Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_022787.4
Sequence Length
3734 nt
GC Content
0.4569
GAUCUCCGGUAGCACUCGGGCCGGCGGACAGUGAGGGCGCGACAACAAGGGAGGUGUCACAGUUUUCCAUUUAGAUCAACAACUUCAAGUUCUUACCAUGGAAAAUUCCGAGAAGACUGAAGUGGUUCUCCUUGCUUGUGGUUCAUUCAAUCCCAUCACCAACAUGCACCUCAGGUUGUUUGAGCUGGCCAAGGACUACAUGAAUGGAACAGGAAGGUACACAGUUGUCAAAGGCAUCAUCUCUCCUGUUGGUGAUGCCUACAAGAAGAAAGGACUCAUUCCUGCCUAUCACCGGGUCAUCAUGGCAGAACUUGCUACCAAGAAUUCUAAAUGGGUGGAAGUUGAUACAUGGGAAAGUCUUCAGAAGGAGUGGAAAGAGACUCUGAAGGUGCUAAGACACCAUCAAGAGAAAUUGGAGGCUAGUGACUGUGAUCACCAGCAGAACUCACCUACUCUAGAAAGGCCUGGAAGGAAGAGGAAGUGGACUGAAACACAAGAUUCUAGUCAAAAGAAAUCCCUAGAGCCAAAAACAAAAGCUGUGCCAAAGGUCAAGCUGCUGUGUGGGGCAGAUUUAUUGGAGUCCUUUGCUGUUCCCAAUUUGUGGAAGAGUGAAGACAUCACCCAAAUCGUGGCCAACUAUGGGCUCAUAUGUGUUACUCGGGCUGGAAAUGAUGCUCAGAAGUUUAUCUAUGAAUCGGAUGUGCUGUGGAAACACCGGAGCAACAUUCACGUGGUGAAUGAAUGGAUCGCUAAUGACAUCUCAUCCACAAAAAUCCGGAGAGCCCUCAGAAGGGGCCAGAGCAUUCGCUACUUGGUACCAGAUCUUGUCCAAGAAUACAUUGAAAAGCAUAAUUUGUACAGCUCUGAGAGUGAAGACAGGAAUGCUGGGGUCAUCCUGGCCCCUUUGCAGAGAAACACUGCAGAAGCUAAGACAUAGGAAUUCUACAGCAUGAUAUUUCAGACUUCCCAUUUGGGGAUCUGAAACAAUCUGGGAGUUAAUAACUGGGGAAAGAAGUUGUGAUCUGUUGCCUAAACUAAAGCUUAAAAGUUUAGUAAAAAUCGUCUGGGCACAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGUGGAUCACGGGGUCAAGAGAUCGAGACCAUCCUGGCCAAUAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGUGUGUGGUGGCACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGACCCCAGGUGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCACCAUUGCACUCCAGCCUGGCGACAGAGCAAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUUAGUAAAAAUCAAUGGUAAGCUAAAAUAAGUUUUUGUUUGUUUAUUUGUUUUUGAGAUGGAGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCAUGGUGCCGCAUAACUAUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCCGGGAGGCACAGGUUCCAGUGAGCCAAGGUUGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAAAAAAGCAAAACUCCAUCUCAAAGAGAAAAAAAAAAAAGACCGGGUGUGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCUAAGUGGGUGGAUCACGUGAGGUCAAGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAAUAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAGAAUACAAAAAAUUAGCUGAGCAUGGUGGUGGGCUCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUAAGCCAAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAGCCUGACAGCUAGCAGGUUUCAGGAUCCAUCUGCCAAGUUAGUGAAAGGCUGGAGCCUCAAAUCAUACAGAUGAGGGUCAUUUUCUCCUCCUUAGCUUCUUGGAGUUUAAGAGUUGAAGGAGUCCUGAAAAGUAAUGAUAGAGCAAGAUGAAGCUAUCAGAACUGAAUUUGGACUUCCUCUGGGAAACUACACCUAGUUCAUCUGAAGUGUCACGUAAACUGCAGAAAGUUUCCAAUGCUGGAAACUUCUCUCAUACUAUCGUGCCUUCCUACUCAGAAGUGCCUGUGCCCUGCUCAGCUGUGACUACUGACCUCAGGACCUCACUGGACAAGGCAUGUGGGGACCCUUGCAGGAGCCCUGGUAAGGGUACAAUGAUCCUAUUGUUUUUUGUUUUUGAGAUGGAGUCUCACUCUGUCUCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUCCGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUGCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACUACCAUGUCCGGCUAAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCGCCAUGUUAGACAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCUGCCCACCUCGGCCUUCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCACCCAGCCUGAUCCUAUUGUUGCACUAUUUAUGGAGCAACAACUUUGUACAAAGAACAAGCUUUGUACAGAGAACAAGCUUGGCUUUUUCUCCCAACGCCGAGGAUGCUGUUGAUGCUGCCACGUAAUAGCAUAAUUUUGGGUGUCCUCAAGGACAGAACUUCCACUUUGAAUAAUGGAAGUUAGAACAAUGAAUUUCACAGGGGAAUAAAUAUUAAUGACUGACGUGAAGAAAAUAUGCCAUUGUUUAUUCCCUCCUGCAUCAUUUCCAUAAUUUGCUUUUGUACUGUCAAUUUAGAGGAAAUGUGUGAUGCUGGUGUUUUGUUUGGCCUGUUUGUUUGAUGCUGGGGGUUUUAUGUGUUGUACCCUUUACCCCUUACAUUGUGUAAUUUGAAAGUGGCAAACAAACCUGCAGUAAAAGUCCUUGAUUGGCAUCUUCAUUCGGAUGAUGGAGAGCCUUUGUGGUAGUGUUUGCUUAUGUGAACAGCAGGCCUUUCAGAUAAGAGAAGUGGCUUUUCCUUGGUGAUGAAGGGGUAGAGAUUGAGCCAUGGGGAUGGUUUAGGUUAAAGAAUGCUUUUUUUUGGCCAUCAUGAGGAUCUAACAACAGAGUAGAAGGAAGGAUGCCCUAGGUCAGCAUGCAGGGUGGUGGGAGGGCUUUCAUCUUCCUUACCCAAGCCUCUCUUUUCACUUUUCUAGAAGUCCAGAAGUUGUUAUAUGAUGAAAUAGCCUCCUUUAACGUUUAUUUCUGGGUGCCAACGGAGGCCCAUUCCUCUAACAUUCUCAUAAUUUUUCUCAAAGGCCUAUGAUCUAAACAUUUCACCACGGCAUCCACUCAGCUGUGAGGCUGCGUACACAGUCUCCACCUCUGAAAUCUGAACUUCGUUUACCAGUGGUGCUGUUUGAACUUCAUAAUGUCAGCACUUCCUGAACACUUACUGUGUGCUUGGCUUGUGCUCCUGAGUGCCUUAUAUCAUAAGGAAACGGCAAAAUCAGGGGACUGGUAUAAAUGGUGAGCUGAGCUUGAAUCUAAGCUUUGUCUUCAGAGCCAGUACCCCUAAUCUCUCUUUCUGUAAAAUAUUACUUUUCAAAGAAUGAAGUUGUAGCCAAAUCUUGAAAUUUUUCAUUUACCCUAAGUGAGGACAAAUAAAGCUUUCAACAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1498.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1563.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 619.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.((.(((((..(((((((((.((((((((.............(((((((((..........((((((((..........((((((((..((((((.....((((....(((....(((.....((((.(((((..((((((((.(((.....(((.((.(((((...)).))).))...)))....))).....)))))))))))))))))..)))....)))..((((((((((.........))))))))))....((((..((((.....))))..)).))..))))...)))))).))))))))...........))))))))(((((((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((((((.((((((.((((......)))).)).))))....(((((....((((((((........))))...))))...)))))...((((.((((((((((((((((..(((((((........))).)))).........((((...(((....(((..((((..(((...)))..))))..)))....))).(((((....)))))(((((((.((((((...)).)))).))))))).((((((((..((..(((((...((.((((((.......((((((((((((((..((.((((((((.(((((....))))).(((((((((.(((.....))).))).))))))..((((((((((..(((.((.((..(((...(((.(((..........))))))...)))..)).)))))...))))))))))..((((.((((((.(((((((.......)))...(((((..(((((...((((...))))....))))).)))))(((((((...)))))))(((((((.......)))))))......))))....((((((.(((..((...(((((((.(((((....))))))))))))))..))))))))).((((((.........)))))))))))).))))...((((((.((....))))))))........)))))))))).((((((((...((((((((((.(((((.((((((.((((((((((((.((....((((....))))..))))).))).))).....((((......)))).((((((...(((((.........))))).))))))..(.(((((....((((((....)))))).....))))).)....))))))..))).))))).))).)))))))))))))))....((((....)))).))))))))((((((((((.....))))))).................((((((...............))))))....((((((.....(((.(((.(((((((((((((((.........................((((((..(((((.((((((((....((((((....))))))......(((.......(((((.(((((.(.......).))))).))))))))..))))))))....)))))...))))))((......))...))))))))))))))).))).)))..)))))).(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((.(((((((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.(((((......(.((((((((((((...((((..(..(((((((((..(((..((((..(((((((((..((.....)))))))........)))).)))).))).)))))..............((((((((.....(((..((((((............))))))..)))......)))).))))(((((........))))).......((((.(.((((.....((.((((((((((((....))))))))).)))))......))))))))).....)))).)..))))...)))))).)))))).)...(((....)))..((((((((.......)).))))))(((((((((((...))).))))))))((((((....))))))))))).)))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))..))).))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)))))))))))))))))).)))))))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))).))).((((((.(((((((.(((....))).)))))))((((((((((((......))))))))))))...((((...))))((((((((..((((((((((((((((((((((((((((.....((((........))))..((((((((..((((((((..........)))))))).(((........)))...((((((((((((..............................))))))))))))((.(((((((((((.(((.((((.........).))).)))..))))....))))))).))...........((..(((((((((..(((((((((.....(((...))).....))))))((((...)))).......)))..)))))))))..)).......))))))))..(((.((((((((.....)))))))))))..))))))))))))..........)))))))((((((((........)))).))))..)))))))))......))).))))).((((((((....))))))))((((((((((.....))))))))))......))))))........)))))).......)).)))))))))))..))...))))))))..))))))))).))))))))..))).)))))))))))))))))))).)))).(((((((((((((...((.(......).))...)))))...))))))))((....))(((((......)))))..........................)))))))))..))).)))))))((((((.((((((((..(((((((((......)))))).)))..))))....(((((...)))))...)))))))))).(((.(........))))))))))))).....)))))))).))).))))))))))))).)))..((((((...)))))).............(((((((((((.....(((.((.(.(((((((....))))))).))).)))..)))))).)))))..((..(((((..((((....)))).....)))))..)).((((.(((......(((....((((((((((...))))))))))))).....)))..))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.((.(((((..{((((((((.(((((((({{,,{..,.....,{{,{||||}......,{((((((({,....,.,{{{(({((((({.,{,((({....||||.|}}}}}}}}}}||||,.((((((((...((((((..(((((.......,.....}.......)))))..)))))))),})))))..}}.}|}}}||},(((((((((..,{,.{({(...((((((((((.........)))))))))),,,,,,,,..{{{|,...,))))||||.}}..,}))}..||}|||,|||||||},,..,..,...})),,}}}|(((((((({(((.((((((...{.(((((((((((((((((((((,((((((.((((......)))).)),})))...,(((((....((((((((........))))...))))...))))),..{(((.(((((((((((((((({.(((((((.,....}.))).)))).........((({...(((....(((..((((..(((...)))..))))..)))....))).(((((....)))))(((((((.(((((,...,).)))).))))))).((((((((..,{,,(((({..,(,.((((((.....,.((((((((((((((..{{.((((((((.{{({......,,,..(((((((((.(((.....))).))),,)))))..((((((((((..(((.((.((..(((...(((.(((..........))))))...)))..)).)))))...))))))))))..((((.((((((.{{{{{,{.......,,,...(((((..(((((...((((...))))....))))).)))))(((((({...}))))))(((((((.......)))))))..||..,,,,..,.((((((.(((.,({...(((((((.(((((....))))))))))))}},,))))))))).((((((.........)))))))))))).))))...(((((({((....))))))))........))))))))}}.((((((({..{((((((((((.(((((,(((.((,({{((({(((((.((.,..((((....))))..))))).)))}}))....,(({(....,})))}.{{{{{,...{((({.........))))),||||}},.(.(((((.{{{((((({....,))))}.,)}}))))).).,.,))}),,..}))}))))).))).))))))))))))))}....((((....)))).))))))))((((((((((.....))))))).,......,,,......((((((...............)))))}....{|||||.|||,{{{.(((.(((((((((((((((.....,,,,............,}}}((((((..(((((.((((((((....((((({....,)))))||{|,.{{{.......(((((.(((((.{{......).))))).)))))}))..))))))))....)))),,.,))))))((......))...))))))))))))))).))).,},..,,}},}.(((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((.,.(((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((.,.(((((((((((((((((((((((((((((((((({,,{((((((((.(((((((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.(((((,...,,(,((((((((((((...((((..{..((((...((,,((.({(((((..((.(((((..((.....))))))).))..,{{(..((({((((({{{{{{|...,})))))}}}}}||||{{{.}|,,|{{.,((((((.{{....,,..|||}|||,,}}|,,,|,.||}}||||.,{{||,,......))}))}}},||||}|||.,}|.....,,}|}|||(((((((((....))))))))).}}}....}},,))}))))))))))))))).)..)))).,.)))))).)))))).....{{{....))),.(((((({{,......)}.))))))(((((((((((...))),}))))))){(((((....))))))))))).)))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))..))).))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).}.)))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))).,.)))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))).))).((((((.{((((((.(({....})).))))))}((((((((((((......))))))))))))...,,,(.{{||||((((((((..((((((((({(((((({(((((((((({.....{(({........}}}}..((((((((..((((((((.{......}.)))))))).{{{........,}}...((((((((((({..,(((.,.....,...........}.))))))))))))))),{,((({(((((((.(((.((((.........).))).)))..))))))),))),|||,||.,.{(((((({,({,,{({{{{(({((,,((((((.....(({...})).....))))))..|}}},.,,)}....,.)).).))))))))},.})}}},...))))))))..(((.((((((((.....)))))))))))..}))))))))))}.,,....}}.))))))}((((((((........)))).))))..)))))))))......))).))))).,||||||{....|||||}}}((((((((((.....)))))))))),,,...))))))........)))))).......)).)))),,)))}}.,)),..))))))))..}}})))))).))))))))..))).)))))))))))))))))))).)))).|{(((({{(((((...((.(,,...,|{||,..}}||},..}}}}}})}||....,.|||||}...,,),))),,},,,,,................,,)))))))))..})).))))))}((((((.((((((((..(((((((((......))))))}}))..)))}....(((((...))))}..,)))))))))).|||.,..,....}))..)),)))))))....)))))))).))),,))))}))))))).))),.((((({...}}))))....|||......(((((((((((.....(((.((,(.(((((((....))))))).))).)))..)))))).)))))..{,..(({((,,{{((,...,}}}.,,,.},)))..)).((({,,{|......(((....((((((((({...}))))))))),}}...,,),),,)})),,,.
Back