Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021953.4
Sequence Length
3552 nt
GC Content
0.5574
AACGCUCCGCCGGCGCCAAUUUCAAACAGCGGAACAAACUGAAAGCUCCGGUGCCAGACCCCACCCCCGGCCCCGGCCCGGGACCCCCUCCCCUCCCGGGAUCCCCCGGGGUUCCCACCCCGCCCGCACCGCCGGGGACCCGGCCGGUCCGGCGCGAGCCCCCGUCCGGGGCCCUGGCUCGGCCCCCAGGUUGGAGGAGCCCGGAGCCCGCCUUCGGAGCUACGGCCUAACGGCGGCGGCGACUGCAGUCUGGAGGGUCCACACUUGUGAUUCUCAAUGGAGAGUGAAAACGCAGAUUCAUAAUGAAAACUAGCCCCCGUCGGCCACUGAUUCUCAAAAGACGGAGGCUGCCCCUUCCUGUUCAAAAUGCCCCAAGUGAAACAUCAGAGGAGGAACCUAAGAGAUCCCCUGCCCAACAGGAGUCUAAUCAAGCAGAGGCCUCCAAGGAAGUGGCAGAGUCCAACUCUUGCAAGUUUCCAGCUGGGAUCAAGAUUAUUAACCACCCCACCAUGCCCAACACGCAAGUAGUGGCCAUCCCCAACAAUGCUAAUAUUCACAGCAUCAUCACAGCACUGACUGCCAAGGGAAAAGAGAGUGGCAGUAGUGGGCCCAACAAAUUCAUCCUCAUCAGCUGUGGGGGAGCCCCAACUCAGCCUCCAGGACUCCGGCCUCAAACCCAAACCAGCUAUGAUGCCAAAAGGACAGAAGUGACCCUGGAGACCUUGGGACCAAAACCUGCAGCUAGGGAUGUGAAUCUUCCUAGACCACCUGGAGCCCUUUGCGAGCAGAAACGGGAGACCUGUGCAGAUGGUGAGGCAGCAGGCUGCACUAUCAACAAUAGCCUAUCCAACAUCCAGUGGCUUCGAAAGAUGAGUUCUGAUGGACUGGGCUCCCGCAGCAUCAAGCAAGAGAUGGAGGAAAAGGAGAAUUGUCACCUGGAGCAGCGACAGGUUAAGGUUGAGGAGCCUUCGAGACCAUCAGCGUCCUGGCAGAACUCUGUGUCUGAGCGGCCACCCUACUCUUACAUGGCCAUGAUACAAUUCGCCAUCAACAGCACUGAGAGGAAGCGCAUGACUUUGAAAGACAUCUAUACGUGGAUUGAGGACCACUUUCCCUACUUUAAGCACAUUGCCAAGCCAGGCUGGAAGAACUCCAUCCGCCACAACCUUUCCCUGCACGACAUGUUUGUCCGGGAGACGUCUGCCAAUGGCAAGGUCUCCUUCUGGACCAUUCACCCCAGUGCCAACCGCUACUUGACAUUGGACCAGGUGUUUAAGCCACUGGACCCAGGGUCUCCACAAUUGCCCGAGCACUUGGAAUCACAGCAGAAACGACCGAAUCCAGAGCUCCGCCGGAACAUGACCAUCAAAACCGAACUCCCCCUGGGCGCACGGCGGAAGAUGAAGCCACUGCUACCACGGGUCAGCUCAUACCUGGUACCUAUCCAGUUCCCGGUGAACCAGUCACUGGUGUUGCAGCCCUCGGUGAAGGUGCCAUUGCCCCUGGCGGCUUCCCUCAUGAGCUCAGAGCUUGCCCGCCAUAGCAAGCGAGUCCGCAUUGCCCCCAAGGUGCUGCUAGCUGAGGAGGGGAUAGCUCCUCUUUCUUCUGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACUCCUGUUUGGAGAAGGGUUUUCUCCUUUGCUUCCAGUUCAGACUAUCAAGGAGGAAGAAAUCCAGCCUGGGGAGGAAAUGCCACACUUAGCGAGACCCAUCAAAGUGGAGAGCCCUCCCUUGGAAGAGUGGCCCUCCCCGGCCCCAUCUUUCAAAGAGGAAUCAUCUCACUCCUGGGAGGAUUCGUCCCAAUCUCCCACCCCAAGACCCAAGAAGUCCUACAGUGGGCUUAGGUCCCCAACCCGGUGUGUCUCGGAAAUGCUUGUGAUUCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGUCUCGGAGAAAACAGCAUCUACUGCCUCCCUGUGUGGAUGAGCCGGAGCUGCUCUUCUCAGAGGGGCCCAGUACUUCCCGCUGGGCCGCAGAGCUCCCGUUCCCAGCAGACUCCUCUGACCCUGCCUCCCAGCUCAGCUACUCCCAGGAAGUGGGAGGACCUUUUAAGACACCCAUUAAGGAAACGCUGCCCAUCUCCUCCACCCCGAGCAAAUCUGUCCUCCCCAGAACCCCUGAAUCCUGGAGGCUCACGCCCCCAGCCAAAGUAGGGGGACUGGAUUUCAGCCCAGUACAAACCUCCCAGGGUGCCUCUGACCCCUUGCCUGACCCCCUGGGGCUGAUGGAUCUCAGCACCACUCCCUUGCAAAGUGCUCCCCCCCUUGAAUCACCGCAAAGGCUCCUCAGUUCAGAACCCUUAGACCUCAUCUCCGUCCCCUUUGGCAACUCUUCUCCCUCAGAUAUAGACGUCCCCAAGCCAGGCUCCCCGGAGCCACAGGUUUCUGGCCUUGCAGCCAAUCGUUCUCUGACAGAAGGCCUGGUCCUGGACACAAUGAAUGACAGCCUCAGCAAGAUCCUGCUGGACAUCAGCUUUCCUGGCCUGGACGAGGACCCACUGGGCCCUGACAACAUCAACUGGUCCCAGUUUAUUCCUGAGCUACAGUAGAGCCCUGCCCUUGCCCCUGUGCUCAAGCUGUCCACCAUCCCGGGCACUCCAAGGCUCAGUGCACCCCAAGCCUCUGAGUGAGGACAGCAGGCAGGGACUGUUCUGCUCCUCAUAGCUCCCUGCUGCCUGAUUAUGCAAAAGUAGCAGUCACACCCUAGCCACUGCUGGGACCUUGUGUUCCCCAAGAGUAUCUGAUUCCUCUGCUGUCCCUGCCAGGAGCUGAAGGGUGGGAACAACAAAGGCAAUGGUGAAAAGAGAUUAGGAACCCCCCAGCCUGUUUCCAUUCUCUGCCCAGCAGUCUCUUACCUUCCCUGAUCUUUGCAGGGUGGUCCGUGUAAAUAGUAUAAAUUCUCCAAAUUAUCCUCUAAUUAUAAAUGUAAGCUUAUUUCCUUAGAUCAUUAUCCAGAGACUGCCAGAAGGUGGGUAGGAUGACCUGGGGUUUCAAUUGACUUCUGUUCCUUGCUUUUAGUUUUGAUAGAAGGGAAGACCUGCAGUGCACGGUUUCUUCCAGGCUGAGGUACCUGGAUCUUGGGUUCUUCACUGCAGGGACCCAGACAAGUGGAUCUGCUUGCCAGAGUCCUUUUUGCCCCUCCCUGCCACCUCCCCGUGUUUCCAAGUCAGCUUUCCUGCAAGAAGAAAUCCUGGUUAAAAAAGUCUUUUGUAUUGGGUCAGGAGUUGAAUUUGGGGUGGGAGGAUGGAUGCAACUGAAGCAGAGUGUGGGUGCCCAGAUGUGCGCUAUUAGAUGUUUCUCUGAUAAUGUCCCCAAUCAUACCAGGGAGACUGGCAUUGACGAGAACUCAGGUGGAGGCUUGAGAAGGCCGAAAGGGCCCCUGACCUGCCUGGCUUCCUUAGCUUGCCCCUCAGCUUUGCAAAGAGCCACCCUAGGCCCCAGCUGACCGCAUGGGUGUGAGCCAGCUUGAGAACACUAACUACUCAAUAAAAGCGAAGGUGGACAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1245.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1310.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 1081.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((..(((.............((((.(.........).))))(((((.((((((..((((((((((((...((((.....))))...)))))......((((((....))))))........)))))))....))..)))).)))))..(((((.....))))).((((((((((((((((((((.((..(((....(((.(((...((.((....))))...)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))..((((....))))(((((........))))).........(((((.(((((..................))))).)))))..((((((((((((............))))....))).)))))........((((..((((.....)))).))))....((((.((((.....(((((((((((((.(((....(((..((((((((((.(((((.((..(.(((....(((.........(((((.(((((.(((.((..((((((((.((.(((((.........))))).......(((.....)))((.(((....(((.(((((((.((.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((......))...((((((((((((.(.....(((((((((((..((...(((((..(((((((........))))))).(((((((((((((((((....)))).(((((...)))))...(((((((.(((.....))).)))))))......((((...............))))((....))..(((((....)))))))))))).((((((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((....((((.(((...((((((.....(((((.............)))))..)))))).)))))))(((...((.((.......)).)).)))((((((.((...(((..((.((((..(((((.......((((.((((((((.....(((......)))((((.....))))...........((((((((....((((....)))).(((((((.(.((((...))))).)))))))((((((...(((...((((((.(((.......))).)))))).((((((((((..((....(((((...)))))........))..))))))))))...................))))))))).......(((....(((...)))...))).........((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.(..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))).)))..)))))).)))))))))))(((((...))))))))))))).)))).....)))))....))))))..))))).)))))).((..(((((((((.((((((((((..............((((((.((((..((((((((..((((..((((((((..((((......))))...)))))))).))))..)).)).))))..((((((.(((......)))))))))......((((....((((((......)))))).))))........)))).))))))........((((......))))(((((.(.(((((((((((........((((....(((......))).))))((((.(((..((((.((((((.((((....)))).((((((((.......))))))))....)))))).))))))))))).)))))))..)))).)))))).((((..........((((.((((((((.((((..............))))...).)).))))).)))).......)))).......))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......))))))..)))))))))..))............(((((((.(..((.............)).)))))))))))))))).))))(((((..............)))))....................))))))))))))........)))).)))))..)).).)).))...)))))).)))))).))))..........((((....((((((((....((((((...))))))((((......))))....((((.....))))))))))))...))))................((((((......))))))...(((((..(((((((..(((((((((...((((((((.(((.....)))...)).))))))........((((((.((((((((...(.(((((((.((((.((((...(((((........)))))(((..(((((..(......)..)))))..))))))).))))..))))))).).)))))))).....)))))).(((((((.((......))...)))))))......((((((....))))))((((((.......)))).)).......)))))....))))..))))))))))))((((((((((((.....(((...(((...............))).....)))))))))))))))))))...(((((((((.(((..(((((.......))))).)))...(((((.(((......................))).))))).((.((((........)))).))........)))))))))....))))))))))).)).)))))))))))...).))))))).))))).((((((.......))))))(((((((((((...))).))..)))))))))))).))).))))))..((((((((((......))))))))))......(((((((.....)))).))).....))))))..))))))))))))).))..(((((((((((..(((((...........((((((..((((....))))..)))))).))))))))).))))))))).)).))))))..)).)))...))...))))))))((.((....)).))(((((((......)))))))..((((((..........))).))))))...))))..)).))))).))))))))))))).((((.....))))...))))))))..))))))))........)))).))))........(((......)))((((((.....)).))))...))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.((((((..(((.............((({.,.........}.}))){|{{{.{{,,....,,,.(((((((((,(((({..........}|||)||....,,|||||{....,,,,||{|||.,{{|||||}}..)}))..))),,))}))}.||{||.,.,,)))))}((((((((((((((((((((.((..(((.,..({(((((.,.((.((....)))).,.)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))((((((....))))))......{{{{{(((({...,,....(((((.(((((......,,.....,,...))))).))))).{((((({(({{((,,{{....,{,{||||....|||{|||||,.,,,..{(((({{{{{({,,..||||.|||,...{(((({(((((.,{{,,(((((({((((,(({..,}|||,}|{{{{{{{((.(((((.{{..,.........,,,{{{{{..(((.......}},,|{.||||{{,{(({(..,.(((((.........)))))...,.,,{({{{.,{{{{((.,,,....,,,.,||||||}||}((({.............,,......|||||||||,,,})}},.,,}|||{(((((((,,.,(((,({{...........|,..}}}.))}..,((((((((,{{.....{((((((((((((.......,((((.{(,((((,.,.....,||||,}}.,|||||||||||}|,,|}..}}|}...,((({,.,(({{{..(((((((.(((.....))).))))))).....}}|,,..}}}....{(((({(((((,....,...{{{{{....)))}),},{{{{..{..((((........)))),,|{...,||||,.....(({{(((.((((.((.(((((..(((,((((((.((((,((,((.{((({{({{((((.({{...((((((.,.,.(((((.............)))))..}}}}}}.})))))}....,.|,.||},,,||,,||}},||,,,,,,..,,.,,|,,....{{|{,,.{,(,.,..||||||||.|{{...(({...})).,,}..,))}}|))))..)))).)).)))..}}}||,||,||}}..{{,{,,..}|||{(((((((.(.((((...))))).))))))}..,}}}},,..|,..((((((.(((.......))).)))))).}}})))),,,,}))))})))}}}))))))))))}{{{.{((..,,))).)))(((((((((((............{((.(((,.,((((((.....(({{.,|......}...,,,{..((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.,..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))))))}..)))))).))).)))}..(((((((...((((.((((((((.(((,{(({((({{,|.,,,,,||...,}},...}))))))}}|,,,..,.(((.(((((((....(((((.(((..{{{{...,,,,..{{.((((....)))))))}|))).))))))))))))))))}).))))))))).)))).,..)))).))).((((({{{{{......}}))))))}......{{{,....((((((......)))))).))))......)))))).).)))))}..))),|)))))))....},(((((.(.((((((((((({{{,,..}||{{....,,({,.,..}}),,,,,((((.{((..((((.((((((,({{{,,..,))||((((((((.......)))))))),}.,}))))).))))))})))).)))))))..)))).)))))).(({{.|,,......({{{.{|||||{{.{{((.,,,........,,))))...,.)).))))).)))).......))))...}))))))),.,{{{..,,,|||..}}||||}|||}...,||{||}|,....,),))))},||||,,,,..,})))}}.......,||{{|||.|}}}}}}....}}}}...))).}))))))))||,.)),))))|{{{{,.......,},...)}))),......,||.......,}}})))})))||{{{{..{{{{{{||{{.,,{{{{{{,.,|{{{{{{{({{|,.|((({{...{{{({....{{,{.....,{(((,(((({...,|||||...))))),{(((......)))}..}}}}.))))}.)))))),,.|((((((((...{{(({..,...{{.,,,||((((..(((((((.{,(((((,.{((((((..(((((((((...(((((({(,(((.....)))...)).))))))....}}}}((((((.((((((((...{{(({{(((.((((.(((,.,.(((((........))))|(((..(((((..(......}..)))))..))))))).))))..))))))).,.)))))))).....)))))).(((((((.({......}}...)))))))..,,,.((((((....)))))).,{{{|,|.....}}||{|,.......},))),..,))))..))))))))))))((((((((((({....{(((..{((,,...........,,.,,,,,,},))))))))))))))).|}.)))))))..}}}}{((..(((((.......))))).)))...{({{{.{((.,,,,.,,.....,,}},,...}}}.}}}}}.{{.{{{{........}))).}))))).))))).)))))))))}})),)))},))}))}.)))))))))},,,),}))))))}}))))}||,.,,))}}})}))))))||,((((((((...))).)))}},,||||||,,,.,,,.)))))),,{{((((((({......)))))))))),.,.|}||||||}}..{,|,||{|,|{{,.{|||,||{{|||||||||||||.,,.,((((((((((({.{((((,,....,....{({{{{..{{{.....)))),.}}}))),))))))))),,))))))),)))})),))).,||.,,},..))}..|||{|||||,.,..,,,}}}}}{((((({......})))))},{{,...,...}},..))))))),}.))))..,,.},),,)))}),)|}|||||||||.,((((,..,,|}}}...}})))}}},}))))})))})},,}}}}}}}.|||||,,..,},||{.,,...))){{{{||,,...}}.}))),,,))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Back