Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_032090.2
Sequence Length
4465 nt
GC Content
0.4461
AAUCCGGAUUCUCAGGGCUUCAACUACACAAGCCCCACAAACCGGCUGCUGGGCUGCAGGGAAGCUCACUCCAGAAUUUAAAGUGCCCAGGCUACAGAGACACCCUGAAGCCACAGAAAGACAAAGGAACCGGUUGAAACACACAACGUGUCCAGUGAGGACUUUGCAGAAUUCUGUAACCAGACUACAAUGGCCGCUCAAAGGAAUCGCUCAAAGGAAUCAAAGGAUUGCAGCGGGCUGGUCCUGCUCUGCCUUUUCUUCGGGAUUCCAUGGGAGGCUGGAGCCCGGCAGAUCUCCUACUCAAUUCCUGAGGAAUUAGAGAAAGGCUCUUUCGUGGGCAACAUCUCCAAGGACUUGGGUCUGGCGCCCCGGGAGCUGGCGGAGCGCGGAGUCCGCAUAGUCUCCAGAGGUAGGACGCAGCUUUUCUCUCUGAACCCGCGCAGCGGCAGCUUGAUCACCGCGGGCAGGAUAGACCGGGAGGAGCUCUGCGCUCAGAGCGCGCGGUGCGUGGUGAGUUUUAAUAUCCUUGUGGAAGACAGGGUGAAACUUUUUGGGAUAGAAAUAGAAGUAACUGAUAUCAAUGACAAUGCUCCAAAAUUCCAAGCAGAAAAUCUAGACGUAAAAAUUAAUGAAAAUGUCGCUGCGGGAAUGCGUUUUCCUCUCCCGGAAGCUAUUGAUCCGGAUGUGGGCGUGAACUCCCUGCAGAGCUAUCAGCUCAGCCCCAAUAAGCACUUCUCCCUAAGAGUUCAGAGCCGUGCCAAUGGCGUCAAGUACCCGGAGCUGGUACUGGAGCACUCCCUAGAUCGCGAGGAAGAGGCCAUUCACCACCUGGUCCUCACCGCCUCCGACGGGGGUGACCCUCUCCGAUCUGGCACUGUCCUUGUCAGUGUGACUGUCUUCGAUGCAAAUGACAACGCGCCGGUCUUCACCUUGCCAGAAUACCGAGUGAGUGUUCCUGAGAAUUUGCCUGUGGGCACUCAGCUGCUGACAGUCACAGCCACCGACAGGGACGAAGGUGCCAAUGGAGAAGUGACAUAUUCAUUCCGAAAAUUACCUGACACGCAAUUGUUGAAGUUCCAACUAAACAAAUAUACUGGAGAAAUAAAAAUAUCAGAAAAUCUAGAUUAUGAAGAAACCGGUUUCUAUGAAAUAGAAAUACAAGCAGAAGAUGGAGGAGCAUAUCUUGCAACUGCAAAAGUGUUGAUUACAGUAGAAGAUGUAAAUGACAACAGUCCAGAGCUGACCAUCACGUCUCUAUUUAGUCCAGUGACUGAAGAUUCACCUCUGGGAACAGUCGUAGCCCUUUUAAAUGUGCAUGAUUUAGACUCUGAGCAGAAUGGACAGGUAACCUGUUCCAUUUUGGCGUAUCUACCAUUUAAAUUAGAAAAGUCCAUUGACAGUUAUUACAGAUUGGUGAUACACAGAGCCCUUGACAGGGAACAGGUAUCCUCUUACAAUAUCACAGUGACAGCCACAGAUGGGGGAAGUCCUCCUCUAUCAACGGAAGCUCACUUUAUGCUACAAGUGGCAGAUAUCAAUGACAACCCACCUACCUUCUCUCAAGUCUCCUACUUUACCUAUAUCCCAGAGAACAACGCCAGGGGUGCCUCCAUCUUCUCAGUGACAGCGCUGGACCCGGACAGCAAAGAGAAUGCCCAGAUUAUUUACUCCCUGGCUGAAGACACCAUCCAGGGGGUACCUCUGUCCUCAUACAUAUCCAUCAACUCAGACACUGGCGUCCUGUAUGCACUCAGAUCCUUCGACUAUGAGCAGUUUCAUGAGCUACAGAUGCAGGUGACAGCCAGCGACAGCGGGGAUCCUCCACUCAGCAGCAACGUGUCGUUGAGCCUGUUUGUGCUGGACCAGAACGACAAUGCGCCCGAGAUCCUGUACCCCGCCCUCCCCACAGACGGUUCCACAGGCGUGGAGCUGGCGCCCCGCUCCGCAGAGCCCGGCUACCUGGUGACCAAGGUGGUGGCGGUGGACAGAGACUCCGGCCAGAACGCCUGGCUGUCCUACCGUCUGCUCAAGGCCAGCGAGCCGGGACUCUUCGCGGUGGGGGAGCACACGGGCGAGGUGCGCACGGCGCGAGCCCUGCUGGACAGAGACGCGCUCAAGCAAAGCCUCGUAGUGGCCGUCCAGGACCACGGCCAGCCCCCUCUCUCCGCCACUGUCACGCUCACCGUGGCCGUGGCCGACAGCAUCCCCCAAGUCCUGGCGGACCUCGGCAGCUUCGAGUCUCCAGCUAACUCUGAAACCUCAGACCUCACUCUGUACCUGGUGGUAGCGGUGGCCGCGGUCUCCUGCGUCUUCCUGGCCUUCGUCAUCGUGCUGCUGGCGCACAGGCUGCGGCGCUGGCACAAGUCACGCCUGCUGCAGGCUUCAGGAGGCGGCUUGACAGGUGUGUCCGGCUCGCACUUUGUGGGCGUGGACGGGGUUCGGGCUUUCCUGCAGACCUAUUCCCACGAGGUCUCUCUCACCGCGGACUCGCGAAAGAGUCACCUGAUCUUCCCCCAGCCCAAUUAUGCGGACACGCUCAUCAGCCAGGAGAGCUGUGAGAAAAACGAUCCUUUGUCUUUGUUAGAUGAUUCGAAGUUUCCUAUAGAGGAUACCCCAUUGGUUCCAGUGAGUUUUAUUUUCAUUUUUACUUUUGUUAAAAAAAAAAAGAUUGGUUUUUACUUUGAAGUUUGCGGCAUGAUGGUGGAAAGUGUAAAUGCUAAAACACUGAUGAGUAGAAUUUGAUGUUUAUUAAGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACUUUCUGGUAAAAUUCACCUAGUCUCAAUCAAGGCCUAUAUAUCAUAAGGCUUUGUUAUGAUUAGCUUUGCAGAACCUUGUAGUUUAUAGUGUUGUUGAGUACAAUAUUGACAAUUCCUAAGACAGACUUCCAUACAGAAGUGCCUGUCAAUUUAUAUUUCCUCCUGGGUGGUCACAUAUUGAAACUCCAGCCCCUUAAGCAACCCUCUUGUUCUGAAGGCAGGUCUGGUAAGAAUAGGUAAGUAUCAGAAAGAAAUCACCUCUGGAAACACAACCCAAAUCCAAGAAUACUCAAUGCAGUUCUUCCCAAGGAGAAGGGCAAUAGGCCUUUUUCAAACUACAUUUUAUAUAUUUUUCAAUCUAUACUUUGUGGUGAUAGUUGCAGUUGAAUAUACUAAGUUUUUCAUUAAUAUUGAAUUAACAAUUUAUUUAUAACAAUGUAUGCUUAGAUUUUUCCAGCCCUAUUUAUAACUGAUAACACUGCAGUAUCCUUUUUGCAUACAAUUCUCUAAUUUCACACUGCUAUGUGGAAGAUAUAGCAUUUUAAUUUAACUUUCAUUGCUCAAUAGGGAUCCUGAGGAGGCUAUAGAGGGUGAAAUUAAGAAUAUUUGGGAUUCUGCUUUUGUCUUUUUUGUUAAAUUUUCUAGUGACUAAGGCUGAAAGUAAAUAUGGGUUGGGAAGACAGAUAAAUUUGUACAUGUUCCCGAGAACAGGAGCAAGAGAUAUAUGACAAAGCUAUUUCAGUGGCUCUUUAAUGUAUAAGGAGGCAAACACCUGAAACUCUGAAAACUCUGAAAUUGAGAGGCAAAAUAAACUUAGAGUCAAGAAAGAAAUGCCAUUUCUGCAGAUCAGAAUAUAAACACCAACCACAGCUGUAAAAAAGAAAAGAAUAUAUGCAACGAAGGGAAAUUAUAUAAACAAAGGAUCAUUGGAGGUACUGAUGAGUUCAUUUAGUUCAAUGAAAAUAGUGACGUAUUAGGUAGAUCUCUUAAUUUUAUUACUAGUAUUCUACUAAAUGUGGUAGUAUAAAGUCAAAAAGCAUUCCGAAGUUUCUCAAGACCCUUAUAAUUCCAUGAUUUUUUUCAGGUCAGUCAACAUUUGUUGAAUGAUAGGUCUGUGGAAGGAAAGCACACUCUUUAGGGUCAUAGUUAUUAACUAUUAAACCAUUGAAACUAUUAUUUUAUAUUUGUGUUAAUGAGAGUCAAAAUUAUUGUGCAUUCAUCUCAAAUAAUUCUAUUAUUUUGAAAAAUACAGGUUUUUUUUUUAAAAAAAACUGCUCUUGACAUUGUAGCUAUUGUGAGAAAAUAUUUUGAUUAUAAUUAUUUAAAAGCAAUACAGGACACCCUGGAUGAUGGUAAUGACUAGGGCAAUGGUUGCAUUCCAGUACUUAAGUAUGAAAUAAGGAAUUAUUACUUUCUGGGUGAAUAUAGGCUAGAAUUGAAGACAAAAAAAUUUGUUGCUUAUCUUCAGUACUUCCAGCUUCAUAGAUAAUUACUCUUAAAAGGAACAAGAAUGACUGCCUCUGGAUGGAGGAAUUGGAUAGCAAUGGGCCGUGGGAUAGGAGACCUAUAAACCUUCAUGCUAUAUUAUUUUGUGCCUUUUUAAAUUUUGAAGAAAAAAUAUUCAUUUAUUCAAGAUAUAUGUAAAUUCAGUAAAUAAAAAGAUAUGAUAGUUAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1343.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1424.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 1261.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.......((((((.........))))))......))))....(((((((((((((((((((((((.........((((((((((((.(((.......))).)))).(((.(((((..(((((((.((((.......))))..((((.....)))).((((((....))))))(((........)))..(((((..(((((.(((((.((...((.(((((((...((((((...((((((((((((..((((((((((.....(((((((((((...)))))....))))))......)))))))))).........((((((..((.((((..((..(((((....)))))..))..))))))))))))))))))))).)))))))))..........((((((((((((((((((((((((((..((.((.(.((((...........))))).)).)).))))..)))))))))).((((((...))))))(((((..((((((((((((....((((((.....))))))))))))))...((((((((..((((.....(((((((...........(((((...(((......))).........((((.....((((((.((((((((((((((.(((((...((.(..(((((.........)))))..).)))))))...)))).)).(((((...))))).((........))....(((.....)))....(((((((....))))).)).((((((.......))))))((..(((((((..(.(((.((((..(((((((.........))).))))....)))))))))))))))..))((((((...((((((((((((((((..((((((((((..((........((((.(.(((((((.(((.........))).)))).))).))))).(((((....((((....))))))))).))..))))))))))......)))))))))...))))))).)))))))))))))).)))))).......))))...........(((((..(((....))).)))))......)))))........)))))))....)))).............(((((((((((...))))))).......(((((((((((((((((...((((....))))..)))))(((((.((((((.(((((..(((....((((.....))))..))).))))))))))))))))..((((........))))((((((((..((((((.((.(........).)))))))).(((((.((((.((((.((..((((.(((((((((.....((((((((.((((..........((..(((....)))..)).........))))))))).....)))........)))))))))...........(((((..((((((..((...(((((((((.....)))))))))...))..).)))))...(((((....))))))))))............)))).)))))))))))))))...............)))))))).....((((...))))))))))))))))(((((....)))))...))))...(((.......)))..........((((((((((.((.......)).))))))))))..))))))))...............)).))..))))))))))))....)).))).))))))).)))).))))).))))).)))))..(((.(((((((((..(((((.(((...((((((.((...(((.((.(((...(((((((...((.((....)).)).....))))))).)))))..))).....(((((.(((((..........(((((((((....)))))))))((.((((.(.(((((((((((((((..(((((......(((((..(((((((((((.....(((((......))).)))))))).))))))))))....)))))..))))))).))))..)))).))))).))....))))).)))))(((.(((....))).))).(((.(((((((.(((.......)))..)))..(((((((........))))))).....)))).)))(((((.((((((.....)))))).)))))....)).))))))...))))))))(((.(((((.....)))))..))).......(((((....)))))..)))).))))).)))(((((.......)))))))).))))..))))).)))((((.(((((.(.....).)))))...)))))).)))))).((((..(((((((((.(((.......))).)))))...))))..))))((((((((((((...))))))).))))))))))..)))))))))))))).))))........((((((((.((.((((((((((......)))))............((((((((((((..(((....)))(((.(((((....).))))))).......(((((((((((((((((..(((((((...((((((...(((((......((..(((...((((((.......))))))...)))..))..(((((((((((((((.......((.(((((.(((((..(((...((((...(((......)))....)))).))).))))).))))).)).......)))))))))))))))....................((((((((((......(((((.(((..((((.(((((....(((((((.......)))))))..(((((.((((((...((.(((((..(.((((..((((.((((((((((....((((.((((((((((......)))))..)))))................))))..)))).))))))..)))))))).)..))))).))......)))))))))))))))))))).))).)))))...))))))))))......))))))))))).............((((((..........))))))......(((((((((.....)))))))))..((((((...((((.(((....))).))))...)))))).(((((((..((((......((((((....((((.(((.((((((...))))))..)))...))))...)))))).(((((((((((((((((((....(((((....((((.(((((...........(((((.(((((((((..((((((((.....))))))))....................(((.((((...(((...)))..)))).))).))))))))))))))....))))).))))..))))).............((((.(((.......)))))))))))))).))))))))))))..((((..(((((.((((((((........)))))).........)))))))..))))((((((.(((((((.....))))))).)).....))))...(((((....((((.....((((((((.......(((......))).......)))).))))..)))))))))..........))))..)))))))...........)))).)))..))))))).............)))))))))).(((((((((((((.((.((((((......))))))..((((((...((((((.......))))))....))))))(((((((((.....)))).))))).........(((((((((..((((((....((((((.....(((((((((((.......((((.(((((....))))).))))))))).))))))................))))))((((((...)))))).........)))))).((((((((((((((.((...((.((((...(((((((((.(..((((((((((((((...)))).)))))........(((((((((....)))))))))((((........).)))((((((....(((((.((.......)).)))))....))))))((((....)))))))))((((....))))).)))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))).......((((((.(.......).)))))).....((((((....)))))))))).)).)))))))))))))(((...(((.......)))...)))...............(((((....)))))))))))...))..)))).)))))))..))))))))........(((((((((..(((.......(((((((....(((((......((((((..........)).)))).....)))))....))))))))))..)))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((.{{....((((((.........))))))....}.))))....(((((((((((((((((((((((..........{{({({{((((,(((,{....||||,||||.{{{,.{({,..,((,,(,,((((.......)}}}..||||,,{,.||}}.((((((....)))))}(((........)))({(((,,..{{{,({{((,..,(.{,{{...,||}},}}||||(({{{(((((((((((({,((((((((((.....(((((((((({...}}}}),,.,))))))....,.)))))))))}.......,}|||{{,..((.((((..((..(((({....}))))..))..))))))||||||||||||}||.||,}))))).}}}.}}}}|||||||||||,||||||{|||{||||..{{,((((,{((({{{{.{{{{.,{||,|{|{{{{{.{{{{{||||||,|||{((,,,,}}}))),|{((((({(((,,((((((((....((((((.....)))))))))))))}{(((((((,,...,,{..{{..,{{,,,,,........||{|,,...,,},,,}},|,....,||.,..{{,,.....{(((((.((((((((((((((.{((((..,((.(..(((((..,......)))))..).))))))}...}))).)).(((((...))))).((........}},{{{{{,.....))),...{{(((((....))))).}}.((((((.......))))))((..(((((((..,.(((.((((..(((((((.........))).))))....))))))),)))))))..))((((((...((((((((((((((((.(((((((((((..{,..,,....{({,{(.(((((((.(((.........))).)))).))).)))}}.(((((....((((....))))))))).})..)))))))))}...,}.)))))))))...))))))).)))))))))))))).))))))..,....,}}},,,.}}}}}..,{(((..{{{..,,))}.}}}},.....{|||||,........,|||||,...})),}}},.,.......{{{((((((((...)))))))}......(((((((((((((((((...((((....))))..)))))(((((.(((((,,(((((..(((....((((.....))))..))).))))))))))))))))..((((.,......))))((((((((..{(((((.((.(........).)))))))).{({((.(({({(((({(({{(((..,||||||||}}}}}|{{(((((.((((.{{.....,.,,..(((....)))..}}......}}.))))))))).,,,,)||{,.,,.,|))}}}||||...........,{{{{..((((({..((...(((((((((.....)))))))))...))..}.)))))...{((({....})))}}}}}}....,.......}}}}.}})))))))))))))...............)))))))).....((((...))))))))))))))))(((((....)))))...,}||.,,{|,.......}}},,,.,.....((((((((((.((.......)).)))))))))).{|||||||.....................,.|,|||((||{{(((({|,.{((({{..{{,{,....,}}).}),,)).))))},,,||})))|||,,.,.|||||.{{{.{,(((({(.{{...(((.((.(((...(((((((|.,((.((....)).))..},.,)))))).)))}}..))).....(((((.(((((..........(((((((((....)))))))))((.((((.(.(((((((((((((((.,(((((..,,..{{{{|,((((((((((((.....{{(((......)}),)))))))).)))))),))}....))))).,))))))).))))..)))).))))).))....))))).)))))(((.(((....))).))).|||}||||.,{,{{{...||..,}|,.,,,.,(((((({...,,.,.))))))},}...}}}}.||}(((((.((((((.....)))))).))))).},.,).}}}}))...))))))))||{||||||,.|}}}}}}}}}))}}).....(((((....)))))...{{{,{..((((....)))).,))))))))))}))))))).)))))})))|))}.,)},}}}|,}}})}}}}))}..,}}|}||||||}||((||..||||{|||{||{||,}}|}}))),,}||||||}||||.}}})|||{|||{|||,.,,))))))).))))))))))..)))))))))))))).)))}..,,,,,,(((({{((,(..{(((({{{{|,,,..,)))}},,},......,,,{{,(((((,,,..{((....))|(((.(((({....}.))))))),......(((((((((({{(((({..{{{{{{|...({.((((....)))).}}{{(,(({{{,.|||||.{{{{..{((((.(((((((..((((............{.(((((.((((.((({,.,(((((((...(((((({,,,(({,.....,,,{{{{{.|(((((((((,.......}}}}})))).,))))},,,||||,,,,|||{,,{{{{,,,{{({,(({{{{{|||,...,.{{(((.(({..{{((((((((....,{{{{{|,},,,},))}}))),,(((((,((((((...((.(((({.,(.((((,.(({{.{{{{{|||{{....,|,,.((((((((((......)))))..)))))........,,,{{...,|||,,|}}}.}}}|||,.||||||||,|,,|}||},|}......)))))}))))}}))}))))}.}}}.}}}}}.}})}))))}}})..,,.,,,{{(({{........,,...,}}|{|{{,,.,{{{,{{{|,,,,{,,,,,,(((((((((.....)))))))))..{{{{{{...((((,(((....}}}.||||,..}}})))|{,{{{||||{||||{|{|.((((((....((({.,||||{{{{,...,}}},),}})}...)))).,.)))))).,{((((((((((((((({{.,,.{{{{{....((((.{{{{{...,,......(((((.(((((((((..((((((((.....))))))))...........{{{{.,..{(((..((({...|}}}..))},),}}.)))}))))))))))))))...,))))}.))))..}))}}.,,,,.,....,,((((.(((.......)))))))))))))).))))))))))}{{(({....}}))}.,.((((((......,.)))))).}}}}}}}}}}}}},},,},,{((((((.(((((((.....))))))).)).....))))}{((((((...((((.......))))...........))))))).}))))))))}.)))))).))))))))))))...)))).))))).}))))..))))))).))))))))).}}),.))),))))}...........)))))))))).,((((((((((((,(({({((({{{{{,,||||,...((((((...((((((.......))))))....)))))),(({{(((({,...})))}))}))...........{{,{(((..,{{(((....((((({.....,{(({((({{{...,,,.((((.(((((....))))).))))})))),}}))))|||,.,,....,}},.})))))((((({...}))))).....},}})))})).((((((((((((((.((...((.((((...(((((((((.(..((((((((((((({...})))})))))........(((((((((....)))))))))((({.,......}.}}}{(((((....{{{{{.{{,...,,.)},})})),..,)))}}}((((....))))))))){{{{....}}}}).)))))))))..))))))..)).))))))))))))))}}}},..,,...{{(({(,|.......|,)))))}.,...((((({....))))))))))})}.))))))))))))}{{,...,,........{{{,...,}|...,,,..,,..,.{{{{|....))))),}}})}...})..)))))))))))}.,))}}}))),..,,,..((((((({{.,(((((,.{,..{{(,((.{(((((((..,,.........}},.}))))))).,,,..,,,..)),.},}))),})),))}})}}))}}}},
Back