Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021634.4
Sequence Length
3686 nt
GC Content
0.3644
AGAAAUAGCACACAACCACUGUGAGCUGUAUGCGAUUCAGAAACCAAGACCAAAUUUUGCUCACUUUCAUUAAUCAGUUGCUCAGAUAGAAGGAAAUGACAUCUGGUUCUGUCUUCUUCUACAUCUUAAUUUUUGGAAAAUAUUUUUCUCAUGGGGGUGGACAGGAUGUCAAGUGCUCCCUUGGCUAUUUCCCCUGUGGGAACAUCACAAAGUGCUUGCCUCAGCUCCUGCACUGUAACGGUGUGGACGACUGCGGGAAUCAGGCCGAUGAGGACAACUGUGGAGACAACAAUGGAUGGUCUCUGCAAUUUGACAAAUAUUUUGCCAGUUACUACAAAAUGACUUCCCAAUAUCCUUUUGAGGCAGAAACACCUGAAUGUUUGGUCGGUUCUGUGCCAGUGCAAUGUCUUUGCCAAGGUCUGGAGCUUGACUGUGAUGAAACCAAUUUACGAGCUGUUCCAUCGGUUUCUUCAAAUGUGACUGCAAUGUCACUUCAGUGGAACUUAAUAAGAAAGCUUCCUCCUGAUUGCUUCAAGAAUUAUCAUGAUCUUCAGAAGCUGUACCUGCAAAACAAUAAGAUUACAUCCAUCUCCAUCUAUGCUUUCAGAGGACUGAAUAGCCUUACUAAACUGUAUCUCAGUCAUAACAGAAUAACCUUCCUGAAGCCGGGUGUUUUUGAAGAUCUUCACAGACUAGAAUGGCUGAUAAUUGAAGAUAAUCACCUCAGUCGAAUUUCCCCACCAACAUUUUAUGGACUAAAUUCUCUUAUUCUCUUAGUCCUGAUGAAUAACGUCCUCACCCGUUUACCUGAUAAACCUCUCUGUCAACACAUGCCAAGACUACAUUGGCUGGACCUUGAAGGCAACCAUAUCCAUAAUUUAAGAAAUUUGACUUUUAUUUCCUGCAGUAAUUUAACUGUUUUAGUGAUGAGGAAAAACAAAAUUAAUCACUUAAAUGAAAAUACUUUUGCACCUCUCCAGAAACUGGAUGAAUUGGAUUUAGGAAGUAAUAAGAUUGAAAAUCUUCCACCGCUUAUAUUCAAGGACCUGAAGGAGCUGUCACAAUUGAAUCUUUCCUAUAAUCCAAUCCAGAAAAUUCAAGCAAACCAAUUUGAUUAUCUUGUCAAACUCAAGUCUCUCAGCCUAGAAGGGAUUGAAAUUUCAAAUAUCCAACAAAGGAUGUUUAGACCUCUUAUGAAUCUCUCUCACAUAUAUUUUAAGAAAUUCCAGUACUGUGGGUAUGCACCACAUGUUCGCAGCUGUAAACCAAACACUGAUGGAAUUUCAUCUCUAGAGAAUCUCUUGGCAAGCAUUAUUCAGAGAGUAUUUGUCUGGGUUGUAUCUGCAGUUACCUGCUUUGGAAACAUUUUUGUCAUUUGCAUGCGACCUUAUAUCAGGUCUGAGAACAAGCUGUAUGCCAUGUCAAUCAUUUCUCUCUGCUGUGCCGACUGCUUAAUGGGAAUAUAUUUAUUCGUGAUCGGAGGCUUUGACCUAAAGUUUCGUGGAGAAUACAAUAAGCAUGCGCAGCUGUGGAUGGAGAGUACUCAUUGUCAGCUUGUAGGAUCUUUGGCCAUUCUGUCCACAGAAGUAUCAGUUUUACUGUUAACAUUUCUGACAUUGGAAAAAUACAUCUGCAUUGUCUAUCCUUUUAGAUGUGUGAGACCUGGAAAAUGCAGAACAAUUACAGUUCUGAUUCUCAUUUGGAUUACUGGUUUUAUAGUGGCUUUCAUUCCAUUGAGCAAUAAGGAAUUUUUCAAAAACUACUAUGGCACCAAUGGAGUAUGCUUCCCUCUUCAUUCAGAAGAUACAGAAAGUAUUGGAGCCCAGAUUUAUUCAGUGGCAAUUUUUCUUGGUAUUAAUUUGGCCGCAUUUAUCAUCAUAGUUUUUUCCUAUGGAAGCAUGUUUUAUAGUGUUCAUCAAAGUGCCAUAACAGCAACUGAAAUACGGAAUCAAGUUAAAAAAGAGAUGAUCCUUGCCAAACGUUUUUUCUUUAUAGUAUUUACUGAUGCAUUAUGCUGGAUACCCAUUUUUGUAGUGAAAUUUCUUUCACUGCUUCAGGUAGAAAUACCAGGUACCAUAACCUCUUGGGUAGUGAUUUUUAUUCUGCCCAUUAACAGUGCUUUGAACCCAAUUCUCUAUACUCUGACCACAAGACCAUUUAAAGAAAUGAUUCAUCGGUUUUGGUAUAACUACAGACAAAGAAAAUCUAUGGACAGCAAAGGUCAGAAAACAUAUGCUCCAUCAUUCAUCUGGGUGGAAAUGUGGCCACUGCAGGAGAUGCCACCUGAGUUAAUGAAGCCGGACCUUUUCACAUACCCCUGUGAAAUGUCACUGAUUUCUCAAUCAACGAGACUCAAUUCCUAUUCAUGACUGACUCUGAAAUUCAUUUCUUCGCAGAGAAUACUGUGGGGGUGCUUCAUGAGGGAUUUACUGGUAUGAAAUGAAUACCACAAAAUUAAUUUAUAAUAAUAGCUAAGAUAAAUAUUUUACAAGGACAUGAGGAAAAAUAAAAAUGACUAAUGCUCUUACAAAGGGAAGUAAUUAUAUCAAUAAUGUAUAUAUAUUAGUAGACAUUUUGCAUAAGAAAUUAAGAGAAAUCUACUUCAGUAACAUUCAUUCAUUUUUCUAACAUGCAUUUAUUGAGUACCCACUACUAUGUGCAUAGCAUUGCAAUAUAGUCCUGGAAGUAGACAGUGCAGAACCUUUCAAUCUGUAGAUGGUGUUUAAUGACAAAAGACUAUACAAAGUCCAUCUGCAGUUCCUAGUUUAAAGUAGAGCUUUACCUGUCAUGUGCAUCAGCAAGAAUCAUAGGCACUUUUAAAUAAAGGUUUAAAGUUUUGGAAUACUCAGUGUAUUUGCAUCAUAGAAAAUGUCUGACUGUUUGCAAAAUAAUAUUCUGUUUUAAGAAUCCAUCUUACCUCUCUUUAAGUUUCCAUACACUUGAGAGCCAACACAACAUAUUUAUUACUAAAAAGAUGCUUUGCUAGAAACUCAAAAACAGCACUUCUUUUGGCACUUCCUGCCCAGUUUUCUCUUUGCUUUAAAUGAACAUCAUCAUAUGGAAUUGGAAUAGGAGAGUAUGAGUACGGCAGAGAAGUGGAUCAGAAAAACUAGAAUGAGGAUAAACAUUUACAUUAGUGGAAACUCCUGAAAUAAAUCCUUGUAUUGUCAGUUAACUGAUUUUCAACAAGGAUGCCAAGACAAAAAGGCUUUUCAACAAACCGUGCUGUUUUAAGAACAGACCUAAGUGGUUUAAUUCACCCACUUUAGAUGGGUGAAUGUUAUGGUGUGUGAAAUAUCUCAGUAAAGCAGUUAAAAGGAAAAAGAGCUGGAAUGCACUGAUUCAGGAACUUAAUUUCAGGAAGGAAAGGUCUGUAUGUACACAUUUCACUUUAAGCAGAAAAUCUUUCUUCAAGAAAUGACUUUACUUUCUCUUUGCACUGCCAGCACGUGAGAUACUAACUUUUUAACUAGUUGUUCUUCUCUAGUCUCUACGUUAUUAGAAUUUUUUGCUUUCAUAAUGUGAAACCUUUAAGCAGGAGAAGAAAAUGUUUUCAGAUAGUUUCAAAUACACCAAAAAUGUUUGAAACACAAAAAUACUGGAAUCAAACCAUAAUGCACUUAUUGAAUAUAUAGUUGUAUAGAUUUGUUCUGAAAAUAAAUUAUCUGAAAUUUAACUAUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-894.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -968.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 1068.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.((((.....)))).)))))......((((((.....(((.((((((((((..(((....(((((.(((.((..(((((((((((...((((........))))))))))))..)))..(((((((((((((((((((.(((((((((((((..(((.((((.((.(((..((((((..((((((.((.(..(((((....(((((..((....))....))))).....)))))...).)).).)))))...)))))).))).))...(((((((((...........)))))))))..(((.((((...)))).)))...........)))).)))........((((((((((.(((((......)))))(((((((((((.(((...((((.....))))...))).)))))).))))).(((.((((((.....((.....))......)))))).)))...(((((......))))).((((.(((((((.......))).))))..)))).)))))))))).......(((((((.......(((....))).......)))))))..)))))))))))....((((((((....))))).)))........((((.....))))((((.((((....(((((((((((((..(((((((((..(((...(((((((((((((((((((..(((((.(........)))))).((((((.....(((........)))...))))))........((((((.(((((((...((((........)))).....((((((.(((((((........((((((((.......(((((((.(((((..((((...........(((((((....((((.((((.(((((((((((......)))))..........))))))...))))))))...)))))))..........)))).....(((((...)))))((.((((((((((((((......(((((.((........((.((((...((((......)))).)))).)).....)).))))))))))).)))))))).))...................((((((......)))))).)))))..)).)))))..(((((((((.(....((((((((((......)))))))).)).......).))))))).)).............((((((((((.(((((((.......))))).)).).(((.(((.......)))))).))))))))).(((....)))...)))))))).........)))))))..)))))).((((((((..(((((((.((......)).)))............))))))))))))..))))))).))))))((((((((...((.(((.......(((((.((((((((((....((((((.((.(((((....))))).......(((((((((...)))))))))..........)).)))))).)))))))...))).))))).....))).)))))))))).......))))))))))))(((((((((((..((((...)))).....)))))))....))))........((((((((((((((.(((.((((((((((......((((((((((((((.......)))))).........(((((((((((......(((((.(((((((((((((.((.(((((..............))..))).))..))))))))).(((((((((((((.....))))........((((((((.((....(((.(((((((((((...(((((((.........(((((((((((.(((((.(((.........(((((.((((((..(((((.(....((((((((((((((..(((.(.(((((((..........((((.((((((((............)))))))).))))..)))))).).).))).))))).(((....))).....(((((((((....)))))))))....((((....))))((((......))))..(((((((.(((....))))))))))......)))))))))........).))))).(((((((.(((((((....................)))))))(((....)))...((.(((...))).)).........)))))))....))))))))))).......)))))))))))))))))))...)))))))))))).)))))).)))...))..(((..(((((((......))))))).))).......((((.......))))((((..((((..(((....)))(((((((...(((..((((((((......))))))))))).)))).))).(((((..((((((.......))))))..))))).((((((..((.....))..))))))........))))..))))...............)))))))).......)))))))))....((((((.(((((.(((......))).)))))))).)))...........)))).)))))))))))..)))))..))))))))...))))))))))..)))...(((..((((((((((......))).)))))))..)))..))))))))))))))..........(((((((((.((((....))))...((((......))))))))))))).........((((((...))))))...))).)))).)))..)))))).))).)))((((((....))))))...(((((((.(((...((((((((((((((.((((((.....))))..))..))))).......((((......))))((((((((.((((((((.((((........))))))))).............................(((((((((.((......((((((((((...(((((((((((((((((.......((((((..(((.(((...(((......)))..))).)))..)))))).........))))).))))))..)))))).........(.((((....((((......)))).....)))).).....((((((((...(((((....))))).....))))))))(((..........))).............))))))))))......(((((.....))))).(((((((((.......))))))))).....(((((.....))))))))))))))))......)))...))))..)))))))))))))))).)))))))...)))))))))).....))))))))..((((((.......(((((((((((.(((((...)))))..................((.......))((..((((...(((((........)))))....))))..)).((((......)))))))))))))))....))))))...(((......))).)).)))))))))))).....((((((((((.........)))))))))).)))))))..(((.......)))....))))).)))))......))).))).))))))).)))............))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((.((((.....)))).)))))......((((((...,,{({.,,..|||||{{{(({,{((((((.(((((((.(((.((((.((((((((,,.,,,{{{(({{|||(|{({{,,||......,,{{(({{{,..|||||{{{{{{(({,|||,|||||((((((,..,,.}|||||,..{{{{||,||}}}}|,,,,....(((((..((....))....))))).....)))))|||||}}.},|}}}},,}}|||||{{{|{|{...(((((((((..,........)))))))))..,||.{{,,.,,{|||.,{({{{........))))}....,,.....{{(((((((({(((((......}))))(((((((((((.(((...((((.....))))...))).}))))),})))).(((.((((((.....{{,...,))...,,.)))))).)))...(((((......))))).((((.(((((((.......))).))))..)))),})))))))}}........(((((({{{{{{{...{{{{||.........{{{|....,,,}})),,},....(((({(((.,{{|||||,||,........,|||}...}))))}....{{({....,,|||||||||||))}}))}}}})}}}||},{((((({({({{{{(((({{...,{{{,|....}},,,))))))((({{{..,,,,,,........}))...|}}}}}........|{||||}||||||}},.,,{|}}},}}..})},.,{{,((((((.(((((((......,.((((((((.......(((((((.(((((.{((({....,,.....(((((((..,,({{{.{{{,.(((((((((((......)))))..........))))))...}}}.}})),..)))))))....,,,...})))...,,(((((...))))),|,((((((((((((((,....,(((((.,..,,,|,..{{.((((...((((......)))).)))).}}.....}).}}}}))))))).)))))))).},{,....,,..,........{(((((......)))))}.)))))..}}.))))).,({(((((((.{....((((((((((......)))))))).)).......,.))))))),},.............(((((((((..,,((({({{.{{,,}},}}.},.,.|||.|||,.,,,..))),}}.))))))))).,{{....}},...)))))))).,.......)))))))..)))))).}}||(((.{{(((((....}}}}...))}.})}...,{{.{{{..|||||||||||...,,,)))})}}||..,,,,||}}}})}.}}}.}},}))))))}.))))))).)|,))))).})))))}|{{{{....|||||,|.|.,,(((((((({...}))))))))||{|,||,},,,.}},||.{{,(|{(,(({{{{.{((({{{{{{|||,{{|,,|||||{{{{{,,||||||||||||{{{{{({{(({{,((({...||||.....,}|||||.,,.|||}...,,,,,(((({({{({{{{,.,,{.|||||||||{,,.,,.{{{,||||||||{{.....,,))})))||{|,....,))}},,{{({{,{{,{{{{(({(((,(((((((((.((.,{,,(...,,,....,},.,,.}))}.))..))))))))),((((((,,(((((.....)))))....},,|}}}|{{|,||}},.{{{.(((((((((((...(((((((.........(((((((((((.(((((.(((.........((((,{((((((,,({{((,(,,..(((((((((,{{{,,,({(.{,{{{{{{{{{,,,,,.{{{....{(({{,,|,},}}}....,,},},.}))}),},..||||}}.,.),))).}}})).||(....}}}.....(((((((({....}))))))))....((((....))))((((......))))..(((((((.{({....})})))))))......)))))))))....,,..,.}}}},.(((((((.(((((((...............,....))))))){{,....}}}...{{.{{{...))).)).........))))))).,,.))))))))))).......)))))))))))))))))))...))))))))))))}}))))).}))}}}))}|(((..(((((((......))))))).)))..{{{..((((.......)))).|||..((({..((((((...((((({({.....,|||,,(((((......))))))))))...)))))))}||{{{..((((((.......))))))..}}}}}...,,,,...,,..,,||||||....})))))}}))))}}))))............,,.,|||||||{|{....})))}}})}.,||{,{{,..{{{{{,{{{,,,,.,||{{|},||||,..,,.{{{{{|{{{.,,..|||,,,{{{||,.{{{{{,{{|,||||||{{,|,|||,||||{{|||...(((..((((((((((......)))},))))))..)))..|||||||||,||||...{{{{...((((((((({((((....}))}...,{{{......)}})))))))))).....,,,.{,,{{{,|,}))}}}{{{{{,.||(({.,,.})).,,,..))}))}{(((({,,,,,}}}))}}}|||||{{{((({{{,,,,,||||||,||..,,,|}}}...))))}))))}))),,,.....,{(((......)))}}...,|||..{{(((,,,((((........)))))))))...,{{{,.{{{,.......,{,.,,{{.,{||||{,|,|,...,..((((((((((.,.((((({(((((((((((...(,{{((((((..(((.{((...{{{......}))..}}},,},.,)))))).,.)}....))))).))))))..,})))).....,,..{,((((....{{({......)))).....)))).}.....((((((((...(((((....))))).....))))))))(((..........))).............))))))))))..,...(((((.....))))}.(((((((((,....,.)))))))))..}}}),}}))),...,,,))))))))))))}}}...,))}}}),))}.}}))))),))))),,,,))},)))}}}))),}||||||,,,,|||||}||....,,,,,,....,|,|||||,,,|}}}}}},,.,}}}},}....}})))))).)))}})))))}})),,,}|||{...{((((........))))),,,,||||{.|},||||,,..,.}}}},||||||||||{{{|,,.)))),......,}))))))))}}}}..|{{(((((({..((((((((((.........)))))))))).,........(((.......))}..{{({(|{{{{.......},)),})))).,,}}}},)))))))))}.....))))))................
Back