Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021252.5
Sequence Length
4875 nt
GC Content
0.3672
ACUCUGCUGAAGGGCUGAGAGGCGCACCCGGGCGGCCAGCUGGGCUCGGAGCGGAACGGGGUCAGGAUGGACGAGGACGUGCUAACCACCCUGAAGAUCCUCAUCAUCGGCGAGAGUGGGGUGGGCAAGUCCAGCCUGCUCUUGAGGUUCACAGAUGAUACGUUUGAUCCAGAACUUGCAGCAACAAUAGGUGUUGACUUUAAGGUGAAAACAAUUUCAGUGGAUGGAAAUAAGGCUAAACUUGCAAUAUGGGAUACUGCUGGUCAAGAGAGGUUUAGAACAUUAACUCCCAGCUAUUAUAGAGGUGCACAGGGUGUUAUAUUAGUUUAUGAUGUCACAAGAAGAGAUACAUUUGUUAAACUGGAUAAUUGGUUAAAUGAAUUGGAAACAUACUGUACAAGAAAUGACAUAGUAAACAUGCUAGUUGGAAAUAAAAUCGAUAAGGAAAAUCGUGAAGUCGAUAGAAAUGAAGGCCUGAAAUUUGCACGAAAGCAUUCCAUGUUAUUUAUAGAGGCAAGUGCAAAAACCUGUGAUGGUGUACAAUGUGCCUUUGAAGAACUUGUUGAAAAGAUCAUUCAGACCCCUGGACUGUGGGAAAGUGAGAACCAGAAUAAAGGAGUCAAACUGUCACACAGGGAAGAAGGCCAAGGAGGAGGAGCCUGUGGUGGUUAUUGCUCUGUGUUAUAAACUCUGGGAAAUUCCAUCUCUUGCAUAUUUGAUCAGAUAGUGACAUCUUUCUGUAUAUAAACUCUUUAACUGCUAUUUUAGGGACCUUGCAGUUUGCACAUAAUUGUUUUAUAUCAUAGCAGUAAAUAUUUGCAAGAAAUCCCACUCAUCGACCCCGGGUAAAAUGUUAUGGUAAGCAUGCACAGUUUGCAGUCUACAGUUUUUUUAUGUAGCACAAAAUAGGUGUACCUUUAUAAGUACAUUCAAUUUUAUGAUUUACAUUUAUCAUGUAAUUUUUAAAAAAAUCCAUCUAUCUAGGAUAUGUUGAUACAAAGUCUGCUUUUGCUAUUCUUUUUGCUUAAAUACUCCUAUCAUUUUCUGAAUUACUUGGUAUUUAGAACUCCUAGCACCACGGGGAAGAAUAGAGGUAUCAUCAAACGUGGCAAAUUUUCUUUCAGGAAUAAUAAAGAGCAUGAUUCCACAGCUUUUCUGGGAUGUUUGAGAUUCUUUUUUAGUACUAAGCAAAAUUCUCAUCACAGAAUGUAGCCCAGGCCAAUUUAUAACUAAAUCUCUAUUUGUUCGGAUGAUGCUUCUAAAACAGCAUUGAUAGGUUAAAGAAGCUUGGUAUUUUUAAUUUACUUCAAUGAUUAGCUCAGUUGCUUAACUGGAGUUUUAAUCCUGUGAUAUGUACAUUGGAUUCAUGACUGUGCAGCAUUUUUAGUUAUGUGGUGUUUGGCAGAAUGACAAUAAGGUUUUCCCCCAUUUUGGUUUCAGGAGGACAUGAAUAGUGUGUUUAUUGUAACUCCUCAUACACUUUUAAAACCAACAUCUUUUUUCAUAAAUGUUGGUAGUGUUUGUCCAGGUACCUUAACUGUAGCUUGUGUAAUGUUGAUGAAUAUCUGUAUCUUACGGCUUCCAUAAUGGCUAGUUGAUAUUCAAAAACCUAUUUCUGUGUUUUGAGGGGUGGGGAAAAAAAACACUAAGUGAUAAUUUGAAAAAGGCAUAUUGCUUCCAGAUUCUGAUGUGUGAGGGAAAAUACUGUCACAAUGAAAAUCUUGACAAUUUACUUAACAAGUAACCAGUAGUUCAUCAAAACCAACUUGUACAGACUAAUAAAUCUUUUUCACAGUAUUCAGUUUUCUCACCUCUUGCUAUUGUAUAUUGUAGAUUUUUUUCAUUCAUGUGUUAUUUAAUUUACACUGAUCUCUGCUAUUUUAACCCCCCAAAUAAGUUAUUUGUCCUUUAAGGUUGGUUACUAUAAUACCCCUCAGUAAGAUUCCAGUAUUAAUUUCUGGGCAGUUUGUUCUCUGUAUACAAUUGCAAAUGAUAAGCAUUUUUGUGAGUGACCACCUUUGCAAUAUGUUUGUUAAUUUACUUCAUGUUGGGUUCUUUCUGAAAUGUACAUCUUUACAUAUAAAAACCUCACAUUCUACUUGAUUUACACUUCCUAGUCUACAUUACAUGUGGUUGAAGGUUUUAUACAUUCUAUAUGCUUUUACUAAAUAUACAAGAUUUACUACUAGAAAUUUGGAGAAAGAACACUAACACAUGUACUUGUGAUUUGUUCAUGUUAUAUUAAAACUUGAGAUUUGUGUAUUUAUGUAGAGUCUGUAUUGACAAGACUGUUGUUUUUUGCUCCUUGAGCUAUAUAAUAAUCUGUGUAUUGGAUUGUUGUCUUGAUUUGGUCUAAAUUUGAAUAUAUAUGAGUUACUUGAAUAUAACAAAAAUGAAUUUUGUUUGAUAGAUUUAUAUUGUAACCUUUUUCUAGUUCUUGAAUAAAUAUAGCCUGCUUUCCCUAGAUGCAUUUGUGUAGGAAGUAUAUACAUUUCCCUAUUACUCUCAUCAGCUGAAGAAUAUGUACUAUUGUGUUACUCAAAUUAUGUGGCUUUCAUUUUGUUGUUUUGUUGCAAGCUUAGUGUUUUGUAGUGGAGGUUUUGUAAAUGAAACAGUUGUAAUAUCUAAGGUCAGGCACCUAGUAACAGGGUUUUGUUAAUUCUUUUCAGAAUCAUUGAAGCAGUCUUAAAGGGUCUUUUGCAGAUGGUACAAAUUAGAACAAUUAGAAUAUAGUAUUUUGAGUUCUAGUAGUACUGAGAUUGACCCAAACAAAUAAAAAACUAUUCAAUUUCUGAGUAAUAGUUAAUAUUUAUUGAAAGCUUCCUUGGUGCCAGAUGCCUUUCUAAGUGCUGAAUUAUCUCAUUAAACCUCACAGCAACCUUAAGAGAUUAGUACUCCUAUUAUGCCCAUUUUAAAGGUGAGGACAACACAAUGUAGGUAUGUUAGGUAACCCCCAAAGAUCACAUAGCUACUCAGUCACUGAGCUGGAUUCCAGUCAUGGCAUUUUUACUUCUGAGCCCAUACUCUUCACCAUCGCUCAUUUUACAAUGGGUAGUUAGUUACCAGCUUUUUGUAACACAACCAAGUUAAGGCAGUUCCACUAUUUCUUUAUCACUCUUUUGUUAUAUGUAAUAGAAGUAUUUCACACUUUUGGGUUAUAGAGUAAAUCCCAUGAUGUAAACCUACCUCAUAAGUCAUGUGACAUAAAAGUUAAGGUAGUGGAGUAGGUGGUCUUAUUUCUUUCACCUGCUCAGAGUGGACUGAAAAUCCUGACUUAGAAAAGGUACAAAGUUAGGGGACUUAUGGUACCUUCACUUUUUAUGUGAGAAUAGAAAUUAUGGAAACAGUAAUUUGCUCAAAACUGAAAUCUGGGGUGAUGUUUUCAUUUCAUGUAUUUGAUUGCCAUCCAUAAACUCAUACUUGGUGUUGACAUUCUAGCUGAGUGUUGUGGAAAUAGACUUGAUUUUGAUUCAUCGUAGCUUGCAUGGUCAAGAGACAUGAUUCUCUACUAAGGGUGGGGCUAGCACCAUAGCUCAUAAAAGAAUCCUUCUUACACCAGUACUUGUUCUGCCUGUGAGUUGGCACAGACUUACCUAAUAACCAUAGUGUCUUUAAGUACAACUUAAUACAUAUUUUUUCUGUGUAUUUUUUUCAAAUGAACUCAACAAUUCUUCAGGUAUUAUAGAUCAGAGAUCCUCUCCAUAUUCAAGCAUUAUGCUUCUCUUUCUUGGGGGUACAUUUCACUAGUAAUACUUAGGAAGUUAUUUUGUCUUUCCUGUAUUUCCCUAGUUAAGUAUAGGGGUAAAAACGUUAUUCAGCUUUCAGAAGACAUUGUUCUGACUCCGACCCUGCCGUGUAUACUCAACUAUAUAGACUUCACCCUGGGUUUUGCCUAAACUGUUGAAAGACGAGAAUAAAUAGACAUAGACAGGCUAGCUAAGUCAAGACUAGGGGCUAAGGAAUAUAGAAUCACCCAGGUCUUUUUUUUUUUUUUUAAUUUUUCUCUCCUCAGUUGGGAACAUCUAUCAUGCUGGAGGACUACUGUGAUGGGGCUUUACAUUUUACUGUUUUGUUGCUAGCUUAUUGUUUCAUACUUGGGAAUCAGUCAUGUUUCUGAUUGUGGUAUAAAGUUUGCUUAAGUGCCCCUUAGUUAAAGCUGUUCAAUGAAUGUAAGCACACACACACCUACACACAUAUUUUGAAUAGUCGUGUGUUCAUGCCUGUUCUCAGUCUUGUCCCCUUUACCGUUUCUCAUGCAGGUUAUUUCUUGCUUUUUUUUUUUUUCCUCUUUUUUAACCGGAGAAGCAACAAAUUACGUAGUUUUUUUUGUGUUUCUUUGAUUACUAGUGAGCUUGAGUACUUUUAAUAUUUUAUUGGAUAUGUUUGUGACUGACUUUAAUUUCUUGUUUGUGUGUGCUGUGGCUGCCCGAUCCAGCACCUACUUCCUUCUCCCACCAUACCACCCCCACCCCCACCCCUGCAAACAAUUGGCAUGUGGUUUGGGUGGCAUUGUCACACCCUCGGCUUUCUAGAUUAACCCAGUUACCUUUUAGCAGUGCCCCACUUCCCCAGUAGCAAUGGUUCAGGGGUAGGCACCUGACCCAGACCAGACUACUGAGAUAAAGAUGUUUGCCUAGGCUUUUUCAGGAGCAAUUGAAGACAUCUUGUUGGAGAUAGUGUGCUGGGAGGAGUCACAUUCUGAACUUGCUGCAGCUCGUUUUUCUAAUAUAAAGGAACCAGCCUGAGGCAGUACCAGGGUGAGAGGGAGUCUAUUGGAGCCCUUGGGAACUUCUGGAUCAAAUUGGACCUGAAUUGAGAUCUAUUUCUCAGCUUUCACUUAUGUGAGCCAAUAAAUUCCUUUUUUGUUGAAGGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1198.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1299.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 1137.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((...((((((((((((((..((((((..((....)))))))).)))...((((((..((.((((((....))).))).)))))))).(((((.(((.......((((((((((.(((......))).))))))))))(((((((..........(((((((((((((((((.(((((((.....))))).)).)))).(((((....)))))((((((((...((((......)))).....(((((....(((((......(((..............))))))))......((((((((...((((((((((......))))))(((((.........((((((((((.(((.(..(((((((.......((((((((((((((((..((((..((((.(((((((....((((((....((((((((.....((..((((.((((((((...(((((.(((((((((...(((((((....((.(((.(((.....))).)))))..))))))).....(((((((((((((.((.((..(((((((.(((......))).)).)))))((((((((((((.((((((((((....(((...............)))))))((((((((((...(((((((((((((((..(((((((......(((((..((((((((.((((((...)))...((((((((((((...((((.((......)).))))...............((((((((..((.(((....((((((.......))))))))).))..)))))))))))))..)))))))...(((((((.((..((((((((.....((((.((...(((.((...)).))).(((((((.........))))).))......(((((((........)))))))...(((((.((.((((((.....)))))).)).))))).............(((((....((((((.((((...((....))....)))).)).))))....))))).....((((((((........))))))))..))))))))).)))))..)).(((((((((((((.((((((((.....((((....)))).....((((((.((......))))))))(((((.(((.(((((......((((....))))......)))))..)))........))))))))).....................))))..)))))))))))))......(((((((((((((((((.((...)).)))))))))))..))))))...(((((((((....)))).)))))..(((((.(((.......))).)))))..((((((((((((.....((((((((((((.((((((((((((.................))))))).....(((((.(((((((((...)))))).)))..)))))((.(((((......((((((((............))))))))))))).))....((((((....((((.(((.((((.((.((((((.(((.((((.(((((((((((((((.........((((...))))...(((((((((........))))))))).....(((((((((((((((((..(((((...(((((((.((((.((...((((((.((((((((((....(((((..((....))..)))))..........((((((((..(((..(..((((((((((...(((((((((.............(((((...((((((((........((((.(((((((...(((((((.....(((....)))......)))))))(((((.......(((..(((((.((((((((...))))))........))..)))))..))).......)))))......((((.........))))((((........))))))))))).)))).((((((((((..(((((((........))))))).))))))))))...........((((((((((((((...(((((......)))))...(((((((..((..((((.((((.((.(((....))).)).))))...)))).)).)))))))........(((((...........)))))..((((((........))))))..))))))))).)))))(((((.((.........)).)))))......))))).)))...)))))...........))))))))).(((((.....)))))....((((...))))...(((((((((((.....)))))))))))......))))).....)))))..)..)))..))))))))......((((..((((((((........)))))))).)))).......(((........)))...((((..(((((...................)))))..)))).....)))))))..)))...)))))))))))))))))))........(((((.........))))))))))..)))))............))))))))))))...))))))))..)))))..)).)))).)))..)))).)).))...))))..))).))))(((((((...........)))))))...(((((..((.(((((((((..((.(((.((.(((....((((((..((((((((...))))))))))))))))).))))).))..)))))............(((((((((.....)))...))))))....))))..))..)))))...))))))(((......))).((((((((....((((.((((..............))))))))))))))))((((.((((((((((......((....)).....))))..)))))).))))......))))).))))))))))))(((((...))))).((((((..(((((.(..((((((((..((.(((......((..(((((..(((((((....))))))).....(((((.........)))))......((((((.((((((.(((((..........(((((((((((((((((....((((((.......))))))(((((........))))).((((.(((....))).))))....)))))))))........)))).))))((((((((((...........))))))))))..))))))))).....)))))))).....((((((.(((((....)))))...))))))((((.......)))).....((..(((((((....((((((((((((....)))....((((((((.....)))))))).)))...))))))..)))))))..)).....)))))..)).......))).))....))))))))...).)))))..)))))).....)).))))))))))(((((......))))).....)))))))((((......))))......(((((...)))))......(((((((....(((((((.((((....((......))..))))))))).))...))))))).....((((((((.......))))))))...(((....))).............))))).))))))..))))).......)))).......)))...)))))))))))))))(((((.(((((.((((......))))))))))))))..)))))))))).))))))))))).....)))))))......(((....)))..((((((.......))))))..........))))))))))))...((((((...(((..((((.(((((((((((..(((((........................)))))..)))....).))))))).))))..)))..)))))).))))).))))))))).)))))...........(((((.........)))))...((((((((.(((....))).))))))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))).)))).)))).....)))).))))))))))))..(((((.(((....)))..)))))..)))))))...).))).))))))))))((((((((((.((...............((((((.((((....)))).))))))((((((.......................(((((......)))))..........................((((((((((.((((.............))))))))))))))....((((((((.(((((....)))))...))))))))..........))))))............)).))))))))))))))).))))......)))))).))......))))))))).))))..((((((..((((.(((.........))).).)))..))))))..........(((..((((((.((((((..(((..(((((((...(.(.((((.((........((((((..(((((((((((.(((.(((..(((((..((.((((((..(((((.(((((((......(((((....)))))......))))))))))))..)).)))).)))))))))).))))).))))))))))))))).(((.((((((.........)))))).))).)).)))).).).)))))))..)))))))))..))))))...)))...))))))))))))))))))))....)))))))).)))))))))))((((....))))..(((((((.......)))))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((...{((((((((({(((..((((((..{{....}))))))).)))...((((((..((.((((((....))).))).)))))))).(((({{(((.,.....((((((((((.(((,....,))).))))))))))(((((((..........(((((((((((((((((.(((((((.....))))).)).)))).(((({....})))}((((((((...{({{,,....}}}),....{((((....(((((....,,({{,,,....,,.....))))))))......,{((((((...((((((((((......))))))(((((.........((((((((((.(((.{,.{{{({{{.......((((((((((((((((..((((..((((.(((((((....((((((....((((((((.....((.,((((.((((((((,,.(((((.(((((((((...{((((((....((.(((.(((.....))).))}))..))))))}.....{{{{{{((((((,,{(,((.{{((((((.(((......))).)).))))}{(((((({((({.(({({{((({.,.{{.,......||.,||..,,},}}}}((((((((((...(((((((((((((((.{(((((((,,,..,(((((,,((({{{{{,{((((,...,}},..(((((((,{({{.,,((((.((......)).)))).,,............((((((((..{{.{{{....((({{{.,.....})}}))}},.}}..))))))))}}},}..)))))))...(((((((.((..((((((((,,{{((((({({.,,((.((((,,{{{}}},(((((((.........))))).))......(((((((........))))))}...{({((,((.{{{{{{..,,.)))))).},.}}}},..,,,,.......{((((|,,.{{{{,{.((((...((....))....)))).}).}}}},,}.})))}.....{(((((((........)))))))}.,||},},}}}.}))))..}}.(((((((((((((.{{(({(((.,,,,{(({...,)))}.....{(((((.((......)))))))}(((((.{((,(((((...,,.{{{{....}}}).,,.,.}))))...,},},,....))))))}}},,{{{....}}}},....,,,))))..)))))))))))))......(((((((((((((((((.((...)).)))))))))))..))))))...{((((((((....))))}})))}..{((((,{((.......))}.)))))..,|||||||||||.....((((((((((((.((((((((((((.......{{......,,))))))).....(((((.(((((((({...}))))),}))..)))))((.(((((......((((((((.,........}.))))))))))))).))....(((((({,(((.{((.(((((((..{(({,,(({((({(,{{.,({{{{((((,{{,,...}},,,,,,}}}}})))....(((((((((........))))))))).....((((((((((((,(((({{((({,...(((((((.((({,((...((((((.((((((((((....{(({(,,((,.,,||,,}}}}}..........((((((((,,(((,,(,,{{{{{(((((...(((((((((..,{.,,......(((((,,{(((((({{........{(((.{((((((|,|((((({{.....(((....)))..,...}}})}))|({((.....,.{{(..(((((.,{({((((...}}}}}}........))..)))))..))}.,,....}}))}......((((.,.......))))|(((........}}))))))))).)))}.((((((((((..(((((((.|....,,))))))).)))))))))}..........{((((((((((((((...(((((......))))),,,(((((((,,,,..((((.((({.{{.(((....))).}}.}}}}.,.)))).)).))))))),,......,{,||,........,,||,,,,.{{|{{{......,}},})))},))))))))).)))))|{{{{,{,..{{{,...},,)))),,.....})))),,))},,))))).,...,..},.))))))))).{{{(({{{..,,)}}....((((...))))...(((((((((((.....)))))))))))...,..))))).....}}))),,...)}),.))))))))..,..{(((({{..,..|}}))}}..,,)))))),)})))).,,....{((........))}.,,,{,,..,.(((,,..,{{{.{{,.....}},)))),}))),.....)))))))..)))...))))))))))))))))))),|....,,{{{{{,}}}}}},,|||||,,,||..,,,})|....,,,))..)))))))))))),,.||||||||{{.}},|{{||.,|||{,||..,,,,.((((({.((((((.{(,,,,{{{,{{{{{|||(({.{,,,|||||}.,,,((({{.,(,.....(((((..((.(({.{(,(((..,,((((((..((((((((...))))))))))))))))},))))).))..))))).......,,...,|||{||||,,,,,)))).,},)))),,},,,,...}}..))))))).)))))).}..)))))....,,|||||,.,,,|,||,|||}}}}}},}.,,.,{{|||||||,,|||||,,..},,}},,|,,,||},.,}))),.,)})))))))}..,}).))}))))))),,)).))))).))))))))))))(((((...)))))((((...})))|}}|||||}|||{{,,..(((((...{{{{.,,..,,,,.(((((({....})))))).{,..(((({,{,....,|))))}...,,,(((((,,((((({{(((((,,,.{{{{{.,(((,((,(((((((((...{{((,(({.,,.{((.{{.((((,{.,....,,,..)))).}}))),,,..))).)).},...))))))))).,}.))},}))),))},((((((((((...........))))))))))..))))))))).....)))))))}.|..,((((((.{((((....)))))...))))))|{{{,,,,.,.)))}..,,}}}},,,|)))....}))),..,))})}..,.}},,}}}||||||||,,...}}}}}|||.|,,..,}},}}},.{((((({(((((..{{,(({{....}}}}}.}}.))))).))))))).....,,.{{{,...,,.}}}|,|,.}}}}))))))))){((({......))))).....)))))))((((......)))),,....{(((,...,))}},{,.{,(,,,,,{..,||{{||||||{{|||||{||.....,,..}}}}}}}}|,||..,|||||,,.,}}}||{||||{.....,,)))))}},...,,,....}},......,,}}}.,))))),}}))))..}}|||....,,,)}},.......}},...))))))))))))))){{(((.(((((.((((....,,})))))))))))}}..)))))))))).}}}||}||}}}.....))))))}......{{,..,,,}}..{(((((.|.....))))))...,......)))))))))))}...((((((...(((..((((.(((((((((((..(((((......,...........,.....)))))..)))....).))))))).))))..)))..)))))).}}}}}.))))))))).))))}.,,........,,,{{,{{......))))....((((((({.(((....))).}))))))))))))))))))),.))))))))))))))))))))))).)))).)))).....)))).)))))))))))),.(((((.{((....))}..))))).,}}}))}}...),))).))))))))))((((((((((.((..,,,..........((((((.((((....)))).)))))){(((((..,...........,...,,,,.(((((......)))))..............{((.,,..(((.((((((((({,((((.............)))))))))))))).)))..}|.)))..||||.,,..,|||{,.,,,,,,)))}},....,.))))))............)).))))))))))))))).))))......)))))).},......))))})))).))))..((((((..(((,.(((.......,.))).).))}..))))))..........(((..((((((.((((({..(((..(((((((...(.{.((((.({........((((((..(((((((((((.(((.(((..(((((..((.((((((..((({(((((((((......(((({....}))))......))))))))))))..)).)))).)))))))))).))))).))))))))))))))).(((.((((((.,.......)))))).))).}).)))).).,.)))))))..)))})))))..))))))...)))...))))))))))))))))))))}}..)))))))).,)))))))))|((((....)))),.(((((((.......)))))))..)))}.
Back