Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_022829.6
Sequence Length
4041 nt
GC Content
0.5236
AGUCCCGGGCCGGCCCGUACCGCCAGGCGAUCGCGCUGAUGGCGGCGCUGGCAGCAGCGGCCAAGAAGGUGUGGAGCGCGCGGCGGCUGCUGGUGCUGCUGUUCACGCCGCUCGCGCUGCUGCCGGUGGUCUUCGCCCUCCCGCCCAAGGAAGGCCGCUGCUUGUUUGUCAUCCUGCUCAUGGCGGUGUACUGGUGCACGGAGGCCCUGCCGCUCUCAGUGACGGCGCUGCUGCCCAUCGUCCUCUUCCCCUUCAUGGGCAUCUUGCCCUCCAACAAGGUCUGCCCCCAGUACUUCCUCGACACCAACUUCCUCUUCCUCAGUGGGCUGAUCAUGGCCAGCGCCAUUGAGGAGUGGAACCUGCACCGGCGAAUCGCCCUCAAGAUCCUGAUGCUUGUUGGAGUCCAGCCGGCCAGGCUCAUCCUGGGGAUGAUGGUGACCACCUCGUUCUUGUCCAUGUGGCUGAGCAACACCGCCUCCACUGCCAUGAUGCUUCCCAUUGCCAAUGCCAUCCUGAAAAGUCUCUUUGGCCAGAAGGAGGUUCGAAAGGACCCCAGCCAGGAGAGUGAAGAGAACACAGCUGCUGUGCGGAGAAACGGCCUACACACUGUGCCCACGGAGAUGCAGUUUCUCGCCAGCACAGAAGCCAAAGACCACCCUGGGGAGACAGAGGUUCCACUGGAUCUGCCGGCUGACUCCAGGAAGGAGGAUGAAUAUCGUCGGAACAUCUGGAAGGGCUUCCUCAUCUCCAUCCCCUACUCAGCCAGUAUUGGGGGCACAGCCACACUCACGGGCACAGCCCCUAACCUCAUCCUGCUUGGCCAGCUCAAGAGUUUCUUUCCGCAGUGUGACGUGGUGAAUUUCGGCUCCUGGUUCAUUUUCGCCUUCCCUCUUAUGCUGUUGUUCCUGUUGGCAGGCUGGCUCUGGAUCUCCUUCCUGUACGGGGGACUGAGCUUCAGGGGCUGGAGGAAGAAUAAAUCUGAGAUAAGAACCAAUGCAGAAGAUAGGGCUCGAGCUGUAAUUCGGGAAGAAUACCAGAACCUGGGGCCCAUCAAGUUUGCCGAACAGGCUGUUUUCAUCCUUUUCUGCAUGUUUGCCAUCCUCCUCUUCACCCGGGACCCGAAGUUCAUCCCUGGCUGGGCCAGCCUCUUCAAUCCUGGGUUUCUUUCUGAUGCUGUCACCGGCGUGGCUAUUGUCACCAUCUUGUUCUUCUUCCCGUCCCAAAGGCCCUCUCUCAAGUGGUGGUUUGACUUCAAAGCUCCCAACACAGAGACAGAGCCCUUGCUGACCUGGAAGAAGGCCCAGGAGACAGUGCCCUGGAACAUCAUCCUUCUCCUGGGAGGGGGCUUCGCCAUGGCCAAAGGCUGUGAGGAAUCGGGGCUGUCUGUAUGGAUUGGUGGGCAGCUGCACCCCCUGGAGAAUGUGCCCCCCGCCCUGGCUGUGCUGCUCAUCACUGUGGUCAUCGCCUUCUUCACUGAGUUUGCCAGCAACACGGCGACCAUCAUCAUCUUCCUGCCGGUCCUGGCAGAGCUGGCCAUCCGCCUGAGAGUGCACCCCCUGUAUCUGAUGAUUCCGGGCACAGUCGGCUGCUCCUUUGCCUUCAUGCUCCCGGUCUCAACGCCCCCCAACUCCAUCGCCUUCGCCUCUGGACACUUGCUGGUCAAAGACAUGGUGCGGACAGGCCUCCUGAUGAACCUGAUGGGUGUCCUGCUGCUCAGUUUGGCUAUGAAUACCUGGGCACAGACCAUCUUCCAGCUGGGCACCUUCCCGGACUGGGCUGAUAUGUACUCGGUCAAUGUCACAGCAUUGCCACCCACCUUGGCCAAUGACACAUUUCGGACCCUCUGAGUCCCCCUGGAGGACUCCCUUGAGGCUGAACCCUCUCAAAGGGCUGUCACCAUCACCUGCUGCUAGGACACUACAAAACAAUCAAAUAAUUCUUUUCUGUAAUCCAAUAUGCAGCAAGCAAGGGUGACCUCCAGUGGCCCACUCAAGUCCAUGAGCCAUUAUCUAGGAUACUUUCUCUCUCUUUCAUGCAGUUCAAAGCCCAGGUAUCUCUCAGAUCUGCUGCCUGAGAAAUAAGCUCCUUUAUCAGUUAGCUGUUUUAUCAUUAGGAUACAAGACAGCCCAGUGUCAUCAACAGUGAGCAAAUCUGGCAUGGUGUUUGUCUCGUACAGUUGGGAUAGGAGGCCAUUCAUUCCCAUGGGCACAGCUAACAUUAUCCCCCAGUGAUUACUUUCGAUUACACUGAAGAGACCACCUUGUCUUUAAAGAUCACUUUCCUGGGCUGCAAUGUUCCAACCCAGUUGUUCCAGCUGUUCACAACCAGUGUGUGAUUUUGCUUAGUUGGUGCCCAUUCUGCACCAGUUGUUUUACCCCUGCCGAUAACCAGCAGUCAGAGAUUCUUUUUUAAUCCUUGGAGACAGGGAAAGGGACAGAUAGCUUUCCAAGGACAUGAGACUGUGCAAAGCCUCUUUGCUGUUUCUCUGGGCUCCUGAGCAUACCAGGGGAAGUUCUAGAAACCGCAGCUGACAUCUCGACCCAAGAGAUUUAGGAUUCUCCUGUUUCAUCUGGGUCAGUUUGGCCAUAAUUCUGGGGUCAGGCCAGGCCUGGGUCCUGCCCUCCCAUGGGGUGACUCAUGACCCCUCCAGCCAGGACUCUCCUACAUGUGGCCCCCAUAGGCCUCUGUGGCUGCAAGGCGGUCAGUUGCUGCUUGUCCCAGCAGGUGGCCUUGAUCUCUCCAUGCCCCACCUUAAGUGGUAAGCAUGUUUAAUUAUCAAAGGCCCCAUUUGUCAGGGGUGAGAGAAAAGUCAAAAGAUAAAUUGGGGCCUUGUAAAAGGCCAGGGUAAAAUGUCUCAGGCAAGCAAAAGAUUGUCCCCUUCUGCAUAUGGGUAAAACUGAGACGUCCCCGUGAGCCCGAGGCUGGAAGUGGUGUCUGCCUUCAAGGGUUAAUCCCUCUUUGUUCCAAGCAGAAGCAUUCUGGCAUCCCAGUGAAGAGCUCAGGCCCUCAGGAAGUGUCUGCUGAAUGGAAUGGCCCAGCAUUAGCCCAGUAUUGGAAAAGACACCAGCCCAGGGGCCCUGACUCGUCACACUUCCCUUUCCUAAGCCUCUGAGGGUGGAGAUUCCCCUAGGAGCGCUUGGCCAGCUGGGAAGGCAGCGCCCAGCUGCACUUGUUGUUGAUACAGCAUAAGUGAAUCAUGGGCAUUUCCCUGAGAGCAGUGGGAGAGGCCCUCUGAGUUGGAAGUUGAGCUCCACCUCCUUUCCAAGUGAGCACUCAGUGUUGAAUCACAGUUACAACCCACUGGGGCUGGUGGGAGAUGCGUUGUAUGGGACUGGAAGCAAGAGGUUCAUUCAAAGAGAAACUCAUGGGAUUUGUAACCAGAUGAAUCAUGAUUUCUAAGACUUCUGAUCAAAAAUACUGUGAAAUAAAGAAUGUUAAUCAACUUUGGACCUGGAGAUGAUUUGCCUUUCUGAACAUAAGAGAGCUUCAAAGCCCCAAAUUCCUGGGCUGGGGAUUCCACAGAGUUGACCUCUCUGAUUUUCUACUGCUCUUCCCUCCCCUCUCCAGCUACAUACUCUGCCUCAGGGCCUUCGCAUGUGCUGUUCCCUCUGCCUAGAACACUCUCUCCCAAGUAUAUGUCUGGUUCCCCGACUCACUUUAUUCAAGUCCCUGCUCAGGUGUCACCUUCCCUGAGAGGCUUCCCUGACCUCCUGUCUAAAAUGUCACCCUCAUUACUCUCCACCCCCUUACUCUGCUAUAAUUUCUCCUUAAUAGGACACUGUAUAACUUAUUUUCUUAUUAUCUUCUUCUCCCUCUAGAAUAUAAAUUUAUGAAAAUACAAAUGUUAUUUUUUUUACUGCUGUAACUCCAGUUCCUAGAACAAUUUCCAGCACAUAGCAAGUGUUCAGUAAAUAUUUGCUGCUUGAAUCUGCUCCAGAAUUAACAAGAAAGCCAUCUCUUCCUCUGAUCUGGGGUCUGUUUUGUUCAUUACUUUGUUCACUCCUUCUUCCAUUUAUUCAUUCAAUAAACAUUUAUUGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1392.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1467.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 1262.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((...((((..((((((...(((((..(((..((((.(.((((((((((((((..((.((((.(((.(((.(((((((.((..(.((.((.......)).)).)..)).)))))))))).))).)))).))((......))..))))))))).....))))).))))))))..)))))...)))))).)))).)))))....((((((((.((....((((((((((((................))))))........(((((((((((((((....))).))...........((..((((.((.(((((((((((((........)))).))))))))))).))))..))....((((...)))).(((......)))..))))))))))((((((.((((((((.(.((((((((((((.(((....)))))))..........((((.((.....))))))(((((((((((.((((((((....(((((..((((..((((......(((((((((((..((.(((((....))))))).(((.((((.((((((....(((((...))))).((((...(((((.....(((((((((..((.(.((((.((((..((((((.......(((......((((((......))).))).....))).((((((((..((((.((((((((..(((((...((((((......((((.((((................))))((((((.((((..((((((((((((((.......((((((((((((...(((((((((..(((((((......(((((((((((((((((((((...((((((..(.((((...)))).)..)))))).......)))))))))((((((....(((((((((((((.(((......)))....(.(((((.((((((((.(((.((((..(((((........(((((..((((..(((((((((((.((((((.(((((..((((.....))))..)))...)).)))))))))......(((.....))).............))))))))))))...)).))).)))))..))))..)))))))))))))))).)..))))))))))......((((((((.((.....)).((((....))))(((((....))))).........((((((((.(((.(((.(((.((.((((...(((.(((((.......))))).))).....)))).)).))).)))..)))..))))))))))))))))......)))..)))))).............)))))))))))).....))))))))))..))))))....))))))))...........((.(((((....(.((....)).)....))))).)))))))))))))))).))))..)))).(((....))).......))))))...)))).....))))))...))))).))))))))..)))))))))))))))))).........)))).)))).).))...(((....)))...))))))))).))))))))).....)))))).)))).)))................((((..((....))...))))......)))))))))))......((((.((((.(.(((.((.......))))).).))))))))))))..))))..)).......(((((.(.((((.((((((((((((((....(((((.((((.(((((........((.((((((....)))))))).((((...(((((((...........((((....(((((.((.(((((((.(.((((((.((.(((.((((.....))))...)))))......((((((..(((...((((......................)))).))).....))))))..)))))).).))))))).))...))))).)))).(.(((.....((((((..(((((((((.......((((...(((.(((((((((((.((((((.........)))))).)))...(((((....(((((.(((((((.......(((.(((...((((((((.(........(((((........((((.((((...(((((...(((((((((..(((.....)))..)))))((((.................))))((((((......))))))))))..))))))))).))))........)))))..)))))))))...))))))....((((((...)))))).(((((.......))))).......((((((((((.......))))))))))........((((.(.....).))))..(((((....)))))..((((((....))))))..))))))).)))))....)))))...(((((...((((((...)))))).)))))))))))))..)))))))...))))))))))))))).......))).)......((((((.((((..(((((...)))))..)).))))))))...)))))))......))))))))).))))..)))))...)))))......(((((........)))))..(((((((((...))))(((.(.((((......)))).)))))))))((((((...((.((((((.......)))))).)))))))).......(((((.((((.....))))...)))))...........(((((((((((((((.....(((........)))...)))))).)))))))))......(((((.((....(((((((((((((........)))).(((..........))).....)))))))))..)).)).)))...))))))))))))).).)))))...((((.....))))...........))))))))))).))))).....((((.(((.(((((((((..((..(((((((((((.(((......)))...)))))(((....)))...))))))...))..)))).)))))))).)))).....((((............))))))))))....))))))))).)))))))).))))))..))))))(((((....(((((((.((((...))))))))))).....)))))...)).))))))))(((((((((((......(((.((((........)))).))).......((((((((...((((.(((((.((((.........(((((((((((.((((((.(((..(((.(((..((((((.((((((...........(((((.((((((.(((((....)))))...)))))))))))..(((((((......................)))).))).......(((((((..((((.(((...((.(((((.......))))))).))).(((((.........)))))(((((..((((((((.......)))))..........(((................)))..........(((....)))....(((((((((((((..........))))...........))))))))).))).)))))((((...........))))(((.((((((.(.......))))))))))..........)))).))))))).......)))).)).)).))))..))).)))..)))((((.....((((....)))).....))))......................)))))).)))).............((((((((....).))))))).((((....)))))))))))........((..(((.((((....(((((((((.....))))))))))))).)))..))(((((((......((((........)))).......))))))).))))...))))).)))).)))))))).))))))))))).........(((((....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((((((,,{({((.{(((((({{,,{{{|}}|{,,|||||.{|{(((((((((((({..(,.((((,(((,(({,((((({(.{{.}{}||,||,},,,,})),}),},}))})))))))))),|||,|}}}.}}{{......}),.))))))}|||,{...||||,|}}}}}||.{|}|||{,,||}}}}.}|||,||||}.,,,((((((((.{{.{{|((.((((((((({({{,......,,...,,|||||...,}}}|{{{{{{{{({{{((,,,,|||,|||.....,........((((.{{((((((((((((((........)))).))))))))))).))))..,|..,((((({.((|.|,{{..,,,,,}}.,,|||}||||||((((((,((((((({.{.((({{{((||{{.(((,...||||||||{,,.,{,,.{(((,,{|{{..|,..|||,||||{||{{,|{{{({{{....,{{,,..{{{{..(({,....{,(((((((({{{..((.(((((....))))))).|||,||||,{{({{{.,..{{{{(,,.|||||{((((,,,({(({.....,(((({{{{,|||.{.{||{}||||}|{|{{||,,,}.,||,,..|,||||,,|||,|||,}}},}}},,|.|}}}.||||||||}}||||}|||{|||||||{|||...|||||||.....,{(({{((,...}}}....}}},..}......|||{{||},}}|||||||{{(((.,......}))){(((((((...(((((({{{,,(((((((......(((((((((((((((((((((.{.((((((..{.((((...)))).}..))))))...,...)))))))))((((((....(((((((((((((.(((......)))....(.(((((.((((((((.(((.((((..(((((........((({{..((((..(((((((((({.((((((.(((((..((((.....))))..)))...)).))))))}}}..,...(((.....))),..........,,))))))))))))...}),})).)))))..))))..))}))))))))))))).)..)))))))))}......((((((((.,,.....},.((((....))))(((((....))))).........((((((((.(((.(((.(((.((.((((..,(((.((((({....},))})}.))).,...)))).)).))).)))..)))..)))))))))))))))).....,)))..)))))).............)))))))))))).,...))))))}})),.))))))....)))))))){{.{,.||,..||||}}}},,.,),}}.},}|{||,.}|||}}}}},|,,}}|||||,(({(({{{.....|,||{....)))..,.,,.,))))}..}})})}..,.}))))}...}}}}}.)))))}}}||}})}}))))))}))}))),.,,,}...}}})})))),},}}}),|||.,,,)))..})))))}}||,||||||}}},,.,{}}}}}|,}}}},|||,,.....,,.......((((..((....)),,,|||}...,|{|||||}}||||{{{{{{((((,{{(({({(((,,,....,,,,||||.|.}|||}|||||||..|}}}..||.....,,(((({.{,({{{.{{(((((((((((....,|,|(({(((((((((.,(((....(({((((((....}|||||||,.......})),,}}}}..}))}.,,||||},..(((((.{(,(((((((.(.((((((.((.(((.((((.....))))...)))))......((((((,.(((...((((,{{.,{,......,},.,}},.)))).)))...,.)))))).,)))))).).))))))).))...))))),)))).,|||{{{,{{{{,.||{,..,,{,{{,,.......}|||..}},.,||||||||||.((((((.......,.)))))).,,,{(((........}}},.(((((((((((.....)))}.,))))))).(({{({.{{{.,.|{{||,|,...||||,{{||||||.{{{{,{,.||,,|||||,}|||}}}}.,,,..,,,,||{{|{|||||{||||,,}}...,||||{,||,,,...))}.}))))).((((((......)))))).{{(,,,,|,,,}|||||}||...,},..,,.,.{{((({...)))))).,{{{,.,,,,,,}))))},,}}.}}}}||{||||,,,,,,,)))))),,}}}}},,{{{{{{.,{,..,,}}||||||}}|}...,,,......{(((((....)))))}..|{{{,{{...,}},}}},}))}..,||||}}},((((((...)))))).|||||({{(((((((((.,....,)))))).,,,)),)))}}}.|||||||||..,,.((((({,((((..(((((...)))))..)).)))))))).|,,{((((.,,....,|,||}||}|}},}))}||||({{,({{{{,....{||{{,,,,,.,{|||||{.{{{{|||||,,,}))}{({.{.((((......)))).))))))}}}..})),}))))}}}||((({|.|||||||,((,((((((({{.....(((((.((((.....))))...))))).......}}},||||||||{{|||{|,}}}}|||}},,,,.,)),..,)))))}.)))||||||....}})))},{((....(((((((((((({.,......)))).(((..........))).....))))))))).))).,}.)))),.))))|||||||||.|,|||}}.,,((((.....))))...||....,,)))))}))}}},|||},..,,,|(((.(((.(((((((((..((..(((((((((((.(((......)))...)))))(((....)))...))))))...))..))))}}})))))).)))),}|}||,,,..{{,{{{{{{,.||||,||},..,}))))})))).)))))))).))))))},))))))(((((....(((((({((({{...)))))}))))).....)))))...,},)))))})){|{((((((((......{{{.(((({(,.,,|,}}}}.)))....,,.((((((((...((((.(((((.((((......{{{,{{{|||((((.((((((.(((..(((.(((..((((((,(,((((,.{{,,...,{(({{{.((({((,(((((....|||}|...||}}||}}}}}..{{{,|||,,|,,.......,.|||.....||},.||}...,,.|{{{{{{.{{(((({{{{...(,{(((((.......))))))}.,)}.(((((,,......,)))))(((((.....,((((,......},,,}..........}}},,....)))))}}}}}}|,.,{{,.....({{...,))}....{{||||||{{{{{..........)}}},..........)))}}}}))},)),,.,,.|||,..,......,})))){{{.((((((.(.......}))))))}))....,,})}}}}}.,))},..||||....}}}),)).}}.))))..))).)))..))),,,,.....{{{{,,,,||||....,||,,...,|,..}},}}}},......)))))).)))).,.,......,,,{(((((({....},})))))}.{{({....)))},,})))},,..,}},|,..{((.(((,...{(((((((((.....))))))))))))).))}..,{(((((({.{{{..{(((........))))....})}))))))))))))...))))).)))).)))))))).)})))))))}}........,{{{{{....,}}}))))).
Back