Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_032890.5
Sequence Length
4974 nt
GC Content
0.4797
AGCCCGGCUCCGGGCCAGCAUCCGAGAGCCCGGACUGGAGGUGAGUUCGCAGCCGGAACGUUGCAGGCACUUGUUUCCUCAGUGGAUGCCUUUCGGCGCGCCGCCGCCCGGCGCCGCGGGACUGGGAGACCGGGGUCUCACUCUUGCCCGGGCUGGCCUUGAACUCCUGGGCUCAAGCCAUCUACCUGCCUCGACCUCCCAGAGUGUUGGGAUUACAGUCUGUCCUGCCGCUCUGUGGAGCUGCGCCUGCCAACUCAUUGCUUUCUGCUGUGCUGUGAUCCUGCAGUCAGUUGCCGCUGUUGCUACUGCAAUCAUUUGCACCAAACUGAGCCAGAGAAGUUCCCUCUUUUAACAUAAAGAGUCAAGAAAUUGGAGCAUGGCUAUGAGCAAUGGAAACAAUGAUUUUGUGGUUCUGAGCAACAGCAGCAUCGCAACCAGUGCUGCUAACCCGAGUCCCCUCACCCCCUGUGAUGGAGACCAUGCAGCCCAGCAGCUCACACCCAAAGAAGCAACAAGAACAAAAGUGAGUCCAAAUGGAUGCCUGCAACUUAAUGGCACGGUCAAAUCAUCCUUUCUGCCUUUAGACAACCAAAGAAUGCCUCAGAUGUUACCCCAAUGCUGCCAUCCUUGCCCAUACCAUCACCCUUUGACUAGCCAUAGCAGUCACCAAGAGUGCCAUCCCGAGGCUGGCCCUGCAGCACCCUCUGCUUUGGCCUCGUGUUGCAUGCAGCCACACUCCGAGUAUUCUGCAUCUCUUUGUCCAAAUCAUUCACCUGUGUAUCAGACUACGUGCUGUCUUCAGCCCUCUCCAUCCUUCUGCCUGCAUCAUCCGUGGCCUGACCAUUUUCAGCAUCAGCCUGUGCAACAGCACAUAGCCAACAUAAGACCAUCCAGACCUUUCAAGUUGCCAAAAAGUUAUGCAGCCCUGAUAGCCGACUGGCCGGUGGUGGUCUUGGGCAUGUGCACCAUGUUCAUCGUAGUCUGUGCCUUGGUUGGAGUAUUAGUGCCAGAGCUCCCUGACUUCUCUGAUCCAUUGCUGGGUUUUGAACCAAGAGGAACAGCAAUAGGCCAGAGAUUGGUCACAUGGAAUAAUAUGGUGAAAAAUACAGGAUACAAAGCAACAUUAGCAAAUUAUCCCUUUAAAUAUGCAGAUGAACAAGCCAAAAGCCAUCGGGAUGAUAGAUGGUCAGAUGAUCAUUAUGAAAGAGAGAAAAGAGAAGUUGACUGGAACUUCCACAAGGACAGCUUUUUCUGCGACGUUCCAAGUGACCGAUAUUCCAGAGUGGUAUUUACUUCAUCUGGAGGGGAGACAUUAUGGAAUUUACCUGCAAUUAAAUCAAUGUGCAAUGUAGAUAAUUCCAGGAUCAGAUCUCAUCCCCAGUUUGGUGAUCUCUGCCAGAGGACCACUGCUGCCUCCUGCUGCCCCAGCUGGACACUGGGAAACUACAUCGCCAUUCUGAACAAUAGAUCGUCCUGUCAGAAAAUAGUUGAGCGAGACGUUUCUCAUACCUUGAAGCUGCUUCGGACUUGUGCCAAACACUACCAAAAUGGCACUCUGGGGCCAGACUGCUGGGACAUGGCAGCCAGAAGAAAGGACCAGCUCAAGUGCACCAAUGUGCCACGCAAAUGUACCAAGUACAAUGCUGUGUACCAGAUCCUCCAUUACUUGGUGGACAAAGACUUUAUGACCCCAAAGACGGCUGACUAUGCCACGCCAGCUUUAAAAUACAGCAUGCUCUUCUCUCCCACAGAGAAAGGGGAGAGCAUGAUGAACAUUUACUUGGACAACUUUGAAAACUGGAACUCUUCUGACGGCGUGACUACCAUCACCGGGAUUGAGUUUGGUAUCAAACACAGUUUGUUUCAGGAUUAUCUUCUAAUGGAUACUGUGUAUCCUGCCAUAGCCAUUGUGAUUGUCCUUUUAGUUAUGUGUGUCUACACCAAGUCCAUGUUUAUCACUCUGAUGACAAUGUUUGCAAUAAUCAGUUCUUUGAUUGUUUCCUAUUUUCUCUAUCGUGUAGUAUUUCACUUCGAAUUUUUUCCUUUUAUGAACCUCACUGCCCUCAUUAUUUUGGUUGGAAUUGGAGCAGAUGAUGCUUUUGUCCUGUGUGAUGUUUGGAACUACACAAAAUUUGAUAAGCCUCAUGCCGAAACCUCAGAAACAGUAAGCAUCACCUUGCAGCACGCUGCCCUCUCCAUGUUCGUCACCAGUUUUACCACUGCUGCUGCCUUUUAUGCUAACUAUGUUAGCAACAUUACAGCAAUCCGAUGCUUUGGGGUUUAUGCGGGGACAGCUAUAUUGGUGAAUUACGUUUUGAUGGUCACAUGGCUUCCAGCAGUUGUUGUGCUGCAUGAGCGGUAUCUUCUUAAUAUAUUCACUUGCUUCAAAAAGCCCCAGCAGCAAAUAUAUGAUAACAAAAGCUGCUGGACAGUGGCUUGCCAGAAGUGCCACAAAGUACUCUUUGCCAUUUCAGAAGCAUCUCGAAUUUUUUUCGAAAAAGUAUUGCCAUGCAUUGUCAUUAAGUUUCGCUACCUUUGGCUGUUUUGGUUCCUUGCCUUAACUGUAGGUGGGGCCUACAUUGUAUGUAUAAAUCCAAAGAUGAAACUGCCCUCACUGGAGUUAUCCGAGUUCCAGGUGUUCCGGUCGUCCCAUCCUUUUGAGCGUUAUGAUGCUGAAUACAAAAAGCUUUUCAUGUUUGAACGUGUUCACCAUGGCGAGGAGCUCCACAUGCCCAUCACAGUAAUCUGGGGCGUGUCCCCAGAAGACAAUGGCAACCCACUAAAUCCCAAGAGUAAAGGGAAGUUGACAUUAGAUAGCAGUUUUAACAUCGCCAGCCCAGCUUCCCAGGCCUGGAUUUUGCACUUCUGUCAAAAACUGAGAAACCAAACAUUCUUUUACCAGACUGAUGAACAGGACUUCACCAGCUGCUUCAUUGAGACAUUCAAACAGUGGAUGGAAAACCAGGACUGUGAUGAGCCUGCCCUGUACCCAUGCUGCAGCCACUGGAGCUUCCCCUACAAGCAAGAGAUUUUUGAACUGUGCAUCAAGAGAGCUAUCAUGGAGCUGGAAAGGAGUACAGGGUACCAUUUGGAUAGCAAAACCCCAGGGCCGAGGUUUGAUAUCAAUGAUACUAUCAGGGCAGUGGUGUUAGAGUUCCAGAGUACCUACCUCUUCACACUGGCUUAUGAAAAGAUGCAUCAGUUUUAUAAAGAGGUGGACUCGUGGAUAUCCAGUGAGCUGAGUUCGGCCCCUGAAGGCCUCAGCAAUGGUUGGUUUGUCAGCAAUCUGGAGUUCUAUGACCUCCAGGAUAGCCUCUCCGAUGGCACCCUCAUUGCCAUGGGGCUGUCAGUUGCUGUUGCAUUUAGCGUGAUGCUGCUGACAACUUGGAACAUCAUCAUAAGCCUUUAUGCCAUCAUUUCAAUUGCUGGAACGAUAUUUGUCACUGUUGGUUCUCUUGUCCUGCUGGGCUGGGAGCUCAAUGUGUUGGAAUCUGUCACCAUUUCGGUUGCCGUCGGCUUGUCUGUAGACUUUGCCGUCCAUUAUGGGGUUGCCUACCGCUUGGCUCCAGAUCCCGACCGAGAAGGCAAAGUGAUCUUCUCUCUGAGUCGCGUGGGCUCUGCGAUGGCCAUGGCUGCCCUGACCACCUUCGUGGCAGGGGCCAUGAUGAUGCCCUCCACAGUUCUAGCUUACACCCAGCUGGGCACCUUCAUGAUGCUCAUCAUGUGUAUCAGUUGGGCUUUCGCCACCUUCUUUUUCCAGUGCAUGUGCCGGUGCCUUGGACCACAGGGUACCUGUGGUCAGAUUCCUUUACCUAAAAAACUACAGUGCAGUGCCUUUUCCCAUGCCUUGUCUACAAGUCCCAGUGACAAGGGACAAAGCAAAACACAUACCAUAAAUGCUUAUCAUUUAGAUCCCAGGGGCCCAAAAUCUGAACUGGAGCAUGAGUUUUAUGAAUUAGAACCUCUGGCUUCCCACAGCUGCACUGCCCCUGAGAAGACCACUUAUGAAGAGACCCACAUCUGCUCUGAAUUUUUCAACAGCCAAGCAAAGAAUUUAGGGAUGCCUGUGCAUGCAGCUUACAACAGUGAACUCAGCAAAAGCACUGAAAGUGACGCUGGCUCUGCCUUGUUACAGCCCCCUCUUGAACAGCAUACCGUGUGUCACUUCUUCUCUCUGAAUCAGAGAUGUAGCUGCCCAGAUGCCUACAAACACUUGAACUAUGGCCCACACUCUUGCCAGCAGAUGGGGGACUGCUUGUGCCACCAGUGCUCUCCUACCACUAGCAGCUUUGUCCAGAUCCAAAACGGCGUGGCACCUCUGAAGGCCACACACCAAGCUGUCGAGGGCUUUGUGCACCCCAUCACGCACAUCCACCACUGUCCCUGCCUGCAGGGCAGAGUAAAGCCAGCCGGAAUGCAGAAUUCUCUGCCUAGGAAUUUUUUCCUCCACCCAGUGCAGCACAUUCAGGCCCAAGAAAAAAUUGGCAAGACCAAUGUACACAGUCUUCAGAGGAGCAUAGAAGAGCAUCUUCCAAAGAUGGCAGAGCCAUCGUCAUUUGUCUGCAGAAGCACUGGAUCGUUACUCAAAACGUGUUGCGACCCCGAGAAUAAACAAAGGGAACUCUGUAAAAAUAGAGACGUGAGCAAUCUGGAGAGCAGUGGAGGGACUGAAAACAAGGCAGGAGGGAAAGUGGAGCUGAGCUUGUCACAGACGGAUGCAAGUGUGAACUCAGAACAUUUCAAUCAGAAUGAACCAAAAGUCCUAUUUAAUCAUUUAAUGGGGGAGGCUGGUUGUAGGUCUUGCCCAAAUAAUUCACAAAGUUGUGGCAGAAUUGUGAGAGUGAAGUGCAAUUCUGUGGACUGUCAAAUGCCAAACAUGGAAGCCAAUGUGCCUGCUGUAUUAACACACUCGGAACUUUCUGGUGAAAGUUUGUUAAUAAAAACACUAUAAUAAAUGCAGCAUUCAAUUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1575.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1663.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 1218.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((....))))).((((((.(((.((((((.((((((.....))).)))))))...(((((((((..((((((((((.((((.((((...(((((...)))))...)))))))))))...(((((..((((((......((((((((((..(........).)))))))..)))..........))))))..)))))((((((.((((((........)))))).))))))((((((((((..((((....(((((((((...((((((((.((((...((((.((((....))))))))...(((((....))))).......((((.......)))).((((((......)))))).......)))).))))))))...)))))))))..((((.....))))((((.........((((((((........))))))))))))...(((((.((((.....)))).)).)))...))))....))))))).))).....)))))))...............((((....)))))))))))))((((.((((.((.............)))))).)))).............))))).)))))).....((((((((..................(((.((((((((.((....)))))))..))).))).....(((((..((....(((((((..(...((.(((((.(((((((((((((((((((((((..(..(((((((((..((((((.............(((.((.(((.(((.(((.(((((((((((((.((...(((((((((((.(((((((.(((((((((......)))((((......))))....((((((.(((....((((((((((...(((..(((.(((((...........)))))..)))..(((....))).)))))))))))))))))))))).(((((.(((((((((((((.((.(((((......))))).))))))..(((.(((((((((((..(((((((((..(((((...)))))....))))))).)).))))))..)))))...)))...............((((((((((.((((((.((((.((...(((((..............))))).....((((...(((((((((((((.((.((.(((.(((...(((((((((.(((((((..(((((.((((((((..(((((..(((..((.......)).....)))..)))...))..))))))((((((..(((((....((((.(((((((((((.((((((((((.((((..(......)..))))..))))))...)))).)))..).)))).)))))))...))))).((((...)))).))))))(((((((((.((((...)))).)))...((((((((....((((((((((((....(((......)))))))))......)).))))...))))))))..(((...((((((((((((...((((((.............))))))))))))).))).))...)))....)))))).((((((.((((.........((((((....))).)))((((((((((...)))).(((((((((......(((.(((.....))).)))..................((((..(((((.......)).)))..))))...)))))))))((((((((((..(.....)..)))))))))).((((((((((..((((((...............((((...))))(((((((((((((((......))(((((.(((((....))))).)))))......(((((.(((...((((((...(((((........))))))))))).))).)))))..))))))))).))))....))))))..)))))))))).............))))))(((((((((....))))))))))))).))))))((((...))))....)))))))...))))))))))))))))...)))))))).)))))))))))).)))..)))).)).)))).))))))))))))))))((..((((........))))..))....((((.(((((.((...((((((...((.(((.(((((.((((.....((((((((......(((((((((((((......)))).(((((.......(((((((...)))))))......)))))......((((((((((((((.(.(((((((((((...(((((((..((....(((((((..((((((...((((....))))((((((....))))))...................((((((...(((((((((((((..................)))))))).....)))))....((((((...(((((....))))).)))))).))))))..(((((.....))))).........)))))).)))))))....)))))))))....))))))))..(((((((((((.....(((((((...)))))))...............((((((((..((.(((..((((((((((.....))))))).)))....))).))..))))..))))(((((....)))))((((((...((((.......))))....)))))).....)))))))))))..((((((((....(((....)))))))))))..(((........)))...))).))))))))).))))))..(((((((((......(((............))).......)))))))))((.(((((.((((.((((.((((........(((((........)))))....(((.(((.((((......)))).)))))).....((((.....)))))))).)).)).))))))))).))))))))))).((((((((((((....(.((((..(((((((((...((....(((..((.........)).)))....)).))))).))).)..)))).)..)).)))))))))).((((..((((...(((((.(......).)))))..))))))))........))))))))((((.((((.(((((((((.((.(((((((......((((.(((........))).)))).....))))))))))))).......(((((((((((((....((((......)))))))))((((((.((((((((((((..((((((.((...)).))))))(((((((((....((((((.......)))))))))))))))..........(((((......))))))))))))))((((((......)).)))).......)))))))))....))))))))((((...))))(((.((((((((((..((((....)))).)))))).))))))).))))))))).)))).((((((((...(.((((..(((....)))...)))).)......(((((((((........)))....))))))))))))))..)))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))....((((.((((....)))))))))))))))))))))((((((((.(((((.((((((.(((((((((((((....(((((....))))))))).)))))))))...((((.((........((((((((.(.(((.(((((((((.....))))))))).((((((.........................(((...(((.((.((((.....(((((.((........))))))))))).)).)))...)))......((((((.....))))))..((.(((((((.......(((....(((((..((((((((.....))))).)))..)))))...))).......))))))).)).))))))......(((........))).((((((((((((.............)))))))))))).(((...(((.((.((.((((....)))).)))))))...)))..((((((((((.((((((((((.......(((((....((((.((((.....((((((..((((...((((((...)))))).((((.(.((((..(((..................((((..........)))))))..)))).).))))..(((((((.((((.........)))).((.(.((((........)))).).)))))))))....))))...))))))...))))))))))))).(((((..........))))).......(((.(((((....)))))))).......((....))...(((((....)))))..(((((....))))).......(((((......((..(((.((.......)))))..))....)))))...(((((..(((((((........)).)))))..))))))))))))))).)))))))).)).))).).)))))))).((((......)))).)).)))).(((.............)))..((((((....))))))..)))))).......))))).))))))))..........)))))))))))..)).)).))))).........)))))))))..))).))))).))).............((((((..................))))))..((((.((((((.......)))))).))))........))))))..)).)))))))..)..))))(((......))).)))).))))...))))..)))))))..))))).)))..)))))))....))..)))))(((((((....)))))))((((......))))...........))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((....))))).{(((((.(((.((((((.((((((.....})).)))))))...(((((((((,,(((((((({{.((((.((((...(((((...|}}}}...))))))))}}},,{(((((..((((({,...,,,,.{{{{|((..({,,,.,..}.))})))),,,}},,........)))}))..|||||((((((.{(((((........)))))).)))))}|{||||{{((,.{{||....{({((((((...((((((({{((((..(((((({(((.{{.,,,}||}},,}})))}}}},..))},..,,|||||{||}.,..||||,((((((......))))))...,....}})}))))))))...))))}}})}..{{{{.....|||}((({.,,,{{...((((((((........)))))))).....{.((({(,((((.....)))).)).))),.,||}}....))))))),}}}.....},.,,}}},}}..,....,},.|{((....))))))))))))){(({.((((.((.........,,..,,)))).}))}.............))))).)))))}.....{(((((((.,....,,..........(((.((((((((.((....)))))))..))).))).....(((((..((....(((((((..,...((.(((((.(((((((((((((((((((((((,,{..(((((((((..((((((........,{{,,(({,((,(((.(({.,{{.({({{{(((((((.((,,,((((((((((({(((((({,(((((((({......})}((({......}}))....((((((.(((....(((((((({(,..{((..(((.(((((...........)))))..)))..(((....))).)))))))))))))))))))))).(((((.(((((((((((((.((,(((((......}}}}}.)))))},,(((.(((((((((((.,({(((((((..((((,...,,}))}...))))))).)).))))))..)))))...))}.....|||||,....((((((((((.((((((.((((.((...((({{...........}..))))}.....((({...(((((((((((((.((.((.(((.(((...(((((((((.(((((((..(((({,(({((((((.((((.{{(({...,,}},,.)).)).)))))}.}},{{{{{{,,{{(((({{(((....|||.}.}}|||}|((((((({,,.((((((({({,((((.,{......,..)}}}.,)))),,}}))))).,|{{{{{.{{{{|||||.|,.(((((.((,{{{{{.|||,,,,,}}(((((((((.((((...)))).))}...((((((((....((((((((((({,({..,{.......))))))))......)).))))...))))))))..(({...((((((((((((...((((((.............)))))))))))))},)).)).}.)))....))))))(((((({.,(..((((.((({((((((....)))},}}.,,..(((.(((((((.{((((((({(..,.{.(((.(((.....))).))),.....,,,,........||||..(((((.......},.)}),,)),,...}}}||}(((((((((((((..(.....)..))))))))))))).,,..}}}})))))))))}..,))))...))))..))))))))..}}}|,|}.}}})}..}}.)))|,})))}}||}}..},,((({{,,,,,....(((((.(((...{(((((...(((((........))))))))))).))).)))))...,,,,,)))))},||,||}},,|,.{{{{,{{((({...})))))},}}),,,}.{((((((((....))))))))),},,........}}}}).)),,....,))))))...))))))))))))))))...)))))))).)))))))))))),}))..}))).)).)))).)))))))))))))))){{,,((({,.......}}},..,|,...{(((,(({(({((...((((({..,,({(((,{,,,,,||||(((((((((((((......(((((((((((((,,..{{||||.(((((.......(((((((...)))))))......)))))..{{..((((((((((((((.(.(((((((((((...(((((((..((....(((((((..((((((..,{{(({{{.,|||{||{((..,.|}}|||,.......,,,,,,,....((((((...{{(({((((((((..................)))))))).....}}}}}....((((((...(((((....))))).)))))).)))))}..(((((.....))))).........)))))).)))))))..,.)))))))))....))))))))..(((((((((((.....(((((((...)))))))..{,,,.,{,,,.,,{(((((((..((.(((..(((((((({{.....},)))))}}))....))).))..)))).,))})||,,|}}},}})){((((((...((((.......))))....))))))}..,.)))))))))))..,,,(((({,,..,,({..{||||||,,,,.}}|||}}..}}..)))},.))).))))))))))})))))..||(((((((,,,..,({{.{,,,.......}}}.,.,,.,}}}}}}}}}.||{{|||.{(((|{{{|.{|||},,.....(((((........)))))....(((.(((.((((......)))).)))))).....{(((,...,)))},)))})).||{,,,,)))))}))))))))))).((((((((((((.,..{.((((..(((((((((...{{....(({,.{{..,..,,,.}).))}....}).))))).))).)..)))).}..)).)))))))))).{{{,..((((.{,(((((.(......).)))))}.)))),}}}......,,))))))))}})))}.((..((((((((.{(,(((((((......((({.(((........))).)))}.....))))))))))))).))))..)){{||{,,||||},}}|||,..}},,))),}||||,.||}}}|||{{(((((({..((((((.((...)).))))))(((((((((....((((((.......)))))))))))))))...,||.,..|||,,.,|,,.}})))))))))))},||{|||,,,,..{{{{{,...}))})||{.{,,}}|,.,)),))),,.{{{.,{{.,{((.((((((((((..((((....)))).)))))).)))))}).,||}|||||}},|||,.,{(({,,|,{.((((..(((....)))...)))).|,....,|||{{,{{{.,,,},.,))}..,,))),)))))}||||{|||},.}}},))))))})))))))))))))))))))))))))).)))))...{((((.((((....)))))))))))))))))))))|(((((((.(((((.((((((.(((((((((((({...{(((((....))))))))).)))))))))...{{{{.{{........((((((((.(.(((.(((((((((.....))))))))).((((((.........................(((...(({.((,(({,...,,(((((.((........))))))))))).}}|)))...)))......((((((.....)))))),.{(.(((((((.......(((....(((((..((((((((.....))))),}))..)))))...))).......))))))).)}.))))))......{{(,.......}}}.((((((((((((..........,..)))))))))))).,{{..{(((.(({((.((((....)))).)),,)))...)))}.|.((((((((.((((((((((......{((((({{,{(((..,,(({....((((({{,,{{{...((((((...)))))),((((.,.(,,,..,||,}}}|.......},,...||||.,}},,...})),,,))}.,)))}).)))}..({((({{.,(((((,,.,,,.|||,.|{,|,{(((........}}}}.,,)}))))}}|,,,,|||||{.}}}},,...}}}}}}}}|||||,(((((..........))))}.......(((.(((((....)))))))).,....,{|.,,.}|...(((((....)))))..(((((....))))).......|||||,,,},.{{.,||{|{{.......||))}..,,,.,,))},,...|||||,,||||{{{...,.,,,)).)))))..))))})))))))))).)))))))).,,.))).).)))))))).(((,,,....}}}).)).)))).(((.............)))..((((((....))))))..)))))).......))))).)))))))}..........)))))))))))..}),)),))))),...,....)))))))))},))},))))}.}}}..,,,{{......|||||{..............,,..,,,,}}..((((.((((((.......)))))).))))........})))))..)),}))))))..},.)))}{{{......)))})))).))))...))))..}))))))..))))).)))..)))))))....))..))))){((((((....))))))){(((......}))}...........)))))))}..........
Back