUGUUGUGGGUCUGGAGUUGUAGGAGGAUGGAUCAUGGUAUGGAAAUGCAGAAGUGCCUGAUGCAAAGAUCCUUGCCUGCAGGUUAAACAAAGCACCACAUAUGUAGACAUAGCACACAUAUGCAAAACAACUAAGAAAAAGACCUCCUUAGGUCUUUGCGUAACACACACAAAGAUAAAUGUAAAAAUUAUAUAGUUGAUUUAUAUGGUUUAUGUAACAAAGAGAAAAACUCCUUAAUGGACUUAUCCAAAGAUGAAAUGGACUGACUCAGGAAACAGUGGGCUCCCAGUAAUUCAAAGGUGACAUCUGCAUGGGCAGGAAAGAAGUUAAAAGCAAAUCCCAUGUGCCAAUAACAACCAGAUGGCUUGGAAGUAGCAGAGACUGCCGAAGAGCAGGAGAAAAUAAGAUUGCUAAAAGAGAAAGAGUCAGAGGAAGGGAGAAUAUUAACUCUUAGGAUAAAAAGUGACAUAACCGGCCAUAGAAAGUUACCAACUGUUCAUAAGUAAAGGAAGAAAAUAAUUAUUGUAGUGUUUGAGGAAAAUUAUGCUUUUGAUCCUUUGUGGAAUAGAACCAAAGAAAGCAAGGUUCCAAGGAUUAAGUUUCUUACUGAAGGAAUAAGUUUGGUUAAUGGCUACAAAAGUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1007.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1096.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 1018.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((...((.(((..((.(((((((((...(((((((...))))))).............)))))))...((((((.....))))))...((((((...(((((..((((((.((((((......(((((.....((((((((....))((((.(((((...))))).)))).(((((((..((((((....)))))))))))))...............))))))....)))))))))))((((((((((.(((((((((((((((((((((...(((((((......((((.(((((.........))))).))))((((((((((((((((((((((...((.(((((((.(((((((((.....)))).(((........)))...)))))........((((((....)).)))).....))))))).))..))))).))))....(((((..(((((((.......((((((.......))))))...........((((.......))))..........((((...))))(((((((((((((((((.(((((((((((((..(((((....))))).((((((.....((..(((.((((((((((.(((....))).)))))))))))))..)).....))))))((((((((.........)))))))).)).))))))(((.((...)).)))...(((((((((((((((..(((......)))..))).)))))..)))))))......(((((((((((..((((((((.....((...((((((((...)))).))))...))....))))))))..(((((((.((((((((((((((((((.((........))))))))).......(((((((((...(((((((((......(((((.(((....))))))))(((((((((.(((((((.(((((((..(((((....((((.....))))..........(((((.((((...........(((((.((((((..((.(((.........)))))))))))..).)))).......)))).))))).((((((.......)))))))))))...))))))).).)))))).)))))))))......(((....(..(((((((((.((((((((((((.(((((...........))))).)))).))))......(((..(((.....))))))...)))).)))))))))..)...)))...........)))))))))..)))))))))...(((((..(((((((..((((........))))...(.(((((...((((((((((.((((((((((....(((((...((.......))...))))).))))))))))))).......................)))))))...))))).)....(((....)))...((((......))))(((((((......)))))))...........((((((.((........((((((...((((((((((((((.(((...............((((((((.(((.......)))...))))))))............((((.((((....((.((((..(((((..((((.(((((((((((((((((((((.((.(((((((((.......((.((....)).)).......))))).))))))))))))))))..................(((((........)))))...))))).))))))..))))....))))).)))).))...)))))))).......))).)))))))))).))))...)))))).........)).)))))))))))))..)....)))))))))(((((((((..(((.....(((((((((((((....)))))).......(((((((......(((.(((((((((...(((((....((((((......))))))(((((..((((...((((((......(((((.((..((((..(((((((((.......((((((...))))))..(((((....))))).....................))))))))).))))..)).))))).....)))))))))).))))).(((((..(((((((.....................(((((((.....((.....))...)))))))..(((((((((((....(((.........))).(((((.......(((((.(((((..(((.((((....((((.(((((((.........((((((((((((....))))...((((...))))......(((((...(.(((((.......))))).)...))))).(((((((((..(((((.............((((((.(((((((.............((((((((......))))))))................))))))).......(((.((..((.(((...((((((.....((((((((((((((..((((........)))).))))...))))).......)))))...)))))).))).))..)).))).....((((.....)))).....))))))......((((((((.(((((((((((((.((..((((...((....))...))))..)).))))..)))))))))..(((..((((((((.....((((.(.((((((.(((((((((((................(((..((((((.(((((.......(((((((((...........)))))))))......(((((((.(.(((.((((.....((((((((.(.((((....)))).))))))))).........)))).))).).))))))).((((((((((((((.....(((.(((...(((.....)))...))).)))......))))))))))))))....((((...((((((((.((.........)))))))))).)))).....))))).))))))..)))(((((........(((.((((........)))).)))........)))))..............)))))((((((((...))).))))))))))).)))))).)))))....))))))))....))).........(((((.......))))).))))))))....((((((........)))))))))))......)))))))))))))))))..........)))).))).)))))))).)))....))))).)))))((((((..........)))))).............(((((((......)))))))...............))))).)))))))))))(((((((..((....((((((..((((.(((.((.(((........).)).)))))))))))))))...))..))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))).))))...)))))))))))))))))))......(((.......))))))))).)))))))(((((((..............((((((....))))))))))))).)))))))))))......(((.((((((......)))))).)))))))).))))))))))).......))))))))))))))))))..............(((((((.(((..(....)..))).(((((((.........(.(((((.(.(((((.......((((....(((...((((.((...........)).)))).)))....)))).....))))).)...))))).).......)))))))..........)))))))..)))))))))))))))))))).)))).....................))))))))))))))(((.......)))....................))).))))))))))......((((((.....(((((.(........)))))))))))).))))))..)))))..)))))).(((.........))).)).))..))))).....))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,...((((....((((.(((((..(((((((.,.{((((((...})))))}.{....},..,.,)))))))...{{(((({{{{{|||({((({...((((.(........}))))})))}}}..(((..{,,,,{{{|||{{|||,....}|((((.(((((...))))).))))}(((((((..((((({....}))))))))))))||||,||||,....||||{,,,((({{({,,{{{{({|||,,,,||||{{{{,{..||{|||{{|||,,,,))),,||,,.,||{,(({((|,({{{{,....,,.......,,|,||||||{{||.||||||,,...||,|||||||.|,||||,||......}}}}}|...,,....},,|},}}}},,,,,||,.,|||||.,,,||,},|}|..,.)))))))}}}},.|{{{{||{|...,({{({..,|||}|,.,}.,,.||||||},.....,,||||{{{{{{..{..,{|{,,,,,,}))),....,{..,,..,(((,{{{{(((((((((((((((((.((((((((((({(..{((((...,|}||,.((((((.....((..(((.((((((((((,{({....))}.)))))))))))))..)).,...)))))){{|{{{{{.,,,.....))))))||,|}.||||}},,|.||....}}))}...(((((((((((((((..{({......}))..))))}})))..)))))))....|,(((((((((((..((((((({,{...{{...((({({{,...}))).}}|}...,),,.}))))))))..(((((((.((((({((((,((((({{{((........)))))))))....,..(((((({{{...(((((((,,.....,(((((.(((....))))))))|((((((((.(((((((.(((((((..(((((....{((({{{..,,,,}}}}}...,.(((((.((((...........{((((.((((((..{,.{{{.........,})}}))))))..)}}))).......)))).))))).((((((.......)))))))))))...))))))).),}))))).)))))))),....{,(((....|..(((((((((.((((((({((((.(((((...........))))).)))).}|||,.....{||,,(((,...,)))}})...)))).)))))))))..},..)))})}}.......,,,}))}}},.)))))))}}..{(((({..(((((((..((((........))))...{.(((((...((((((((((.((((((((((....,(({{...{{.......))...))))).))))))))))}},......,,...,,.........})))))))...))))}.,....{{{....,,}...((((......))))(((((((......)))))))...........{(((((.((........((((((.,.((((((((((((((.(((.....,,,....,..((((((((.(({{,....,)))...))))))))......,,....((((.((((....((.((((.,(((((..{(((.|((((((((({{((((((((({((.(((((((((.......((.((....)).)).......))))),,))))))))))))))}...,,,.,,....,,..,{{{{{.......,}}}},...})))).)))))|..)))}....}}))).)))).))...)))))))).......))).)))))))))).)))).,.)))))).........)).)))))))))))))..,....)))))))))((((((((,.{(((,....{((((((.{{{{{....}||}},..||...{{,{||{|..,..(((.(((((((((...((({{....,(((((......)))))|(((({..((((,..{(((((.{....(((((.((..((((..(((((((((.......((((({...|)))))..(((((....))))).....................))))))))).))))..)).)))))...,.)))))))))).))))),(((((..(((((((.....,{,,.........,,,(((((((.....((.....))...)))))))..(((((((((((,,,.,,,...,,,,}.,},.(((((,......(((((.(((((..(((.((((.{{{({{{.{((((((......,,.((((((((((((....))))...((((...))))......(((((...{.(((((.......))))).,...))))).(((((((((..(((((..,,,.({,{{{{,(((,,.{{((((({{....{{.....{{{{{{{|,,,,,,||||||||{{....,,.......,|||||||,{{{...,((,{(,,((,{{{,,.{{{{{{....{(,.(((((((((((..((((........)))).))))...))))))}.,|.,.,,....,))))}},}}}.,}..}}.}},.....((((.....)))).....,,)))),,,.,{(({.{(({.,,,,||||,||||}{{.,{||,...|,..,))}.,.,)))}})),))).,)),)))))))}.|||..((((((((.,...((((.(.((((((.((((((((((({{({.,,,{.,(((((({,..,,.(((((((({{..||{{(,,((((,,{{...,{{{,.||,,,,,,.....,.|||||||}}}}.}}}}|,}}}}}}||||{||}|,,..,....|{((.((((((((({....((,,(((((({....,,||{{,.,,..,|||,||||,.....})))))))))....)))))))))).))}}))))}}.)))}.,))})|,,......((((...(((((((((((.........)))))))))).)))).....||,...,{{{{((((({{{{{{,,{{...,||,..,||,}},....,}}}})))}.}}}},,,.,}}..............))))){{{{{(((,,.,,,.))))))))))).)))))).)))))..,.))))))))....}}}.((({.{((.((((.((({...))))))))..))}}))){(((((........)))))})))))......))))))))))))))))),,........)))).))).)))))))).)))....))))).))))){(((((.,{....,}.)))))}...,,........(((((((......))))))).............},))))).}))))))))))((((((({.(({...((((((..((((.(((.{(.(((........).)).}}))))))))))))).}}),}.)))))))))))))))))))))))}..))))))))))))})),}}))...)))))))))))))))))))......,,,.......})}}))))).)))))))(((((({.............,((((({....))))))))))))).))))))))))},,..{{(((,{{((((......))))))})))))))).))))))))))).......)))))}.{{{|....)))}.,,,,...,,||,{{,{{{|,|||..,})},)).)})}||||,||,....,|,.|.{{{((.(,(({{{.......{{{,....{,,..,|{{|,|(,,.........}}.}))),})),...}}}}.....))))}.,...))))}.,.......}})))))..........)))))))).}}}))))))))))...))))}.))))....)))).,......((((((........(((((((((((...((({{{((((.............{((..{({(.....})))..)}}.{((((((((,..{((({{...,{{...........,)))))))))))))),)))))))))....)))),,)}))))),.))))))......,,.....
Back