Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_030572.4
Sequence Length
2280 nt
GC Content
0.3662
AUCAGAUUCUCAAUCUUGCUUGAAGACUGACAAGAUGUCCCUGUGGACUCCCAAACUCUACUCCAGAUGGGGAGGUGCCCUUAACACCAAGAUUUUAAAAGCUCCAAUUUCAGAGCAAGAGUCGAAAACUCACAGAUAAAGUUAUAGUUAUUUCAGGGUUCUGAAAAGACGCAGAACAUGAAGGGACUCAGAAGUCUGGCAGCAACAACCUUGGCUCUUUUCCUGGUGUUUGUUUUCCUGGGAAACUCCAGCUGCGCUCCGCAGAGACUGUUGGAGAGAAGGAACUGGACUCCUCAAGCUAUGCUCUACCUGAAAGGGGCACAGGGUCGCCGCUUCAUCUCCGACCAGAGCCGGAGAAAGGACCUCUCCGACCGGCCACUGCCGGAAAGACGAAGCCCAAAUCCCCAACUACUAACUAUUCCGGAGGCAGCAACCAUCUUACUGGCGUCCCUUCAGAAAUCACCAGAAGAUGAAGAAAAAAACUUUGAUCAAACCAGAUUCCUGGAAGACAGUCUGCUUAACUGGUGAAAAUAUACUGGAUUAUGUUUAAUUAUGGUUCUAUUCUCUUUGAAAACAUGAACCAUGUGAAUAAAACCUUUGGACCCUUUUAUUCCAUUUGUAAUCUUAAGAACACACACAGAUAGUUUUAUUCUUUCAGAAACAAAAUAUAUAUAGGAUGCUUAGCUGAGAACAUCAUCUUCUUUCAUUGCUUCAGGUCCUGUUUAGAUGACCAAAAAUGUUUUCAGAUCACCUUGUGUCUUACUCUUGAGUUUCUUAGAAUAUUUAUAAUUAUAAGGCUGAAGACUAAAGUGUUCUUUCCUUUUAACUAUAGCCAGUACCUGUCUUGAUCUUAGUUGUGUUUUUUUUUCAUUUUGUUACCCACUUGCAUUUUGUUUUCACUCAGCAGAAAUUCUCCUUCUCUGUUUUCCUUUUAUCCCAUCCCCAAGAAUGUGGAAGGAAGGUGAGAAACAUGGCAGGAUGGGAAAUAGGAGAGUAUGACUCUCUAUAGCUCAUCCAGGAGUAAUCAAUUAAGAAGAUAAAUUGGAUGACUGUGGAGAAGCUCUGUGAUAGGAACACUUCAGUGUGGUUGCUGAGAGGAGACAGUCAUUGAGGUAGAAGGUUUGCCAAAGAUCCAGAGCUCAGAGCUCCCUUUGUGCUCUUUGGGAAUUACCUUGCAUUCAGUUUAGAAACAUGGAUCUAAAAGUUACUGGGAAAUAAGCAGAUGGAGACACACUCUGUUGUUUACGUAUUGGAAGAAGGGAACAAGCCAGUUUUGUUAGAGGUAACUCAUUUUCCAUGACCAAACAGACUCAACAGAUUCAAGUACUCUGCUUACUCUAAUUGACUAGACUCUAGGUUUUAUUUGACAUCAUAGCAUUACAUAAAUCACUCUGAUAACAUAAGUGCACAGUAAUAUGCCUGAUCUCUUCCUUUUUAAAAGCCAACUUGAGUUCAGUACCAUCUGAAUACACACACAUGCACAUAUACCCACACACGCAUACACACAUACUCCUGUGGCAAACAUAAUAAUGUAUUUAUUUAGAAUUAUAAUAUGACCAUCAUGUUAAUUAUUUUUUACCUAAUCAGAGUUGUUAUUGACAAAUGUCAUAAGUGGAAAGUAUUAAUUCUUAUUGUCAUCAGUAUUUAGCCAUUAUUUAGUAGCUCAAGAAUAUCUUUAUGUGAAUGUCUCUGUAACUUGGAAUUGCAAUUUCACUGUGUUAAGUAAUCAGAACUCUGCUUAUAAGAUUUAUCUGUAUCUUGUUUCAUAAUUUAAUAAUGAAACUAAAUUCAAGUUAAUGUAAUGUUGAUCUCCGUCGAAAAAUAACUUGUGAGCAUUAAAAUAUCUGUAUGGCAUUAUAAUAGGCACCUGUCAUUAAUUAUGAUUUGAUUUGAAAGUAGACUUACUAGGUAGUGCUUACAUCUGAUUUAUUGAAAAUUUUUUCCAAAAGCAUUGUCUUUUAUUUAUACAGUCCUAACCACUUCACCAUUAGGAGGGGUGGGACAUUAAAAAUUAUUUACCCAUCAGACAUAAAAUUGUACAAAUUGACUAUUCAAAAUAGUAUGUGUAUUCAAAGAACACUUUUAACAUCUAUCUUAUGAAAUAAUUCUUCCUACAACUAACCAGAACAAUCUCAAAAAUGUCAUACUAACCAUUGUUUUAAAAGCUGUCUCAAUGAUCAAUAGCUGUUAAAAUAUAGCUCCAAGUAUUCUAAGUACUCAAAUUCCUUGAAUGUUCUUAUGUACAAAUAUGCUGAUUAAUUAAAAGGUCCCUCUUCCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-530.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -579.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...))))).....(((((..(((.....((((....))))(((((...(((.....)))))))).((((.......))))............((((........))))..((((.....)))).(((((.((((((((((((...((((((((((........)))))).((((((((((((((((..(((..((....(((((((((((((((..((((...((....((((((...(((((((...((((((((...))).)))))...))...))))).))))..))....))..)))).))))))))).)))))).((((((((.((((((..(((.(((((.....(((....)))..)))))..))).))))..)).))))).....(((..................)))))).))..))).))).)))).)))))))))....(((((((..(((.(((........))).)))...((((....))))(((........)))..)))))))(((((((......)))))))...((((((((..(((.....))).....))))))))..((((((((.((((..((((((..(((((..(((((..........(((.(((((..(((((.........)))))...........(((.((.....(((((((((((((((.....((..(((...)))..))...)))))).......)))))))))..)))))((((((((..((((..((((((((((((..(((((.(((.((((..(((.((....)).)))...)))).))).))))).((((..(((((((..(((((((.((((((((...((((((((((.(((((((((....((((((((((.((((((...........))))))(((((....((((((........))).)))))))))))))).))))..))))).)))).))))))(((((.....(((((((((.((((((((..((..((......))..))...))))))))))))))))).))))))))).))))))))............))))))).)))))))..)))).((((((...))))))..(((((((((((.(((((....))))).)))))..((......)).....(((......)))....))))))....))).)))))))))..).)))..)))))))).)))))))))))))...)))))))))))..))))...)))))))).(((....))).......(((.(((.(((((.....((((.........)))).....((((......))))(((((((((...((((((((((..(((((((((.(((...((((((.((.((...(((((((((..(((((((.(((.....................))).)))).....(((((.((((...((((.((((((...(((((....................)))))...((((....))))........(((((((((((((((...))))))))..((((((((((..........(((((...))))).........)))))))))).)))))))(((((....)))))...(((.(((....))).))).((((...)))))))))).))))...))))..)))))...)))..)).))))))))).)).))))))...........(((((........)))))(((((((.........))))))).........))).)))))))))))))....))))))....)))))).)))..........))))).))))))...........))))....)))))))))))).)))))...(((....((..(((((((((((......(((((.....)))))........)))))))))))..))....))).((((((.((.((((........))))))))))))..................(((((.((((...(((((((....((.(((((((...(((.((.(((((...((((.((((...........(((.(((((((((..........((......((......))......))..........))))))))).)))..(((.....)))....((((((......))))))..)))).)))).))))).)).)))..))))))).))...))))))).)))))))))..........)))..)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{(({{{.,,|||||,,...||{||.,||{..||.((((....)))){{{{,...{{{.....}}}|||||((((({(.,{....||,,{,,.,,....((((........))))..((((.....)))){((((({((,(((((({,,...(((((((((({...{{{{|||,,}.((((((((((((((((..(((..((....(((((((((((((((..((((...((....,(((((...(((((((.{.((((((((...)))}})))).,.}),..))))).)))}},,)....))..)))).))))))))).)))))).{{{(((((.((((((..{{{.{{(((,,,..(({....)))..|||||..}}),))),..}}.))))).....,{(..................))}))).))..))).))).)))).)))))))))....(((({{{,,((((((({{{{{{{{|,,{|||...((((....)))),(({({{,,||||...|||||},,,,,,{{.,{{.,|||||||,..{(((((((..(((.....))}.....)))))))).|{(((((({.,,{(,.,,,|||,.|||||..{{{{,.,..,{{{{{{{...,,,,,.||{{{{{{({...||||{{..,,......((((((({....(((((((((({{({(.....((..{{,..,|}}..))...})))))......,))))))))).....,,.))))}}}}.,,||.,||}}||,|}}||,..{{{{.{{{.||||,,{||||{....}}})))}},})}}.}}}.}}})}}||||,.|||||||}}||,,|||...,||}}}}}}||}|||((((.(((((((((....((((((((((.((((((.........}.)))))}((((({{{,(,{({(......}.}}),))))))))))))))))}))..))))).)))).))))}}{((({.....(((((((((.((((((((..,{..((......}}..))...))))))))))))))))).}))))||}},,|},,}|},{{{{.|||{,,|||||||{|||||||.,{{{((({{,.((((({(.((((({{.,{(((((.{{{{|.,,.})))).)}))))))).)}..))))),,.}}}}||{,,((,,,.,||||||},.,{{||,|||||..{{((((((,(......,,.||||||||||,,|{..|||||||}|||,,|}}|...}})))})}.(((....))).,}}}}}},,}|,|.|||{{..,,}}|||...,,,|..}})))))}.|||,..,}},}}}},||||||||,|.{{{||{,,,,..((((({,,,..{{{,.,,||||.,,...,}}||,{{||||..||{|||,}|||}}}.........,|.....,,}}|,||||..,,,,}}}},{(((...((({.((((({...,,,,....,,.....,,.,......))))|,..{{((....|}}}........{((({{{((((((((...))))))))..{{{{{{{{{{.,,...,.,,{{{{{,.,|||,,..}}}},,.))))}}}}}}.}}}}}}}{{{{|....})))),,,{{{.{{{....})).))).,{||...}}},)))))).}))).,.)))}...||||,,.,,,,}))}))))))))..,,.,)))))}}}}}}.,,}}||,,|}}}}}}}},,,,,(((((((.........)))))))......,{{|||{||||,,}}|||||....))))),.,,,)))))).}}}|.,,,.....}))||.))),,},,.....}}},)))|{{{{,,,,}))))),}.}}}}}..,({{....||..(((((((((({......{{{{{...,.}}},,........})))))))}))..,}.,,.,,,.(((((,,((.((((.......})))))}))))))............,,....(((((.((((...(((((((....((,{((((((..,(((,((.(({{{..,((({.,{{{...............|||,,...|||,..............|||,...,.},.....,}.,,}}},,.....{(((((({.((((((,.....)}...,})))).}))))))),,,....,|||{||,,.))))),,,.,,...))))))),)}...))))))).)))))))))....,,...}))),,))}}),,,.
Back