Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021903.3
Sequence Length
4062 nt
GC Content
0.5478
AGUCAGUCCGCGAGGAGAGUCCGCGGUGGCGGCGACGGUGGCGAGAGCCGCGGGGGCCGUAGGAAGCCAACCUUCCCUGCUUCUCCGGGGCCCUCGCCCCCUCCUCCCCACAAAAUCAGGGAUGGAGGCGCCUCCCCGGCACCCUCUUAGCAGCCCUCCCCAGGAAAAGUGUCCCCCCUGAGCUCCUAACGCUCCCCAACAGCUACCCCUGCCCCCCACGCCAUGGGGCCCGGGGCCCCUUUUGCCCGGGUGGGGUGGCCACUGCCGCUUCUGGUUGUGAUGGCGGCAGGGGUGGCUCCGGUGUGGGCCUCCCACUCCCCCCAUCUCCCGCGGCCUCACUCGCGGGUCCCCCCGCACCCCUCCUCAGAACGGCGCGCAGUGUACAUCGGGGCACUGUUUCCCAUGAGCGGGGGCUGGCCAGGGGGCCAGGCCUGCCAGCCCGCGGUGGAGAUGGCGCUGGAGGACGUGAAUAGCCGCAGGGACAUCCUGCCGGACUAUGAGCUCAAGCUCAUCCACCACGACAGCAAGUGUGAUCCAGGCCAAGCCACCAAGUACCUAUAUGAGCUGCUCUACAACGACCCUAUCAAGAUCAUCCUUAUGCCUGGCUGCAGCUCUGUCUCCACGCUGGUGGCUGAGGCUGCUAGGAUGUGGAACCUCAUUGUGCUUUCCUAUGGCUCCAGCUCACCAGCCCUGUCAAACCGGCAGCGUUUCCCCACUUUCUUCCGAACGCACCCAUCAGCCACACUCCACAACCCUACCCGCGUGAAACUCUUUGAAAAGUGGGGCUGGAAGAAGAUUGCUACCAUCCAGCAGACCACUGAGGUCUUCACUUCGACUCUGGACGACCUGGAGGAACGAGUGAAGGAGGCUGGAAUUGAGAUUACUUUCCGCCAGAGUUUCUUCUCAGAUCCAGCUGUGCCCGUCAAAAACCUGAAGCGCCAGGAUGCCCGAAUCAUCGUGGGACUUUUCUAUGAGACUGAAGCCCGGAAAGUUUUUUGUGAGGUGUACAAGGAGCGUCUCUUUGGGAAGAAGUACGUCUGGUUCCUCAUUGGGUGGUAUGCUGACAAUUGGUUCAAGAUCUACGACCCUUCUAUCAACUGCACAGUGGAUGAGAUGACUGAGGCGGUGGAGGGCCACAUCACAACUGAGAUUGUCAUGCUGAAUCCUGCCAAUACCCGCAGCAUUUCCAACAUGACAUCCCAGGAAUUUGUGGAGAAACUAACCAAGCGACUGAAAAGACACCCUGAGGAGACAGGAGGCUUCCAGGAGGCACCGCUGGCCUAUGAUGCCAUCUGGGCCUUGGCACUGGCCCUGAACAAGACAUCUGGAGGAGGCGGCCGUUCUGGUGUGCGCCUGGAGGACUUCAACUACAACAACCAGACCAUUACCGACCAAAUCUACCGGGCAAUGAACUCUUCGUCCUUUGAGGGUGUCUCUGGCCAUGUGGUGUUUGAUGCCAGCGGCUCUCGGAUGGCAUGGACGCUUAUCGAGCAGCUUCAGGGUGGCAGCUACAAGAAGAUUGGCUACUAUGACAGCACCAAGGAUGAUCUUUCCUGGUCCAAAACAGAUAAAUGGAUUGGAGGGUCCCCCCCAGCUGACCAGACCCUGGUCAUCAAGACAUUCCGCUUCCUGUCACAGAAACUCUUUAUCUCCGUCUCAGUUCUCUCCAGCCUGGGCAUUGUCCUAGCUGUUGUCUGUCUGUCCUUUAACAUCUACAACUCACAUGUCCGUUAUAUCCAGAACUCACAGCCCAACCUGAACAACCUGACUGCUGUGGGCUGCUCACUGGCUUUAGCUGCUGUCUUCCCCCUGGGGCUCGAUGGUUACCACAUUGGGAGGAACCAGUUUCCUUUCGUCUGCCAGGCCCGCCUCUGGCUCCUGGGCCUGGGCUUUAGUCUGGGCUACGGUUCCAUGUUCACCAAGAUUUGGUGGGUCCACACGGUCUUCACAAAGAAGGAAGAAAAGAAGGAGUGGAGGAAGACUCUGGAACCCUGGAAGCUGUAUGCCACAGUGGGCCUGCUGGUGGGCAUGGAUGUCCUCACUCUCGCCAUCUGGCAGAUCGUGGACCCUCUGCACCGGACCAUUGAGACAUUUGCCAAGGAGGAACCUAAGGAAGAUAUUGACGUCUCUAUUCUGCCCCAGCUGGAGCAUUGCAGCUCCAGGAAGAUGAAUACAUGGCUUGGCAUUUUCUAUGGUUACAAGGGGCUGCUGCUGCUGCUGGGAAUCUUCCUUGCUUAUGAGACCAAGAGUGUGUCCACUGAGAAGAUCAAUGAUCACCGGGCUGUGGGCAUGGCUAUCUACAAUGUGGCAGUCCUGUGCCUCAUCACUGCUCCUGUCACCAUGAUUCUGUCCAGCCAGCAGGAUGCAGCCUUUGCCUUUGCCUCUCUUGCCAUAGUUUUCUCCUCCUAUAUCACUCUUGUUGUGCUCUUUGUGCCCAAGAUGCGCAGGCUGAUCACCCGAGGGGAAUGGCAGUCGGAGGCGCAGGACACCAUGAAGACAGGGUCAUCGACCAACAACAACGAGGAGGAGAAGUCCCGGCUGUUGGAGAAGGAGAACCGUGAACUGGAAAAGAUCAUUGCUGAGAAAGAGGAGCGUGUCUCUGAACUGCGCCAUCAACUCCAGUCUCGGCAGCAGCUCCGCUCCCGGCGCCACCCACCGACACCCCCAGAACCCUCUGGGGGCCUGCCCAGGGGACCCCCUGAGCCCCCCGACCGGCUUAGCUGUGAUGGGAGUCGAGUGCAUUUGCUUUAUAAGUGAGGGUAGGGUGAGGGAGGACAGGCCAGUAGGGGGAGGGAAAGGGAGAGGGGAAGGGCAGGGGACUCAGGAAGCAGGGGGUCCCCAUCCCCAGCUGGGAAGAACAUGCUAUCCAAUCUCAUCUCUUGUAAAUACAUGUCCCCCUGUGAGUUCUGGGCUGAUUUGGGUCUCUCAUACCUCUGGGAAACAGACCUUUUUCUCUCUUACUGCUUCAUGUAAUUUUGUAUCACCUCUUCACAAUUUAGUUCGUACCUGGCUUGAAGCUGCUCACUGCUCACACGCUGCCUCCUCAGCAGCCUCACUGCAUCUUUCUCUUCCCAUGCAACACCCUCUUCUAGUUACCACGGCAACCCCUGCAGCUCCUCUGCCUUUGUGCUCUGUUCCUGUCCAGCAGGGGUCUCCCAACAAGUGCUCUUUCCACCCCAAAGGGGCCUCUCCUUUUCUCCACUGUCAUAAUCUCUUUCCAUCUUACUUGCCCUUCUAUACUUUCUCACAUGUGGCUCCCCCUGAAUUUUGCUUCCUUUGGGAGCUCAUUCUUUUCGCCAAGGCUCACAUGCUCCUUGCCUCUGCUCUGUGCACUCACGCUCAGCACACAUGCAUCCUCCCCUCUCCUGCGUGUGCCCACUGAACAUGCUCAUGUGUACACACGCUUUUCCCGUAUGCUUUCUUCAUGUUCAGUCACAUGUGCUCUCGGGUGCCCUGCAUUCACAGCUACGUGUGCCCCUCUCAUGGUCAUGGGUCUGCCCUUGAGCGUGUUUGGGUAGGCAUGUGCAAUUUGUCUAGCAUGCUGAGUCAUGUCUUUCCUAUUUGCACACGUCCAUGUUUAUCCAUGUACUUUCCCUGUGUACCCUCCAUGUACCUUGUGUACUUUCUUCCCUUAAAUCAUGGUAUUCUUCUGACAGAGCCAUAUGUACCCUACCCUGCACAUUGUUAUGCACUUUUCCCCAAUUCAUGUUUGGUGGGGCCAUCCACACCCUCUCCUUGUCACAGAAUCUCCAUUUCUGCUCAGAUUCCCCCCAUCUCCAUUGCAUUCAUGUACUACCCUCAGUCUACACUCACAAUCAUCUUCUCCCAAGACUGCUCCCUUUUGUUUUGUGUUUUUUUGAGGGGAAUUAAGGAAAAAUAAGUGGGGGCAGGUUUGGAGAGCUGCUUCCAGUGGAUAGUUGAUGAGAAUCCUGACCAAAGGAAGGCACCCUUGACUGUUGGGAUAGACAGAUGGACCUAUGGGGUGGGAGGUGGUGUCCCUUUCACACUGUGGUGUCUCUUGGGGAAGGAUCUCCCCGAAUCUCAAUAAACCAGUGAACAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1478.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1549.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 956.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((..((((..((((.(.(((((....(((..((((((.(((.((((((..((((((((.....))).))))).)))))).))).)))))).(((((((((..........)))).))))).(((.....)))..(((((.(((.(((((((((.(((((((((((((....((((.......)))).......((((((((.((((.....((...((((((...))))))....))..))))))))))))(((((((((((((((..((((.(((.((.(((((((....((.(((((...))))).))..))))).)).)).)))))))..(((((....)))))........)))))..)))).))))))......)))))))).))))).......(.((((((((.(((........))))))))))).))).))))..))))))))))).))).....))))).))))).))))..))))))((((((....))))))....(((((((.(((((((((...(((....((((((.((((.((.....)).)))).......((((.....((((((((((((.....(((((((.((((((.((((..(((((((((((.(((((.(((((.(((.((.....)).)))..)))))))))).)))).))))))).(((((.....)))))......((((((((.....((((((..............................)))).....)).....))))))))((((((.(...........).))))))(((((.....)))))((((((...((((((.....))))))....)))))).))))((((((.((((((..(((((.....)))))....)))))).))))))...((.(((((((.(((....(.((((((((((((......(((.(((((........(((......((((((...((((((((((.....)))))))))).....(((((...(..(((.(((((((((((((..(((((............((((((.....(((....((((((.....(((((.((((.(......).))))..)))))))))))(((((......(((.(((.((((((.(((((.((((........)))).)))..)).))))))))).))).....))))))))....)))))).............))))))))))).....((((((((((((..((((((((..(((..(((((..((.(((((........))))).))....).))))...))).))))(((.....))))))).)))))))).))))..........)))))))...))))..)))))....))))))......)))...))))).)))))))))).))))))....))).)))))))...))((((((((...(((......)))...)))).)))).)))))).)))))))(((.....)))(((........)))...))))))))))))....)))).....((((..((((((..((.((((((((....(((((((((...)))))))((((((((...((((((((.((.(((....(((((...((((((((..((((((.(((((.((((.((.((((...((((((.((((((((.((((................(((((((((((.(((...((((((((((....(((.((...(((((.(((((((((((((..((((((.(((.......((((((.(((.(((((((((((....((.(((((((((.....)))))))))..))(((((((((((...)))....))))))))((((......))))..(((((((((((((((((.......((((((((((....(((((.(......)))))).........((((....((..(((((....)))))..)).....)))).))))))))))))))))))))))).((((.(..(((.(((....))))))..).)))).......)))))))))))))).....).))).)).))))...(((((((((...((....))........((((((.(.((((..((((((((.((((((((..............)))))))).((....)).)))))))))))).).)))))).))))))))))))...))).))).))))).))))))..)).)).))).)).)))..))))))))))..))).)))....)))).))))((((((((((((....((((((((((.....((........))....)))))).)))).....((....)).....(((((((.....(((((((....((((((.....(((((((((.......)))).))))))).)))).....))))))))))))))...))))))))))))....)))))))))((((...)))).)))))))))...)))).)))))).)))))..)))))).)))).........)))))))))......))).)).)).))))))))))).))).(((((((...............))).))))...((((...)))).............((((((((....))))))))...))...))))))))))((((((........)))))).((((((((((((..(.(((....(((...((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((.(((.((((((....)))))).)))((((((((((((.(((.(((.........)))...)))))))).....(((((((..(((((.((...((((((((((......)))))....)))))...)).........((((((.((......((((.....((.........))...))))...)).)))))).)))))..))))))).(((((.......)))))...............))))))).(((........((...))........)))...)))).)).))))))))))))(((((.(((((((((...)))))((....)))))))))))........((((...)))))))))))))))))).................))).))))))).)))..))....)))))))(((((((((((.....((((...((((((...))))))..)))).....((..((((.............))))..)).(((.((......)).)))..((((((((.............))))))))...((((((((((.....((((((.............))))))......))))))))))((((((((((...((((((...))))))..))).))))))).......((((.(((.(((....))).))).))))...(((((.((((((((((.......((((((......)))).)).......))))))).((.((((......)))).))......))).))))).....(((((.((....................)).)))))..........))))))))))))))))))))).))).))))...))).....(((((..(((....)))))))).......))))..)))).))))))))....))))))))))......((((((((((.((((((.......(((.((((((.(((((....((((((((.(((((((((.((..((((((((.((((((((.(.((..(((.....)))..)).).)))))))).))))))))..)))))))((((....)))))))).)))).))))...(((......)))((((...)))))))))..))).))))))))))))...)))))).))))))))))...))).))))))).)).))))..(((((((......)))))))..............))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(((((,,((((,,({((,({(((({{(,{,,((.((((((.(((.((((((..((((((((.....)))}}}))).)))))).))).)))))),|(((({{((,.........)))}.))))),|||.,.,,}}}.,(((({,{((,(((((({{{.(((({((((((((....((((.......)))).......((((((((.((((,....((...((((((...))))))....))..))))))))))))(((((((((((((({..((((.(((.((.(((((((....((.(((((...))))).))..))))),)).)).)))))))..(((((....)))))........}))))..}))).))))))......)))))))).}))))...,,,{(,((((((({,(((........))))))))))).)||||},|.,||||||||}||.||},.,,,|||||,||}}}.))))}.)))}))||((((....))))}}.,,,{(({{{{.{,{|||||{...,(({...|||{{{..,,......,,{||||||},......((((,,...((((((((((({.{{{.{((({((,(({{{{,((((..(((((((((((.(((({.(((((.(((.{(,....|}.}})..)))))})))).)))).))))))).(((((.....))))).}....(((((((({....{,{{((........,.....................)})),.........)}}}))))))((((((.{.{{....}}..,.)))))){((((.....))))|(((((({{.((((((.....))))))...})))))),))))((((((.((((((..(((((.....)))))....)))))).))))))|{,{{.,((((,,.,((,,{,(,((((((((((((...,{.((({((({,..}}}}})))}..,,.,((((((,.,({{{{((({{.,,,.}}|||||||}..,,,|||((,..{.,{{,.(((((((((((((..(((((.....,......((((((.....(((....((((((.....(((((.((((.{......}.))))..)))))))))))(((((......(((.((,{((((((.{((((.((((........)))).)))}.,}.))))))))).))).....)))))))}..,,))))))..,.,.,......)))))))))))....{((((((((((((.{(((((({(((((...{{{(((.((.(((((........))))).}}....,.,,}}|,,}}}.}}})|}||...}))))),}.)))))))).))))..........)))))))...},}}..))}},..,.)))))).,,{{,...,}})),,,.,,,))))))).)))))}..,,))),})}}|}|||,}}|||{{{{{{,|(((,,,,,,|}}..,}}}},}))},})))||{|}|||||{{,..,,.}}||||.|,.,.,||))},.}))))))))))}.,|,}||(({,..{{......})||}}}}}((({{{{{..,,{,(((((((...)))))))((((((((...((((((((.((.(((..,.(((((.,,(((((({(.{(((((({(((((,((((.((.((((...((((((,(((((((,.{{,,...........,((((({{..,,.(((.(((...((((((((((....(((.((...(((((.(,(((((({((((..((((((.({{.,,....((((,(,(((.{((((((((({.......{((((((((.....))))))))}..,|(((((((((((...)))....))))))}}{{....||||||||,.{(({(((((((((((({......{((((((((((....(((((.,......)))})}.........((((....((..(((((....)))))..)).....)))).))))))))))))))))))))))).((((.{..(((.(((....))))))..}.))))}}...,,.}}))))))))))).....,.))},)).)))}...(((((((((...,,.,..,,........((((((.(.((((..((((((((.((((((((...........,..)))))))).{(....)}.)))))))))))).).)))))).))))))))))),...))).))).))))}.))))))..}}.)).))).)).)))..))))))))))..))).)))..,,.}))))}..((((((((((((....((((((((((.....{(,,...,,,}}....)))))).)))).....{{....}}.....{((((({....,(((((((....((((.,{...,(((((((((,(....})))).))))))).)))).....))))))))))))))...))))))))))))....}}}))))))((((...)))).}))))))),,}.)))).)))})),))}}),,))))},.))))}}.}.))..,))))))))...},.))).)).)).))))))))))).))).(((((((.....,....,,...))).)))),,||||}.,}))})}...,,,}}}...((((((((....)))))))).,,},...))))}})),|((((((........))))))}|{{{{{|{(({{..((((((({..{{...,,,,((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((({,((((((((((((((((((.{((.((((((....)))))).))|((((((((((((.{{{.{{,.........,}}...}})))))).....(((((((..(((((.((...((((((((((......))))}...,)))))...)).........((((((.((......((({................,}...))))...)).)))))).)))))..))))))).(((((.......)))))......,,.......))))))),,||........,.....|,.......)},...)))).)).)))))))))))}{{{{{,{((((((((...)))))||....},,}}}}}})).,,,,},.((((...)))))))))))))))))).................))).))))))).)))..))....)))))))(((((((((((.....(({,...((((((...))))))..,}}}.....{,,,((({......|,.,,,,)}},.{||{,,((({,..,,|||,{||||((((((((.............))))))))...((((((((((.....((((((.............))))))......))))))))))((((((((((.,.((((((...)))))),.))).))))))).(((...((((.(((.(((....))).))).))))...)|}{{{(({{(({{{{...|...|{{{{|.,,,,.)})).},.......})))))}.||,||||,,,,,,)}}|.||......,},}}}},,.,,.,|||||..|,}}},.......,.......}|,))|,,,{....,,..))))))))))))))))))))).))),},)).}))))}},..|||||..,|,,,,.}))}))))....,..},,},.))))}}))}}|||{{..,.,,.}})))..,},.|{{{((((((.((((((.......(((.((((((.(((((....((((((((.((((((((((((..((((((((.((((((({...{({{(((,,...,}},,))})})))))))).))))))))..))))))){(((....)))})))).)))).))))..{(((......)))|(((...))),)))))..))).))))))))))))...)))))).)))})))))),,,)),.}}))))),)),))))..{((((((......)))))))..............}}).......
Back