Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_080600.3
Sequence Length
2402 nt
GC Content
0.6336
GAGCUGGGCUGGCGGAGCAGAGGUGCAGAAGCAACUGAGUCCAAGUUGUCUGGCGGCUUCAGGUGGACCCAGAAGACGUCCCCAACUCAGGGAGAUUCAGCGAUCACUCACUCGCUGUACAGAAUGAUAUUCCUCACGGCACUGCCUCUGUUCUGGAUUAUGAUUUCAGCCUCCCGAGGGGGUCACUGGGGUGCCUGGAUGCCCUCGUCCAUCUCGGCCUUCGAAGGCACGUGCGUCUCCAUCCCCUGCCGCUUUGACUUCCCGGAUGAGCUGCGGCCCGCUGUGGUGCAUGGUGUCUGGUACUUCAAUAGCCCCUACCCCAAGAACUACCCCCCGGUGGUCUUCAAGUCGCGCACCCAAGUAGUCCACGAGAGCUUCCAGGGCCGCAGCCGCCUCCUGGGGGACCUGGGCCUGCGAAACUGCACCCUCCUGCUCAGCAACGUCAGCCCCGAGCUGGGCGGGAAGUACUACUUCCGUGGGGACCUGGGCGGCUACAACCAGUACACCUUCUCAGAGCACAGCGUCCUGGAUAUCGUCAACACCCCCAACAUCGUGGUGCCCCCAGAGGUGGUGGCAGGCACGGAGGUGGAGGUCAGCUGCAUGGUGCCGGACAACUGCCCAGAGCUGCGCCCUGAGCUGAGCUGGCUGGGCCACGAGGGGCUGGGGGAGCCCGCUGUGCUGGGCCGGCUGCGGGAGGACGAGGGCACCUGGGUGCAGGUGUCACUGCUGCACUUCGUGCCCACGAGGGAGGCCAACGGCCACAGGCUGGGCUGCCAGGCCUCCUUCCCCAACACCACCCUGCAGUUCGAGGGCUACGCCAGCAUGGACGUCAAGUACCCCCCGGUGAUUGUGGAGAUGAACUCCUCGGUGGAGGCCAUCGAGGGCUCCCACGUGAGCCUGCUCUGUGGGGCUGACAGCAACCCCCCGCCGCUGCUGACCUGGAUGCGGGACGGGACAGUCCUCCGGGAGGCGGUGGCCGAGAGCCUGCUCCUGGAGCUGGAGGAGGUGACCCCCGCCGAAGACGGCGUCUAUGCCUGCCUGGCCGAGAAUGCCUAUGGCCAGGACAACCGCACCGUGGGGCUCAGUGUCAUGUAUGCACCCUGGAAGCCAACAGUGAACGGGACAAUGGUGGCCGUAGAGGGGGAGACGGUCUCUAUCUUGUGCUCCACACAGAGCAACCCGGACCCUAUUCUCACCAUCUUCAAGGAGAAGCAGAUCCUGUCCACGGUCAUCUACGAGAGCGAGCUGCAGCUGGAGCUGCCGGCCGUGUCACCCGAGGAUGAUGGAGAGUACUGGUGUGUGGCUGAGAACCAGUAUGGCCAGAGGGCCACCGCCUUCAACCUGUCUGUGGAGUUCGCCCCUGUGCUCCUCCUGGAGUCCCACUGCGCGGCAGCCCGAGACACGGUGCAGUGCCUGUGCGUGGUGAAGUCCAACCCGGAGCCGUCCGUGGCCUUUGAGCUGCCAUCGCGCAAUGUGACCGUGAACGAGAGCGAGCGGGAGUUCGUGUACUCGGAGCGCAGCGGCCUCGUGCUCACCAGCAUCCUCACGCUGCGGGGGCAGGCCCAGGCCCCGCCCCGCGUCAUCUGCACCGCGAGGAACCUCUAUGGCGCCAAGAGCCUGGAGCUGCCCUUCCAGGGAGCCCAUCGACUGAUGUGGGCCAAGAUCGGGCCUGUGGGCGCCGUGGUCGCCUUUGCCAUCCUGAUUGCCAUCGUCUGCUACAUUACCCAGACACGCAGGAAAAAGAACGUGACAGAGAGCCCCAGCUUCUCGGCAGGGGACAACCCUCCCGUCCUGUUCAGCAGCGACUUCCGCAUCUCUGGGGCACCAGAGAAGUACGAGUCCAAAGAGGUUUCUACCCUGGAAUCUCACUGAGUGCCCCAGGAGAGCGAGAGGCGCCUGGGAUCUGAGAGGAGGCUGCUGGGCCUUCGGGGUGAGCCCCCAGAGCUGGACCUGAGCUAUUCUCACUCGGACCUGGGGAAACGGCCCACCAAGGACAGCUACACGCUGACGGAGGAGCUAGCUGAGUAUGCUGAAAUCCGGGUCAAGUGAAGGAGCUGGGGGCAGCCUGCGUGGCUGACCCCCCUCAGGACCCUCGCUGGCCCCCACUGGCUGUGGGCUCCCUUCCUCCCAAAAGUAUCGGGGGCUGGGGCAGGAGGGGAGUGAGGCAGGUGACAGUGAGGUCCUGGGGGCCUGACCUCCCCCUCCUUCCCAGCUGCCCCUCCCUGCCAGCACCCCCACGCCCUCAUUACGGCUCCUCUCUAACCUCCUUUACCCUCAUCUGUCUGGAGGGGAGCUCUGUCUGUCCGUGUUAUUUAUUGCUACUUCCUGCCUGGUCUCCUGCCCCCACACCUGGCCCUGGGGCCUGUACAAAAGGGACAUGAAAUAAAUGCCCCAAAGCCAAA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1074.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1114.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 605.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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