Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_024798.3
Sequence Length
3600 nt
GC Content
0.5506
AGGGCUCCGAGCCGAGCGCGCGGAGCAGCUGGGGCCGGGGCGCGGAUGCUGGAAGUUCACAUCCCGUCGGUGGGGCCCGAGGCCGAGGGGCCCAGGCAGAGCCCGGAGAAAAGCCACAUGGUGUUCCGAGUGGAGGUGCUGUGCAGCGGGCGCAGACACACGGUGCCAAGGCGCUACAGCGAGUUCCACGCGCUGCACAAGCGGAUCAAGAAGCUGUACAAAGUGCCCGACUUCCCCUCGAAACGCCUGCCCAACUGGAGGACCAGAGGGUUGGAACAGCGCCGGCAGGGCUUGGAGGCUUACAUCCAGGGCAUCCUGUACCUGAACCAGGAGGUGCCCAAGGAGUUACUGGAAUUCCUGAGACUUCGGCACUUCCCCACAGACCCCAAGGCUAGCAACUGGGGCACCCUGAGGGAGUUCCUGCCUGGCGACAGCAGCUCCCAGCAGCACCAGCGGCCUGUCCUGAGCUUCCAUGUGGAUCCCUAUGUUUGCAACCCCUCCCCAGAGUCGCUGCCCAACGUGGUGGUGAAUGGUGUGCUCCAGGGCCUCUACAGCUUCAGCAUCAGCCCAGAUAAAGCCCAGCCAAAGGCGGCCUGUCACCCUGCUCCUCUGCCACCGAUGCCCUGAUCAGUCCAGAGGCCUUUGGCUGCCUCCUAAGAAAGUCAUGUGCCUCUGUCCUAUGAACUCCAUAUAAGGCUGGGUCCUCCUUUGGCCUGGACCCAGGACUUAAUUACCCAGUGCCCAGUUGUGCCACAUUCCCACUCAAGGCUCAGAACUUGGCUCGCAUUGGUAGCUGGAGGUGGUAGAAUUUGUAUGCUCUUAGAGCCCAACAGCCAAGGCAGGGUCAAGAAGAUAAGUAAUAAAAGAGGAAGUCAGCCAGGCGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGAUGGGUGGAUCACCUGAAGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGACCACCAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUAGCCGGGCAUUGUGGUGGUGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAAGCUGAGGUAGGAGAAUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAAUGCAAUGGCACGAUCUCGGCUCACGGCAACCCCCGCUUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUCCGCCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAAUAGAGAUGGGUUUCACCACGUUGGCCAGGCUGGUCUUGUACUCCUGACGUCAGGUGAUCCACCCGCCUCGGCUUCCCAAAGUGCUGGGAUUACGGGCGUGAGCCACCGUGCUCGGCCCAAGGCAGGAGAAUCUCUUGAAGCCAGGAGGCGGAAGUUGUGGUGAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGUGAAACUCCGUCUCAAAAUAAAUAAAUAAUAAAGGAAGAAGUCAGCUGGGUGCAGAGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAAUACUUUAGGAGGCCAAGGCAGGAGGAUGCUUGGGUCUGGAAGUUUGAGACCAGCCAGCGCAACAUAGUGAGACCUGUCUCUACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCAAUUUAGAGGUAGGCUAUGAAAAAGUACAGAUACAUCCCUUAACAUAGACUGGAGGGUGGUGGCAAGGGGAGCAAAUGUGGAGGCCCAGUAGCUGGCAAAGUUUAGAAGCAGGGGGCAAAAGCUCCUGCCUGACUUUUCCUGGGUAGCUCCUGGGUCAAAAUUUCAGGCAGGAUCCCAGGGAAGGGGCAGGCACCCAUUGCCACAGGAGAGUUGCAGGCAUGUUGGGAUGUAGGCCUAGGGGAGGUGCUGCAGGCUCAAGAACCAGGCCCACACAUUAUAUAUUAAAAAAAAAAAAACCCACAUUUUUUUUUAUUGGUCAGUGUUGGUAGGAGUUUGUUACAAAAGUGAGUCCAUGGGCCUGUGGAAUGUGAGGGGAGUGGGUCCGCUCCACCAGAUGCCAGCACCGGGGCCAGUGCAGCUCAGAGCCCUGUGGCGGACUACAGGGCCUGCACAGACGGUCACUCAAAGAAAGAUGUCCCUGUGCCCUACUCCUUGGCGAUGGCAAAGGGCUUCUCCACCUCGAUCUUGCCGCAGUCUGCGAUGAUCACAUCCUUCAGGGGUUUAUCCCGGCUGUCUGUCUUGGUGCUCUCCACCUUCCGCACCACCUCCUGGAAAAGAAAGGUGGAAGCAGGAGGGCAUGGUGGAUCAGGAGGUCCACCGCUCAGGAGAAAGGCCCCAGCGUAUGGCUCAGGAGGGCUAAGACCCACAAGUGAUCAACAGCACACAAAACUGGAGGCACCAAAAUUCUAACAGACUCCUGGCCAGAGCAGGGAGAAUGCAGAUUUGACGAGGGGGUACAGGAAUUUUGUUCCUUUGAAGUAAGACCCAGGUUGGGCCAAGGGUGAGGAGGAGGAAGAGGGUGACCAGGGCAUGUGGCUUCUCAGGGACAUUGCGUUCAGCUGCACUCUGUAUACCUCAGGGGUGGGACCAGCACGUCACUGAGUGAAGGAGGGGAGGGAGGCUCUGGCAGUUGUGCAGCCUUCCUGGCUGGGCUCUGAGGGGGCUGGAAGAAUUUAGAACCUUGGAGGCAUGGAGGUACAGGGUUUAUUCUGGACAGGAGCACUGGGCUGCAUCUGUGGGUUGGGUCCUUUUGGGAAAGGGAUGGACACAUGGAGCUCCUGCCCUGGGGUCUGUGUUGAAUCCCCGGUGAGGAUUGCCCAGUAGUAGCCCUUGCUUCCACAACUCACCAUGCCCUCUAGAACUUUGCCAAACACCACAUGCUUGCCAUCUAGCCAGGCUGUCUUGACUGUCGUGAUGAAGAACUGGGAGCCGUUGGUGUCUUUGCCUGCGUUGGCCAUGCUCACCCAGCCAGGCCCGUAGUGCUUCAGUUUGAAGUUCUCAUCGGGGAAGCGCUCACCGUAGAUGCUCUUUCCUGGGAAAAAAGACAGAGCAGGUCAGGGGCGCUGGAUUGCGCCAAACCAAGCAGACAUUCGGGGCCAGGACUGAGGGGGCUUAACCUGUCCUCUGUGCCAGGCUAGGCUGGAGUGGACUACAAGGACAUAAAAGCAGCGUCCUUCCUAUCUUCUGGCCUCAGAGCCAAGCCAUGCUGACUGAGGCCAAGUGGGGCAUCAGGCCAGGCUGAUGUGGUGAACAGCUCACAGAAGGAUUACUUUGAGAAGAUAGUUUUGUGGCUUUUAAAUAAGGCGCAUGUUAUCAGCUCCCCUUAGCUAUGGCCCAGGCCUGCCACGGAGGGACUUUGGUGGAGGGAAGUGCCGUGCAGGAUGCAGGGGAGUCAACAGGGUCGGAACUCUCCAGAAAAGGAGGACUGCUGUGGCUGACCAGCCUGUUUUCCUAUGAGCACAAAAGACACAGGCAUAGCUGCAGAGGAGAAAGCAGCCAGAGAUGUGUGGGGAGGGGCAGAAAAGAGGGGCUGCCCCUUGGAUUCUGGAGAGUCAAAGCCUCUUAACAAGGAAUGAACAGGAAUAAAAGACAGCUGUGAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1585.54 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1643.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 638.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((.((((((.(((((.(((((.(((..((((((((((.(((....))))))))(.((((.(..(((.(.((((....))))).)))....))))).).....((((.(((....))).))))..(((((((((.....)))))).)))...)))))..))).)..))))..))))).))))))((((..((((.........)))).....))))..((((.(((((.......((((((...(((...((((....))))....)))....)))))).((((((........))))))((((((((((((((...)))(((((.....(((((((.....)))))))...)))))(((((((((((((((.((((..(((..((..(((((.((..(((((((((((.((((.(((.(((....).)))))))))(((((.(((((((.((((((((.((((.(((...(((..(((.(((.(((((((...((((((((((((.......(((((.((((((((.....((((((((..((((((((((((..(((.......(((.(((.....(.(((((.((((..(((((((((((((((...(((((..(((((((((((((...(((((..((....))..)))))...)))))))...((((.....))))((((.((((((((.((...))...))))))))..)))).....(((((..(((((((.((((..(((((......))....)))..)))).)).)))))..)))))(((.(((.(.((((((((..((((.((.(((....((....)).)))))))))...............((.....)).(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((.(((.(.(((.(((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((...((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((..(((.....................((((((...)))))).....((((((..(((((((.(((....)))...)).)))))...)))))).((((.....))))...)))..)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))).))).).))).))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))....(((.((((...((((((..(((...(((((((.((.((((((.((((....)).))))))))))))).)))).)))..)))))).....))))((((((((....................(((((....((((...(.((((....)))).)...))))..)))))...(((((.(((((......))))).))))).....))))))))..)))..(((......)))((.((((((((((................................))))))))))))........)))))))).))))))).......))))))))))))))))).)))))))))...))))))))))....)))))).....((((..(((((((.......)))))))))))(((((((((((...((((((((.......)))))).))...)))))))))))(((..(((((((.((((.(((.....)))..))))...)))).)))..)))..)))..))))))).)))))..)))....))))).)))))))).))))).(((((((((........)))))))))..(((((.(((((((((........((((....)))).(((((......)))))......((((((((....)))))).))...)))))))))...)))))((((((......(((((((((....)))))))))))))))....((((((((.............((((((((((...((((.((....)).))))((((((((.......(((.((((.((((((.((((....))))......(((.....)))(((.....)))(((((((.(((((((((((((.((((((.((.....))..))))))..)).))))))...((((((((....)))))))).....((.....(((((((((.....)))...).))))).....))....(((........))).......))))))))))))........))))))..)))).)))....)))))).))............))))))))))..((((.(((((((........((((.(((...)))..))))..))))))).)))))))))))).))))).)))))))(((((.(((..(((......((((.(((((.......))))))))).....))).))).)))))....)))))))(((((((((...(((....))))))))))))((((.(((((((((((..(((((....)))))..))))...((((((((((.((((((((((...))))).((((((..(((((((.....(((((..(((((((.(.((....((((....(((((((.((((......)))))))))))...)))))).).))))))))))))...))))))).)))))).............(((((((....(((.(((..........((((((...(((.(((...(((((((((((.(((...(((((.((((((.((((((((((.....(((......)))......)).)))))..))))).)))).)))))...))))))).((.(((((((((.((((......)).)).)))))))))))...)))))))....))).)))(((((......)))))....)))))).........))).)))....)))))))....)))))))))))))))((((((((..(((..(((.....(((((...........))))))))..)))))))))))))))))).)))).))).)))..)))))).))))))).))))).)))))))...))))).....((((.((........)).))))..(((((...((((.(((......))).))))..))))))))).)))))))...)).)))))))..)))..)).))..))...)))..))))))))))))))))))))))))))))))....)).)))))(((((((((((.((((((((.((((.(.....)))))..)))))))).............(((((......(((((..........)))))......)))))...(((((((((..........)))))))))...)))))))))))....))))...........((..((((.............))))..))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((((((.((.((((((.(((((.(((((,(((..((((((((((.(({....}))))))){.(((({...(((.(.((((....))))).)))...}))))).}.....((((.(((....))).))))..(((((((((.....)))))).))).,.)))))..))).),.))))..))))).))))))((((..(({{........,))||.....))))..((({{(((((.......((((((...((({..,,||}}.{||||{...)))}.},)))))).((((((........))))))((((((((((((((...)))(((((.,.,.(((((((.....)))))))}.,)))))(((((((((({,{.,.((((,,(........))))))|,((,...}||(((((((.(,(((({,,{{,((((((.(.((((((..({((((((((.(((((({((....|}|,,{{|||{{{((((,(.{(((((((,.{(((({{(({,,,,,||||||}|,|||.{{(((.{.((((((((((((({...,,...}))...((((..(((..(((...)))))).))))....(((((((((((((((...(((((..((((((.,{{{(({{{((((({(((((((({..{(.((((.((((((({..((((.....)))}{(((.((((((((.{{...}}...))))))))..)))}.....,,,{{(((((((((.((,...((((...,,..|{{{,.,..{{{|(({,|..|{{|..||{||{({,|{{{...,.,.,.}||||||.,}}}}}},,}})}}}}}}.))))),,),...............,,.....}}.(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((.(((.(.(((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..,((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((..(({......................)))}.(((({...))))).((((((..(((((((.(((....)))...)).)))))...)))))).((((.....))))...}))..)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).))).).))).))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))...((((.((((...((((((..(((...(((((({,(,{((((((.((((....)).))))))))))))).)))).)))..)))))).....))))))))....................)))}...})))))))))))))))))).)))).)),,.........,,})))))))))|,|}||{,|,||,|||||,(((((.({...}).))))),}}}},|||..{{{{|,,,,.((((((((((................................))))))))))))}}}.....{{,....,,}.,,}))}......)))))))))))))))))}}))))))))..))))))))))).,.}||({{{,,,|||.....||,((((((....))))))||({{.(((((((((((...((((((((.......)))))).))...))))))))))),,)))))}}}},))))))}.|}}}.}}}}),}})))),}))),|||,|||||.}}},))),,})))))))))).))..))))))..............{{{{((((((((,.......)))))))))..,,))..)))))).).)))))))))},,....}}|,{.{{.{(((((,({((....((((((((((,(((((((((((((....(((.((((.((((...((((((......(((((((((....)))))))))))))))....(((((((((((({{,{(.{(.((((((((((.,,((({.((....)).})))((((((({.{{{.,.(((.((((.((((((.((((....)))).....{(({.....)))(((.,...}}}(((((((.(((((((((((((.((((((.((.....))..))))))..)).))))))..,((((((((....))))))))|.,..((.....{{({({{((.....)))...}.)))))....,}}....(((........))).......))))))))))))........)))))}.,}))).))),,,))))))).)).........,}})))))))))).}}.}}.}).))))),,))..))))((((((((((((({({{{((((,({.,..((.(((..(((((((((((((((((((((.(((..(((......((((.(((((.......))))))))).....))).))).))))}.,}})......(((((((((...(((....))))))))))))(((.{((.(((,{(((((((((.(((((...((((((((...,(.....,,,.))))))))))))).....((((((..(((((((.....(((((..{((((((.(.({...{((((.((((((.{({,((((......))))))))))))..}))))).).))))))})))))...))))))).))))))}........))).)))))))))).))}.))).....)))))))))...((((..(.(((.{......}.))).)..)))).....))))..))).))..).)))))}))}.,.))))))..((((.(((((((.(((((..((((((((.{{{{|,.,{({({.,{(((((((.((((......)).)).))))))))))),...,}}}.,,||.{{{....(((((......)))))..}))..)),,.))))..))))).)).))).)))))).))))))).)))).))))..)))..)).)))))))))))..((((((...........)))))),((((((({((((((((({((........)))..)))))))),.|||||(((((((......))))))).{{{,....})))).((((.....)))).}))))}))}...((((.(((......))).)))).....,}.)))))))))).}}))}}))))))})))))).)})))))))},,))),.))))))))))))))))))))))))))))))....)).)))),(((((((((((.((((((((.((((.(.....)))))..)))))))).............(((((....,.(((((..........)))))......)))))...(((((((((..........)))))))))...)))))))))))...,)))}{,.....,,,.{{..((((.............))))..))...
Back