Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021833.5
Sequence Length
1621 nt
GC Content
0.4633
AGAGGGUCCUGCUGGCGCGAGGGUGGGUAGGAGGGGACGCGGGGACUCGGCCCCCAACACCGCGCUCCGUCUGCAGCCGCCGCCUCUGCACCGCCGCUGCCCGGCGGUCGGUUCAAAAAACAGAAAUCGGGUUUGCUGCCCGGCGGACAGGCGUGAAGAGCAAGGGAAAGGAACUUCCUCCACCUUCGGGGCUGGAGCCCUUUUCCUCUGCAUCUCCAGUCUCUGAGUGAAGAUGGGGGGCCUGACAGCCUCGGACGUACACCCGACCCUGGGGGUCCAGCUCUUCUCAGCUGGAAUAGCGGCGUGCUUGGCGGACGUGAUCACCUUCCCGCUGGACACGGCCAAAGUCCGGCUCCAGGUCCAAGGUGAAUGCCCGACGUCCAGUGUUAUUAGGUAUAAAGGUGUCCUGGGAACAAUCACCGCUGUGGUAAAAACAGAAGGGCGGAUGAAACUCUACAGCGGGCUGCCUGCGGGGCUUCAGCGGCAAAUCAGCUCCGCCUCUCUCAGGAUCGGCCUCUACGACACGGUCCAGGAGUUCCUCACCGCAGGGAAAGAAACAGCACCUAGUUUAGGAAGCAAGAUUUUAGCUGGUCUAACGACUGGAGGAGUGGCAGUAUUCAUUGGGCAACCCACAGAGGUCGUGAAAGUCAGACUUCAAGCACAGAGCCAUCUCCACGGAAUCAAACCUCGCUACACGGGGACUUAUAAUGCGUACAGAAUAAUAGCAACAACCGAAGGCUUGACGGGUCUUUGGAAAGGGACUACUCCCAAUCUGAUGAGAAGUGUCAUCAUCAAUUGUACAGAGCUAGUAACAUAUGAUCUAAUGAAGGAGGCCUUUGUGAAAAACAACAUAUUAGCAGAUGACGUCCCCUGCCACUUGGUGUCGGCUCUUAUCGCUGGAUUUUGCGCAACAGCUAUGUCCUCCCCGGUGGAUGUAGUAAAAACCAGAUUUAUUAAUUCUCCACCAGGACAGUACAAAAGUGUGCCCAACUGUGCAAUGAAAGUGUUCACUAACGAAGGACCAACGGCUUUCUUCAAGGGGUUGGUACCUUCCUUCUUGCGACUUGGAUCCUGGAACGUCAUUAUGUUUGUGUGCUUUGAACAACUGAAACGAGAACUGUCAAAGUCAAGGCAGACUAUGGACUGUGCCACAUAAUCAGCUUCAAGAAAAUGAUGUAACAUACCAGUGGGAAUCUUGCUGACUGGAUCAUAAAAACAAACAAAACUUAUUCACUUAUUUUAACCUAAAAAGAUAAAGGAAUUUUGGCAGAGAAUUUUGGACUUUUUUAUAUAAAAAAGAGGAAAAUUAAUGCCUAUUUCAUAUAACUUUUUUUUUUUCUCAGUGUCUUAAGAAGGGGAAAGCAAAACAUUCAGCAUAUACCCUGGCAAAUGUAAUGCAGAUAAGCUACUGCAUUUGACCAUUUCUGGAGUGCAAUUGUGUGAAUGAAUGUGAAGAACUUUAACAUGUUUUAAUUACAAUUCCAACUGGUGGAAAAGAAACUGAGUGAAAUGCAGUUUAUAUUUAUAAAUACUUAAAAAUGAAGUUAUUAAAAAUAUUAGUUUUUAUUAACCACAGUUGUCAGUUAAUAUAUUCAAUAAAGUAUUGCUAAUACCUUUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-501.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -530.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 471.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((((.((((.(((.((((((.((.(((..((.(....).)).))))).)).)))).))))))).)))).(((((((...((((.((((((((((((.(((((((((........)))..(((((.....)))))(((..(((((....((.((.(((((((((..((((((((......))))..)))).)))))))))((.(((((.((.((...)).)).))))).)).))))....)))).)..)))....)))))))))))..(((((((......))))))).)))))))))))..))))).))........((((((((((....(((...(((((((.((((((((((((((((((((.....((((((((.((..((......(((((((((((((....((((((((.(............).))))).))).........((((((((..(((.(........).)))...)))).))))...)))))))))..))))...(((((((((..(((....))).)))((((((.........((.((((...))))..))..........((((((....)))))).((((((((.........((((...))))..((((((.(((...))))))))).........)))).))))(((..(((...(((((.....)))))...........(((((...............((((((((((...))))))))))...((((....))))....((((((......)))))).....)))))...(((((((............(((((((...)))))))...........))))))).)))..))).))))))......)))))).))..)).)))))))).(((((((.......((((((....((((((..(((((((.......)))))))....))))))))))))(((((....))))).....))))))).....))))))))....(((((((((((..((((....)))).)))))).)))))...)))).)))))))).))..((((((....))))))((.(((((((((((.((......))...))).....)))))))).))...)))))..))).........((.(((......))).))......))))))))))....(((((((((...((((((((...........((((..(((((((........)))))))..))))...((((...((((((...(((((((....)))))))...))))))..))))(((((...((((((((.(((((..((((((.((((..................((((((.((((((((((((((((((((..((......))...)))))))).))).....)).)))....))))))))))..((((((((((........)))))..))))).(((((.....))))))))).)))))).........((((((....))))))....))))).))))))))...)))))...))))))))...))).....)))))).........(((((...))))).....)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((.((((.((((.(((.((((((.,(.((((.((.(....}.)).))))).}).)))).))))))).)))),(((((((...((({{((((((((((((.(((((({((........))}..(((((.....)))))(((..(((((.{,.{{.((,(((((((((..,{{{({((.{{,..}))).,)))).))))))))}{|,|{{((,((,((,,.}}.}).)))))}))}))})..},)))).)..}))....)))))))))))..(((((((......))))))).)))))))))))..))))).)).,.{{{({((...,(((((..{(({....},))),.}||||,,,,|||}|}}.,{{,,,{{{{{{,{(({(...,{{{{,..(((((((((((((....{{{((((({(,{......,...,.}}}}}.}}}....,,.,.{{({({,,,,|||{({{,,..,,|.|,....,,))})))),,.))))))))}..)))).}},}}}||||{{{((({..{{{....((((((({........,{.,((({{{{|||.{{|.,,.,,...}||{,||},..}))))).,|(((((({.{.{{{{{(({(,,.}}},..((((((.(((...)))))))))..,,..{{{|||,.|,||{.({.......{{{{{.....,||||{{,,,,..{({,,,,,........}},....((((((((({...})))))))))...((((....))))....((((((,.....))})))}}}.,|||||,..(((((({............{((((((...)))))))...........)))))))..}}}}.))})))}}},...})),)..))))))...,}|}||||..,{{,...,,))..{(((((....((((((..(((((((.......)))))))....)))))))))))}(((((....))))).....)))})))}}}},,}}}})))}...(((((((((((..(((,....)))).)))))).))))).}))))))).,,,)))})))))),|||{..{{.((((((.((((((({,((.((......))...))))))))},,}.)))))),}.,))),|},.((((((((..((((({,(({{{{{.....,|||.((({.((,.....((((((.((,......................{(((.,(((((((........))))))).,)}|}...((((...((((((...(((((((....}))))))...))))))..)))).,,,,,.......,{{{({{(((((({..,......,}),}))))))}.,,..}}.))))))..,.)))}||{{{||||(,{((,,....}}..}))))))}}.,))))))))))))...))))))))...{{{((((((((((........)))))..))))},}}}(((((,,{({,|.{{(((((({,,..,{{,.|,{((((.((((........)))).))))),}}}}}..,,|,.)}})))))).,}..)))))))))..{{|,{{{((.,........))))))}}...))))))}...
Back