Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_080549.4
Sequence Length
2304 nt
GC Content
0.5920
AGUGGAGUGGCAGCCCCAGAACUGGGACCACCGGGGGUGGUGAGGCGGCCCGGCACUGGGAGCUGCAUCUGAGGCUUAGUCCCUGAGCUCUCUGCCUGCCCAGACUAGCUGCACCUCCUCAUUCCCUGCGCCCCCUUCCUCUCCGGAAGCCCCCAGGAUGGUGAGGUGGUUUCACCGAGACCUCAGUGGGCUGGAUGCAGAGACCCUGCUCAAGGGCCGAGGUGUCCACGGUAGCUUCCUGGCUCGGCCCAGUCGCAAGAACCAGGGUGACUUCUCGCUCUCCGUCAGGGUGGGGGAUCAGGUGACCCAUAUUCGGAUCCAGAACUCAGGGGAUUUCUAUGACCUGUAUGGAGGGGAGAAGUUUGCGACUCUGACAGAGCUGGUGGAGUACUACACUCAGCAGCAGGGUGUCCUGCAGGACCGCGACGGCACCAUCAUCCACCUCAAGUACCCGCUGAACUGCUCCGAUCCCACUAGUGAGAGGUGGUACCAUGGCCACAUGUCUGGCGGGCAGGCAGAGACGCUGCUGCAGGCCAAGGGCGAGCCCUGGACGUUUCUUGUGCGUGAGAGCCUCAGCCAGCCUGGAGACUUCGUGCUUUCUGUGCUCAGUGACCAGCCCAAGGCUGGCCCAGGCUCCCCGCUCAGGGUCACCCACAUCAAGGUCAUGUGCGAGGGUGGACGCUACACAGUGGGUGGUUUGGAGACCUUCGACAGCCUCACGGACCUGGUGGAGCAUUUCAAGAAGACGGGGAUUGAGGAGGCCUCAGGCGCCUUUGUCUACCUGCGGCAGCCGUACUAUGCCACGAGGGUGAAUGCGGCUGACAUUGAGAACCGAGUGUUGGAACUGAACAAGAAGCAGGAGUCCGAGGAUACAGCCAAGGCUGGCUUCUGGGAGGAGUUUGAGAGUUUGCAGAAGCAGGAGGUGAAGAACUUGCACCAGCGUCUGGAAGGGCAGCGGCCAGAGAACAAGGGCAAGAACCGCUACAAGAACAUUCUCCCCUUUGACCACAGCCGAGUGAUCCUGCAGGGACGGGACAGUAACAUCCCCGGGUCCGACUACAUCAAUGCCAACUACAUCAAGAACCAGCUGCUAGGCCCUGAUGAGAACGCUAAGACCUACAUCGCCAGCCAGGGUUGUCUGGAGGCCACGGUCAAUGACUUCUGGCAGAUGGCGUGGCAGGAGAACAGCCGUGUCAUCGUCAUGACCACCCGAGAGGUGGAGAAAGGCCGGAACAAAUGCGUCCCAUACUGGCCCGAGGUGGGCAUGCAGCGUGCUUAUGGGCCCUACUCUGUGACCAACUGCGGGGAGCAUGACACAACCGAAUACAAACUCCGUACCUUACAGGUCUCCCCGCUGGACAAUGGAGACCUGAUUCGGGAGAUCUGGCAUUACCAGUACCUGAGCUGGCCCGACCAUGGGGUCCCCAGUGAGCCUGGGGGUGUCCUCAGCUUCCUGGACCAGAUCAACCAGCGGCAGGAAAGUCUGCCUCACGCAGGGCCCAUCAUCGUGCACUGCAGCGCCGGCAUCGGCCGCACAGGCACCAUCAUUGUCAUCGACAUGCUCAUGGAGAACAUCUCCACCAAGGGCCUGGACUGUGACAUUGACAUCCAGAAGACCAUCCAGAUGGUGCGGGCGCAGCGCUCGGGCAUGGUGCAGACGGAGGCGCAGUACAAGUUCAUCUACGUGGCCAUCGCCCAGUUCAUUGAAACCACUAAGAAGAAGCUGGAGGUCCUGCAGUCGCAGAAGGGCCAGGAGUCGGAGUACGGGAACAUCACCUAUCCCCCAGCCAUGAAGAAUGCCCAUGCCAAGGCCUCCCGCACCUCGUCCAAGAGCUUGGAGUCUAGUGCAGGGACCGUGGCUGCGUCACCUGUGAGACGGGGUGGCCAGAGGGGACUGCCAGUGCCGGGUCCCCCUGUGCUGUCUCCUGACCUGCACCAACUGCCUGUACUUGCCCCCCUGCACCCGGCUGCAGACACAAGGAGGAUGUGUAUGAGAACCUGCACACUAAGAACAAGAGGGAGGAGAAAGUGAAGAAGCAGCGGUCAGCAGACAAGGAGAAGAGCAAGGGUUCCCUCAAGAGGAAGUGAGCGGUGCUGUCCUCAGGUGGCCAUGCCUCAGCCCUGACCCUGUGGAAGCAUUUCGCGAUGGACAGACUCACAACCUGAACCUAGGAGUGCCCCAUUCUUUUGUAAUUUAAAUGGCUGCAUCCCCCCCACCUCUCCCUGACCCUGUAUAUAGCCCAGCCAGGCCCCAGGCAGGGCCAACCCUUCUCCUCUUGUAAAUAAAGCCCUGGGAUCACUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-910.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -951.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 412.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(.(((((....(((((..(((((..((..(((((((((((((((((((((((((((.((..((.(((..(.(((.(((.(((.((.(.((((((..((((((..((((((((((((..(((..((((..(.(((((((.(((((((((....((((((((..((.(((((((.((....)).))))((.((.((((((.((((((((...((((((((....(((.((......)))))))))))))(((((((...........((((((((.((((((((((((...(((((((......(((...(((.......)))....))))))))))....)))).)))))))))))))))))))))))........(((((((........))).)))))))))))).).)))))...))))))).))..)))))))).((((((...(((((((((.(((((((..((((((.(((...((((.((((.(.((.(((((((((((..((((.(((.....)))))))..)))..(((.((.(((((((((.....)))(((.(.((((((..((((((((((..(((..((((.....))))..)))..))......))))))))..)))))).)))))))))))).)))......))).))))))).).))))..)))).))))))))).(((((((((.(........).))).))))))...))))))).)))....)).))))..)))))).(((((..(((.((((.(.((.(((((..((((((((....(((.....)))...))))))))(((((........)))))((........))....))))))).).)))).....))).))))))))))))))))))).....)).)..)))))))..))))))))............))))))))))..)))))).)))))).).)).))).).)))...)).............(((((((((.((((..(((.....((.(((((((((((((.((.......((((..(((((((.....................((......)).((.((((((..((.((..((...(((((.....(((..(((((....))))).))).....(((((((...((((..((((((...(.(((.((((.((.(((((.(((((.((((((((((((.(((........)))........(((((((....(((((((((.((.(((.(((((.((((..(((((((((....(((((.....(((((((.......................))))))).....(((((((((............)))))))))....((..(((((((.....(((((......)))))...((((....)))).((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))))))..))...((((((....))))))))))).)))))))))....)))).)))))..))).)).))))..)).)))((((((((..((((...)))).((((.((((((...))))))....))))(((((.(((.......))))))))...........)))))))))))))))...))))))..)))).))))))).))))).))....)))).))).)...))))))..)))).)))))))..(((((.......)).))))))))..))..)).))..)))))))).)))))))...))))........)).)))).((((((((......(((........))).((((((((....(((((....))))).....)))).)))).)))))))).))).)))))).))))).)))).))))))))))).))))))))))))).....((((.(((....)))..)))).....)))).))).))))))).))..))))).((((((((((.......)))))........)))))........((((((((.(((((...........((((.((((((.......(((((.......((((((.......(((..(((((.....(((((((((((.(((...))).....)))))...(((((((...)))))))..)))))).)))))..))))))))).((.((((.(((((.............)))))..)))).)).......))))))))))))))).....((((.(((........))).)))).....)))))))))))))..........))))).))))).).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,(.{((((....(((({...||||..||},(((((((((((((((((((((((((((.((,,{{.,{{..{|(({.(({.(((.((,{.((((((..((((((..((((((((((((..({,.{(((({,{,,((((((.(((((((((....((((((((.,(({(({{{||,||,,}|||.||||,{{,,.((((((.((((((((...((((((((....(((.((......)))))))))))))(((((((,..........{(((((((.(((((((((((({{{(({{{({......|||,,.,,,,{{{{{.,,.....,,))))))}}....)))).)))))))))))))))))))))))........(((((((........))).)))))))))))).)}})))),,.)}))}},,))..)))))))).((((((...(((((((((.(((((({..((((((.(((...((((.((((.{.({{(((((,(((((..((({{(((.....)))))))..))),.(((.({.(((((({{{.....}}}(((.(.((((((..((((((((((..(((..((((.....))))..)))..)),..,..,)))))))..)))))),}))))))))))).))).......}).))))))).}.))))..)))).))))))))).(((((((((.{........}.))).))))))...})))))).)))}...,).))))..)))))).{((((..((({((((.(.((.(((((..((((((((.,.,(((.....))),..)))))))),|{((..,..,,,}}}}}||,..||...,.....))))))).).))))...,.))).)))))))))))))))))))}...}.).),.,))))})..))))))))............))))))))))..)))))).)))))).),.}.,}},}.}},...}),....,.....,,(((((((((.((((..(((.....((.{((((((((((((.((.......((((,.(((((((.,......{.......,....,,.....,|,.{{.((((((..((.((..((...(((({.{{.,(((..(((((....))))).)))...(((((((((...((((,.((((((...(.(((.((((.((.(((((.(((((.((((((((((((.(((........)))........(((((((....{((((((((.((.(((.(((((.((((..(((((((((.{,{((((,,,,..,(((((({{..,,........,........}))})),.....{{{|{||||||,,,}}....,))))}}}}}....((..(((((((.....(((((......))))),,,{{{{...,))}}.((((.(((,{(((((....))))))))).)))).)))))))..)).,.((((({....}))))),),}}.)))))))))....)))).)))))..))).)).)))),,)}.}}}((((((((..((((...)))).((((.((((((...))))))....))))(((((.(((.......))))))))...........)))))))))))))))...))))))..)))).))))))).))))).))....)))).))).)...)))))),,)})).))))))}..)).,.........}.)),})))).,))..)).))..)))))),}.))))))).,.))))........)).)))).((((((((......(((........))).((((((((....(((({....))))).....)))).)))).)))))))).))).)))))).))))).)))).)))))))))}).))))))))))))).....((((.(((....)))..)))).....)))).)))},)))))){||{,|||{{,|}}}}.,{,,,,,,{{.{(((((.,.....,)))))),.....{{{(((((((((((...,{{.....((((,((((({.......((((({{.,...(((({({{,....(((..(((((..,{.(((((({(((({(((...}}}...},}}))}...{((((({...})))))}..)))))),)))))..))),,,,,,,||.|{||,|{{||,}},,........,)))),,))}),,,...,,},)))))))}}||||||.....((({.{{{.,,,....})).)))),....)))))))))))))......})}}}}))).})))).,.
Back