Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_052874.5
Sequence Length
4674 nt
GC Content
0.5911
AUCCUACCCUGUGCCGCAGCCGCAUCGCCACCGCAGCCCGGCAGAGCCGAGCCCGGCCCAGGCCCCUGCCCCUGCCCGGCCCUCGGCCAGUCGCCCCCGGCCCCGCCCCCGCCCGCAGGCCCCCCGCAGCGGCCGCGGCGCCCCCCGGCGCCCCCAGACCCCGGCCUCCGGCACAGAGGCGGGAGACCCGGAGCAGCAGCAGAGGCAGGAGGACUAGGAGGAGGAGGAGGAGCCGUCGCAGGAUGAAGGAUCGGACUCAAGAGCUGCGGAGUGCGAAAGACAGUGAUGAUGAAGAGGAGGUGGUCCACGUGGAUCGGGACCACUUCAUGGAUGAGUUCUUUGAACAGGUGGAAGAGAUCCGGGGCUGCAUUGAGAAACUGUCGGAGGAUGUGGAGCAGGUGAAAAAACAGCAUAGCGCCAUCCUGGCCGCACCCAACCCAGAUGAGAAGACCAAACAGGAGCUGGAGGAUCUCACUGCAGACAUCAAGAAGACGGCCAACAAGGUUCGGUCCAAAUUGAAAGCGAUCGAGCAAAGCAUUGAACAGGAGGAGGGGCUGAACCGUUCCUCCGCGGACCUGCGCAUCCGCAAGACCCAGCACUCCACACUGUCCCGGAAGUUCGUGGAGGUAAUGACCGAAUAUAACGCGACCCAGUCCAAGUACCGGGACCGCUGCAAGGACCGGAUCCAGCGGCAACUGGAGAUCACUGGAAGGACCACCACCAACGAAGAACUGGAAGACAUGCUGGAGAGCGGGAAGCUGGCCAUCUUCACAGAUGACAUCAAAAUGGACUCACAGAUGACGAAGCAGGCGCUGAAUGAGAUUGAGACGAGGCACAAUGAGAUCAUCAAGCUGGAGACCAGCAUCCGCGAGCUGCACGAUAUGUUUGUGGACAUGGCCAUGCUCGUAGAGAGCCAGGGAGAGAUGAUUGACCGCAUCGAGUACAACGUGGAACAUUCUGUGGACUACGUGGAGCGAGCUGUGUCUGACACCAAGAAAGCAGUGAAAUAUCAGAGCAAGGCCCGGAGGAAGAAAAUCAUGAUCAUCAUUUGCUGUGUGGUGCUGGGGGUGGUCUUGGCGUCAUCCAUUGGGGGGACGCUGGGCUUGUAGGCCCCCCCCACCCUUCUCUCUCCCAGACCCUUCCCCCACCACAUCGGGAGCAAUACCCCCACCACCCCUUUCACUCCAUCCCCUGCUCCAGGCUCACUCCCAAAACAGACCCAGGCAGCCCCACCCCCACGGCAGACCCUGGUGUCCCUGGACCUCACCGGGCCAUGGACCCCCCCCCCGUCCCCGCACGUAGAUCGCAGCAGGCGUGAUUACACAUGCACACCAACAUGCAUGCCGCCGGCACAUGCUCGAGACGUGUGGACACCCCAGCGUGCGUGUGCGUGUGAUGUGUGUGAUGCACCAGAGCACCCCCUCCACCCCCACCUUGGGUGUGUGUGCGUGGUCUGAGCUUCCCCCUUCACCGGGGCUGUUGUGUAGACUGCAGCCAAGUGUAACACAGCAGUCCAUCACGCCCUCUCUGUCCUCUGUGAACAGUGUGUGUGCGUGCGUGAGACCACAGAUCUGUGGACACACCAUUUGUGUACGUGGAAUUUUGUGUUUCAGUGUUUGAACCUAAUGCAACAGCAACAAAGCCACUGAUACCUGAGCCCUUUGUGUCUGCUACAAACCAGGCAGGUGGUGUGUGUGGACUCACACUCACAUUCUCAGAGGAUCCAGGGAGGCCCAGGUACACACAGGCCAUGGCAGACACCCCAUGUCUUUGUUACCCCAGGGGCUGUGGCAUGUCCCAGGAGGGUGUGCAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCCAGGAUGUGCCUGAAGUAUUGAUAGGUCUUCUCAGAUAGAGCCCUCCACACUGUGGACUGGACACCUGUUUUGGGAGGGCACAGAAAUGUGUAUUUCUUGCUACCUAGAAUGCAGCUGUGUGUGUGUGGCGUGCGUGUGUAUGCACGUGUGUGUGUGUGUUAGGGGCUCUCUACAUGGUGUGCUUUUUAAUUUUUUUUUGUUUUUUGUUUUUUGUUUUUUUCGAGACGGAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUCAGCUCACUGCAACCUGUGCCUCCCUGACGCAAGCGAUUCUCAUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUAGAAUUUUAGUAGAGAUGAGGUUUUGACAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCGCCCACUUUGGCCUCCCUAAGUGCUGGCAUUACAGGCCUGAGCCACCACGCCUGGCCUACAUGAUGUGUUUCUGUCCUGCCUGACCUACAUGGUGUGUUUCUGCCCUGCGUAUUACACACACACACACACACGUGCGUGCACACACACUUCUAAGGACGUGGCCCCAUCUGGCUUUGUCUCUCCAGUUGUCCUUGCCCUGCCCCCCUCCCCAGAGGUGCUGCCCAGUGCUGGUGUGGCCACACACGGCUACAUCAUUGUGCAGGCAGAGCUCCCUGCCUGCCCAGCCUCAGGGCUCUGCAUGCUCACACCUAGAUCCUCAUCUUCCUCCAUGUCUCUGCCCAGCAUAGCCCCGAGCCCCUGGAAGCUGGUACCCCUCAGUGUGCUCACACGUGGCAAGGCCGAGGUGGCCCCAGGCAGGGGCCAUACCAGGCACAAACCAUGCACGCUGGCAUGGGUGCGGGGAUCACACGAAUGCCUCCUGGAAGGAAAGGGCUACUUGUAGGAAUGUUACUGAUGAGGCAAGAUGCCAAGGACUUCCCUGCAGGGAUCAAAGAUCAGGACACGACCCCUUCCUCACACACCCACCUCAGACCUGGGAGAGGACUGUGUGUCCCCCACUGCCCCAUCGGAUGCUCUGGGCUCUGCCUCAGGGAACUCGGGUUUGGGGAAAUGUCUAUUUCAGAAGUACUGGAGUGGCCAGUGUGGCAGUGGCCACUCAGGGUGGGCUGGGUCCUGAGACCCAUCCCCGACACCUCUCCUGCUGAACCCUCAGGCUGCUCCCCACACCAGGGUGUGACUGAGGGGUACACAGGCCUGGAUUUCUGGUGUGAGGAAGGGGCUAGCACCUCCCCUGUUGUGUAGCCAGCACAGGCACAAUUUGUGGGUUUGGUGGCAGGUAGGUGGUGCGUGGGAGAAAGGACAGUGUUAGAGGUCCCCACUCCGUGGUCUAGGAUCAUGAAAGGUGAACACACAAGUACACAAAUGUGCCAUGCCCUGGCAUGGGGCUUAUGUGUGCACAGGCAAGGCACUCGGUGUGUGUGUGCGGACCCCAGGGUCCCAGGUCAUGUGAAGCGUACGUGUGUGUGCAUUGUAUGUGUGUGUACAUUGUGUGUGCAUUGUGUGUGCAUGUGGCCAAACAGAUGUGACCUCCCAGAACACAGUACCCCUCCACCUCUACCCGAGCUCAGACAGCCGAGCUCUCCCUUGUCCUGUGUGUGUGUCAGUGUGGCCACGUGCGUAACCCCAGGUGGGCUGUCCUGAGCUGGGGGCCUGCCUGUCCCUUCCCAGAACGCCCCUCUGCAGGACAGGAAGUCUGCCCCAAGUCUGGCCACGGCCCUCCUGCUCCCAUCUCGGGCUGCUUGGGAGACAUCAGAGCAGGCCCCAGCCCCCAGUCCCCUCUUCCGGCCGCCUGGACAGGACCCCCAUUCAGCCCAGGUGUUUCCGGAAGUCCCACGGCCUUGGGGCCACAGGAGAAGGGUUGAAGCGUGGCUGGGGCACCACUCCCCCCACCUGGAGUGGCAUUGGGCCCACAGCUGCCCAUCUCUGGGCCUCAGGUGGACCAGGGGAUCUCUAAGGGUCUGCUGUGCCCUUUCUAUGCGUCCUCCACAUCCUAUGAUGUGCCUGCUUGUUGGCUGCUGUCUGUGUGCGUCCUGGCAUGUUGUCUGGAGGCUGGUGUCUUUUGCAUGUUCUUGGACAAAUGUGUGCUACCUGCCCAGGCGCCUGCAACCAUUGAGCCCACAUGUGCCCCACGUGUGCCCUGCGGGUGGUCCCGGGCCUGGCCAGGGCUCAGUGCUCCUCUUCCCCCUCCUCCCUGUUCCCACCCCUCAUGAAGCACACUGCGUGUCCAUCCCAUGUACCCGUGGGUCGACACACGCUCUUGCCACGCCCUGAGCGUGUACACAUGAUGUGUUCUAUGCAUUCACCCUGCCCCCCAGCCCGCCCUGCAGAGGACAAGAUGGGUGGCCCCGGCUCCCUUUCCCCUAACCGCCCCUGCCCGCUGUGCAGCCGUGUGCGUUGGCGUGUGUUUCUGUGUCACUGGCGUGUCACGUGAUGUAGCCGUGUUUGCUGACAUGAGCCCCUGCCCCCUUCUCUGUUUCUCCGUUGGUUUCUAGAGCUCUCUCCCUCCCCUUCUCAGAGGGGACAGGACUCCUGGGGCCUGGCUGGGGCCCAGAGCCAGGCCGCCCUCUCCUGUUAGCCCUCAGAGUCCCAUUUCUGUUAGCCCUCAGAGUCCCAUUUCUAUUGGUGACCAACUUGCAAAUGGAUAAAACACAGGAAAAUCCUGCCCCCCCCUUCCUCCCUGCAUGUCCUGUCCCCAGAGCCCCCCACCCCACCCUGGGCCAGGUCAGGCCCUGUGGGACGGGAGAAAUAGCAACCAAUCCAACAGCGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1900.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1980.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 1147.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.(((.(((((.((((.(((((.((((.(.((((.(.((((....)))).).((((.((((.(((((..(((....(((..((((....))))...)))...))).)))))......)))).))))..((((((....))))))........((((.((((.((......)).))))..)))).(((.((((.(.((((((.((......(((.(((((.(((((((..(((((.(((((.((.(((..(((((((.((((.((((....(((((.((.((.((((((((((((((((.((.....)))))))))((((.(((.....))).))))((((.((........(((((((((....(((.((((..((((((((.(((.((((((.......(((((.(((......((((((.........(((.(((((...((...(((...)))..)).))))))))...............)))))).....(((((((((.........).))))))))..((((((.....(((((.(((((.....(((((((((((((((.((((....))))....((.(.((........)).).))..))))))))))).))))............(((.(((.((......)).)))..))).((((((((.((.(((((......)))))..))..(((..((....)).)))......((((((((((((.(((((((((.((((((((...(((((....))))).(((....)))..(((((((.((.(......).)))))..))))....((((.(.(((((.(((.....))).(((((...)))))....((..(((((....(((((.((.((((..(((((((((((..(((..(((((((.(((((........)))).......((((((..(((...)))..))))))((((.(((((((((...))))...........(((....)))(((((.((...((((((((......((((...)))).....((((((((..(((((.(((((.((.(..........(((((.....(((((....))))))))))..........).)).)))))..))))))))))))).(((........))).........)))).))))...)).)))))..))))).))))..........(((((..(((..........)))....)))))).)))))))..)))..)))).))))).))........)))).)).)))))....)))))..))((((((((((((((((((..((((((((((....((((((((.......))))))....))...))))))))))..))))).)))))))))).)))..(((......)))(((.((((...)))).)))))))).).)))).)))))))).))).....(((((((((((((.(((.......))).).)))))))))))).......(((((((((((((((.(((..(((.(((((.((.((.....(((((....)))))(((((((((((((((..((((..(((((((((...(((((.......)))))...))).))))))))))..))))....(((.((((((.....))))))...)))))))))))))).)).)).))))).))).))).)))))))..))))))))....((((.(((.((((.((((........)))))))).)))))))...(((((.....(((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((....((..(((((((((.((((((....(((((((((((((((.((....((((.((...)).)))))))))))))...(((((.(.(((((((.((((.(((((((..(((((.(((((.((((((.((((.((((....((((..(((.((((((((((((.(.((....)).).)).........................................((((((((...))))))))....(((((((..(((((((((.........)).)))))))..))).)))))))))))))).))).....)))).((((((..(....)..))))))..)))).)))).))))))))))).))))).))))))).....)))))))))))).)))))..(((((.((((((((((((...((.(.((((....)))).).)).((((((((.((....)).)))))..)))......(((....))))))).)))))))).))))).......))))).)))...))))))))....))))))).)))))).)...))))))))))))))))))))))))))))))).).)))))..)))))))))))).))))))..))))).)))))))))))))))...)))))))))).....))))))((((((.((((((((((((......))))))).......((((((((......)))))))))))))))..))))..))))))))..))))).).))).))))))))..)).)).))).....))..)))))))..))))))((..((.((((((.(((((((((......((((....(((...((((((((.....))))))))....))).....)))))))))))))...)))))).))..)).(((....(((..((((.(((...((((((((((((((.............((((((.((((((.((((.((((....))))..........(.(((((.((((((((((((((.......((((.((((((.(.((((.....)))))))..((((((.(((((((((((((((...((((.((((...((((....(((((..((((.....(((.....)))(((((((((.((...)).)))))))))..((.(((.((((((....)))))))))))))))..)))))..)))).)))).)))).))........)))))))))..))))))))))..)))).)))).......)))))))))))))).(((((.......))))).((((((((((((((((((..(((((((....((((.(((..(((((.(.((((.((...((((.(((((.((((((..((((.(((((((...)))))))...)))).(((((((((((((((((((((((((....((((.((((((((..((.((((((.(((..((.....)).))).)))))).))....)))))))).))))......((((((((((....))).)))))))))).))))))).))))))).))))))))((((.((......)).))))))))))....))))).)).)).))))))).))))).((((((........)))))).(((((.(((((((.(((.((((...)))))))............(((.((((((....(.(((((((.((((((((....(((((((...((((.......((((((((.(((.(((........)))...)))..))))).)))......))))...)))))))....))).)))))))))))))..))))))))).((((((.(((((((.(.(((......))).).)))))))...))))))((((((......))))))))))))).))))).....((((((..(((((((((((((........)))))))(((((((((((.((........)).)))))))..))))...(((.((((((....)))))).)))))))))..))))))..)))))))..)))))))))))))))..))))))))))....))))).))))))))))).))))))((..((.(((((((...(((.((....(.(((....))).).)).)))..))))))).))..))........((((((((...)))))))).))))))))))).)))...)))..)))))))...))))))))))))....)).)).)))))...............)))).))))(((((...((((((....))))))..)))))..))))))).(((((.....))))).(((((...)))))))))).).)))).)))))((((((......(((....)))......)))).))...))))))).)))))))).....)))))))))))))))).)))).))))).)))))))))...))))).))).)).)))............((((((((....)))))).)).......(((....(((((.....(((((((.(((......((((((.......(((...(((((((((((....(((((((((((.........))))))))).)).....(((...((...(((((......)))))...))...))).((((((.......))).))).....((((...(((.......(((((...))))).........)))....)))).))))))))))).)))........(((((...(((((......))))).)))))..))))))..))).)))))))..))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{(((.(((.(((((.{(((,(((((.((((.(.((((.{.((((((,(,(({...(((....}}},,,)}),))}.}))))),...,{,..{,((({(((({.{.({{,(,{(({{..,.|}.},}}..|,((((((....))))))........,,||}||||}||...}.}))})),).,)})).(({,((((.{.((((((.((.,..,,(((.(((((.(((((((..(((((.(((((.{{.(({..(((((((.((((.((((....((..(((..(({{..(((((((((((((.((.....))))))))){(((.(((.....))).)))}..((.(((((((...(((((((((...{(((.{{((..((((((((.(((.{(((((.......(((((.((({{....|||{{||........{{{.(((((...((...(((...|))..}}.})))}))},,|.,.,{..,..|{}|||||.....(((((((({.........}.))))))))..{{{{{{.....(((((.(((((.,...{(({(((((((((((.{{{{..,,))),...,((.(,,(,,,....,||,|,}}..))))))))))).})))............(((.{((.((......}}.|))..))).((((((((.,,.(((((......)))))..}}.,|{{..{{....)).))}..,,..{(((((({((((.(((((||{{.((((((({|||({|||,|..|}}||,{,({....{{,.({({{{{,{{.{..,{{.,,|})),..}}},.,|.{{{{.{.{{{{{.|||..,},)),.(((((...))))),{{(((..(((((....(((((.((.((((..(((((((((((..(((..(((((((.,((((........)))).......((((((..(((...)))..))))))((((.(((((((,(((.......}}}..}},.{{{....})}(((((.((...((((((((......{(({...}))}.....((((((((..(((((.(((((.((.(........{((((((.....(((((....))))))))))}.........}.)).)))))..))))))))))))).(((.,......})},........}))).))))...)).)))))..})))).))))..........(((((..(((..........)))....)))))}.)))))))..)))..))))},)))).,,........)))).)).)))))....)))))..))).|||((((((((((((({.((((((((((.{..{((((((({....,.})))))....,},,.))))))))))}.))))).})))))}}}}{|}},,{{|||,...|,|(((,(({,...,))),)))})})},)}}))),}))))))).}}}.....(((((((((((((.(((.......))).),}))))))))))).....{|(((((((((((((((.(((..(((.(((((.((.({.....(((((....)))))(((((((((((({{{..((((..{((((((({...(((({.......}}}))...}))}}))))}))))..}}}|,,,.{,,.((((((.....)))))).,})))))))))))))).}).)).))))).))).))).)))))))..))))))))},..((((.(((.(((,{((((........)))))))).)))))))...(((((.....{((((((.{(((({((((((((((|{(((((((((((((((((((.|,{((((....{{,,{{{{{{{{{.{{|||{,.,,||({(((((((((((,((,.||(|,,.{{.||||,}|..,|||}||||,(({({{{.{.(((((({,((((.{{{{{((,,(((({.(((((.((((((.((((.((((,(((({,{,|{{{,((((((((((((.{.{{....}|.|.}}..............................,.......,}}((((((((...))))))))....((((,((.,(((((((({,,.......)),))))))).,)),.)))))))))))))}.}}},..,.}.})}((((((..(....}..))))))..}))).)))).})))))))))),|)))}.}}}}|||,,,,,||}}}}}}}))),)))))},(((({.((((((((((({...{{.{.((((....)))),}.}}.((((((({.((....)).)))))..)))......{{{,.|,)}}}))).)))))))).)))))....,..)))))},})...))))))))..}}))}}}}}.)))))).)...})))))))))))))))))))))))))))))).).)))))..)))))))}))}).}}})))..))))).))))))))))))))).,.)))))))))).....)))))){|||||,|{((((((((((......)))))))}},.,{.((((((((......)))))))),)))},...))))},))))))))..))))).}.))).))))))))..)).}),))).,...)}..})))))),{{,||||({..((.((((((.(((((((((......((((...,(((..,((((((((.....)))))))).,..))).,...)))))))))))))...)))))).))..}}.{{{....{{{.{((((.(((...((((((((((((((.............((((((.(((((,,((((.((((....))))..........(.(((((.((((((((((((((.....(((((((((((((.,.((((.....)))){{{{..(({(....))..}|{{||||(,,,|}}.)))))..)))))))))))))............(((((((.({,(((((((((.((...)).))))))))),|{({(((.((((((....)))))).)))}.,}.||}..((((.((..(((((((..,((.{((.......))).)),.))))))).,.))))))...))))))))))))))))))))))).,{(((.......})))).((((((((((((((((((..(((((((....((((.(((.,((,((.(,(((((((...((((.(((((.((((((..((((.(((((((...)))))))...)))).((((((((((((((((((((((((((({{((({.((|{{|{,..{{,{(((((.(({.,{(,|...})}))).)))))|{||{....)))))}}.}}}}||,,..((((((({{{.,,.)))},})))))})).))))))).))))))).))))))))((((.((......)).))))))))))....})))).)).)).)}))))},|||||.((((((,{,{{{{{|,||||.(((((.(((((((.({{.{(((,..}}}}})),{,........,|{{,((((((..,,|.((((((((((((((((....(((((((...((((....,..((((((((.(((,(((,,......))}...)))..))))).)))......))))...)))))))....))).))))))))))))|,.}))}}}}}}{((((((.(((((((.(.(((......})).).)))))))...))))))|,{{{,.,,...}))))}))))))).)))))..,.,||,|||}}|{{{{,(((((((........)))))))...{((((,,{,,{..}}}},.,}})))))}}).})))),.{{|,||||||,,..}))))),))))))))).,)))))),,)))))))..)))))))))))))))..)))))))))).,,,,)))).))))))))))).)))))){{.,((.(((({{{..,(((.((.,,,(,{({...,}}}.}.)).))),,)))}))},)),.}),....,,.((((((((...)))))))).))))))))))),)))...)))..))))))).,.)})}},)))))))))))))))..})))..)))...}}.,...)))).))))(((((...((((((....))))))..)))))..))))))).(((((.....))))).(((({...}))))})})).).)))).)))))((((((....{.(((....))).,....)))).))...)))))))}))))))))....,))))))))}))))))).)))).))))).)))))}))),..))))).))).)),|||,,,.,.,|.,..{{{{{{{{....)))))).)}..,,|,..,,....(((((.....(((((((.(((..{,{.({{{{{.,,,,,.,,,.,,(((((((((((....((((((((((({{...,}..})))))))).)}.....{{{...((...(((((......)))))...))...))).((((((.......))).))).....((((...(((.......(((((...))))).........)))....)))).))}}}||||||||}|{,.{{...(((({...|||{{.,,...)))}),)}))),,))))))..))).)))))))..))))).)))
Back