Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_033012.4
Sequence Length
2359 nt
GC Content
0.3938
CUGAAAGCAAAUGGUGUGGCCGAAGCUGCCUCUCUGGUGGCAUAGCUAAGACCAAGCUGCACGCAGUGAAAACACAGUUUGUUUUCACUGACAACAAGGCAGAAUGUGUACCAGGGAUGUGACGUGGGGAACCAGGAAGAGGACAGUCUGAGGAUCAUUAUUAAAGGGACUCCAUCCAAGAAGGUUUCCAGCCAGAGGCAAGCUGUAGCCAGAAGAAAAGAAUGAGAGAUCACCUGAAUAAUAGAACAGAAACUGCUGAAAUAUUGAACACAGAUCUAGAUCAAAUGAAGGAACAUAUUCAGGAUGAAGCAUAAAUAAAGGCCAGGCGUGGUGGCUCAUGCCUGGAAUCUCAGCUCUUUGGGAGGCCGAGGCUAUUCUCCAUCUCCUGGGCUCCAGUGAUCCUCACGCCUCGGCCACCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGAAGUGAACCACUGCGCCUGGCCUAUUGAAGGUUUUUAAUCUUCAGAGUUUCGACUUUAUCAACAACACUUAGAAGCCACCAAAGAAUUGCAGAUGGAUCCUAAUAGAAUAUCAGAAGAUGGCACUCACUGCAUUUAUAGAAUUUUGAGACUCCAUGAAAAUGCAGAUUUUCAAGACACAACUCUGGAGAGUCAAGAUACAAAAUUAAUACCUGAUUCAUGUAGGAGAAUUAAACAGGCCUUUCAAGGAGCUGUGCAAAAGGAAUUACAACAUAUCGUUGGAUCACAGCACAUCAGAGCAGAGAAAGCGAUGGUGGAUGGCUCAUGGUUAGAUCUGGCCAAGAGGAGCAAGCUUGAAGCUCAGCCUUUUGCUCAUCUCACUAUUAAUGCCACCGACAUCCCAUCUGGUUCCCAUAAAGUGAGUCUGUCCUCUUGGUACCAUGAUCGGGGUUGGGCCAAGAUCUCCAACAUGACUUUUAGCAAUGGAAAACUAAUAGUUAAUCAGGAUGGCUUUUAUUACCUGUAUGCCAACAUUUGCUUUCGACAUCAUGAAACUUCAGGAGACCUAGCUACAGAGUAUCUUCAACUAAUGGUGUACGUCACUAAAACCAGCAUCAAAAUCCCAAGUUCUCAUACCCUGAUGAAAGGAGGAAGCACCAAGUAUUGGUCAGGGAAUUCUGAAUUCCAUUUUUAUUCCAUAAACGUUGGUGGAUUUUUUAAGUUACGGUCUGGAGAGGAAAUCAGCAUCGAGGUCUCCAACCCCUCCUUACUGGAUCCGGAUCAGGAUGCAACAUACUUUGGGGCUUUUAAAGUUCGAGAUAUAGAUUGAGCCCCAGUUUUUGGAGUGUUAUGUAUUUCCUGGAUGUUUGGAAACAUUUUUUAAAACAAGCCAAGAAAGAUGUAUAUAGGUGUGUGAGACUACUAAGAGGCAUGGCCCCAACGGUACACGACUCAGUAUCCAUGCUCUUGACCUUGUAGAGAACACGCGUAUUUACAGCCAGUGGGAGAUGUUAGACUCAUGGUGUGUUACACAAUGGUUUUUAAAUUUUGUAAUGAAUUCCUAGAAUUAAACCAGAUUGGAGCAAUUACGGGGUGACCUUAUGAGAAACUGCAUGUGGGCUAUGGGAGGGGUUGGUCCCUGGUCAUGUGCCCCUUCGCAGCUGAAGUGGAGAGGGUGUCAUCUAGCGCAAUUGAAGGAUCAUCUGAAGGGGCAAAUUCUUUUGAAUUGUUACAUCAUGCUGGAACCUGCAAAAAAUACUUUUUCUAAUGAGGAGAGAAAAUAUAUGUAUUUUUAUAUAAUAUCUAAAGUUAUAUUUCAGAUGUAAUGUUUUCUUUGCAAAGUAUUGUAAAUUAUAUUUGUGCUAUAGUAUUUGAUUCAAAAUAUUUAAAAAUGUCUUGCUGUUGACAUAUUUAAUGUUUUAAAUGUACAGACAUAUUUAACUGGUGCACUUUGUAAAUUCCCUGGGGAAAACUUGCAGCUAAGGAGGGGAAAAAAAUGUUGUUUCCUAAUAUCAAAUGCAGUAUAUUUCUUCGUUCUUUUUAAGUUAAUAGAUUUUUUCAGACUUGUCAAGCCUGUGCAAAAAAAUUAAAAUGGAUGCCUUGAAUAAUAAGCAGGAUGUUGGCCACCAGGUGCCUUUCAAAUUUAGAAACUAAUUGACUUUAGAAAGCUGACAUUGCCAAAAAGGAUACAUAAUGGGCCACUGAAAUCUGUCAAGAGUAGUUAUAUAAUUGUUGAACAGGUGUUUUUCCACAAGUGCCGCAAAUUGUACCUUUUUUGUUUUUUCAAAAUAGAAAAGUUAUUAGUGGUUUAUCAGCAAAAAAGUCCAAUUUUAAUUUAGUAAAUGUUAUCUUAUACUGUACAAUAAAAACAUUGCCUUUGAAUGUUAAUUUUUUGGUACAAAAAUAAAUUUAUAUGAAAACCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-656.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -702.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 566.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((..((((.((((....((((((.....))))))...))))..))))..((((...(((((((((((.....)))))))))))........))))....(((((((((((..((((((((((...((((.....(((((((((((((...(((((((..(((..((.((...)).))..))).(((...)))...(((....)))..((((((((((((((((((((((((((......(((......)))..............(((....))).............)))))))).)))((((((((((.((((((((((((((((.((((..(((.(((((((((.(((((((.(((((((((........(((..((((...)))).)))......))))))))).))))))).))))))))).)))..)))).))))))))))))))))..((((((((...))))))))((((....))))..................(((.((.........((((((.(((((.....(((......(((((((((((.((.(((((.(((.(((((((..((((((((((((....)))))))...........)))))..)))))))............((((((((((((.(((((........(((.((...(((((.((.((((((((.....((((.....)))).....((...(((((..((.......))..)))))..)).(((.((((((....)))))).)))((((.........))))..)))))))).)).))).))...)).))).(((((..((((((((((..(((...((.((.....))))..))).)))).))).)))))))).......))))).)))))(((.((((..........)))).))).))))))).((((...............)))).....((((..(((((((((........((((.((((......)).)).))))......))))))).))...........)))).............((((((((.(((......)))(((...((((..((((((.((..((((((...))))))........(((((........)))))............((((((((..(((((.((.((((((.(((((..(((..(((((.(((((((((......))))..........(((((((((.....................)))))))))(((((((..((((((((..((((.........)))))))).......))))..)))))))...((((.(((.((((((....((((((((((.(((((........((((........))))))))))))))).....))))...)))))).))).)))).))))))))))..))))))).).))))))((((((.(((.........))).)))))))).))))).........)))))))))).))).)))..)))).))))))))))).((((....(((((((((..((((.....))))..))))).))))....)))))))))))).)).)))))))))))......)))..)))))))))))..))))).(((((....)))))((((((((.(((........)))(((((((((((((((.....)))))))........))))))))(((((((.......)))))))....))))))))......(((((((....)))))))...))))))))))...(((((((((..((((((((.(((.(((((........))))).)))))))))))...(((((((..........)).)))))..((((((.((((....))))...))))))...((((((.((........)).))))))...)))))))))......)))).)))))))))))...)))))))...))))))))).))))...)))).......(((((((((((((((((((((........(((.....(((((.....(((((((((((..((((...((((......))))....))))..)))....))))).)))......)))))))).......))))).))..........(((((((((..(((......)))..))(((((.....(((.((((((((((((...)))))))))))).)))..)))))...)))))))....)))).))))))))))....((((((...((((........)))).)))))).))))...))))))..)))))))))))......................)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((..(((,.{((((({.((((((.....)))))).,{{{{.....,,,}|||{..,(((((((((((.....))))))))))).,..(((((((.....(((({{(((.......(.(((....))},|.....(((((((((((((...(((((((..(((..{{.{|...,,.||,,}}}.(({...|||...|||..}}),,..((((((((((((((((((((((((((.,,...(((......)))...,,,,,......|.{,,...||....,...,..,.)))))))).))}((((((((((.((((((((((((((((.((((..(((.(((((((((.(((((((.(((((((((......,,(,,..{|||...}}}|,||,..,,,,))))))))).))))))).))))))))).)))..)))).))))))))))))))))..((((((((...)))))))){{((....}}},...............|,,(((.((.......,.((((({{(((((.....{,,......(((((((((((.((.(((((.{((.(((((((..((((((((((((....)))))))...........)))))..)))))))............((((((((((((.(((((.,....,,({({(,...|||,({(({({,,{{,(.....{{{{.....}))}...},}})).(((((..((.......))..))))),.{{{((({((((,{{{,.||||||{|||({{{.{{{,....)))}..)))))))),}},||||}|,,....|}}|{{{,|.|{{.{||||||..|{{.,,||,||}..,,}}}|||})),,}}}.))).}}}}})))}}}}.,,))))).)))))|{{.((((...,......)))}.})),})))))).{(((...,,......|,|.)))}....,{{{{,,{,,{{{{{({{....,,|((({({{{.{,,..,|||,.||||,......|{(({|..|,...,...,}.,}}}}},..........{(((((({,(((,,,...}}}{((...{(((..{{{||{,|{,,({{{{,..,})))))........{(({{......,,)))))........,,..{((({(((.,{{{{{.{{,{{{{{{,{{{{{,,{((..((((,,((((({(((,,,,,,||||{{{..{{{{{(((((((((.....,.{{........}}.,)))))))),.,,,,{|}}|||,.||},,{|||}|,..,|||))}|||||,|||,..}}}}..}}},))),..{(((.(((.((((((....((((((((({{(((((.......,(({{........)}}}))))))))))).....))))...)))))).))).)))}.))))))))))..)))))))}),)))))){{((((.{((.........))}.))))}}}}.})}}).........)))))))))),)}},,}),,)))}.))}}}))))},.((((..,.(((((((((.,((((.....))))..))))).)))),...)))))))))))).)).)))))))))))......,}}..)))))))))))..))))).{((((....))))){{{{{{{{.(((........))),,,{(((((((((({....,}})}||||{,,,,.,|||}}},}{((((((.......}})))))....))))))))},,}},|{((((|....)))))},...))))))))))...(((((((((..{((((({({(((.(((((........))))).))))))))))).,.((((({{..,.......}}|})))}..{(((((.((((....))))...))))),...((((((.((........)).))))))...)))))))))......))))}}))))))))))...)))))))...)))))))))}})))...)))))))}................)))))))........}}}}..,}))))))))))..))}})))))...,{{{,....((((((((((.....(((((....(((({(((((.((((...(((({{((({{,(((((((((.(((.......}.))).))),})))))....,,.....)))))).))...)))))))))}|{{,((({{{......)))))}.......))))...)))))...)))))},))))....}}}}|{{,{{,{,.,.,{,{..(((((.,.(((((((((.......))))))..})),,,.)))))...,}},,,,,}}............
Back