Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_033108.3
Sequence Length
1395 nt
GC Content
0.3849
AGCAUUUGAAGCUGCAGUCCUGAAAACCAUGCAGGCCGGAAGAGUAGAUAAAGAAAUAUUUAUUUGAGAUGGCACAUGUUUCUUCAGAAACUCAAGAUGUUUCCCCCAAAGAUGAAUUAACUGCUUCAGAAGCCUCCACUAGGUCUCCAUUGUGUGAACACACCUUCCCUGGGGACUCAGACUUACGGUCAAUGAUUGAAGAACAUGCUUUUCAGGUUUUGUCACAAGGAUCCUUGUUAGAAAGUCCAAGUUACACAGUUUGUGUCUCUGAGCCAGAUAAAGAUGAUGAUUUUCUUUCUCUGAACUUUCCCAGGAAACUUUGGAAAAUAGUGGAAAGUGACCAAUUCAAGUCUAUUUCAUGGGAUGAGAAUGGAACUUGCAUAGUGAUUAAUGAAGAACUCUUCAAGAAAGAAAUUUUGGAAACAAAGGCUCCUUACAGAAUAUUUCAAACUGAUGCUAUCAAAAGUUUUGUUCGACAGCUCAACCUUUAUGGAUUUAGUAAAAUUCAACAGAAUUUUCAAAGAUCUGCCUUUCUAGCCACCUUUCUGUCAGAAGAGAAAGAAUCGUCUGUCUUAAGCAAGUUAAAGUUCUAUUAUAAUCCAAAUUUCAAGCGUGGCUAUCCCCAACUUUUAGUAAGAGUGAAGAGAAGAAUUGGUGUUAAAAAUGCUUCACCUAUAUCUACUUUAUUCAACGAAGAUUUCAACAAGAAGCAUUUUAGAGCAGGGGCUAACAUGGAGAAUCAUAAUUCUGCCUUAGCUGCUGAAGCUAGUGAAGAAAGUUUAUUUUCAGCCUCUAAAAAUUUAAAUAUGCCUCUAACAAGGGAAUCUUCUGUCAGACAGAUAAUUGCAAAUUCAUCUGUCCCCAUUAGAAGUGGUUUCCCUCCUCCUUCACCUUCAACCUCAGUUGGACCAUCAGAACAAAUUGCAACAGAUCAACAUGCUAUUUUAAAUCAGUUGACCACUAUUCAUAUGCACUCUCAUAGUACCUACAUGCAAGCAAGGGGCCACAUUGUGAAUUUUAUUACAACCACAACUUCUCAAUACCACAUCAUAUCUCCCUUACAAAAUGGUUAUUUUGGGCUGACAGUGGAACCAUCUGCUGUUCCCACACGAUAUCCUCUGGUAUCAGUCAAUGAGGCUCCAUAUCGUAACAUGCUACCAGCAGGCAACCCGUGGUUGCAAAUGCCUACGAUCGCUGAUAGAUCAGCUGCCCCUCAUUCCAGGCUAGCUCUUCAACCAUCACCACUGGACAAAUAUCACCCUAAUUACAACUGAUCUGCCAUUAAAAGAGGACCAGAUUAUGAAUGACAACAGAGACUAACAUUUACAUUGACAAAAAACCCUAAAAAUUUCUGCAAUUAUCUUAUUGAACAAUAAAAUUGCAUGUUUACUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-311.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -337.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 374.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((.(((((.............)))))((((...(((((((((......)))))))))....)))).(((.(((.....(((((.......)))))....))).)))........((((...)))).....((.((((((((..((((....))))......)))))))).))......(((((((((((.((((.((((....((.((((((.(.(((((....))))).).)))).))..(((...((((((((...(((((..((((.(((((.........))))).))))..........((((((((((((..(((((((((.....(((.(((..((((........))))..))))))(((((((.(((.(((..((((....((((((..((.(((((...(((....((((((...................(((((..((((.(((.(((..(((....)))..))).)))))))..)))))(((((((....))))))).........))))))....)))..))))).)).))))))......))))..)))))).)))))))....)))))))))..)))))..........(((......)))(((((((((..(((((((((((...((.((((............)))).)).))).))))))))...(((((((((....(((.((((((((((..(((((((......((((((.....((((.(.((((((.....)))))).).)))).....))))))))))))).....)))))).)))).)))......))))))))).....(((((((((((...)))).)))))))...)))))))))))))))).............((((((....))))))...))))))))))))).))).))....))))...)))).))))).))))))....)))).))))........((((...((((((((...((((....((.(((((((.(((..............((((.........((((((((.((((....((((((.....((((..(((((((((....)))))))))))))...(((((((..((((((((((...((((((..............((((...)))).((((((...))))))....)))).))...)))))).((..(((((((..........))).))))..)).......))))..)))....))))....................))))))....))))...))).))))).........)))).))).))))))).))........))))...........((((......))))..........)))))))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,.,(((((((((,...,,.....,.}))))((((...(((((((((......)))))))))....)))).(((({{{(((({(((((.......))))){((({..{,{({{......,.}}}}{{.{({(.....}})}.||....((({...,)))}..,,..))))),.{{{((((...))))..,},.})))))))))).{{{{.,(((((({({({{{(,...|||}}.,,|||||}}.,(..{((({...|)}}}.,|||.,.((((.(((((.,,....,.))))).))))..,|}}}...,{{{{.((((((..(((((((((.....((,,(((..((((........))))..))))))(((((((.(((.(((..((((....((((((..((.(((((...(((....((((((........{{,....,,..(((((..((((.{((.({{..({{....}))..))}.})}})))..)))))(((((((....)))))))...,},...)))))).,..)))..))))).)).))))))......))))..)))))).)))))))....)))))))))..))))))}}}}..|,{{{||,..,.((,{((,,,{{{..(((((((((({,,,,,.((((............)))).,,.))).))))))))...(((((((((....(((.((((((((((..(((((((.....{((((((....,||||.},{(((((.....)))))}.|,||||.....,)))))))))))).....)))))}.)))).)))......))))))))).|...((((((({({{...,)}).)))))))...}}}}}}}}}||.....,.,,,,}}}}.,.|{{{{{....)))))}....,,}.....,|||{|...{.{{{{{.{{,,.,.......}|}}))}.,....,))}.,}}}......,,||||...,{,|||||,,,||||}}},}.{(((({......,}}}},........{{{{.......,,((((((((.((((....{(((((.....((((..(((((((((....)))))))))))))...(((((({..{{{|||{{{{...{{((({.....,||||..,.((({...}))},((((((...))))))....)},),)},}.|||||,.{{,}|||{{{{,,,...,,,,|}}.}}}}..,,........,,,,}))}....,}}}..............,}}}..)))))}....))))...)))}})))}.}}.....,)))).............})}}},,,..}),,.,,,.....|{(((({...{{{||,...,}}}}}}))))),}}.,,))}}..
Back