Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_031310.3
Sequence Length
2290 nt
GC Content
0.6031
AGAGCAGGCCUGGUGGUGAGCAGGGACGGUGCACCGGACGGCGGGAUCGAGCAAAUGGGUCUGGCCAUGGAGCACGGAGGGUCCUACGCUCGGGCGGGGGGCAGCUCUCGGGGCUGCUGGUAUUACCUGCGCUACUUCUUCCUCUUCGUCUCCCUCAUCCAAUUCCUCAUCAUCCUGGGGCUCGUGCUCUUCAUGGUCUAUGGCAACGUGCACGUGAGCACAGAGUCCAACCUGCAGGCCACCGAGCGCCGAGCCGAGGGCCUAUACAGUCAGCUCCUAGGGCUCACGGCCUCCCAGUCCAACUUGACCAAGGAGCUCAACUUCACCACCCGCGCCAAGGAUGCCAUCAUGCAGAUGUGGCUGAAUGCUCGCCGCGACCUGGACCGCAUCAAUGCCAGCUUCCGCCAGUGCCAGGGUGACCGGGUCAUCUACACGAACAAUCAGAGGUACAUGGCUGCCAUCAUCUUGAGUGAGAAGCAAUGCAGAGAUCAAUUCAAGGACAUGAACAAGAGCUGCGAUGCCUUGCUCUUCAUGCUGAAUCAGAAGGUGAAGACGCUGGAGGUGGAGAUAGCCAAGGAGAAGACCAUUUGCACUAAGGAUAAGGAAAGCGUGCUGCUGAACAAACGCGUGGCGGAGGAACAGCUGGUUGAAUGCGUGAAAACCCGGGAGCUGCAGCACCAAGAGCGCCAGCUGGCCAAGGAGCAACUGCAAAAGGUGCAAGCCCUCUGCCUGCCCCUGGACAAGGACAAGUUUGAGAUGGACCUUCGUAACCUGUGGAGGGACUCCAUUAUCCCACGCAGCCUGGACAACCUGGGUUACAACCUCUACCAUCCCCUGGGCUCGGAAUUGGCCUCCAUCCGCAGAGCCUGCGACCACAUGCCCAGCCUCAUGAGCUCCAAGGUGGAGGAGCUGGCCCGGAGCCUCCGGGCGGAUAUCGAACGCGUGGCCCGCGAGAACUCAGACCUCCAACGCCAGAAGCUGGAAGCCCAGCAGGGCCUGCGGGCCAGUCAGGAGGCGAAACAGAAGGUGGAGAAGGAGGCUCAGGCCCGGGAGGCCAAGCUCCAAGCUGAAUGCUCCCGGCAGACCCAGCUAGCGCUGGAGGAGAAGGCGGUGCUGCGGAAGGAACGAGACAACCUGGCCAAGGAGCUGGAAGAGAAGAAGAGGGAGGCGGAGCAGCUCAGGAUGGAGCUGGCCAUCAGAAACUCAGCCCUGGACACCUGCAUCAAGACCAAGUCGCAGCCGAUGAUGCCAGUGUCAAGGCCCAUGGGCCCUGUCCCCAACCCCCAGCCCAUCGACCCAGCUAGCCUGGAGGAGUUCAAGAGGAAGAUCCUGGAGUCCCAGAGGCCCCCUGCAGGCAUCCCUGUAGCCCCAUCCAGUGGCUGAGGAGGCUCCAGGCCUGAGGACCAAGGGAUGGCCCGACUCGGCGGUUUGCGGAGGAUGCAGGGAUAUGCUCACAGCGCCCGACACAACCCCCUCCCGCCGCCCCCAACCACCCAGGGCCACCAUCAGACAACUCCCUGCAUGCAAACCCCUAGUACCCUCUCACACCCGCACCCGCGCCUCACGAUCCCUCACCCAGAGCACACGGCCGCGGAGAUGACGUCACGCAAGCAACGGCGCUGACGUCACAUAUCACCGUGGUGAUGGCGUCACGUGGCCAUGUAGACGUCACGAAGAGAUAUAGCGAUGGCGUCGUGCAGAUGCAGCACGUCGCACACAGACAUGGGGAACUUGGCAUGACGUCACACCGAGAUGCAGCAACGACGUCACGGGCCAUGUCGACGUCACACAUAUUAAUGUCACACAGACGCGGCGAUGGCAUCACACAGACGGUGAUGAUGUCACACACAGACACAGUGACAACACACACCAUGACAACGACACCUAUAGAUAUGGCACCAACAUCACAUGCACGCAUGCCCUUUCACACACACUUUCUACCCAAUUCUCACCUAGUGUCACGUUCCCCCGACCCUGGCACACGGGCCAAGGUACCCACAGGAUCCCAUCCCCUCCCGCACAGCCCUGGGCCCCAGCACCUCCCCUCCUCCAGCCUCCUGGCCUCCCAGCCACUUCCUCACCCCCAGUGCCUGGACCCGGAGGUGAGAACAGGAAGCCAUUCACCUCCGCUCCUUGAGCGUGAGUGUUUCCAGGACCCCCUCGGGGCCCUGAGCCGGGGGUGAGGGUCACCUGUUGUCGGGAGGGGAGCCACUCCUUCUCCCCCAACUCCCAGCCCUGCCUGUGGCCCGUUGAAAUGUUGGUGGCACUUAAUAAAUAUUAGUAAAUCCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-875.27 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -909.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 429.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((.((((.(((.(((((((((.((((.(((...(((.(((((.(.....).))))).))).))).))))(..(((((....(((.(((..((((((((....((((((((..(((.((...((.((((((((.(((((((((((((((((.((...(((.((.((......((((((((((((......((.((((....)))).))..)))))).))))))...(((.(((((..((.((.....))))..)))))...))).((((((((..(((.((.(((((((((((((..(((..((..((((.....)))).(((..((((.(.((.((((((.(((....)))))))...)).)).).))))...)))..(((((((..((((((((((((((.(((..(((((((...)))))))..........((((.(((((.((((((.(.(((((((.((((....(((.(((((.......((((......))))......))))).))).....(((((((.((........))))))))))))).))))))).).)))))).((......))....((.((........))...))))))).))))......)))))))))).....))))))))).))))).......((((((((..((((.....((((.(((((.(((..(((.((...((((.....)))).)))))..))).)).(((.....)))..........(((((......((((((((((..((((........)))).)))))((.((....)).)))))))........)))))...)))))))(((.(((((((((....((.((((((.(..((((.......(((((.((((((((........)))))).(((((((...)))))))...........((.(((((((((((.........)))....(((....(((((....)))))..)))..)))))))))))).)))))..........))))....).))))))..))...)))))))))..)))..))))...)))))))).....(((((....))))).))..)))..)).)))).)).)))..........))))))).)))))))))).))))))).)))))))))))))......)))).)))).))))))...)).)))))))))))(((((..((((((........(((....)))))))))..)))))..((((....))))))))))))..)))..))).....)))))..)..((((...(((.((((.((......)).)))).)))...))))...(((((((....)))))))........((((((((.(((((((..((((..(((((....((((.(((....(((((.(((((((((((((((((((((..((((......((((..................................)))).......)).))..)))))))))..........................(((....))).....((....(((.....)))....))(((((((.(((((((((((((........))).))))))))....)).)))))))(((((.(((..((((.......(((((((((...........)).)))))))((((.((((.....))))))))........(((((((..((((((.(((((..(((.(((((......).)))).)))(((((((((..((((..........((((((.........(.(.(((((((((((.....))).))))))))).).........))))))..........))))..)))))..........))))............)).))))))))).........(((((...................)))))...)))))))..(((.((((......)))).)))..))))..))).))))).))).))))).))))))))).....)).).)))).)))))..))))...))))))))))))))).((((((((((.(.(((.((.(((.((((.(.(..(.((((((.(((((((((........))).)))))))))))).)..).))))).))).)).).)))))))))))))))).))))))...((((((((((...)))).))))))...))).)))).)))))))(((.((((.........))).).))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(.(((((.((((.(((,(((((((((.((((.(((...(((.(((((.(.....).))))).))).))).)))){,.(((((....(((.(((..((((((((....((((((((..(((.,,..,((.((((((((.(((((((((((((((((.((...(({{((.,{......((((((((((({..{(((,,.,(((....))))..)}})))))).))))))...(((.(((((..((.((.....))))..)))))...))).((((((((..((({(,,(,(((((((((((..(((..((...(((({,..((((.(((((((((,(.((.{(((((.(((....)))))))...}}.}).},)))).(((((.{(((((((..(((((((((((((({(({..(((((((...)))))))..........((((.(((((.((((((.(.(((((((.((((..,.(((.(((((.......((((......))))......))))).))).},..(((((((.((,...,,,.,,))))))))))).))))))).).)))))).((......))..,.,{.,,........},...,}))))).)))).....,)),))))))).....))))))))),})))).}.....)))))(((({,.((.......))..}})))(((..(((.((...((((.....)))).)))))..))){((((((({,{..,.,...(((((((((((((((((........,,))))}..)))))|{(((......(((((((....((((((((...((((((((......{(((((((({.{{(((.......(((((...))))).......)}).}}..}}.})))),)}}.))))))))...))))))))....))))))))))},}}}}}},,}|((((((({{{.........})),...{({....(((((....))))).,)))..)))))))})))))).)))}........))))).))))..)))))..({{{(((((....((((...)))).....))))))))....(((((....))))).))..)))..)).)))).)),,))..}}.,....,}})))).)))))))))}.)))}})).)))))))))))))......)))).)))).))))}}.,,},.))}))))))))(((((..((((({.......,({{....))}))))))..)))))..((((....))))))))))))..)))..))).....)))))..,..((((...(((.((((.{(,,....)),)))).)))...))))...(((((((....)))))))........((((((((.(((((((..((((..(((((...,((({.(((,,{.{{{((.(((((((((((((((((((((..(({(....{{(,,,,..............,}}.{{{{...........)))).......,).))..)))))))))...........|,....,,,......(((....}}}.,...{{....(((.....)))....})(((((((.(((((((((((((........))).))))))))....)).))))))){{((({(((,{(({|..}}}}.|||||||{{..,,,......|}.|||||}|((((.,,,,..}}}))}))).}...,.,..(((((((..((((((.((((,..(((.((((,......).)))).)))(((((((((.,((({..........{((({{...,.|,,,|.{.(((((((((((.....))).)))))))}|.}.........))))))..........})})..}}}},.........,)))}............}}.})))))))).........{({{{...................}))))...)))))))..(((.((((......)))).))).......{|||...)))})))}}}))).}))))))))},...,}.)})}}}.)))))..))))...))))))))))))))).((((((((((.(,{{{.((.(((.((((.(.(..(.(((((,{(((((({{{.,,,,...))),)))))))))))).)..),})))).))).)).).)),))))))))))))).)))))}...((((((((((...))))}}))))).,,))).)))).))))))}(((.((((.........})).).))).......................
Back