Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021706.5
Sequence Length
4824 nt
GC Content
0.5033
AGUUGCUGUGGAAGCCCCAUAGGCAGGAGGCCCCCGGGCAGCACAUCCUGUCUGCUUGUGUCUGCUGCAGAGUUCUGUCCUUGCAUUGGUGCGCCUCAGGCCAGGCUGCACUGCUGGGACCUGGGCCAUGUCUCCCCACCCCACCGCCCUCCUGGGCCUAGUGCUCUGCCUGGCCCAGACCAUCCACACGCAGGAGGAAGAUCUGCCCAGACCCUCCAUCUCGGCUGAGCCAGGCACCGUGAUCCCCCUGGGGAGCCAUGUGACUUUCGUGUGCCGGGGCCCGGUUGGGGUUCAAACAUUCCGCCUGGAGAGGGACAGUAGAUCCACAUACAAUGAUACUGAAGAUGUGUCUCAAGCUAGUCCAUCUGAGUCAGAGGCCAGAUUCCGCAUUGACUCAGUAAGAGAAGGAAAUGCCGGGCUUUAUCGCUGCAUCUAUUAUAAGCCCCCUAAAUGGUCUGAGCAGAGUGACUACCUGGAGCUGCUGGUGAAAGGACCCACGCAGAGGCCGUCGGACAACAGUCACAAUGAGCAUGCACCUGCUUCCCAAGGCCUGAAAGCUGAGCAUCUGUAUAUUCUCAUCGGGGUCUCAGUGGUCUUCCUCUUCUGUCUCCUCCUCCUGGUCCUCUUCUGCCUCCAUCGCCAGAAUCAGAUAAAGCAGGGGCCCCCCAGAAGCAAGGACGAGGAGCAGAAGCCACAGCAGAGGCCUGACCUGGCUGUUGAUGUUCUAGAGAGGACAGCAGACAAGGCCACAGUCAAUGGACUUCCUGAGAAGGACAGAGAGACGGACACCUCGGCCCUGGCUGCAGGGAGUUCCCAGGAGGUGACGUAUGCUCAGCUGGACCACUGGGCCCUCACACAGAGGACAGCCCGGGCUGUGUCCCCACAGUCCACAAAGCCCAUGGCCGAGUCCAUCACGUAUGCAGCCGUUGCCAGACACUGACCCCAUACCCACCUGGCCUCUGCACCUGAGGGUAGAAAGUCACUCUAGGAAAAGCCUGAAGCAGCCAUUUGGAAGGCUUCCUGUUGGAUUCCUCUUCAUCUAGAAAGCCAGCCAGGCAGCUGUCCUGGAGACAAGAGCUGGAGACUGGAGGUUUCUAACCAGCAUCCAGAAGGUUCGUUAGCCAGGUGGUCCCUUCUACAAUCGAGCAGCUCCUUGGACAGACUGUUUCUCAGUUAUUUCCAGAGACCCAGCUACAGUUCCCUGGCUGUUUCUAGAGACCCAGCUUUAUUCACCUGACUGUUUCCAGAGACCCAGCUAAAGUCACCUGCCUGUUCUAAAGGCCCAGCUACAGCCAAUCAGCCGAUUUCCUGAGCAGUGAUGCCACCUCCAAGCUUGUCCUAGGUGUCUGCUGUGAACCUCCAGUGACCCCAGAGACUUUGCUGUAAUUAUCUGCCCUGCUGACCCUAAAGACCUUCCUAGAAGUCAAGAGCUAGCCUUGAGACUGUGCUAUACACACACAGCUGAGAGCCAAGCCCAGUUCUCUGGGUUGUGCUUUACUCCACGCAUCAAUAAAUAAUUUUGAAGGCCUCACAUCUGGCAGCCCCAGGCCUGGUCCUGGGUGCAUAGGUCUCUCGGACCCACUCUCUGCCUUCACAGUUGUUCAAAGCUGAGUGAGGGAAACAGGACUUACGAAAACGUGUCAGCGUUUUCUUUUUAAAAUUUAAUUGAUCAGGAUUGUACGUAUUCAAGGUGUAAAAUGUGAUAAUUUGUCGUACACGUACAUUGUGCAAUGACAGUCACAAUCAAUUCCUCAGCGCACCCAUCGCCACAGAUACGAUACAUUAGAUAUUCUGAACUUGCUCAUCUUAGGACUUCACAUUGGUGUCAGUGUUUUCUGACAAAUCACGUGUAUCAGGAAUGAAUGAGGGAGGUGUGGCUGGGUGAAGGCAGAGAGCCGACCCUACAGGUCCACAUCUGCACAUACAUGCACAGGAAUGCAUGCUCUCACACACAUGCAUACACACACGCACACACACAGACAUGCACAUACACUCACACGCCCCAGGAAAUCCAAGGAAUCACUGAGCCUGCUGUUGGUUGAGGCAUUUCUGAGUAUCCACCCUACCUGUAGGGUCAGAUGUACUGAUUGACACAGAAAAUUACCCUAUGUACCACUAGGAGGCGGCAGAAUCUCAUUUGGGUUAAUCUGUGUUUGUCUUUAAAAAACAAAAACAGGCCGGGCAUGGAGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGUGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGGAGGAGAAUGGCGUGAACCCGGGAGGCGGAGUUUGCAGUGAGCCGAGGUGGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAUUUUUAAGAAUUCAGCAAAAACUCAGCCAGCUCUUUCUAUGGGGCAGUUGCUAAUUUAGUUCUAGGCAAACGUGGACACAUUAAAUUCUCCUACAAACCCUCCACAGCGUGCUCUAUUAUUUUCCUCAUUUAUAAAAACAGAAACUAUGGACCGAGACAUGAAGUAACCUGUCCAAGGUCGGCCAAGUCUCAGAGACAGGGGCUUCAGACCCACCUGAGGCUCCUGACUCCACAUUAUGAACCCCGGGAUGGGCUGCAGCUCGGUCUGCUGGGAGGUUUCUGUGCUGGUUCAAAGAGGGUGGUACCUGACUGGCCUACCCAAUUUUAAUUUGUACUGAGCUUUAAUUUUCUAUUUGUGCUCAGGUUUAAUUUCCUCCUGGGAUCUGCUUCCCAGUGCUGUACUCUGUAUCUUUGCUUUCUUGUGUGAACAUUGUGACCGAUUUUCCCUGUUCUUCACGUGGGACACAUUCUCCCUGCUCUGUCUGUCUCUGUCCCUGUCUCUCUUUCUGUCUUUCUCUCUCACUGUGUGUCUCUCUGUCUCUCUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGCAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACCACCACACACGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUGUUAGAGACGGGGGGCUCUCCAUGUUGCUCAGGCUGGUCUUGAACUCCCGACCUCAGGUGAUCUGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUCCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGUCCAGCCGUCUUUGUCUCUUUUUCUACAUCUCUGUCUUUCUUCUCUGGUUGUUUUUCAACCAUCAGCUGGGUGUUUUCUCCCAUAACGUCUUGUUUGUUUGACUAUGAGGUUGACAGGUGGGUACAUGAACUCUAUAGCAGAAGGUGGACAGUCUGCACAUAGCAGAGGAUGGGUGAAUUUUUCUACCCCUUGCAGAGCACAGGAGAGCUGAGCAGAUGCCAGUGUCUGCUCCAGUGUAAGGAAGUCCAGGAAGUUCAGGUGGUGAGGUCACAGUGGAAAGCAGGACAGAUAGAGUUUAGGGGAAAUUAAGCAAAAAUACCACACUGUUAUUUCUUGACAUAUUAGUGGAAAGAGGAAGGGCCCAGAGAGAAGACAGAAAAUUAGAUGCAGGGGCUUGUUUUUUCUCUUGACUUGCCAACCCGCCCAACGCAGGGGCCAGAACUCAGGGUGGUGAGAUCUGGGAACAUUGCUGUGCGGAGAAGAUGUCCCUCCUGCUGCACGGGCCCCCAAGCACCACCUGGGGGAAGAGCCAUGUUUAAUUCACCUGGCAGUGCAGUGUGGCCAGGCAGAGAGGGAGGGCCUACCCUGUGCUUAUGAUCCCACCCCAGUUCCCCUGGGGUGUGCCCUGGCGGUGAACACCAGGAGGCUGCAGUGGGGCCCAACGUGAAAGGGAGGAGCAGCCUCACCGGGGCCAGAUGGGGCAGCAGCAGAUAUUCACAGAUGUCCCUGUGAGUAACCAGGGCAGAGGCCAGGGGUCUGGCCUUCCCUUUCUUGGAGCCCUGGGCCAGCUGGGCAAGGCGUUGAGAGAAAGAUUACCCGGUGACCUUUAUCAAAGCAGAGUAAGGAGGGCUUUAUUCAGAACCAUCACUGUAGGUACCAGGACCCCAGCGGUGGGAUUUUGUAGUAGGGGAAAGAAAAUGGGCUCGACGUUGAAUACAGCAUGAACAAGUGAGAAUGUUUGUUAUACAAACUAUAGGGUGGACUUUUUUUUUCUUUUUUUUAACUUUUUUUUACCUUUUAGUGUAAAACUGAACAUAGAAAAUAAAUUCAUGAAGAAGGGAUAUUUUCUGAGGGUGUCCAGGGCUGCCCAACACCUCGUCUACCUUCUCUGUCAUAGCCCCAUUUAAAACACUCUCUCUGGAUGAAUACACCAAACCUCACAGUCUUUGCUCUCUUGCUAGGAAGAGGAGCAAGAGCGUGUUUCACUCUUGGCUCCUGCUUACACACCUGCUGUCCAAUGGAAACUACUACUUAAGACAUUUAAAAAUAGUUGUGGUGAUAGCAUGUUGUGUUUUGGUUGGUGAUGCCAGUUAGUCUCUGAAAACUUUCUGUGAUGAGUGUAAAAUUCUACACCUUAAUCUCCUUUCUUGUAGGAUCUGGGAAGCAGUAUGCACUUGAUUGCACCAAAGAUUUUACGUUCAUAGAAAAUUUCUGGCAUCUGUGUGAAGAAAGUAAACUAUAUCUUCCAUUUAGACAAAUAAAAUAUCUUUUUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1904.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1982.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 1274.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((((((.....))).(((((.....((((((..(.((((.(((((.((((((((...)))).....(((((.(((...((((((((......)))).))))))).)))))((((((((.((.....(((......((((....))))...)))....)).))))))))......)))).))))))))).)..))))))....)))))...((((((((....(((...(((.((((....))))..)))((((((((.((..(((((((..((((((((..((......(((....)))((((((((((...((((........(((((.......)))))...((.(((((..((((..((((((((....((((.......(((.....)))..))))..)))((((((..................))))))((.....))))))).))))..))))).))(((((((((((((((.(((((...(((((((((((.((......(((((((((.((((((.(((........)))......((((((((((((((...((((((..((((((((.((((((((..(((.((((((.((((((((.(((((((((((((.((...((..............)).))))).....)))))..))))).)))))(((.(((((...(((....)))...))))).)))........))).)))))).))).)))))))).).....))))))).))))))..)))))...(((..(((((((((((((....))))).....))..)))))).))).)))))))))((.(((.(((((((((.....)))).......((((((((....)))))))).....))))))))))((.....))..))))))...)))))........))))......)).))..))))))))).(((.(((((........))))))))....(((((.(((((((.((((((..(((....((((((..(((((...(((((........((((((....).))))).........)))))....)))))..)))))).))).)))))).)))).)))...)))))))))).)))....))).))))))))).))))...))))))))))...........))..)))))))...)..))))))).((((((.(((((.(((..........)))...))))).))))))...)).))))))))..((((.......)))).........)))..))))))))....((..(((..(((((((.................((.(((.((((.((...)))))))))))((((((((..((((..((((((.(((...((........))..((((((((....((((((..(((...(((((((((.............((.((((((..(((((((....)))))))..)))...)))...)).((((.........))))..(((........))).((((((((......)))))).))...(((((...)))))..((((((((((((.(((((......))))).(((((..........)))))((((((((....))))))))............(((((((...((((((.(((...((.((((((...(((((((...)))))))....)))))).))..)))))))))...))))))).........(((((..((((((...........(((((...))))).(((.(((((.(((...((..(((((((((((((......))))))..))).))))...))...)))))))).))).)))))))))))))))))))))))..((((((((((((((.....((((......))))..)))(((((((..........)))))))..............((.((((.((((.((..((..((((.((..(((..(.((....)).)..))).)).)).)).))..))..)))).)))).))..........)))))))))))(((((((..(((.((((((((.....((((.(((........(((..(....)..))))))..))))...)))))))).)))........(((((.((.(((.((((.(((.((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((.((((.....(((...(((........((((..(((((......))))).))))............((((((...(((((........................)))))....))).))).....................(((((((....((((.(((((.((..((.((((.....))))..)))).))))).(((.((((((((((((......)))))))))))).)))...............((((((((..((((..(((...((.((((((.....((((.((((.(((..((((((..((.....)).))))))..))).)))).)))).((((...(((.....)))...))))(((........))).((((((......))))))...........(((....))).....(((((...(((.((((..(((.......)))..)))))))..))))).)))))).)).))).)))).)))))))).))))...)))))))............)))....)))....)))).)))...)))))))))))))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))..)).)).)))))).)))).))))))))).)))).))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))).)))).))))).))))).........)))))))..((((((((((((((((((.....))))).(((.((((((((((((((...((((((((((((...((((((....))))))((((((((((((((..((((...((((.(((.(((((.(((.(.((((((((.(...((((...(((((((((.((((((((((((...((..((((.((....)))))).)))))))...)))))))..(((.(((((((.(((((((((..(((.(.((.....)).)))).......((((((......)))))).....)))))).)))..))))))))))......)))))))))......))))(((((((((((((..........((....)))))))))))))))...........(((((.....)).))).(((((.((((......)))).)))))...).)))))))).).)))...)))))..))).)))).....((((((.(.....).)))))).)))).)))))...)))))))))......((((.(((((.(((((((((((((((((..(((((.((((.......((((((((.....))))))))((((((((.(.((....(((...((((.(.(((((((((..(.......)..))....))))))).).))))...))).....)).)...(((((((((......))))))))).)))))))).)))))))))....))))))))))))))....)))...))))))))))))))))))))).)))))))..)))))))))).............)))).)))))))))((((((((((.(((((.(((..(((......))).))).)))))...........((((......(((((((((.(((((((....))))..........((((..((((((...))))))....((((((((...((((((((((..........(((((((...((((((.....))))))..))))))).........))))))))))..........((((((...(((...))).)))))).)))))))))))).)))..)).)))))))......)))).))))))))))............))))))))).)))))))))))))))))(((((((((((.(.....).))))).))))))....((((((.(((((((........(((((.(((................))).)))))))))))).).)))))...))).))))))..)))).)))))))).....(((((((((...(((((......)))))................(((((((((..(..(((((.........)))))..)..)))))))))..))))))))).....)))))))..)))..))...............))))))...)))........((((.....))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.,,(((({{{..||||||((((((((((..(((((((.((,...}))))))))).(((((,.(((((.((({,((({,((..{((((.(,((..((((({((.((((((,{(((...((((........,}}}}.}}}|..((((....)))).}})))}...))}))))),|}.}},.}}}...)))))}|)},..})))).))))}..{(((..,.(((((...(((((.,{(((.((((....))))..)}}|{{(((((({.((((.((((((.(((((((({,,,..,.{(((....))}|,|((((({{.{{,,({(((,{,,,,....,....}}))),,},..}}}.)}))..(((((((((..((........)).)))))))))...,,,,,((,...,||((((({.....,,,,.........}}}}|}.......|(((((.((((.({,{{{....{{,((((({,((((..(((({,..,{,,(((((,,.(({,....|||.,.,,{{(({,,,..,|}|}},,...))}}}...(((((((({(((((...((((((..(((((({(,((((((((..(((.((((((.((((((((.(((((((((((((,({..,{{..........,...)}.))))}....,)))))..))))).))))).((,({,,{{{{({{,{{,|.,.,,}})))})))..,}}}}.))).)))))).))).)))))))).,....,))))))).))))))..))))}...(((..(((((({{(((((....)))))....,),..)))))).))).)))))))))((.(({.{((((((((.....))))...,,,,((((((((....)))))))).....))))))))))}.)))).))}}.,,.))}}}},)))}}})))..}))))))).....))}.)))))),))}|,|,,|||,.|},}}})))}},,}}....})))}...)))))...}))|.)))))))))||||,..,,((({({(,{{{...{(((((((((,.....{{((({.....{((({,|(((((((((((({|........(((((((|.{{||.||,.||},||||}|||{|||{{{{{||{|||||||||{((((..(((((.....)))))...))))},}|{{{{|{{{{{,||{{{(((((((((((.(((((.(((..........)))...))))).)))))}.,)))},.||||,|||{{((,{{{{..,|||{{.{{{.{{{,.{{((....)}}|,,||||||,(((,,..,,,.,,,.(((..(((((.((.(((.((((.({...}))))))))}),)).)))...}}},....{{((((.{{{(((,.{{{{...(({((({{,,|,,||{..({({,.,,{{{{{(,(((((,,...,,,.}}}}|||,((((({.(((((((....)))))))}.))))}..{{{..,,{((((,....,,,{||||,{(((........))).((((((((......)))))).))...(((((...)))))..{((((((((((({(((((......))))}.||||||}...,,,,.,,,,,((((((((....))))))))..,,,,,,,,,..||||||..,|{{(((,(((,{,,,,(({({,...((((((....{|||||.||{{,,,,,)}))..))))))))),},,},,}},,}}},||,,{{{,,.,||{,{,,},,,,.}}},{{{({...))))}.{{{.||{{{,|||,},|,,,{{,{{||((((((......)))))}.}))),}))).}}))},,}},,)))),))).)))))))))))|||||||||||}..((((((((((((.......((((......))))..||.(((((((..........)))))))..............,{.((((.((((.((..((..{(((.((..(((,,,.((....)).}..))).)}.}).)).})..))..)))).)))).)}.........)))))))))))){{{{{({..(((.((((((((.....((((.(((..,,....{{{,,{.,..}..}}}))}..))))...)))))))).)))....,,,.(((((.((.(((.((((.(((.((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((.((((.....(((,,.(((,,......,(((,.(((((......))))).}}}}||,...,||{..{(((({..|(((({........................})))).|..))).}}}..,...............,,.(((((((,...((((.((((({,(,{({,{(((.....}||}.({{,{{{,..{,(((.((((((((((((......)))))))))))).}}|,,,,,...|{{|{{{.{|||{||{|{,,,,,))))))}))|)),))}}}.,||||}||||.{{{..((((((..((.....)).))))))..}}}.||||.},,|(((((...((,.....}}).,.)))))},...,,...,,..((((((......)))))),}}}},.}})}},,.}}}.))}....,(((.{{{((..(,({..,,....,..})))}.,)))}.((((||,,...}}}},}},..,,})))})).)))),.},.....})}}})).,,,........}}).}},}}}....)))).}})...)))))))))))))))))..)))))))))))))))}})))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))..)).)).)))))).)))).))))))))).)))).))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))).)))).))))).)))))....,,...}})})))||||||,|{{{{{.((((((.....))))))...((((((,((((,,,({{{({{((((,{{((.....|||,,.,}}))})}|{{|||||,,,,,|,}|{||.,}||||}|||.|||||}((({(.,,,,||||,{,.,(((({..,,,{|{{||,(((((({,{{{,..||{,,|||({(({{{{},,,,}})))))))..,))))))).,||}}|||{|||,|||||||{|}}|||...|{}}..}))})),)}}}}}..((((({......)))))).....,,||||.}}},,|}}||||}}||,....)))},))))},..}}))).,,||||{{{||||.....,....||,}}}))))))))))))))}|||||,|||..(((((,,...}}.})),(((((.((((......)))).)))))...},}))})))).)|)},...)))))}}))).)})),},,.((((({.{.....,.)))))).,}}|,||}||...,,,}))}))}}.||,||||.{{{{{|(({((((((((((((((..(((((.((((.......((((((((.....))))))))((((((((.(,(,....||{...{(((,(.(({{(((((..{.,....,|..}}....})))))).),))))...)}},,},,)..}...(((((((((......))))))))).)))))))).)))))))))....))))))))))))))....)}}}}})})))))))}))}}))))}}},))))}}}..|}|}}}))}}{{{{..{|......||{,||||.},}))}}}}}}....(({{{.{{{..||{....,,))).}}).)))))},,.}))))),})))),....(((((((((.(((((((....)))).,........{({{..((((((...))))))....((((((((.....,{((((((,{{,......(((((({...((((((.....))))))..})))))).........)))))))))}........({((((((...(((...))).))))))))))))))))))).)))..)))))}))))....},},}}.))))))))........}}))))).)))))))}})))).,,.)))))}||(((((((((((.(.....).))))),}))))).)},((((({.(((((((........(((((.{((.,..............))).)))))))))))).),})))),}))))))))((((((((..,,....,,,,,,.(((((((((,({(((((......))))),}},...........,(((((((((.{(..(((((.........))))).})..)))))))))}.))))))))).}},)))))))),|.|}|||||.,,....,,.,.,)))))))...)))........((((.....))))...
Back