Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_020528.3

Sequence Length

2237 nt

GC Content

0.5579

AUUGAGAACGAAAGUACACGCCAUGGUGUGGGAGCAGCCUGACCAUCGGGACUCAGGAGCUUACAGAAUUUUCUGGGGUUUCGAUACUCUAGAGGUUUCCCCUGGUUACUUGGCGAAUAUUCUAUGAAAAUGAAGAGAAUGAAGUGAAGUCAGAGUCAUUUACUCAGAAUGCACCCUACUGUAAAUGGAGAGGAUGCUACUUGGAGUGUGUGGUCUGUAUAAAUGGAGAGGAUGCAUAUGAAGUUACAAAGGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-802.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -841.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 603.58

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

................(((((....))))).(((..(((((((.....((((((((((((..(((((...(((((((((......)))))))))(((((((.((((.((((.((...((((((.(........).))))))..)).))))..((((.....))))...((((..(((..(((.(((.((((((((.((.(((((((.(((.((.((((((....((((.....(((..(((..(((((((((((.((......))..(((....))).)))))).))))).)))..))).((((((.(((...(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))))))))))))))))).))))(((.....))).........))))))))))))).))).)))..)))..)))))))).)).)))))...((((.((((...((.(((((((...(((((.((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).)))))))))))).((....)).)))))...))))).)).)))))))))).........(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))).......)))).)))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..............,,((({{....))))|,(((..(((((((.....((((((((((((..(((((...,((((((((......))))))))|((((((({((((.((((.((...((((((.(........}.))))))..)).)))),.((((.....)))).,.{{((,.(((.,(((.,{{.{((({|,|,|,....((((.(((.((.((((((,...{({(.,,,,(({..(((..{((({((((((.((..,,..}}..(((....))).}))))}.})))}.}}}..}}}.{((((,,({,{{.(((((((((...(((((((..{{({(({{((((({((({{,((,,{,.....,,.|||,{(,(((({(((((,(((((.{({{((((((((((.(((({{{{(,,{....((((((((.,(((.(({.((((((.,({((.((((.....)))).)},))...(((.(....).)))....)))))).)}}..)))..((((((((((..((((.((((((.,..........,}....)))))).)))).....{{......}}........)))).)))))).))).))))),)))).........))))))).....)))))))}}||..(((((.,.|}}}|{{({...,(((.,,..}}}.,..|||,}.})||,}},,.}},.....{{{{{,(({({,...,,|,..}}}},)))}}....||,,,((((((,((,.{{,,.{{{{.,,|}}}.{||||{|||,,,|||}}}|||,}||||||||(((({,{{{{|..,,.{{|(((..{{{{..,,.)))),})))}))}}),||}}},}}))|}}.|||||||((((...((((((((((((....((((({,({((((..,.....((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))..,||,.|||..,))).}))..}))))).....,...((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......{{{{{((({..{....,..))))).....)))}..,,.},,,..)))))...))))))....))))))...)))}..}}}}}},.,}|}}|{{{{,......((((({..(((((...((.((......)})).)))))..)))))......,{((((((.....)))))))))}}},.,{{,.{{{....)))..)).,},,}),))))})).}}}}}.,}))}}}..}))))})}}...,|||}}},},,})).}},........,........)))))))...))))))))),))..)),))},{{||...||{{|||{.{{...(({{{,,,....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).))))),.,}}))|,....}},,..}).))))))))...)))),..,,...(((.((((((...,,...,,)))))).)))}}})))))))))))),))))..({{{{.,,,.........,.)))))}}})}}.}}}.}}}..)))..))}})))).)).)))))...{{{(.(({{.,.((.(((((({..,{{|{{.((((((((((((...(((((((,{,{{(({{{.......,})),..}}|||,(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))),)))).)}}.)))))))))))).((({{{|||)}}}||..|}})}.)).)))))))))),,},,....|||||,|||{{.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))).......)))).)))..)}}