Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_022037.4
Sequence Length
4601 nt
GC Content
0.3641
GCCGCCAUCUUGUAUUGGGGUUUCAUUGUUCCCGCUGGGCCGGGCGGUUUAGUGUAAUUGCCGCCGGAGGAGGAGGCGGAGUAACCUCUGGUCAGCCGAGAAACCCCACUAUCCUGUAGCCAUAACCGCUUAAACGAUUUGGGAGGUAGUGAAGGGCAGGGAGCUGGACCUGGAGGCGCCGCCGCGACAGCAGCAGCCAUGGAGGACGAGAUGCCCAAGACUCUAUACGUCGGUAACCUUUCCAGAGAUGUGACAGAAGCUCUAAUUCUGCAACUCUUUAGCCAGAUUGGACCUUGUAAAAACUGCAAAAUGAUUAUGGAUACAGCUGGAAAUGAUCCCUAUUGUUUUGUGGAGUUUCAUGAGCAUCGUCAUGCAGCUGCAGCAUUAGCUGCUAUGAAUGGACGGAAGAUAAUGGGUAAGGAAGUCAAAGUGAAUUGGGCAACAACCCCUAGCAGUCAAAAGAAAGAUACAAGCAAUCAUUUCCAUGUCUUUGUUGGUGAUCUCAGCCCAGAAAUUACAACUGAAGAUAUAAAAGCUGCUUUUGCACCAUUUGGAAGAAUAUCAGAUGCCCGAGUGGUAAAAGACAUGGCAACAGGAAAGUCUAAGGGAUAUGGCUUUGUCUCCUUUUUCAACAAAUGGGAUGCUGAAAACGCCAUUCAACAGAUGGGUGGCCAGUGGCUUGGUGGAAGACAAAUCAGAACUAACUGGGCAACCCGAAAGCCUCCCGCUCCAAAGAGUACAUAUGAGUCAAAUACCAAACAGCUAUCAUAUGAUGAGGUUGUAAAUCAGUCUAGUCCAAGCAACUGUACUGUAUACUGUGGAGGUGUUACUUCUGGGCUAACAGAACAACUAAUGCGUCAGACUUUUUCACCAUUUGGACAAAUAAUGGAAAUUCGAGUCUUUCCAGAUAAAGGAUAUUCAUUUGUUCGGUUCAAUUCCCAUGAAAGUGCAGCACAUGCAAUUGUUUCUGUUAAUGGUACUACCAUUGAAGGUCAUGUUGUGAAAUGCUAUUGGGGCAAAGAAACUCUUGAUAUGAUAAAUCCCGUGCAACAGCAGAAUCAAAUUGGAUAUCCCCAACCUUAUGGCCAGUGGGGCCAGUGGUAUGGAAAUGCACAACAAAUUGGCCAGUAUAUGCCUAAUGGUUGGCAAGUUCCUGCAUAUGGAAUGUAUGGCCAGGCAUGGAACCAGCAAGGAUUUAAUCAGACACAGUCUUCUGCACCAUGGAUGGGACCAAAUUAUGGAGUGCAACCGCCUCAAGGGCAAAAUGGCAGCAUGUUGCCCAAUCAGCCUUCUGGGUAUCGAGUGGCAGGGUAUGAAACCCAGUGAAUAAGGACUCCAGAAUCUAAAGCCAGUGGCUUGAGGCUACAGGGAGUGUAGUAAAGCCGUUGUUUACUUAAAGAUUUAUCAAAUCAGUCAGUGCAAAUGUCAGAUACAAUGUAUUUAUUUAAAAGAUUCAUUUUUAAUCAUGAAAUUACUUAUCAUCCACAUUGUUUUAAAAAGAAACAAGAUGCUGGAUGUCUGCCAAUUUUUGCCUUCAUUACCUUUUUUGAUAAAGUUUCUCAGAUCCUUGUUUCAAACACAAAUGCAGGGAUUGCUGCCACUUUUUAACUAUUAAGAGGCAGAAAAUUGCACAAUAUUGAACUUUUUUCCACUGAAGUAGUGUGCAGUUCUAGUUUGCAUUCCUGAUAUGAUUUAAAACAUGUAAUAUAAAGAUGUUAAAAAAAAAAACCAAAACUGUGCAGAGUCUAGAAGUUGUUUGUCAUCUUCAGCUUGUGCACAAUUCUGUUUUAGGUUAAAAAAAGGCAUUGUUUGAGCUGUCCCAUCUCCACUGUUAUCCCUUUGGGGUUUUUUAAUAUAAAUUAUUAGUUUACAUCAUUUUUGUAUCUACAUCUUUUUUCACAAAUUUGUCUUGCCUUAUUAAAGUUCUGUAAAAUAUACUUAAAUGGAAAAAAUGAUGUUCAUUUAGAUUGAAAACUUUUCUCAGAUGGAUUGAUAAUUGCAUUCAUCUUGUGUUUUAUAUGAGAAGGUGCCUCAAGAAUUUCCUGUUGGAUUUGUUUAAAAGGAUUUUUAUCUUUCGUGAUAAACUUUGCUGUGUACCAGGAACUAUAAAAACAAAAACUUGUUACUAAAGAAAAUAUCUGAAAUGUGAUAAGUUCUUAUGCCAUGUUAAUUUCAUGUGUCAACUUCAACAUUUACAUGUAUUAUUUCAUUAUGUAAAAUGUUUUAGCAAUUUAAUAUUUUGCACAGUUAGCAAACUUUGUAUGUCAUUUCCUUCAAGGCAUCAUGCAGAGUUGACAUGAGAUUUAUAAGGUUUUAAGUUGUUUGCAUGUGAAAAUCAAAUACAUACUUUGGUAGUCUUUGAAUACAAAGUCAUCUGCUCUUGUUUUUCAAGAAUUUUGAGACACAAAGUUGUAUGUAAAGGAAUAUAUUAAUUUGCCGUUUUCUAGGUAGAUUUGCUCAAAAAGAGUGAAUCAACUUAAUAUGUACAAAUGAUAGCUGUGAAACUGUAGAAUAUCUUUGUGUCAGGCUUGGAGUUCAUUGUGACCUCCAAAUUUUGCCUGAAGGACCAGCUGGGCAAAGCAUCUUUUAAAUGUUCAGAGGCCAAAAGAUAAACAAAAAAAAAACCUUAAAAUCCUACCUCUUUAAACAGCCUUCAGAUAAGAGAAUCCUCAGUGCAAUCAUUAUUUUGAUUCGUUUGGUACCUGUUUUCCUGGAGUUCCCGAUUUUAUUAUUUUGGGGUGGCUCCAAGCAUUAAGAGGUUUAAUCUUUGAUGGCAUUGUUCUAGUUUUGAAAUUUCUAGUAUAUUUCAGAGUCUCUUAGAAGACUUGUGUGGGAAGUUUCACUUUGUUUUCAGUGAAGAUCACAAACCUCCUUCUUCCUUUACUCAAGAGGAAAGGUCCCAGUAUACAUAUUUGAAUGGUUGAUGGUUUUCAAGACCUUCAGGGAGCUCCCUGCAUUUUACCUAGAAACAGAAAAGGCCCGCAAAAUCUUAAGUUUCCUGGCCUGCAUUUCCCGGGUAGGGGCAAAUGACUCCAAGCUGGUCUCUAAGCCAAUACCCUUAUAAACCAGAGCCCAGGAAAGACAGCUCGAGUGUAUAAUUCUCUGGAGCUCAAUUCUAUGCAGUUGUGCUGAUAUUUCAUUAAGUCACUGUGUAUUUUUAAGUGUUGAUACAUUAAAAGUCGCUUUAUGGAAGAUGAGUAAAUUUUUUAAAUACUUGGAAAUUUUAUUUCCUUGUUAACUUCUACAGAUCAGGGCAUGCAACCAAAAGCAGCUUAAAUGAAAUAUUUUAAAAUAAAAUAUCAGGAAGCUAUUUUUAGAUUUCUUCUGGCUUAUGUUUCUACUUUAGGACCCUCAUUGUUCUCUUAUUAAAAAAAAUUAUUUCCUGUGCAUCUCAUGGACUGCAGGGUAAAUUAUUUGGGCAUAAAUAAUUUAAAUAGUUUUCUUUCAUUUUGACUAUCUCCAGUAAUAACAGUUUUUAUUAUCCAGCAUAUUGGCUUAUUGCACAAAUCUUAAAAUGUACAUUGACUACUUUCUGAGAAGAAAGUGGUAUCAGUACUCAUGAUGAAAAGGUUACUACUGAACAAAUUCACAUUUCAGGAACACCUCUAUCUUUGGUUUAAAUCUUACUCUUAGUUUUUCCGUCUAAAAAUCAUACUGGUAUUAGUAUCAGGUAAGGAAAUUAAAGUUUUUAAAAUGGUUUCAUUCUCUGCAAUAUGCAAAAUUUAGAUUUUACUUUCUGGUACUGUAAAGAACCUGAAGUGAUUUACACUUAAUGGGUGAUUAAUCCAGUAUUCUUUACCCUGAAUGUUUGGAUAUUAAAGUUCCUUUAUGUUUUCUAUAACCUGUGGGAUCUUCUUGCAGUGAUUAUUGUGUGUGAGAUUUUUUUUCUUUUUGGUCUAUCCAUAUUGUUAUAUUCACUCAGGUAUUUUUUUUUUAAUCUUAUUCCAGAAUCAGUGGUUUAUAUUGGGUUACUGUUUAACACCAAAUGGAAUUGGCAUUCUGCAGAUUUAAUUAAUUAUGAAACCAGGGUCUCAUUUUCCUUGCUGAUACUUGUUGAAAAUGAGAUUCACAUUCUAGUCUUUAUUUUCCUCCUGUUUUGUCCCUGUGCUUGUACAUCUUCCUUUUAUUUGUGUGUUAUAGUUCUAUUCCAUUUGAGAAGGCAGUUGGUAAGAACUAGAUUGCAUGUACAAAGACAGGUUUACUAAGUGCUGUACAGUGGUCCUGAGGUUACAGUUGAAUUAGAAAAACGAAAUGUACUUACAGGAAAUAAGAAAGCAAACCUUUCAAAUGAGAGUGAUGAUUUCUUUAAAAAAAAUCAGUUUUUUUCUCUCAAAUAAUGUUCUUUAUUUCACGAAAUCGUCAAUCUUAAGCAUGAGCAGGGAUAAACAACUCCUAGAAGGAACUCAAUUCAUUCUUCCUGGAUUUUCUCUGUUGUUAAAUCACAAAAAUGAUAGUCCCCAAUCGUUUCUUUAUAGGAGGUUAUUACAUUUCAUUACAGUCACUGCAUUUUGACUGUUGUGUUUAGAAUUUGAAUGUACAUCCAAAAUGAUGAGUUUCAAUUUAAGAGCCUUAAUAAAAUGUGUGAGUGUGUCUCAAUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1192.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1284.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 1247.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((...(((.(((((((((.(((.....(((((.(((((.((((.......(((.(((((.........)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))(((((...(((.(((.((((((...)))))).))).)))....)))))..((((...(((...(((....)))..)))...)))).)))).))..(((((((.....((((.((((((.((........)).(((((((((.(.(((.(((((((..((.........))..))))))).))).).....((((((((((((...((((.((........))))))..))))))))))))((((.(((((......))))).))))(((((....)))))(((((.(((((((((((....(((((((..((((((((((((..(((.(((...((((.((((((....(((((((.......))).)))).((((((((((((.((((.((......)).)))))))).)))))))).......((....))(((((((((...............)))))))))......(((((((.(((((((....((((((((......)))).))))....(((((..(((.(.(((((...((((((((.....)))))))).(((((((((((((((.....(((((.((.((((((((.........)))....((((((.(((((....................((((((.((((...))))))))))....((((.((((.......)))).))))(((((..(.(((.((((..(((((((((.(((((((((...(((.((...((((((.......((((((.(((((..(((((((..((((....))))...)))).)))..)))))..)))))).......))))))...)).)))....))).))))))(((((((...)))))))..(((..((((((....(((...(((((..((((...))))...........))))).)))))))))..)))....(((......)))(((...(((((.....)))))..)))..(((((((((.........((((((....((((........))))((((...(((((((((((.((((((.((...(((.((((((((((........((((...))))((((((((..(((((((((((.((((.(((((((((.((((((..((((((.(((....))).)))))).....((((...))))...((((((((((((.....))))(((((((((((.((.......((.(((((...))))).))((((((.....))))))..)))).)))))))))...((((((((((((..((..((((((((((.((((......................(((((........))))).........(((((((((((((((.....))))))..))).)))))))))).))...)))))....)))..))..)))))))))...)))..(((((((((.............)))))))))..))))))))............)))))....(((((((((.......(((((........)))))..)))))))))...).))))))))))))).))......(((((.(.......).))))).........(((((((((((((((.((.((.((((.((.....)).)))))).)).)))))).....))))).)))).......(((.........))))))))))))....((((((((.(((((((.((((((((.(((((.........(((((((((((..............(((.((((((((..............))))).))).)))..............)))))))))))..))))).))))))))....))))))).))).)))))..........((((((((...)))))))).)))))....)))...((((.(((((....))))).))))..((((((......)))))))))))))).)).)))....))...........((((((((((...(((.....))).....)))))))))).....))))))...))))))))))).))))..((((((((((((...........))))).))))))).....(((((((.(((((((..........(((((((((((......(((...)))...)))))))))))((..((.(((((.(((((((((...(((((((((.((((...(((((.((.(((....))))).)))))........)))).)))(((((.....))))).....(((((.((((...((((((......))))))...))))..))))).(((((.(((((((((.....))))))))).))))).....((((((.((((.(((........)))..))))))))))((((((((((((.(((...))).)))))).....)))))).((.((..(((((((..............))))))).)))).......))))))....)))))))))))))).))..))......(((((((((((((.(((....)))...(((((((......))))).))((((.((((.......((((((((((((..........))))))..))))))........(((((((.((((((((.((((..((.........(((((((((..(((((....((((((......))))))))))))))))))))))..)))).)))...)))))...)))))))....(((((((.....))))))))))).))))......)))))))).)))))..(((((...)))))..(((((....))))).......(((...........)))...))))))).)))))))..))))))))))))))).(((((..(((....((..(((...)))..))...)))..)))))...........)))))))))..)))).))).)..)))))))))).))))))...........))))))).))))).)))))))))))))))(((.((((((((.(((....))))))))))))))....((((((((......)))))))).......((((((...))))))((((........)))).(((((((.(((........)))))))...))).((((((((...))))))))..((((((.....(((((.....))))).....))))))..))))).))))...)))))...................))))))))))....))))))))))))))(((((((((((....)))))))))))....))).))))))))))))))).....(((((.((((..((((((((((........(((((.....)).)))..........((((....((((((((((....))))))))))....))))..)))))))))).)))).)))))................(((....)))(((....))).......))))))).....)))))))))))....)))))((((((....))))))...((((((.(((((.........(((((((((..((((((..((((............(((((((..(((.((....)).))).)))))))....(((((...)))))..(((((((((((.....(((((((...((((((.....(((.((((.((.(((......))).)).)))).)))((((.(((((.(((...((((((((((............)))))...)))))....))).)))))))))....................)))))).)))).)))..)))))))))))((((((......)))))).....))))..))))))...........)))))))))(((((((((((((...((........)).)))))))))))))..........))))).))))))((((((((((((((((((..((((.....(((....(((((((((..(((((((...(((.(((......))).)))..)))))))....))))..)))))...)))........)))).)))))).))(((((((((.(((.(((...........)))..))))))).))))).....(((((.....)))))...(((((.((((((((((.....((((((.....)))))).....((((((......))))))...)))))))))).))))).))).))))))).........((((((((((((((................(((((.((....((((......))))....)).)))))......)))))))).))))))....)))))))))...(((((((........)))))))...((((..((.(((((..(.((((......)))))..))))).))..)))).........))))))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{((,({{{{((,(((((({((,(({...{,((({{{({,(({((({.......,|,}||}||,|,{{{||,|||||.,,,,|||||||||||||}}},,,|||||,|,|(((((...(((.(((.(((((,...}))))).))).)))....))}))}.||||,,}|,|}}}||.}}}}){{..,,)}.{||||{{|{{.{{{{(((((((.{{,((((({,(((({,((,..,,..,||,((((,(({.{({((,.,,,,,||||||.,,}},,,.},,}))}}))),)}}|},....,{((((((((({.,.((((.((........)))))).,))))))))))))||||,,,||,}}}}}.|||||{||||(,,,,..}}))))).}}}}.(((((((((((,...((((((({,((((((((((((..(((.{((...((((.((((((....(({{(((.......})).}}}},(((((((((((,{((((.((......)).)))))))).)))))))}....,.,{{,,,,}}(((((((((...............))))))))).,}}},||||((,{(((((((,...((((((((......)))).))))...,(((({.,(((.(.(((((...((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....{((((.((.((((((((.........)))....((((((.(((((,,,,.{{.{,..........((((((.((({...))))))))))....((((.((((.......)))).)))}{((((..{.(((.((((..(((((((((,(((((((((...(((.((...((((((.......((((((.(((((((((.((((..((((....))))...)))).))))})))))..)))))).......))))))...)).)))....)))}}}))))|((((((...))))))},.{({,,((({((((((((((((((((((.......(((((((..{(({...((.(((((((((((,{{{{{....,{{|,..|,((((((..,{(((,.{{{.||((({{,||.{{,...,,|.||||..}}}||}}..},}..))).,,.}))))),,{((((({{{{{{{||,,}}}}}},|||,,|,|||.{{((((((((.{,,..,,{({{...}}}}|,}|{{{{..((((((((({{.((((.(((((((((..(((((..((((({.(((....))).}))))).....((({.,,}|||...((((((((((((.....))))((((((((({({(({{.,..,({.{((((...))))}.))|{|{{,.},,,)}}}},..,}}).)))))))))...{{{(((((((((..((..(({(((((((.((((,,,...||||||,,,,,,,,{,{,{{|,,,,,...})))}..,......(((((((((((((((.....)))))),.})).))))))}))).}}...))))),,..,},..}}..))))))))},,,,....(((((((((.............)))))))))..))))))))..,.........)))))||{.{((((((((.,,{,..{{{{{........}})))}.))))))))),,.}.))))))))))))).)),,,,..(((((.{.......,.))))).........(((((((((((((((,((.((.((((.((.....)).))))))})).)))))).....))))).)))).......{((.,.....}.})}))))))))),,,.,|,,{{(({.,||))},.,{{{{({,,,{{,||,||{..,((({{{,{{{||||..,{,{,{{{((({,{(({{,,{|,..,,,.,,.,..}|||,.|||||||,,.,.,,,,|}}}})))))}))))),||}}}},|,}|||},...,|}|||||{||||,||,,..,.,}}}}}|||{|{||...)))))))),)))))...,}}|,..(((,..,||}.,,,}|,}}|||||{.,{{|||,,,...)))))})))))))).)).,))})}}}}...........((((((((((...(((.....))).....)))))))))),||,.{{(.(((.{(((((({{{{{{{{{{..((((((((((((...........)))))))))))))...{{{{.........}}||..,,,,.,},||{{(((((((......(({...)))...)))))))))))})))))))))}.))).))),,},.))))}}}))))).)}..}))}.(((((.((((((,,.((((({({{,.|||||,....,},{{(((.....))))},,}}.))))),)))))))))))((((((((({{{{{{{{.,((((........)))}(((((((((.....))))))))).,.)))}}}}}|,{,,,{((,{{(,({{{{{{{.,,|..|||||||,,.((((((((((((.(({...})).)))))).....)))))).((.((..(((((((.,,....,,.....))))))).)))).}}}}}}}.....................{{{{{{,.,,,..{|{{({{.((({,.,,(({,..{|||,{{(((((((......))))).....||..,,,.....,,((((((((((((..,....,..)))))}..)))))).))}},..|||||||.,||}|}}}.}}},.}|},..,,...((((((,,,,..,,,||}}}}{(((((......)))))}},))))))))))))))..,))}.))}|{||}}}},,},,,,,,,....}))))))))))))))).....)))))))))..,,,...,|,|,|{{{{{.{{{{..,,,)))),))|(((....)))}))))))))).....}}}}},..{{{{{.{.,{{,,.....,)}}.},)))))|,,},,},.(((((..(((....((..((,...}))..}}...)))..)))))........,..)))))))))..)))).))).),,))))}))))).))))))...........))))))).))))).)))))))))))))))),(,(((((({({(((....)))))))))))})}....{(((({(({{{{..|,||||||...,,..((((({...)))))),,||........}}}}.,,,((((.(((........)))))))...}|,.((((((((...)))))))),|((((((,{...,|||{,..,.))))),,,},}))))}..))))).)}))...)))))...................))))))))))....},}}))))))))))(((((((((((....)))))))))))....))).))})))))))))))).,,..(((((.((((..((((((((((...,....,{{{{.....)).}},..........((((....((((((((((....))))))))))....))))..)))))))))).)))).)))))......,,,.......,||,..,||,........))}......))))))).....)))))))))))......{(((((....})))))((((..((((((.(((((.........(((((((((..((((((..((((..{{{{{..,..{(((((({,(({.{{...,||.|||,|}}||||..,.{(({...,|||||,,(((((((((((,,...{{{{{||,,.{{{|||,....(((.((((.((.(((......))).}).)))).))}((((,((({(.{{{.,.{{{{({(({.............))}}.)))))))}....}}}.)))))))))....................}))))),}})).)))..}}}}|||||||.,,,.|,,}.}}}},,})}})}.))))..))))))...........)))))))))(((((((((((((...((........)).)))))))))))))........,.))))).)))))))))).,|||||||||||{||||,,,|||}|||,,..{{(((((((..(((((((...(((.(((......))).)))..)))))))....)))).,))))),{.||},.......,,||}}},}}},,,(((((((({,(((.((,...........},}..))))))).))))).....(((((.....)))))...(((((.((((((((((....{((((({....,)))))}.....((((((......))))))...)))))))))).))))),}},...|||||||}}|}...,((({,((((((,,........,}}}}}..|||||.||,}}}||||......}}},.,,})).,},)),,}},.}}}}}},},))))))}}..,,,}|,,,|..,(((,((({.{{{{{{||,,}||.{,{(((..({.(((((..{.((((......))))}..))))).))..)))),.,,,}}}})))))))),)))),,,,....,..
Back