Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_030753.5
Sequence Length
3287 nt
GC Content
0.5068
AUUUCCAAUCUCAAGUGGACUUUGUUCCAACUAUUGGGGGCGUCGCUCCCCCUCUUCAUGGUCGCGGGCAAACUUCCUCCUCGGCGCCUCUUCUAAUGGAGCCCCACCUGCUCGGGCUGCUCCUCGGCCUCCUGCUCGGUGGCACCAGGGUCCUCGCUGGCUACCCAAUUUGGUGGUCCCUGGCCCUGGGCCAGCAGUACACAUCUCUGGGCUCACAGCCCCUGCUCUGCGGCUCCAUCCCAGGCCUGGUCCCCAAGCAACUGCGCUUCUGCCGCAAUUACAUCGAGAUCAUGCCCAGCGUGGCCGAGGGCGUGAAGCUGGGCAUCCAGGAGUGCCAGCACCAGUUCCGGGGCCGCCGCUGGAACUGCACCACCAUAGAUGACAGCCUGGCCAUCUUUGGGCCCGUCCUCGACAAAGCCACCCGCGAGUCGGCCUUCGUUCACGCCAUCGCCUCGGCCGGCGUGGCCUUCGCCGUCACCCGCUCCUGCGCCGAGGGCACCUCCACCAUUUGCGGCUGUGACUCGCAUCAUAAGGGGCCGCCUGGCGAAGGCUGGAAGUGGGGCGGCUGCAGCGAGGACGCUGACUUCGGCGUGUUAGUGUCCAGGGAGUUCGCGGAUGCGCGCGAGAACAGGCCGGACGCGCGCUCGGCCAUGAACAAGCACAACAACGAGGCGGGCCGCACGACUAUCCUGGACCACAUGCACCUCAAAUGCAAGUGCCACGGGCUGUCGGGCAGCUGUGAGGUGAAGACCUGCUGGUGGGCGCAGCCUGACUUCCGUGCCAUCGGUGACUUCCUCAAGGACAAGUAUGACAGCGCCUCGGAGAUGGUAGUAGAGAAGCACCGUGAGUCCCGAGGCUGGGUGGAGACCCUCCGGGCCAAGUACUCGCUCUUCAAGCCACCCACGGAGAGGGACCUGGUCUACUACGAGAACUCCCCCAACUUUUGUGAGCCCAACCCAGAGACGGGUUCCUUUGGCACAAGGGACCGGACUUGCAAUGUCACCUCCCACGGCAUCGAUGGCUGCGAUCUGCUCUGCUGUGGCCGGGGCCACAACACGAGGACGGAGAAGCGGAAGGAAAAAUGCCACUGCAUCUUCCACUGGUGCUGCUACGUCAGCUGCCAGGAGUGUAUUCGCAUCUACGACGUGCACACCUGCAAGUAGGGCACCAGGGCGCUGGGAAGGGGUGAAGUGUGUGGCUGGGCGGAUUCAGCGAAGUCUCAUGGGAAGCAGGACCUAGAGCCGGGCACAGCCCUCAGCGUCAGACAGCAAGGAACUGUCACCAGCCGCACGCGUGGUAAAUGACCCAGACCCAACUCGCCUGUGGACGGGGAGGCUCUCCCUCUCUCUCAUCUUACAUUUCUCACCCUACUCUGGAUGGUGUGUGGUUUUUAAAGAAGGGGGCUUUCUUUUUAGUUCUCUAGGGUCUGAUAGGAACAGACCUGAGGCUUAUCUUUGCACAUGUUAAAGAAAAUAAAAAUGAAAAAAAAUUUGACUCCAACAGAACAGGCUGGGCUAAUGUGAGCUCUCAGCCUGGCAGUCAAGACAUCAGCAUGGGCAAGGUUCUGUUUCCAAACUGCUGCUUCUGGUGACAUUCCAAGACGCCUGGAGGGUGGGAGUCAGGAAGUAGGACACACCCCUGCAGUCUCCUUUUCUUGGUCCACUCCCAUUCAAAUUUGAGCUAAUUUCUCAUUCUGAUAAAAGCCAUAGGUUUAGCUAGGAUGAAGUGGUAGGAAGGUCCGUGGCAGUUGUUAGAGUAGGAUUUGGAGUUUGGAAGAACUGGCAGCUCAGGGUGGCCUGGUCAGCCGUUUGAAGAGCAGCCAUGUGUUCUUCUCAGUCUCAUUUUCUCUAUAACCCUGUUCUGCACGAGGGGCAGUCAGAUCUCAAAAUCUUUUUCUACCAUUCUGCAGUUUCCACCGUCAAUGCAGUUUUUUUUUUGUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUUUGGUGGUAGUGGACCUUGUAAAUAGGCUAUGUAAGGGGGCAAGUCUUCUCUAGCUCAAAUGGCUUCCUAAAUAAAUAAGCGGUAUCUUCAGAAGGGGCCAUUCAGUCCUUCCCAGCCCUGCUCACCUGCAGAUUCUCUGUACAAAUAACUCCAGGUAGAGCAGUUGGACUCCAGGUCACCUUAGUAUAAGUUAGACAAAGGGUCCGUGAGGGAGUAGCCAUCAAUUCCUGAAAUUCCAACUUUGUGACUAGCAGAUGGGGAGGAUGAAAACCAUCCCUUUGCUUCCUCUCCAAUACGGACCCAUCUUACUGUGUCCUUUCCUCUCUGGGGCCAAUGUGAGUAAACACAGACACAGAGUUCUUUCCCCCAGCUCUUCCUCCCUCACCUGCAUGCUGAGAUAGCUUCCAUCCAUGCAGUUCCCAAGGAUCUGGAUUAGAAGUUCAAAGGGGAACCAGCAGUCACCUACUCCCUUAGGUGAAGCAUCUCACGGCUGAGUUCUCCCUGAGGCAUACUGGUCCAGCUGAGCGUCCUAGAGAAAGCUAGCAAAAGGGAGGCACAUGGAUUUCACAGUAUGAAUUGGUUCAACAACUGUCUUAGGGAGAAUCAGAAAGAAGAGAUGCAGCAGGGGAAUGAGCAGAACAAAGAUUUUUCUUUCUCCCCCUUCUCUCUGGGGUCUACCUAACCCUGACCUAAAAUACCAGGGCAGCGAUCUCCCAGCUGGUGCAGGUGGGCUUGCCAAGAUGGUCGUCCAGGAGCCCGCCUUCACUUCUAAAUCUGCUGGCCACAAGCCCUGCUAAAGAUACACAUCUCACCCCCUCCGCCAAGUCUGAAAUGCCCCUCCCCAUCUCACCUUAGACUGAAAAGUUUUAAAUCAUGUCAACUGGAUAAUACUUGCUUUAUGUGAGAAUACUUCAGCAGAAUGGAUACGAAUUUUCAAAACAAUCUUUUCAUAUCUAUGUAUUCUAUAUUAAAAGUGAUAAAGUCAUGUUUCUGGGGCGUAUUCAAGUAGCUGACAAGUAAUUAUUUAAUAAUAGUACAUGAGUGCAUUGUAAUGAUUCUCGCCGUAGUCAGGUAAUAGUAUCCAACCGAAAUUUCCUACCAACCUGCUGUAUCCAAAGUUUUGUAAAAAGUUGUAGAAGUUGUUGAUCUUUUUGAUUUUAUAUUCAAAAAGUCUCUUUUUAUAAAUAUUAUUUAUUAUACAAUGUAUAUACCUUUGAGUUAACUAAGAUUAUAUAUUAUAUAAAUAUAUAUAUAUUUGGAGAAAAUAUAUUUCAUCAUGCAGUUUUUUUCUGUUAAGUCAUUAAAGAGAAGGUAAACAAACCUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1126.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1187.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 911.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.((((((......))).)))...((((((...))))))((.......)).(((((((...((((((((.((((.((.........)).)))((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((.((.....(((((((......)))))))...)))))))))))(((((...........(((((...)))))))))).((((((.......(((((.(((...))).))..))).......)))))).....))))))...(((((((((...(((...))).....))))))))).)))))).))).((((((.(((((((((....((((..(.(((....(((.(((((.(......).))))).)))...((((((((....((((.(((((...((((((((((..((((((...((....)).))))))(((((((.((.((........)))).))))))).......(((...((((((((((......))))....)))))).)))))))))))))..)))))..))))....))))))))(((((........)))))((((((((((((.(((.((((.(((((.((((((((..(.(((.(((.((((.........((.(........))).(((.((.((((..((((((..(((.((((.......)))).)))))).)))..)))).)).)))...((((....))))))))))).)))).)))))..)))))))))))).))))))))))...))))).))))..))))))))))))).)))).)).))).)))......)).))))).)).))))))..(((((((((((.......((.((((((...........)))))).))(((((...((((.(((((..(((((..((((...(((((((((((((((..(((((((((((...)))))))(((..((((...(((..((((((((((((.....(((........))).))))))))..))))..)))...))))..)))......(((((.....((((....))))))))).((((((((.((((......(((.(((.(((((((((......))).)))))).)))))).))))))))))))((((.((((...((((...((((((((((((((.......))...(.(((.((((........))))))).)((((...)))).........(((((.......))))).))))))))))))..........))))...))))...))))((.(((.((((((...)))))).)))..)).............))))..)))))...))).)).)))))..))))..)))))..)))))..))))...)))))((((....((((...(((.(((((....((((((.((((((........................(((((((.........(((((((((((......))).).)))))))..))))))).....)))))).))))))..................))))).)))....)))).)))))))))))))))(((((((((((((.((((.((.........)).)))))))))))....)))))).((((....))))........((((((((....(((((...)))))...)))))))).).)).)))))))))))))(((((.(((.(.((((((((((((((((....))))).((((..(((((((((.......)))....((((((((......))))))))....................))))))..))))..((((((((.((((((..(((((...............(((((..............)))))..............))))).............(((((((..((((.(((.......)))))))...((((((.........(((((((...((.((((...........)))).))........((((((((....(((((.........(((((((((((((((...))))............))))).))))))..)))))...)))).))))......)))))))....((((((((((((((((((...(((.....)))...(((...(((((.....)))))...)))(((((.....)))))..))))))))))......))))))))......(((((((....((((...))))....((((......))))))))))).(((..((((((.((((((((((((.....(((((((.((.((.....))))..))))))).......)))...)))..)).))))....))))))..)))..(((((((......))))))).(((((((....((((.((((((((((((((((((((((((..((.((.((((.................)))).)).)))))))....))))))...(((......)))..)))))))))))))))))......)))))))(((((((...(.((((((..(((((....)))))...((((........)))).........(((((...........)))))((((.........))))(((.((((((((((((((...)))).......)))))))))).))).......)))))).).......)))))))..((((....))))..)))))))))))))))))))..))))))))..............((((((...........))).)))...((((((.((((((((....((((((.(((((((((....((((((((...((((((((((..((((((((....(((((...))))).....)))).))))...))))).)))))))))))))....)))))..))))((((((..(((((.((((....)))))))))))))))))))))...)).))))))....)))))).)))))...))))))))))..))))).....((..(((((((((((....(((..........((((((((........))))))))))))))))))))))..))......(((((...)))))......(((.(((((......((((((((.....)))))))).......(((((((((...............))))))))).))))).))).....))))((((......))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((.{(((((,,,.,,|||,,||...(((((,,..,}.))))}.....{|||,.|.((({{...,,{.,.{.((((((((.......(((.((((,((.,((..((({{(,,{{{,|||}..{{{|..||{((((((((.(((((((..(((((((......)))))))..(((((((((.(((((((..({.{((,,((((((((((({,,,,{{{.({(((({,..,{{{{(((.{(({(,|,,.|,...{{{{{....}||))}........|,|,|||,|||,,{(({(((({{({(({((..((({{{(((......))))))))..((((((((({(...,).))))))))).....{{,.,{{||.|.,,,|||||}}||,}}|||.{(((((((....((((.(((((...{(((((((((,,((((((...((....)).))))))(((((((.((,{{........}))).))))))).......,{{...((((((((({......})))..,.)))))).))))))))))))}..))))),.))))....)))))))|((({{..,,,,.,}}}}}|||||{((((({{(((,({((.((({(.{{{{{(({,,|.{||,{{{,||||,.||.....,,.,......,.}}}}|||}||.((((..{(((((..(((.((((.......)))).)))))).)))..)))),)),)))}},((((....)))))}})))},))}|.)))))..}}}})))))))),)))}|}}))}...)))},.,,.,},}}}}(((((((.{(((((.((......)))))}}..,}})))))))((((.((((...(((.((((((.(...((.((((((...........)))))).)),,)))))).....)))..))))))))....,|}}}}}}}}}{{((.,,,..}|||{((({{{...})))))},,|{{|,||,,..))),,,,,,},|||{,.,,..}))))})}).))..)))))).).))))))))).....)))))))(((((.((((..((.......)}.)))).)))))}.)))))))}}||..,.,}).,||||||,(((((((((......))).)))))).)))))).)).)))).)))))))))))||{.(((((((.((((((((({(((,(((,{{{{{,,,{{,,{.,,(((((((((({((.,,((({(((...||||,{((({((.{{{{{...,{,,}||||{{{(({,(((.(({{(({.....}}}(((((((..,.....,},||{.(((((({..},})))}))}..,.,,,{{{{{...,((,((......)).})),)))))),......,,,((((((((........)))))))).}||||||...{{,,|||||||}}.|||,,{{{{(((..,,|{|,,}},.........,.........,(((((({{.......{((((((((((......))),}.)))))))}.))))))},}}}..})))}))).)))))))))))))...,})}})),,)}||}}}}}}}))..||}}}|||({(((.(((((..(((({..(((((((,(((((((({{,,{,({{,(..((((((((.((({{((((...{{{........((((((((....(((((...)))))...)))))))){((((((((((((({,.{{({{(,{({(({((.((((,...(((.{(((((((((((((.((((.((,((((...}}}},)).,,,...)))).))))...))))))).)),.)))),,))))))})))).{{|,.||||.}..,))))}}..{{{{......}}))}))))))))))}(((((....,....,....)))))...............................)))))))).))))))))..).})}.))),..))),}))))....|,,,..|||{|||...{{.(({{,,,........}})).}}..,.....{{((({(|....{||||,,,||||,.(((((((((((((({...})))............))))).)))))),}))|||..,||||.}}}|,.....})}}}))....((((((((((((((((({...{{,.....}},...{((,..(((((.....)))))}}}|||(((((.....))))),,})))))))))......))))))))......,}))))))}})))}..{((|{{....((((......)))},,},}}},|,|,.,,|}}}}}},,}}}}}.}}}}}.,{((((((.{{,({....,))}},,))}))}|{((({..,|{.{(,.......)),))...,))))}},||||,(((((((......))))))).(((((((....((((.((((((((((((((((((((((((..((.((.((((.................)))).)).)))))))....)))))},...,(.,,...,}}.})))))))))))))))))......))))))){({((((|...{(({(((..{((((....))))),,,||||.......,)))).........(((((...........)))))((((.........))))(((.((((((((({,((....|||,...}..,)))))))))).))).......})))))||......})))}))}..,,,})))))).))))))).)))....,|,,,||..}}}}}....,}}}......,,|((((....}}}},........{(((((((((((.((((((,,{{{{(((((({(((((((((....((((((((...((((((((((..((((((((....(((((...})))).....)))).))))...))))).))))}))))))))....)))))..)))},{{({{..(((((.((((....)))))))))}}}})))))))).}})).))))))....)))))).....(((((,,((,,(((.,{({........}}}...},,....)))))))))))))))))}((((((((........))))))))(((((...((((.((({{((((({{(({.,(((((((...{({.{......}.}))..))))))))}))))))))))).))))...)))))................{(((.......)))).,},,,.,,...))))((((......))))....
Back