Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021625.5
Sequence Length
3228 nt
GC Content
0.6047
AUUCAGGAAGCGCGGAUCUCCCGGCCGCCGGCGCCCAGCCGUCCCGGAGGCUGAGCAGUGCAGACGGGCCUGGGGCAGGCAUGGCGGAUUCCAGCGAAGGCCCCCGCGCGGGGCCCGGGGAGGUGGCUGAGCUCCCCGGGGAUGAGAGUGGCACCCCAGGUGGGGAGGCUUUUCCUCUCUCCUCCCUGGCCAAUCUGUUUGAGGGGGAGGAUGGCUCCCUUUCGCCCUCACCGGCUGAUGCCAGUCGCCCUGCUGGCCCAGGCGAUGGGCGACCAAAUCUGCGCAUGAAGUUCCAGGGCGCCUUCCGCAAGGGGGUGCCCAACCCCAUCGAUCUGCUGGAGUCCACCCUAUAUGAGUCCUCGGUGGUGCCUGGGCCCAAGAAAGCACCCAUGGACUCACUGUUUGACUACGGCACCUAUCGUCACCACUCCAGUGACAACAAGAGGUGGAGGAAGAAGAUCAUAGAGAAGCAGCCGCAGAGCCCCAAAGCCCCUGCCCCUCAGCCGCCCCCCAUCCUCAAAGUCUUCAACCGGCCUAUCCUCUUUGACAUCGUGUCCCGGGGCUCCACUGCUGACCUGGACGGGCUGCUCCCAUUCUUGCUGACCCACAAGAAACGCCUAACUGAUGAGGAGUUUCGAGAGCCAUCUACGGGGAAGACCUGCCUGCCCAAGGCCUUGCUGAACCUGAGCAAUGGCCGCAACGACACCAUCCCUGUGCUGCUGGACAUCGCGGAGCGCACCGGCAACAUGAGGGAGUUCAUUAACUCGCCCUUCCGUGACAUCUACUAUCGAGGUCAGACAGCCCUGCACAUCGCCAUUGAGCGUCGCUGCAAACACUACGUGGAACUUCUCGUGGCCCAGGGAGCUGAUGUCCACGCCCAGGCCCGUGGGCGCUUCUUCCAGCCCAAGGAUGAGGGGGGCUACUUCUACUUUGGGGAGCUGCCCCUGUCGCUGGCUGCCUGCACCAACCAGCCCCACAUUGUCAACUACCUGACGGAGAACCCCCACAAGAAGGCGGACAUGCGGCGCCAGGACUCGCGAGGCAACACAGUGCUGCAUGCGCUGGUGGCCAUUGCUGACAACACCCGUGAGAACACCAAGUUUGUUACCAAGAUGUACGACCUGCUGCUGCUCAAGUGUGCCCGCCUCUUCCCCGACAGCAACCUGGAGGCCGUGCUCAACAACGACGGCCUCUCGCCCCUCAUGAUGGCUGCCAAGACGGGCAAGAUUGGGAUCUUUCAGCACAUCAUCCGGCGGGAGGUGACGGAUGAGGACACACGGCACCUGUCCCGCAAGUUCAAGGACUGGGCCUAUGGGCCAGUGUAUUCCUCGCUUUAUGACCUCUCCUCCCUGGACACGUGUGGGGAAGAGGCCUCCGUGCUGGAGAUCCUGGUGUACAACAGCAAGAUUGAGAACCGCCACGAGAUGCUGGCUGUGGAGCCCAUCAAUGAACUGCUGCGGGACAAGUGGCGCAAGUUCGGGGCCGUCUCCUUCUACAUCAACGUGGUCUCCUACCUGUGUGCCAUGGUCAUCUUCACUCUCACCGCCUACUACCAGCCGCUGGAGGGCACACCGCCGUACCCUUACCGCACCACGGUGGACUACCUGCGGCUGGCUGGCGAGGUCAUUACGCUCUUCACUGGGGUCCUGUUCUUCUUCACCAACAUCAAAGACUUGUUCAUGAAGAAAUGCCCUGGAGUGAAUUCUCUCUUCAUUGAUGGCUCCUUCCAGCUGCUCUACUUCAUCUACUCUGUCCUGGUGAUCGUCUCAGCAGCCCUCUACCUGGCAGGGAUCGAGGCCUACCUGGCCGUGAUGGUCUUUGCCCUGGUCCUGGGCUGGAUGAAUGCCCUUUACUUCACCCGUGGGCUGAAGCUGACGGGGACCUAUAGCAUCAUGAUCCAGAAGAUUCUCUUCAAGGACCUUUUCCGAUUCCUGCUCGUCUACUUGCUCUUCAUGAUCGGCUACGCUUCAGCCCUGGUCUCCCUCCUGAACCCGUGUGCCAACAUGAAGGUGUGCAAUGAGGACCAGACCAACUGCACAGUGCCCACUUACCCCUCGUGCCGUGACAGCGAGACCUUCAGCACCUUCCUCCUGGACCUGUUUAAGCUGACCAUCGGCAUGGGCGACCUGGAGAUGCUGAGCAGCACCAAGUACCCCGUGGUCUUCAUCAUCCUGCUGGUGACCUACAUCAUCCUCACCUUUGUGCUGCUCCUCAACAUGCUCAUUGCCCUCAUGGGCGAGACAGUGGGCCAGGUCUCCAAGGAGAGCAAGCACAUCUGGAAGCUGCAGUGGGCCACCACCAUCCUGGACAUUGAGCGCUCCUUCCCCGUAUUCCUGAGGAAGGCCUUCCGCUCUGGGGAGAUGGUCACCGUGGGCAAGAGCUCGGACGGCACUCCUGACCGCAGGUGGUGCUUCAGGGUGGAUGAGGUGAACUGGUCUCACUGGAACCAGAACUUGGGCAUCAUCAACGAGGACCCGGGCAAGAAUGAGACCUACCAGUAUUAUGGCUUCUCGCAUACCGUGGGCCGCCUCCGCAGGGAUCGCUGGUCCUCGGUGGUACCCCGCGUGGUGGAACUGAACAAGAACUCGAACCCGGACGAGGUGGUGGUGCCUCUGGACAGCAUGGGGAACCCCCGCUGCGAUGGCCACCAGCAGGGUUACCCCCGCAAGUGGAGGACUGAUGACGCCCCGCUCUAGGGACUGCAGCCCAGCCCCAGCUUCUCUGCCCACUCAUUUCUAGUCCAGCCGCAUUUCAGCAGUGCCUUCUGGGGUGUCCCCCCACACCCUGCUUUGGCCCCAGAGGCGAGGGACCAGUGGAGGUGCCAGGGAGGCCCCAGGACCCUGUGGUCCCCUGGCUCUGCCUCCCCACCCUGGGGUGGGGGCUCCCGGCCACCUGUCUUGCUCCUAUGGAGUCACAUAAGCCAACGCCAGAGCCCCUCCACCUCAGGCCCCAGCCCCUGCCUCUCCAUUAUUUAUUUGCUCUGCUCUCAGGAAGCGACGUGACCCCUGCCCCAGCUGGAACCUGGCAGAGGCCUUAGGACCCCGUUCCAAGUGCACUGCCCGGCCAAGCCCCAGCCUCAGCCUGCGCCUGAGCUGCAUGCGCCACCAUUUUUGGCAGCGUGGCAGCUUUGCAAGGGGCUGGGGCCCUCGGCGUGGGGCCAUGCCUUCUGUGUGUUCUGUAGUGUCUGGGAUUUGCCGGUGCUCAAUAAAUGUUUAUUCAUUGACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1329.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1383.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 681.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((.(((.....)))))((((((((((..((.((((((((.(((..((((.(((.(((((.((((((((((..(.(((..((((((((((((((((.....)))))).(((((((((((((........(((..((((.((((((((((((((((((((((...........(((((((((..........((((((((((.....))))))))))(((((..((((((....))))))..((((((((((((((((((.(((........))).))).........((((((((.((....))))))))))....(((((((......(((.((..........)).))))))))))))))))))))...((((((.....((((((..((((......))))(((((...(((((.......)))))......))))).(((((..((....(((((((((....((((..((((((((............((((.((((.((((((...........((.(((((.........(((((((..((((.((((....((((((((((.((.((((.((..........)).).)))....(((((.(((........))).)))))...(((....((((((((.........(((....(((((((((.......))))).))))))).........))))))))..)))(((..(((((((((......)).......(((((((....))))).))..)))))))..)))....)).))))))).)))...(((((..(((......)))..).)))).....((((.((....)).)))))))).))))..))))))).......))))).))((((..........)))).)))))).)))))))).......))))))))..))))....(((.(((((.(((.(((....((.(((.......((((......))))((......))........)))))...))))))))))))))..(((.(((..((((((.((.((((((((((((((((((((((((((.....(((....))).....)))))).......(((.....)))(((((.((.((.(.(((((((.((((.(((.(((....)))((((((((...........))))))))..((((.((.((........)).)).))))....(((((.((((((((..(((((...((((((((((((.((((((((.((((((((((.(((((((((((((((..((.((((((((..(((((((((....((((........(((((..((((((........))))))))))).((((.....))))(((.((.(((...))).)).)))............))))))))))))).))).)))))))..))))))..))))))))).)))......((..(((((((.(...............))))))))..)))))))))))....)))))))))).))).))))).....((((((((.((..((..(((((..((.(.......).))..)))))..)).)).))))))))((((..(((((.(((...((((..((.((((((((((.(((((((..((((.........))))..)))))))(((((((((((.((....)).)))))..(((((((......))))).))((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((..((((..((((((((((((.((((.....)))).....(((((((((((.......))))(((((.(((((....((..((.(((((.(((....))).)))))))..))..))))..).)))))(((((...)))))))))))).....)))))))))).......((((((((((.((...(((.((....(((...((((((.((((.((.((((((((....)))))..)))...))..))))...)))))).)))....))))).........(((((((((((.((((.((((.(((((..........)))))...))))..))))..)).))))))))).(((((((...((..(((((((((.(((......(((((..((((((......)))))).....)))))......))).)))))))))..)).(((..((.((((((....))))))))..)))..)))))))..)).))))))))))..))..)))).))))).((((....))))...((((((......(((..((((((.((......)).)))))).....)))))))))))))))))))))).((((....))))))))((((((((((....)))).))))))..)))))))))))))))..(((((.((....))))))).....))))))....))).))))))).)).)))).)))))))).))))......(((..(((((.....)))))..)))..(((.((((((((((.....))))))).))).))))))))...))))..)))).)))))...)))..)))).))))).))).)).))))))).((((...))))...))))))))))))))).(((.....))))))..)).)).)))).))..))).)))....(((.(((.....))).))).)))))))))....))..)))))))))))...)).))))))))).((((.(((((((.....................)))))))))))))))).)))).))))).(((((((.((((.(((....))).)))))))))))...))))))))).)))))))))(((((((..(((....((.((((((((...))))).....))).))..))).))))))).))))))))..))))))))...))))))))........)))))).........))))....))).)..)))))))))).(((..((.(((((..(((((.(((......)))))).)).))))).))))).(((((((((((....((((...(((((((..((((..(((....)))..)))).))))))))))).)))))))))))....((((((....)))))).))))).))).))))))).))))))))..)).)))))(((((.(((....))).))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........((.(((.....)))))((((((((((..((.((((((((.(((..((((.(((.(((((.((((((((((,,(,(((..(((((((({,((((((.....)))))).((((((((((,,(.{{{....((({.((((.((((((((((((((((((((((....{({({{,{{((((({(((..,{,{..{(((((((((,....}}}))}}))||||||..{(((((..,,||||||,,({{{{{{{{{{||||{{|,|||,.......})}.))}.........((((((({{((....))))))))))....{{{{{((..,,,,(((.((.........,||,|||}}}|}|}|}}}|}}}}}..,|,,||||||,.,|||||||((((..,,..,))){{{{{...(((((.......)))))......}))}||(((((,.{(....((((((((({{..((((..((((((((.....{......{(((.((((.((((((...........,{.(((((.........(((((((..((((.((((,...((((((((((.((.((((.(({{,,..,,{{|,.|.,,}.},,|{(((.(((........))).))))},{|{,,..,}|{((((((.{....,..{((....(((((((((.......))))).))))))}.......,.)))))))}.|||{(({..{((({{{||},.,},)).....,,(|(((({....})))}.))},))))))}..}}},...)).))))))).)))...(((((..(((......)))..).)))).....,(((.({....}).)))))))).))))..))))))).......))))).}|((((..........)))),)))))).)))))))}.......))))))))..))))..}}(((.(((((.(((.(({....{{.(((.......((((......))))((.,....}|,....,..)))))...})))))))))))))..(((.(((..((((((.((.(((((((((((((((((((({(((({.....(((....)))...},))}))},......||,.....}},{((((,({.{(.(,((((((({({((.{{{.(((....)))((((((((..........,))))))))..((({.{{.((..,,,,,,|}.}}.})))..,.(((((.((((((((..(((({,..((((((((((((.((((((((,((((((,(((.(((((((((((((((..((.(((((((((,(((((((((....{(((......,.(((((,,((((((....,,.},))))}))))).((((,...,)))){{{.((,(({...}}}.}}.)})},.....,},},))))))))))))))))).)))))))..))))))..))))))))).))).},...||..(((({{{.|.,,............}})))))),.,,,})))))))....)))))))))).))).))))).....((((((((.((,{({..{{((({,({......,,.|..,..))))),.}}.)).))))))))((((..(((((.(((...((((..((.((((((((({.(((((((..((((.........))))..)))))))(((((({((((.((....)).)))))..{,{((((......))))}.}}((((((((((((((((((({((((((((((((.(((((..((((...(((((((((((.((((.....))))..,{.(((((((((((.......))))(((((.{((((....{{..((.(((((.(((....))).)))))))..}}..))))..}.)))))(((((...)))))))))))).,,.,))))))))))}.,....((((((((((.{(...(((,{{....(((...((((((.((((.{{.((((((((....)))))..)))...},..))))...)))))).}})....)))}}.........{,(((((((((.((((.{(((.{{(((..........}}))}..,)))}..))))..)).))))))))).(((((((...,,..(((((((((.(((......(((((..{{{(((.,....,))))).....)))))......))).))))))))),,|,.{.({.((.((((((....)))))))},})))}}))))))).,)}.))))))))))......}))).))))).((((....))))...(((({,....((({(..((((((.({......}).)))))).....})}))))))))))))))))))}.((((....)))))}},((((((((((....)))).)))))).,)))))))))))))))..((((({(,...})}))))).....))))))....})).))))))).)).)))).)))))))).)))).....,({{..{{{{|.....|}|||..|||.,(({.((((((((({|...}))))))).})),)))}))))...)))),.,))).)))))...}))..)))),))}))}))),})}),))))},((((...))))}..))))))))))))))).(((....,))})),.,)).)).)))).))..))).)))....(((.(((.....)))|))}.)))))))))....}}..})))}}})))}}},)}.},))}))))}|||},}||||||||..,.,,})))}}}},.,})))}.)))))))}))))},,)).))))).(((((((.((((.(((....))).)))))))))))...)))))))))})})))))))(((((((..(((....((.,{{(((((...))))).,...})).,,..))).))))))).))))))))..)))))))).}}))))))))........,}}}}}.,,......)))).},.))),}..)))))))))),(((..((.(((((..(((((.(((,...,,))}))).)).))))).))))).((((((((({{..,,((((...(((((((,(((((,,{{{....))),.)))),))))))))))}.)))))))))))....((((((....)))))).,)))).))).))))))).))))))))..)).))))){((({.(((....,}}.))))}))))}
Back