Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_053282.5
Sequence Length
2531 nt
GC Content
0.4109
AGAGGAAGAGGUAGCUCCACAGGAGGUACAGCUGCUUACACAUCUCUCCUCAGAGCUGUCCCUUGACUUGGGGGUGAAUUUCAGGCCAACAGGGCUUCCUGGGAUACAAGAGCGUUCUCCAUGGAUCUGCCUUACUACCAUGGACGUCUGACCAAGCAAGACUGUGAGACCUUGCUGCUCAAGGAAGGGGUGGAUGGCAACUUUCUUUUAAGAGACAGCGAGUCGAUACCAGGAGUCCUGUGCCUCUGUGUCUCGUUUAAAAAUAUUGUCUACACAUACCGAAUCUUCAGAGAGAAACACGGGUAUUACAGGAUACAGACUGCAGAAGGUUCUCCAAAACAGGUCUUUCCAAGCCUAAAGGAACUGAUCUCCAAAUUUGAAAAACCAAAUCAGGGGAUGGUGGUUCACCUUUUAAAGCCAAUAAAGAGAACCAGCCCCAGCUUGAGAUGGAGAGGAUUGAAAUUAGAGUUGGAAACAUUUGUGAACAGUAACAGCGAUUAUGUGGAUGUCUUGCCUUGAAGAUAAGGCUGCCGGACAAAGCAAGUUGAAGAGAUGAGUAACAGUUCUCACUGAUGACCCACUUCUGCAGGCAUAGGUCCAGAGCACCAAACUCUAGUGGACAAUUCAGACUCUCCUGGUUGUGUAACUGAAGAUGUUCUGCCCACCAGCACCAGAGGUCACUCUCCACAUCCCCGCCUCCCAGACAUAUACCAGGAGCAAUUUCAAAACCCUCUCCAGUUUCACUCUUCUUUCUUGGAAUGGGACAGCCUGAACAUUUUCCCUUUGACUUGUUAAAGGUACCACCCUACAUCAUGGUUGACACCCUCCUUUGGACCAUGCAGUCAGAGGGGCAGCUUUAUACAGAGGAGGGGCACACUUGUCUGUGAGUUUGAAGCCCUGAGUUCCAGUCCUGUGGCUGUGUGACUUUGAACACGUUUCUGCCCAUCUCCAGGUCUUAGUUUCUUUGUCUCUGUGGUUGGGUGGGAUGAUAAACAUUGCCCCAGUCUCUCUGUUGAGCCUGCUUGUGUCAGGUGAAGGUGAGGGAUCGGGAGUGAUGGAGAUGCAUACAGAUCAGCACCUUCUCUGUACCUGCUGGACCCCCAUGUGCACCCUUCUCCCUCCAGCCUGGGCUACUCUCCUCCUGGUUCUUUCUAAUCUUAAACUUCCUGGUGAGCAUUGCCCCAGCCACACUUUCUCCCUGGUUUUGCUUAAUUCCACUUAUGCAUCAGUCAUUUCAACAGCAUGAAUGUGGUUCUGUACAGUGAUGUAUGUGGAGAUUUCUAAAAUAUUCUAUGUGUGAUUUCUGUUCCCAACUAGGUUCUAAGUGCCAUCAAAGCACGGUUGGGUCUCCCUUGUAUCUUCCACAGUGUGUAGAAAUUUGUGCUGCCCAGAGCUGUGCCUAGUUCAUAGAAACUGACUGGAAGCACAUUGCUGAGGGAGGUUUGUUGAAUUGGUUUUUAAGGUUUACUGAAAUUGAUUUGCUGAAUUUUUCUGCUAGUUCAAAAUGUGAAUUAGGACCUGGUCAGUUUGAAAUAUACCAAAUUCUAUGCCCUUUCUCUUACCUAUCAUCAAAUUGUAGUAAUGUAUUUCACCCCACUGGACUUAUCUUCAGAGUUUUAAAAGAGAGGAGCUCUCGACUUAGAGGUAAUAUGAACAGAUGAACAGACACUGUGGCUGGAGCCCCAAAGUGUGGAGCAUUGUGAGAUUUGGGGUCACAGCAAUUUAUGGCUACUAUUCCCUGGGUCUGGUAGGUAGGACAAAUGUCCUCUUUUACUUUUCAAAACUGGCUUAGGUAUUCAUGGACCUUGAUUCUUCUAUAUACAUUUUAUAAUAAAUACGUGAAAUUGCUUAAAACCUCUUUUUGGAAUUUUUAAUGAACUUGCAACAAAUUUGUAAAUAGGAGAGAACUGACGUUCUUGUGAUGUUUUCCCAUGCAUAAACAUGCCACAUCCAUGUUCUUGGGUCAUCUUUUUUGCCCUUUCAUGGAGUCAUAAAUUUUCCCAACUGAAGUCUUGUAUAUUCUGUUAGAUUAAUUCCUAUUUCUAGUUGCUGUAAAUGAUAUCUUAUGUUUUAUUACAUUUCUAAUAGGAUAUGGUGUUGGUGAAAUGUUAACCCUCUCAUUAGAUCUACUAGUUUACCUGUUGAUUCUAUUGUGUUUUCUAUGUAAAUGAUUUUGUCAGCUAUAAAUAAUAACAUUUUAUUUUCUCUUUCCUUGCAAUACCUAUGCUCAUUUAUUUUUUAUGUUUACCCAUUGGUUAGGGCCUCCUGUAUACAUUAAACAGUUCAUAGUCAUGAUAGUGAGUAUUCUUACACUGUUCCCAGUAUUACAGGGAAUGCUUAGAAAUUUUCUUUAUUUAAACAUUAUGUUUGUUGUAGCCUUGUUAAAGGCUAUUUUAUAAUUUUUACUAGAAAUAUUUUGACAUUUAUUGUGAUUUUUUUCUAUCUCUAAUCUAUUGAGAUAGUCACAUUCCUUUUGUCUUCACUCCAUUAUAAAGGUAAGUUACCUUAAUAAAAUUGUUGAUAUCAUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-687.61 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -738.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 603.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((.((((((((((.(((.(((((((.......((((((((((((((((((((((((((..((((((...(((((((..((((((((.(((((...............(((((((.............))))))).((((.((...........)).))))(((((((((((((((((..((.....))..)))))))....))).)))))))......)))))))))))))((((((((((((.((...........((((....(((((.....(((.....))).....)))))....)))))))))).)))).))))............(((((((((((...(((((((((.((((((..(((((......)))))..)))))))))(((((..((((..........)))).)))))(((....)))(((((((((((((.((((((((....((((.......(((........)))(((...((((((((((((.((((((....))))))....))))).............((.((((........))))))(((((((....((((...((...(((.(((((((.....((.(((((.(((((.(((......)))))))).).)))).)).)))))))...))).))..))))))))).)))))))))...)))..............))))....))))))))...)))))))).)))))...)))))))))))))..)))).))))))).......(((((((....)))))))...))))))....(((((((.(..........).))))))).))))).)))))))))))).....)))))))))......(((((((..(((((.(((((((.....)))......))))((((........))))..(((.....(((((.(((((..(((((((((.((((((.((((.((((((.(((...(((((((..(((.(((......))).))).........(((((((((((((((..(((.(((..(((((((((((((((..((...))..))))))......((((((...(((((...............((..((((..(((.((....((((.............))))....)).)))....))))..))..(((((....(((((((..........((((((((((................))))))..))))......((((.(((.(((((((((((((...)))).)))))))))..))).))))....)))))))....)))))........)))))...))))))....)))))))))))).((((((.....((((.((((.((((....((.(((((((((((.(((((..((...((((...))))..))..))))).((((((((((....((((((((.((((.....)))).))))))))...))))))))))..))))))))))))))))).)))).))))))))))...........)))..)))))))))).)))))........)))))))...))).)))))).))))......))))).......).)))))))))...))))).))))).....))))))))..)))))))..)))))))..)))))....))))))))......((((((((((....(((........)))......))))))))))((((((.(((((....)))))..)))))).............(((((((((((((....................................))))))..))))))).))))))))))((((..((((.(((..((((((.....))))))...((.(((((((.(((....))).).))))))))..((((....))))....((((((.....(((.((.......)))))...)))))).)))))))..))))((((((((((.........(((...))).........))))).))))).((.((((((((((....(((((((((..........((.(((.((((((((((((((((((........(((((.....)))))......((((((...(((((.............)))))...)))))).........)))))))))))..............)))))))))).))...................(((........)))...(((((((((....((((((..(((.((((....)))).)))......))))))....))).))))))(((((.((((((..(((((.....((((.((((((......((((((((....))))))))..)))))).))))..)))))..)))))))))))..(((((.......(((((((.........))))))))))))..........................(((((...))))))))))))))....))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((({{(((((((((...,,,)}}.,}}))}}}}.....{(((((((((((((((((((((((((,{((((((...(((((((..((((((({{(((((.,..,......,.,,(((((((.............))))))).((((.,,......,,,),}}.,|||(((((((((((((((((..((.....))..)))))))....))).)))))))}}....)))))))))))))((((((((((((.({..........,((((....(((((...,,(({...,,)),.....)))))....)))))))))).)))),,))}...........,(((((((((((...,(((((,,,.((((((..(((((......)))))..)))))){|((((((..((((..........)))).)))))|,|,...},.(((((((((((((.((((((((,{{{((({..,|,.,{{{........}},{{{...{{{{{{{|||{,.((((({....}))))),{{.||||,..{{..{{.{{{({{.((,(,..{{,,.}}})))|.|{||,,,}}||{|}..||...{||,|{{{|||,,...|||||{({.({{{,|{{{...,,,||||||||,|.,|||.,}.}}}}}||,..,}}.)),.}}|||}},,.}})}})))}...})){||,,,|,,,,,.,)}})))).})))))))...)))))))),)))))...))))))))))))}.,)))).))))))).......(((((((....)))))))...))))))....(((((((.,..........}.))))))).)))))})))))))))))).....))))))))}{{((..(((((((..(((((.(((((,({,...,|,,|,.}.))))((((........)))),.,{{.,...(((((.(((((..(((((((((.{(((((.((((.((((((.(((...(((((((..((({{{(.,....))){{{{{....}.}}||(((((((((((((..(((.,{(,,((((((((((({{({.,((,,.,,..}}}}}}..,|}||({{{{...|||||,....,,,,,.,,,,((,,((((..,,(,({.,,.((,,.............}},,.}}.)).)))....)})),|}},.((({,....{{{{(({.,{,.....{((((..((((((((.,......{{(.{({....})).)}}..,...}.))))))))))))|{{,,{{,,..||{,...,|}}|.}|,.,,,,..,,,||||}}}....}}|||,.......))))),,,)))}},....}}})))|}})))},}||{{||||||{{{,(({{,{{{{.,,,|{.(((((((((({.{{(((..((,,.((({...})))..)),,)))}}.{(((((((((....((((((((.,{{{.....}))}.))))))))...)))))))))}..}))))))))))}})))),}}||,,,......,,))}}})}}}},)))..)))))))))).))),,..}}})..)))))))...))).)))))).)))}......))))).......}.)))))))))...))))).))))).....}},)))))..))))))).})))((((..(((((((({{,{...,,,,..,....))))))))..)))).......((((.(((.,(,.(((((..((((((.(((((....)))))..}}))))......,,.,(((.((((((((((.(((....{{.,(((((((.((((.,({..........,{{{{{{{(.{,,(((,..,,|,}..)})},)))},}}}...,||,,...,,..)))).)))))))|((((....)))),{({{{(({{{...,..,,,,}}}})),,}}},((((((.....(((,{(.......}))))...))))))|,..{,,..{({{{((((.,........((((((((((((((.......,,|,,,.,}}..,.{{{||||{{{{,...|||||,|,}}))}..})))))))))))))..))))),||||,{|||.......{{.(((({{.{{.|{.....,,)},)}|,}}}.||{|,,.....{{{{..(({{...))))..}})}.,,,,,}}}}},}))},.,,....))).)).)))))))).))},,,,,.............)))))..)).))))))).(((((((((....((((((,{((,.,,||},..||||{,,,.}}}}}))))))....))),})))))(((((.((((((..(((((.....((((.((((((......((((((((....))))))))..)))))).))))..)))))..)))))))))))..(((((.......(((((((.........))))))))))))}))))),((((..((.....((((.((((((...)))))).))))...})..)))}........
Back