Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021150.4
Sequence Length
4991 nt
GC Content
0.4410
AGAUGACAUGUAGCGGACCUCUGCAUCAGCCAAGAGGAAUUAAGCUUUGUCACUCCCCACUGGGACUACCUUUCUCCUGGUAUGUGCGCAAGGAAUUCAUAUGCUGCUGCUGCUGCAGCCACCAGAGCAGAGAGCCUUGAGUACACUUUGCCACAGAAAGCAGUGAGCAAGAAUGAUAGCUGUCUCUUUUAAAUGCCGUUGUCAAAUUCUGAGGCGACUUACUAAAGAUGAGAGUCCCUACACUAAAUCCGCCAGCCAGACAAAGCCGCCUGAUGGAGCGUUGGCUGUGAGGAGACAGAGCAUCCCAGAGGAAUUCAAGGGCUCCACAGUCGUCGAGCUGAUGAAGAAGGAAGGCACUACCCUGGGUCUGACGGUAUCGGGAGGAAUUGAUAAGGAUGGCAAGCCAAGAGUAUCUAAUCUGCGGCAAGGAGGAAUUGCUGCUAGAAGUGACCAGCUGGAUGUGGGUGACUACAUCAAAGCAGUGAAUGGAAUCAACCUGGCCAAAUUCCGCCAUGACGAGAUCAUCAGCUUGCUGAAGAAUGUGGGAGAAAGAGUGGUUCUUGAAGUAGAGUACGAGCUUCCACCGGUCUCUGUGCAAGGAUCAAGUGUUAUUUUCCGAACAGUGGAGGUCACAUUACAUAAAGAAGGCAAUACCUUUGGUUUUGUAAUUCGAGGGGGAGCACAUGAUGAUAGAAAUAAAUCUCGUCCAGUUGUGAUAACAUGUGUUCGUCCUGGAGGGCCUGCUGACAGAGAGGGCACGAUCAAACCCGGUGACAGGUUGCUCAGUGUGGAUGGAAUUCGGCUUCUUGGAACUACGCAUGCUGAAGCCAUGAGUAUUCUUAAACAAUGUGGACAAGAAGCAGCACUGCUGAUAGAAUAUGAUGUCUCAGUAAUGGACUCUGUGGCAACAGCAUCCGGGCCACUACUAGUCGAAGUUGCCAAAACUCCUGGUGCCAGCCUUGGGGUUGCCCUAACUACCUCGAUGUGCUGUAACAAACAAGUCAUUGUCAUAGACAAAAUCAAAUCUGCAAGUAUUGCAGACAGAUGUGGCGCAUUGCAUGUGGGAGAUCACAUCCUCUCCAUCGAUGGAACCAGCAUGGAGUACUGUACACUUGCAGAAGCAACCCAGUUCCUGGCCAACACCACUGACCAGGUCAAGCUUGAGAUCCUUCCCCAUCAUCAGACCCGGCUGGCCCUAAAGGGGCCCGACCAUGCAGCUUUGGUGUCUUCAUCCUUCUCUCCUACCUCCAUGAGUGCAUACAGCCUGAGUUCCCUGAACAUGGGGACUCUACCUCGAAGCCUCUACUCCACCAGCCCACGUGGAACCAUGAUGAGGAGGAGACUGAAAAAGAAAGACUUCAAAAGCUCAUUGUCCUUAGCCUCCAGCACAGUAGGAUUGGCUGGGCAGGUUGUUCACACAGAAACCACAGAGGUUGUGCUGACGGCAGAUCCUGUCACAGGAUUUGGGAUCCAACUGCAGGGCAGUGUGUUUGCCACAGAAACUCUCUCUUCUCCACCUCUGAUUUCCUAUAUCGAAGCUGACAGCCCAGCAGAGAGAUGUGGGGUGCUACAGAUUGGAGACAGAGUGAUGGCCAUCAAUGGAAUUCCAACAGAAGACAGCACCUUCGAAGAAGCCAGUCAGCUCCUCCGAGACUCUUCAAUCACGAGCAAGGUCACACUGGAAAUCGAGUUUGAUGUUGCAGAGUCUGUCAUCCCAAGUAGUGGAACAUUUCAUGUAAAGCUGCCUAAGAAGCACAAUGUGGAACUUGGAAUAACCAUAAGUUCACCAUCCAGUAGAAAACCAGGAGACCCCCUCGUCAUUUCAGAUAUCAAGAAAGGGAGUGUGGCACACAGAACUGGGACCCUGGAACUUGGGGAUAAAUUGCUCGCAAUAGAUAAUAUCCGGCUGGACAACUGUUCCAUGGAAGAUGCAGUUCAGAUCCUCCAGCAAUGUGAAGACCUGGUGAAGCUCAAAAUCCGCAAAGAUGAAGAUAAUUCAGAUGAGCAAGAAAGUUCCGGAGCAAUUAUUUACACCGUGGAGCUUAAACGCUACGGGGGGCCCCUUGGCAUCACAAUUUCAGGAACUGAAGAGCCGUUUGAUCCUAUAAUCAUUUCAAGCCUCACUAAAGGGGGAUUAGCUGAAAGAACUGGCGCAAUCCACAUAGGAGACCGAAUCCUAGCCAUCAAUAGCAGCAGCUUGAAAGGGAAGCCUCUGAGUGAAGCCAUCCAUUUGUUACAGAUGGCAGGAGAGACUGUCACCUUGAAAAUUAAGAAACAGACAGAUGCCCAGUCAGCAUCGAGCCCCAAGAAGUUCCCUAUUUCUAGCCAUUUGAGUGACCUGGGGGAUGUGGAGGAGGACUCCUCACCAGCACAGAAGCCAGGCAAGCUCUCCGACAUGUACCCCUCCACGGUGCCCAGUGUGGACAGUGCUGUGGAUUCAUGGGAUGGGUCUGCAAUAGACACCAGCUAUGGAACUCAAGGCACUAGUUUUCAGGCCUCAGGAUACAAUUUCAACACCUAUGACUGGAGGAGUCCAAAACAGAGAGGCAGCUUGUCCCCAGUCACUAAGCCUCGAAGCCAGACUUACCCAGAUGUGGGGCUGAGUUAUGAAGACUGGGACCGGUCCACAGCCAGUGGUUUUGCAGGGGCUGCCGAUAGUGCAGAGACAGAACAAGAGGAGAACUUCUGGUCUCAAGCGCUGGAGGAUUUGGAAACCUGCGGACAGUCAGGAAUUCUGAGAGAACUGGAGGAGAAAGCUGACAGGCGUGUGUCUUUGAGAAACAUGACUCUCUUGGCAACAAUCAUGUCGGGGAGCACGAUGAGUUUGAAUCAUGAGGCUCCAACACCUCGCAGUCAGCUGGGGCGACAGGCCAGCUUCCAGGAGCGCAGCAGCUCGCGGCCGCACUACAGCCAAACAACUCGGAGCAACACCCUGCCUUCAGAUGUGGGUAGGAAGUCAGUAACCCUGAGAAAAAUGAAACAAGAAAUAAAGGAGAUCAUGUCUCCAACUCCUGUGGAGCUGCACAAGGUGACCUUGUACAAGGACUCUGACAUGGAGGACUUUGGGUUCAGUGUAGCAGAUGGCUUACUGGAGAAAGGAGUGUAUGUCAAAAAUAUUCGCCCAGCUGGGCCAGGAGAUCUUGGUGGCUUAAAGCCCUAUGACAGGCUCUUACAGGUGAAUCAUGUCCGAACCAGAGACUUUGACUGCUGCCUUGUUGUGCCCCUCAUAGCAGAAUCCGGGAAUAAGCUGGACCUGGUUAUUAGUAGAAACCCACUGGCUUCACAGAAGUCUAUAGACCAACAGAGUCUACCAGGAGAUUGGAGUGAACAGAACAGUGCUUUUUUCCAGCAGCCUAGCCACGGUGGUAAUUUGGAGACACGAGAACCCACUAAUACAUUAUAGCAACGCUUUUUAUAAAGCAGGACAAAAGACAAUAUCUACAUGGUGCUAAAAAUCCUUUAAGAUUUCUGUGACCUUUGAAGCACAGAUAAUCAAUCAACGUGGCAUUAACUGCAAGCACAGGGGUCUUUUAAAUCUCUCUCAUGGCUCAUGUUCACUUCCCUUUUCAAGUUGAAGAGGUUUCUUUUUUGGUGACCACUAUGGUAUAUGGUGGGCAAUGCCCUGCCAGUCCCAACGGUAGAGAAAAAUAGGCCGUCCCCCACAACUCUACAAUUAACAUCAGAGGAAAUUUUUUACAAGUUCAUCUUACUAUCACUUUUUAAAAAGAGAAACAUCUGUUUGAAAAUAUUCUCUGUGAUGAUUUCCUUAAUUCACUUUGAAAUCAGUUUCUUACUAUGAAGUCAUUAAUGUAAGAACUUGGCCAACAAAGCUUUUCUUCUCAUAGGCUGGCUCUACUAGGGGAACUAGUGUUUGGUAAACUGCUGGGACUACCACAAUGGGAGGGGUACAGGUAUAAAAUUAAGUUAUCUUAAAAUGUUUCAGCAAUGAUGCACGUAGGAGACCAUAAUAGGUGGUGGUAAAUGUUUUGCCCACGUAUAGGAAUGAUUUUAACUAAGAUGUAUGCUAUUCCCUAUGCAACAAAUUAUCAAACAGGAUAUGUCUUGUGACCUGUUUUUUUUUUAAGGACACAUUUUUAAUAGCUGAAAAUCUCUGAUAAUGAAUUAGAGUGUGUAGUAAACAUGAGAAUUAGUUAUAUUAUCUUAUUUUUAAAAUUCAAGACUAAGAACUUCAGAGAAUGAAGAGUCUAUUAAAAUGAGGUUCAUCUUAAUGAUAGGCAAACCAAACUCAUACUGCUUGACAUGUUUUGAAAACUGGUAAUAUUGAGGGUGUACAGCACAUGUACUUAAAAAUGACACUGGACUAUCUUUUGCUCUGAGCCAUGCCACUUACCGAAAUUGUAAAUACAUUUUUCACAAAUGCAUUGCCAAUUAUUACCAUCCCUCAAAGCAAUAAAUUGUGACAGUUGCUUUAAAUGUUUGUCAGCAACUGUUUUCAUUUGUUCAGAUAUUUUGAAUAGCUACACUAAUAACUGUUAUUAUUUGGUGAACAUAAAAAAAUAAAUAGAUCUGUAUAUUGAUGGUAGACUCUCCAUAUUGAAAUGAUUAUUUUCCAAACAUUUUCAUUUUGGUCAAUAAUUCAAACUACCACUUAGGCAAAGUAUUCGAACACUGUGUCCUUUGUUUAAGGAAAUAUAAAAAAAAAAUCACCUUUCUUUUUGUGCAAAAAAAAUAUUAUUUCAAUCACAUUUCAGAACCGCCAGGGCAAGAAAGUAUAAAGCAGGAUCAUGUUAAGAAAAAAGAAAAAAAGAUCAUGAGUCACUUAAAUAUGUAUUUUUAUUUGUAACAAACAAGUAUUAAACUGUAAAGUAUUUUUGUACAAAUUUAAUACUUUAAUAGCAUGGUAUUUAUCGUCUAUGUAUGGUUUUGGGGAAUUCAAAAUUGUUCAAAUAUUUGUAUGGAAAAAAAUAAAACCCUCUACCAAAUGGAAUAAACAGUGAUUUUAAAAAGCCAAAUAAAGAGGAUAUGCAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1463.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1556.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 1207.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...(((...(((((((....))..)))))......))).))))).))(((...)))(((..((((((..((((((((((.(((((..(((...(((((((((....)))))......)))))))..))))).)))))...))))).)))))).)))((((((((..((((((((((..((((((..(((...............)))(((((.(.......).)))))(((((.....(((.....((((((((...((.((((.((((((...(.(((((((((((.(((((....((((((((((.((((((((.((....)).))))..........(((.(((......((((((((((.(((...(((((((.....(((((.((((..((((.((((......((((((((((.......))))))).))).((((((.(((((((((((....)))))))..((((((..((((..((..(.((((........)))).)..))..))))..)).))))........(((((((((.(.(((((((((..((((((..((.(......)))..)))))).)))))))))..).)).)))))))..))))...))))))((((((....(((((.....))))).....))))))((.((((.(((((((((..((((((......))).)))((....))....))))))))).)))).))..((((.((.....)).))))............(((..((((..(((.(((.........))).)))..))))..))).((.((((((..(((((((((.(((((...((...))...))))).((..((((..((((........)))).))))..)).)))).)))))..)))))).))(((.(((.(.....).))).)))...)))).)))))))).)))))(((((((............(((.((((((.((((........)))).)))).))..)))...(((((((((..(((((((..((((((..(((((.(((.(((((........)))))))))))))...))).)))...)).))))).))))))))).)))))))(((((((((.((.......)).)))))...)))).....)))))))..))).))))))))))..((((((...)))))).(((.(((.((((((((.(((((..(..(((((((((.((((((((((.((.....))))((((((((.......)))))))).................(((((........)))))..))))..))))))))))..)))..)..))))).)).))))))))).)))....)))))).........((((((((.(((((..((((((((.((...((((.((.((((((((((....(((((((((...)))))))))((((((((((((...))))).((...((((.......((.((((((((((..((((...(((((((((...((((......)))).....))))))))).....)))).)))))).)))).))))))...)).))))..))).........))))))((((...(((((((((...(((((((((((((((..........((((.((((.(((.(....).))).)))).)))))))))))(((.(((......((((((((...(((((...(((........)))...)))))((((((((.....)))..)))))....((((((......(((((.(.(((.(((.((.((((.........)))))))))((((...)))).....))).)))))).......(((((..(((.((......)))))))))).))))))....))))))))))).)))(((((((((((((((((((....(((.((((((((((.(((............((((((..(((..(((((((.((.....((((((.(((............((((((.(......).))))))((.(((....))).)).....))).)))))).....)))))))))...)))..))))))..))).))))))..((((.....(((((.....((((.(((.(((.....)))...(...((((.((((((..((((((..((((...((((....)))).....)))).......))))))..))))))))))..).(((((..(((((...))))).....))))).))))))))))))......)))).(((((((((((..((((.(((..((((((.....((((.(((((..(((((.(((((.....((......)).)))..)).)))))..))))).))))(((((((((((((...)))...))))))))))(((((((..((((((((...))))).))).)))))))))))))))).((((((((((...(((((((.......))....(((((..((((..(((((.........(((((....((........))....))))).......)))))..))))..))))).)))))...))))))))))...(((....(((((..((......))..))))))))...((......))))))....))).)))))))))))))))...)))))))))))))))...))))(..(..((((.....))))..)..)))))))))..(((((((..(((.((((....((((........))))((((((.......))))))(((((...((((.......))))...))))).))))..))).)))))))(((....(((((((((((((.(((..(((((((.(((.(((.(.....).))).......(((((.((....(((((((........)))))))...((((.....))))......................((((((...))))))..(.((((((((((((.((((((...)))))).))......(((.(((((.((.((((((((((((((.(((.....)))))))))......((((((.........))))))((((....))))((((....))))...))))))))))))))).))))))).)))))).).....)))))))...........)))))))))).((((((((.....))))))))..))).)))...)))))).))))..............))))))))))))...)))).....(((((....).))))(((((((((..((((((((((.....((((((.......((((....((((((((((...((((......))))...)))).................(((((....)))))((((....((.((.(((....))).)))).....))))....((((((((((..........)))))).))))......)))))).....))))))))))..(((((.................))))).))))))))))((((((((...))))))))....))))))))))))).)).))))...))))))))))))))).)))))))).....((((((.......((....)).......))))))(((((.((.(((((((.((((((.(((.(((..((((..((........))..))))..)))...)))..)))))).))))))))).))))).))))))))).)))))...((((.(((((((...............))))))).))))........)))))))))))))))).)..)))))).))))))......))))))))....(((((((((((((.(........)))))...........(((((....)))))...)))))))))..)))....)))))..(((((.....)))))((((((...))))))...(((((((((((......((......))....)))).)))))))..((((((((((..(((((((((((..(((.(((............))).)))(((((((.....)))))))(((((((.....)))))))...((((((....((((..............(((((.((((.......)))).))))).(((((.....))))).((((((((...((((......)))).))))))))........))))))))))..))))))))))).....))))))).))).....(((((.....)))))))))))..)))...)).)))))))))))))...(((((((........((((.(((....))).))))(((((....(((((.....................)))))...)))))(((((((((.(((....)))..)))))))))......(((((((((...)))))))))...((((((.............))))))...........(((((((((..((((((((...(((.(((((.....(((((((((((((((..(((((.........)))))..)))).............(((((((((((.((.((.....)).)).)))))))))))....((((((((.(((......))).))))))))..........))))))))))).((.((((....((....))....))))))....((((......)))).......................))))))))..))))))))..))))))))).......((((((((((.(((((((....))).))))..)))))))))).....)))))))...((((.(((.(((.(((((((...(((.(((...((((((...((((((..((((..............)))).))))))))))))....))).)))..))))))).))).))).)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{((.(({({,({{{{((((({(....}}..}))))......{{{,|{{|,.((((....)))}.,..(((((({,((((,(((((.(((((..(((...(((((((((....)))))......))))}}),.))))).)))))..{|||||{,|,,,,..))).}))}|,.{((((((.({,..........)).))))))}..,|}|{(((.(((((.{.......).)))))))).},.....,||||..((((((((...((.((((.((((((...(.(((((((((((.(((((....{{{(({{{((,({{(((((.((....}).))))},.))},...(({{(((......((((((((((.(((...(((((((.,,..(((((.((((..{(((.((((......((((((((((.......))))))).))).((((((.(((((((((((....)))))))..((((((..((((..((..(.((((........)))).)..))..))))..))}})))........{{(((((((.,.(((((((((..,(((((..((.{......}))..)))))}.)))))))))..,.)}.)))))),..))))...)))))){(((((.,,.(((((.....)))))..,..)))))}((.((((.(((((((((,{{({{{,......}}},}}}....,,},,,..))))))))).)))).)),.((((.((.....)).)))).|,....,,((,(.{,,|.}},}}.}}},}},}}.{{{.,(((((((..,(((..{,.((.((((((..(((((((((.{((({...(,...}}...))))}.((..({((,,(({(........)))).))))..)).)))).)))))..)))))).)),,}}}.....))))))),,..))}..)))).)))))))).)))))(((((((............((({{(((((.{{{{....,.,,)))}.}))).}}..,,,...(((((((((..(((((((..((((((..(((((.(((.(((((........)))))))))))))...))},)))...)).))))).))))))))).))))))),{{{(((((.((.......)).)))))...,}}},,,..)))))))}.))).))))))))))..((((((...)))))).(((.(((.((((((((.(((((..{..(((((((((.((((((((((.((....,|...((((((((.......))))))))...,,....}},}}...(((((........)))))..})))..))))))))))..)))..,,.))))).}))))))))))).)))....))))))..|...{{.((((((((.(((({.,((((((((.((...((((.((.((((((((((.{..({(((((((...)))))))||(((({{{{((((..,||}}},{{.,,((((.......((.((((((((((..((((...(((((((((...((((......)))).....))))))))).....)))).)))))).)))).))})}}.,.},.|||,.,}))}...,..|.))))))((((...(((((((((..,((((((({(((((((..........((((.((((.(((.(....).))).)))).)))))))))))(((.(((......((((((((...,,(((...(((........)))...|||}|((((((((.....}),.,)))))..,,|(((({......(((((.(.(((,{({.{{.{{{{.........}},}}})}|({({...}}),.....))).))))))..,,,,,((((,.,(((.((......))))}))))),)))}}),,..))))))))))).)))(((((((((((((((((((....((,{((((((((((.(((............{(((((..(({..(((((((.((.....((((((.(({............((((({.(,.....},)))))){{.(((....))).,,.....})).)))))).....)))))))))...)))..))))))..))).))))))..((((,.,..(((({....,((((.(((.(((.....)))...,...((((.((((((..((((((..((((.,.{(((...,))})...}.)})).......})))))..))))))))))..,.(((((..(((({...})))).....))))).))))))))))))......)))).(((((((((((..((((.,{{.,,,{((({,,,{((((,,((((,.((({{.,|}||}.,,.{|......})||}|,.,}||}||}..}}||},|}||(((({(({(({,..{|}|||{{||||||||||(((((((..((((((((...})))).))).))))))}.},},.||},||{({{{({{,|,{((((({.......}}....{{{,{{.((((,||{||{,........|||{{.,,,||,}}}}})})),,..}||||,,.|,,.}|}}}.{|||,..,)))),})))),,.})}}))))))..})}}))}}}})}},,))}}}}}}}}}}}}||{{|....}.))}}....))))....))).)))))))))))))))...)))))))))))))))...)))){..(..((((,...,))))..)..)})))))))..{((((((..(((.((((,...((((........}}}}((((({.......))))}}(((((...((((.......))))...))))).})))..))).))))))}(((,{,,(((((((((((((,((({.(({({{(,{{|,(((.{.....,.))}......{{{((,{{.,{..(((((((.,....,.)))))))..,|{{|.....)))),.....................((((((...))))))..|}||||{|||||||,((((((...)))))).||,{,.{{{(({((({|||..((((,..(((((((.(((.....))))))))))...,}||||,|}|}}},...,,}||}||||.,.,)}||{|||,,.||}|||.{{{|...))))}}},},},})))),,||}}}|},,|{,,||||,....,).}}}.,))}})))}))}||||{{{|,,..,)}}})|}|..|||,|},...,})))),}))},,,...........}}})))))))))...))))....,(((({....}.))))|((((((((..(((((((((({{.,.((((((.......((((....((((((((((...((((......))))...))))..........,,,,...(((((....))))),{{{....{{,...,,||,....}})))),....}},,....((((((((((.,.......,)))))).))))......)))))).....)))))))))){(((((.......}}}))}.....},.)).))))))))))((((((({...})))))))....))))))))))))).)).))))...)))))))))}))))).))))))))...,.((((((.......((....}},......)))))),{{{{.((.(((((((.((((((.(((.(((..((((..((........))..))))..)))...)))..)))))).))))))))).)))}}|)))}}}}}}.}}})),..|{((.(((((((..{,,.....},...))))))),}}|,....,...)))))))))))))))).)..)))))).))))))......))))))))...{{|{{{|||{{,{({{{{|||||||||{|{{{{{,.....,{{{(...,}||||..{((,({{,,,.}}}.|}|,,||||||({{,,....,}}|||((((({...}))))),,}(((((((((((.,..,.{{......}}....))))}))))))).......,,,,,.((((({....|}}})}|,,(({{({{(((((({.(,.(((,....(((((((,,.....(((((((.....))))))).(((((((,.,.{(((({.,,{{,...,.,,|||||}{|||,....,,|||,.},,},.(((((.....))))).((((((((...((((,....})))}.))))))))........,}},,..,}},}}}..{(((((((....(((((((({(({{(({(({((,....|}}}}........|,,,.}|,,,..,}},.,},}}|,.((.((((........((((.(((....))).}))).......)))).))))}.})))))))....)))))))}......,|.((((((((((.{{{....})}..))))))))))..,},}|(((((({...)))))))))))}}}}.,......}))))))...,)))..).}}}}}}}}.}}}}}}}}}}}},},}}},}|||||..|},,,..,{{{{{{((((((((..(((((.........)))))..)))))},,....,,,}.(((((((((((.((.({.....}).)).)))))))))))....,{{,,,,,.,,,...,,,))),))})))))...........,,}}}}},,,..,.{{{|.,..{{,,,,))....)))))},,..}}}||,(((((({{,................,,,}|||},}}.,,,..,,,,|||||,,|{|||{{..,..},|{(((({{,,,{{(({{{|{||,}}.}}}}.,},,)))))))}..})))))))),,.{(((.(((.(((.(((((((..{(((,(({...((((((...((((((,,,((,............,,,,)).))))))))))))....)))})))..))))))).))).))).))))}))}},.
Back