Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021960.5
Sequence Length
3950 nt
GC Content
0.4514
ACUUCUCACUUCCGCUUCCUUCCAGUAAGGAGUCGGGGUCUUCCCCAGUUUUCUCAGCCAGGCGGCGGCGGCGACUGGCAAUGUUUGGCCUCAAAAGAAACGCGGUAAUCGGACUCAACCUCUACUGUGGGGGGGCCGGCUUGGGGGCCGGCAGCGGCGGCGCCACCCGCCCGGGAGGGCGACUUUUGGCUACGGAGAAGGAGGCCUCGGCCCGGCGAGAGAUAGGGGGAGGGGAGGCCGGCGCGGUGAUUGGCGGAAGCGCCGGCGCAAGCCCCCCGUCCACCCUCACGCCAGACUCCCGGAGGGUCGCGCGGCCGCCGCCCAUUGGCGCCGAGGUCCCCGACGUCACCGCGACCCCCGCGAGGCUGCUUUUCUUCGCGCCCACCCGCCGCGCGGCGCCGCUUGAGGAGAUGGAAGCCCCGGCCGCUGACGCCAUCAUGUCGCCCGAAGAGGAGCUGGACGGGUACGAGCCGGAGCCUCUCGGGAAGCGGCCGGCUGUCCUGCCGCUGCUGGAGUUGGUCGGGGAAUCUGGUAAUAACACCAGUACGGACGGGUCACUACCCUCGACGCCGCCGCCAGCAGAGGAGGAGGAGGACGAGUUGUACCGGCAGUCGCUGGAGAUUAUCUCUCGGUACCUUCGGGAGCAGGCCACCGGCGCCAAGGACACAAAGCCAAUGGGCAGGUCUGGGGCCACCAGCAGGAAGGCGCUGGAGACCUUACGACGGGUUGGGGAUGGCGUGCAGCGCAACCACGAGACGGCCUUCCAAGGCAUGCUUCGGAAACUGGACAUCAAAAACGAAGACGAUGUGAAAUCGUUGUCUCGAGUGAUGAUCCAUGUUUUCAGCGACGGCGUAACAAACUGGGGCAGGAUUGUGACUCUCAUUUCUUUUGGUGCCUUUGUGGCUAAACACUUGAAGACCAUAAACCAAGAAAGCUGCAUCGAACCAUUAGCAGAAAGUAUCACAGACGUUCUCGUAAGGACAAAACGGGACUGGCUAGUUAAACAAAGAGGCUGGGAUGGGUUUGUGGAGUUCUUCCAUGUAGAGGACCUAGAAGGUGGCAUCAGGAAUGUGCUGCUGGCUUUUGCAGGUGUUGCUGGAGUAGGAGCUGGUUUGGCAUAUCUAAUAAGAUAGCCUUACUGUAAGUGCAAUAGUUGACUUUUAACCAACCACCACCACCACCAAAACCAGUUUAUGCAGUUGGACUCCAAGCUGUAACUUCCUAGAGUUGCACCCUAGCAACCUAGCCAGAAAAGCAAGUGGCAAGAGGAUUAUGGCUAACAAGAAUAAAUACAUGGGAAGAGUGCUCCCCAUUGAUUGAAGAGUCACUGUCUGAAAGAAGCAAAGUUCAGUUUCAGCAACAAACAAACUUUGUUUGGGAAGCUAUGGAGGAGGACUUUUAGAUUUAGUGAAGAUGGUAGGGUGGAAAGACUUAAUUUCCUUGUUGAGAACAGGAAAGUGGCCAGUAGCCAGGCAAGUCAUAGAAUUGAUUACCCGCCGAAUUCAUUAAUUUACUGUAGUGUUAAGAGAAGCACUAAGAAUGCCAGUGACCUGUGUAAAAGUUACAAGUAAUAGAACUAUGACUGUAAGCCUCAGUACUGUACAAGGGAAGCUUUUCCUCUCUCUAAUUAGCUUUCCCAGUAUACUUCUUAGAAAGUCCAAGUGUUCAGGACUUUUAUACCUGUUAUACUUUGGCUUGGUUUCCAUGAUUCUUACUUUAUUAGCCUAGUUUAUCACCAAUAAUACUUGACGGAAGGCUCAGUAAUUAGUUAUGAAUAUGGAUAUCCUCAAUUCUUAAGACAGCUUGUAAAUGUAUUUGUAAAAAUUGUAUAUAUUUUUACAGAAAGUCUAUUUCUUUGAAACGAAGGAAGUAUCGAAUUUACAUUAGUUUUUUUCAUACCCUUUUGAACUUUGCAACUUCCGUAAUUAGGAACCUGUUUCUUACAGCUUUUCUAUGCUAAACUUUGUUCUGUUCAGUUCUAGAGUGUAUACAGAACGAAUUGAUGUGUAACUGUAUGCAGACUGGUUGUAGUGGAACAAAUCUGAUAACUAUGCAGGUUUAAAUUUUCUUAUCUGAUUUUGGUAAGUAUUCCUUAGGUUUUUCUUUGAAAACCUGGGAUUGAGAGGUUGAUGAAUGGAAAUUCUUUCACUUCAUUAUAUGCAAGUUUUCAAUAAUUAGGUCUAAGUGGAGUUUUAAGGUUACUGAUGACUUACAAAUAAUGGGCUCUGAUUGGGCAAUACUCAUUUGAGUUCCUUCCAUUUGACCUAAUUUAACUGGUGAAAUUUAAAGUGAAUUCAUGGGCUCAUCUUUAAAGCUUUUACUAAAAGAUUUUCAGCUGAAUGGAACUCAUUAGCUGUGUGCAUAUAAAAAGAUCACAUCAGGUGGAUGGAGAGACAUUUGAUCCCUUGUUUGCUUAAUAAAUUAUAAAAUGAUGGCUUGGAAAAGCAGGCUAGUCUAACCAUGGUGCUAUUAUUAGGCUUGCUUGUUACACACACAGGUCUAAGCCUAGUAUGUCAAUAAAGCAAAUACUUACUGUUUUGUUUCUAUUAAUGAUUCCCAAACCUUGUUGCAAGUUUUUGCAUUGGCAUCUUUGGAUUUCAGUCUUGAUGUUUGUUCUAUCAGACUUAACCUUUUAUUUCCUGUCCUUCCUUGAAAUUGCUGAUUGUUCUGCUCCCUCUACAGAUAUUUAUAUCAAUUCCUACAGCUUUCCCCUGCCAUCCCUGAACUCUUUCUAGCCCUUUUAGAUUUUGGCACUGUGAAACCCCUGCUGGAAACCUGAGUGACCCUCCCUCCCCACCAAGAGUCCACAGACCUUUCAUCUUUCACGAACUUGAUCCUGUUAGCAGGUGGUAAUACCAUGGGUGCUGUGACACUAACAGUCAUUGAGAGGUGGGAGGAAGUCCCUUUUCCUUGGACUGGUAUCUUUUCAACUAUUGUUUUAUCCUGUCUUUGGGGGCAAUGUGUCAAAAGUCCCCUCAGGAAUUUUCAGAGGAAAGAACAUUUUAUGAGGCUUUCUCUAAAGUUUCCUUUGUAUAGGAGUAUGCUCACUUAAAUUUACAGAAAGAGGUGAGCUGUGUUAAACCUCAGAGUUUAAAAGCUACUGAUAAACUGAAGAAAGUGUCUAUAUUGGAACUAGGGUCAUUUGAAAGCUUCAGUCUCGGAACAUGACCUUUAGUCUGUGGACUCCAUUUAAAAAUAGGUAUGAAUAAGAUGACUAAGAAUGUAAUGGGGAAGAACUGCCCUGCCUGCCCAUCUCAGAGCCAUAAGGUCAUCUUUGCUAGAGCUAUUUUUACCUAUGUAUUUAUCGUUCUUGAUCAUAAGCCGCUUAUUUAUAUCAUGUAUCUCUAAGGACCUAAAAGCACUUUAUGUAGUUUUUAAUUAAUCUUAAGAUCUGGUUACGGUAACUAAAAAAGCCUGUCUGCCAAAUCCAGUGGAAACAAGUGCAUAGAUGUGAAUUGGUUUUUAGGGGCCCCACUUCCCAAUUCAUUAGGUAUGACUGUGGAAAUACAGACAAGGAUCUUAGUUGAUAUUUUGGGCUUGGGGCAGUGAGGGCUUAGGACACCCCAAGUGGUUUGGGAAAGGAGGAGGGGAGUGGUGGGUUUAUAGGGGGAGGAGGAGGCAGGUGGUCUAAGUGCUGACUGGCUACGUAGUUCGGGCAAAUCCUCCAAAAGGGAAAGGGAGGAUUUGCUUAGAAGGAUGGCGCUCCCAGUGACUACUUUUUGACUUCUGUUUGUCUUACGCUUCUCUCAGGGAAAAACAUGCAGUCCUCUAGUGUUUCAUGUACAUUCUGUGGGGGGUGAACACCUUGGUUCUGGUUAAACAGCUGUACUUUUGAUAGCUGUGCCAGGAAGGGUUAGGACCAACUACAAAUUAAUGUUGGUUGUCAAAUGUAGUGUGUUUCCCUAACUUUCUGUUUUUCCUGAGAAAAAAAAAUAAAUCUUUUAUUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1283.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1362.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 1052.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(((((((((((((((.....))))..((((.(((((...(((((((((((..((((.((((((((...(((....((((....)))).....(((((((...((......))..)))))))(((((((.(((((((((((((((.(((((.((((.((((..((((((((((........))).........(.(((....))))((((.(((...(((((.((((.(((..((((......(((((....)))))))))..))))))).))).))))).))))...))))))).)))).)))).))))).(((....))))))..))))))))).)))...))..)))))((((((........)))))))))....)))))).)).)))))).))))))))))))))))))(((((((((((......)))).(((((.((((..((((.((....))..))))..))))))))).))))))).....((((.((.(((((((...(((.(((.(...(((((......)))))....((.((((....))))))..).))))))))))))).))))))(((((.((((..((((((((....)))))....)))..))))...))))))))))).((((.((((.(((..(....)...(((....))).))))))))))).((((((((((((.((((((((.........(((((((((((((((((((((.....(((((..(.(((((....(..((((((((((((((((((((((....(((.(((((((......))))))))))..))))).)))).)))))...))).)))))..).....))))).)..)))))...........(((((((....((((((((..........)).)))))))))))))..))))))).((((.(((((((.............(((....)))(((((....((((((((((.(((.((((((..((((((((((((((((((.((((((((((......))))((((...))))(((((((((...(.((((((.((((((.(((((((((((.((...((((((.(((.(((.(((((....))))))))....(((((((.((.((((.((((((.(((...((((.(((.((((...((((((((((((((((((.((..((((((((((((((.(((.(((((......))))))))((((..........))))..)))).))))))))............((((((((((((((.(((((((((((((....))))).((.(((((((((......)))..)))))))).(((((((...))))))).......)))).)))).))))))....((((((((..((((.(((((...........((((((.(((...))))))))).((((.....)))).....((((......)))))))))))))..)))))))).(((((((((((((......))))))).......))))))))))))))((((((...((((.(((((....(.(((((((.((.((...(((((..((((((((................))))))))..)))))...)).)).(((((.((((((.((((.........))))..)))))).)))))(((.((((((.(((..(((((((((((((.(((.................)))...))))).)))))..)))...))))))))).)))..........(((((....(((((((...(((((((((((.......))))))))))).....(((((((((......)))))))))....)))))))...))))).((((........))))....(((..((((.......))))..)))..))))))))..))))))))).))))))(((((((.((.((...)).))...)))))))....))..)).))))))))))..))))))))...))))...(((((((.........))))))).......((((((.......)))))).....(((((((((((....)))))))))))((((((((.(((((((((((((....))))).)))))......))).)))))))).....)))....)))).)))..)))))))))).)))))))))...))).))))))..)).))))))((((....))))(((.(((((((((...........((((((((((((((((((..........))).)))))))..)))))))).........(((((((.((.....)))))))))((((.((........))))))))))))))).)))....(((((......(((((.....)))))......)))))...))))).)))))).))).))))...)).)))))))..((((((((((((((((.......))))))..))))))))))....(((((((((.........))))))))).........)))))))))))))((((((((....)))))...))).......)))))))))))..))))))..)))))))...............))))))...))))).....))))))).)))).(((.........((((....)))).........)))........))))))))).)))))))))))))))))......(((.((...)).)))..))))))))...((((...(((((.((((((((.((..((((((((((.((((((((((((((..(((........)))((((.(((((...)))))...))))(((((.......))))))))))))))))))).(((((.........))))).((.(((((((.....(((.....(((((.....((((((............)))))).))))).....))).))))))))).......((.(((((((....((((((((......))))....((((((((..............))))))))...........((((((((....)))).))))..))))..))))))).)).........(((((((((((((((..((....)).)))))...))))).)))))))))))))))(((.(((((((((.(......(((((((((...........((((........))))(((((.......))).)).....)))))))))......).)))))))))...))).............((.((.((((((.((((((............(((((((((((.....(((.(((((((((((((((..............((((....((((((...........)).))))....)))))))))))...))))))))))).....)))))))))))((((((...(((((...(((((.((.(((((((....))))).......)).)).)))))...)))))..)))))))))))))))))).)))).(((((.....)))))......)).)))))).)).)))))..)))))))))))))))(((((.((((.(((((.(.(((((...(((.(((((((((((((((((...........)))))))))))))....)))).)))...))))).).)))))...)))))))))..............(((((((.(((((((..((.(((((((((((.......)))..))).))))).))....(((...(((((((...((((((((.(....)))))))))))))))))))((((((((..((((((...((((....)))).....))))))..))...))))))....)))))))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{(((.(((((.((((((((({{{,,|||(((((((.(((((...(((((((((((..((((.((((((((..{(((....,,,{||{,|........{((((({...((......||..}}}}}|}{((({(({(((((((((((((((.(((((.((((.((((..(((((((((({.....,,|||.{..,,,,||.||||,,.})),((((.({{...(((((({(((.(((..(((({{{{.,(,,,,..,.)))))))))..)))}))).))).))))).))))...})))))).)))).)))).))))).(((....)))))),.})))))))).}}}.,}))}.)))))||||||}},,....}}}})))))},..)))))).)).)))))}}})))))))))))))))))|||{{{{((({......,))).((((,,((((..((((.((....))..))))..))))))))).||||||}||,..,}}.))))|||||||,{,((({((({(...(((((......)))))..,,{,.((({,.,.,}))}}},}.))})),))}))}}.))))).|||||.||||..|||(((((....))))|,,,.,.,{{||||{..,.,))))))|{{{({(.{{(({{((..((((.{...(((....))).}))))})}))).((((({({{{{{.|||||{((,,,......{{|{{((((((((({{{{,{,||,..,.{(((.{,((((....)))).||||}}{((((((((((((((....((,,(((((((......))))))))))..))))).)))).))))))|||||{{||{...{{{...{{{{{{{{{||{{{{..{{..,{{((..((((....,(((((((.....{{{{.,,.,,,,,,,,)))),.}}||}}}..,.}}}}..|},||,.}}..||||||..{,{({|{{.{{{{{{,,,|{(({((((.{((,(,,,(({{(({((((({{{(((((((.(((((({{{{...,,,|||||{{{...}|||(((((((((..,{.((((((.((((((.(((((((((((.((...((((((.((,.(((.(((((....))))))))..,,{((((((.((.((({,((((((.(((...((((.(((.((((...((((((((((((((((((.((..{((((((((({(..((((.(((((......)))))))))..}}....((((({..(((((((..(((({...{{{{{.........(((((.((....)).)))))(((((....)))))((((((..(((((((((((((..((((.......)))).))))))))|((((((((((((((((((((....{{{{,((((((((..((((.(((((...........{(((({{(({...})))))))}.{{((,....}}},,,,.,((((......)))))))))))))..)))))))),}}|{{.(((((((......))))))),,...,.|{({,.{{{|,{||..{{({{{.{((.,{,..,,}.},}})|,,,,,..,,}}}}},}}},,|}}..}}}..))))).)))))..))))))))))),...........,.(((((.((((((.((((.........))))..)))))).)))))(({.(((((,{(((.,(((((((((((((.,(({.{,,...........,)),,,,))))).)))))..))).,.))))))))).)}),....,)))).)))))),,|||,{{{.,.(((((((((((.......))))))))))).....(((((((((......)))))))))..,,|}}}}}},,,}},....})))).))))))).}))))))...((((.......))))...,,...})))))))}.............((((((((((.((.({...}).))...)))))))))).,)..)).)))))))))}..))))))))...))))...(((((((.,.....,.))))))).......((((((.......))))))....,(((((((((((....)))))))))))((((((((.(((((((((((({....})))}.))))),.....))).)))))))).....)))....)))).)))..)))))))))).)))))))))...,}}.))))))..)).))))))}}|{...{|||((((,({{({(({(,,.,,,,....{|||{{|||{{{|||{||,}},...,|.}}},}}}}}}}..}})))))}..}}}},.,{((((|{{((|...}))))))))}{({(.{{........}})))},||||}|||{,||{,..||}}}.}}}},}|||{,,..........,,...,,,}}}}})))).)))))).))).))),...)).)))))))}.((((((((((((((((.......))))))..))))))))))....{(((((((({{.,,....,))))))))}.}}}....})))))))))))}.,,(((((....)))))..})),,},}}}}))}))))))))|.}|)))),,))))))),,.............)))))))))..,}})....))))),)}})})})),.........((((....))))........,}}},.,,...,))))))))},}})))}))))))))}}}......,{{,{{..,})}},},.))))))))...((({.,.(((((.((((((((.{{..(((((((((({((((((((((((((...{{,.,....(({{((({.(((((...)))))...}))}|{|}},....})))},.)))))))))))))).(((((.........))))).,,.,{{{{{{,,,...{({{,,.(((((,,,..((((((............)))))).})))}.....,},})))})))}}|...{{,((.(((((((....((((((((......))))....((((((((...{{,....},..)))))))).,,......,.((((((({....}))).))))..})))..))))))).)).},,.,,..{((((((((((((((..,,....}}.}}}),..}))))))}})))))))))))))....{{({{((((,(,.,,,,(((((((((.....((..(((((.,.{.....,.,,,,|}.)))))..))...,.....))))))))}......,.))))))})),,,)},......{{,,,,,||.{(.((((((.((((({.,,......,..(((((((((((.....,(({(((((((({((((({......,,...{{{.((((.{{(({..,.......},),))..)))}.}}).}}})))))}.,.)))))))),))}....)))))))))))((((((...(((((.{{((((({{,{(,(((((....))))).}}....})})),}})),...)))))..))))))}))))))))))).)},..(((((,...,)))))..,}},)).)))))).)).)))))..}}))|||||||||||(((({.((((.(((((.(.(((((...(((.{((({((((((((((((...........))))))))))))}.,,,}})).)))...))))).).)))))...)))),))}}.,,}},,...}}},{((((((((((((((..((.((((({(((((.......)))}.,,}.))))).))..,,{{{...(((((((...((((((((.(....))))))))))))))))||||{{({((({{(({{{{...,,,,,,,,))),.....}))))),,}}..,))))))},,.)))))))))))))).......,,,,,....,,.,.....
Back