Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_022171.3
Sequence Length
1930 nt
GC Content
0.5378
AGUCAUGGCGGAGUCCUGGUCUGGGCAGGCCUUGCAGGCUCUGCCGGCCACGGUGCUGGGCGCGCUGGGCAGCGAGUUCUUGCGGGAGUGGGAGGCGCAGGACAUGCGCGUGACCCUCUUCAAGCUGCUGCUGCUGUGGUUGGUGUUAAGUCUCCUGGGCAUCCAGCUGGCGUGGGGGUUCUACGGGAAUACAGUGACCGGGUUGUAUCACCGUCCAGGUCUGGGUGGUCAGAAUGGAUCCACGCCUGAUGGCUCCACGCAUUUCCCUUCGUGGGAAAUGGCAGCAAACGAACCUCUCAAAACCCACAGAGAAUAAGGGAAGGCAGCAGAGGGUCUCCAAGGGCAUCACUGGGUCUGCUGGCUUCUACACUGGGUUCUGCUACUCCCCAGACCUCAGGGACAACUGCCGGGGGUUCAGGGUUGGUAGCAGGGAGUACCCAGUGCCUACAGGGCUGGGCCUCUUCUGCCUCUUAAGCCUGCUCCCUCACCCAGGCACUGGGCAAGUGAAGAGUUUGCCUGUACUCUUAUCUGGGUGCCUUAAGGAGAGAGAUUGUGUUCUUCCUCUCUCAGGGGUGAUAACUCAGGAAGCCUCUGGGUUGGGAAGACCAUCAGUUCUUUUGUCUUAGGUUUCUUUUCCUGUCCCUCUUCCAUCCCCAAGAUGUGACCCCAUAAAAAUUUUUCCUGAGUUGGCCAGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGCAGAUCACGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGACCAACAUGGUGAAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGCACACACCAGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGGAGAUUUGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCGCCGUUGUACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAAGACCCAUCUCAAAAAAAAAAUUUUUUUCCUGAGAGGAAGCCUGAGGUUGACCAGCUCUGGGGUUUGUAAGGCAGGUCUGUUUUCUCCUAGGCCCUGAGUUUUCUGAAUCUCUGGUUUUGCUUUGUUGGCAAGGAGCCAGGGAAUCCUGACCUGAGCCAGACCUUAAGCUCUAUGGUUAUUUAGCUGGCCAUUCAGGUAUAAGGCAGGGUGGUGUACCUGCUGGCACUAUCCAGAUGGAGGCACCAAACACCCACAUACCUGGCCCAACCAGACUUCUCCCGUGAGCCAGGCAAAGGAAAUUGUCAUCUGCCAACUGUCCUACUCAUAUUCCUCUCAGUCCUUCUUGGGGGUAAGCUGAUUACCUGAAGGACAGCUGAACCCCUGGGGUAGCCUCCUAUCCACCACUGCUUAAGUGCCUAUGGGAAUGUGGGUCUGCACCUUGUCCCCUCAUAGGAUGGUACCAAGCAUUUAGUGCACAGUGGCCCCAUCAUAGCCUGCAGCCUCAUCAUUUCCCAUCUGGACCUGGUACAAAUGCACGUCACAGGCUCAGCUCCUCCCCACUAGCAUUUUCUCUACCUUCAAGAACCAGGCAGCCCUGCCAUGUCACAAUAGGCCAGGGGAGUUUCCAAAGAUGUGGGUGGCAAAUGCCCCUAUAGAAACACCAGUACCUGAAAGCACUGUAGCCCUGGACCUGCCUCCUUCCCUCGGGGCCAUACUUCUGUUUCCAUCUGCUGGGCCACCAGCCACUUUAGUGACCCCUGCCUACUUCCUUCCUGUUGGAUAUCAUACUUCCAUCUGGCUGCCUUUGCUUAAGCCAUCUUUGUGGUAGAGGGGCCCUGGAAUUGCAGCUGUACUGAGGAUGAUGUUAUUCACAGCCCCUGGCCCACCCACUAAUACUACUGCACAGAGUCAGGAUCUCACAUUUCACCCCAGGCUCAACUGAGGAUGUGGCUUAUUAAACACGGAAGUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-718.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -749.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 703.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((((((.((((..(((((((((((.((..(((.((((((.....))))))))).)))))..))))))))((((((.(((.((((...((.(.(((((((((....(((((((((((((..((((((((((.((....)).)))).)))))).((((((((.(...((((..((((((........))))))..)))).(((((.(((((...........))))).)))))..).))))))))(((((((.....))))))))))))))......((((((.....(((((((((.((((.(((((((((.(((((......((((..((((((((((((((.(((((..((((((((((((((((((((..((((((.((........)).))))))..)))..)))))))))....))))))))..((((((..((((((.((..(((((.....(((.((((...((((((((((((.....))))((((((........)))))).)))))))).(((((((.(((((((((((.(((((((..(((((((((.............)))))))))..))))))).)).))).)))))).)))))))...........((((.((((........)))).).)))..................)))).))).))))).)).))))))..)))))).((((((....))))))....))))).))))))))....(((((((.(((...)))...)))))))((((.((((....((((.......................((((.(((..(((((.....))))).....))).))))...((((((((((((..(((((..((((.......((((((..(((((((((((((((((....(((((....((((.(((.(((((.(((((((((((((((...((((..(((((....)))))..))))(((...)))((((((.(..(((((.(((((((...(((.(((.......))))))))))))))))))...).)))))).))))))))))))))).).......((((....))))(((((((((((....(((.(.....).))).....)))))...))))))......)))).))).)))).((((((.(((((((.((.((.((((......((((((((.((((((.((...((....))....)).))))))...(((((..((......((.....))......))..)))))....(((((((....((((((.....))))))))))))).(((..((((...))))))).((((((....((((.....))))...))))))))))))))........)))))).))...))))))).)).))))....)))))...))))....)))....))))))))))............((((.((((..((........))..)))).))))..))))))....))))...)))))..))))).......((((....))))..........(((((((((..(((((......((((((.(((....))))))))))))))..((((.(......).))))...)))))).))))))))))......))))...))))..)))).......(((((....))))).....)))))).))))........)))))..(.((((.........)))).)..))))))))).)))).....)))))))))..))))))..........)))))).....)))).....))))).).))...)))))))..)))))).......)))).)))).)))))).))).((((((..(((((......))).))..(((..........))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,{{,,.,(((((((((((((.((((.,(((((((({{(,((..(((.((((((.....))))))))).))}}),.}}))))))((((((.(((.((((...((.(.((((({{(({{{{(((((({((((((,{((((((((({.{(....}}.|))).)))))),((((((((.,...((((..((((((,......,))))))..)))).(((((.(((({,,,{,....,|)}))).}))})..},))))))))(((((((.....)))))))))))))}......((((((.....{{(((((({...{({((((,{{(((({{(({{.{.,{(({...,.,{{((((({{||{||||..{(((((((((((((((({((,.((((((.((........)).))))))..)))..)))))))))....))))))))|,,,||||||||||{|,{||}||||{},,,.|||||,,|,,}||{{|||{({{{,{{,.||}|((((({..,,,.,,||||}}..}}))))))||,{((|,(((((((((((.(((((((..(((((((((.............)))))))))..))))))).)).))),}))))}.,))}}}}......,,}}}||||,{{{{{{{{{...,,))|},|},...............{{{||||{{||{{||||,{|{|||||,,||||}|..((((({....}))))),{,,,|||||||||{{||,,..({({{{{|{|,...|}||.|))))|)),...||||,...,|||||,.....................((((.(((..(((((.....))))).....))).)))){|||||(((.(,(((((({,,..}})))).}.}}},((((((((.(({{(((((........}}))}))).}})}.}})).||||||,,..||||)},,|||||.(((((.,((((,....)))))..)))))||,{{|,,(((({{,...,((((|{(((|||...{((|{{||||,,,,||}}}}|||}}|||,|||,||||,.{(((((((((((((.....)))}},}})))))))}..|||}{|||{{|{|{(.,,.{{{,{.....)})),.....))))),.,)))))}...,||{.(((((((({.|{..{,||}}}}}})),},,||.{|||,,...{{{||{{{{.((((((.{{,|.|{|...}},..})).))))))....(((,,{{,.,..,||||.,{{{|......,,...,,{,,.}|||,,,{{{{{((((({({{{{.,,,,|||,,|||}||||{{,,}||||((((((....))))))..((((.....)))){,.((((((({(((((.(((((..,{{{.....,...}|((((..(({.((((...))))....)))..))))).,,,..))))),)))).}},}})))))..}|,{,{({{({...,||,.}},.}))).})})||||}|,,,,..}},,...,}|,},,}}}}}}}},..,|||||{{,||||.{|,....,|{||||||||{,|||||,....,||||||,|{{...,)))))))))))))},||||,.}}||,|||||..|,,{|{{{||},}}}}}}.,...},})))))).,,))}},,))))})...,{|||{....)))))|,|,,..)})}))))))),,.,,}}}}},,.,.{||{.........}))}.,|||||}}}},,,},,,}}},,}))))))))}.)))))),.,,,.....)))))),...}))))}....))))}.).))...)))))))..)))))).......)))).)))).)))))).))}.|,,..,.{({(((......))).)).,|})}},.......{{{....)))..
Back