Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_080647.1
Sequence Length
2082 nt
GC Content
0.7027
CCGGCAGGGGGAGCGAGGAGGAAGGGAACCGCGGCCGGGCCAGCGGAGGCGGCGGAGCGCACCGCCCACCAGGGCUCAGGGUCCUCCGACCGGGUGAAGCUUCGCUGGCUGCCAGGAUCCCCGGCAGGGAUGCACUUCAGCACCGUCACCAGGGACAUGGAAGCCUUCACGGCCAGCAGCCUGAGCAGCCUGGGGGCCGCGGGGGGCUUCCCGGGCGCCGCGUCGCCCGGCGCCGACCCGUACGGCCCGCGCGAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCGCUACGACCCGUGCGCCGCCGCCGCCCCCGGCGCCCCGGGCCCGCCGCCGCCGCCGCACGCCUACCCGUUUGCGCCGGCCGCCGGGGCCGCCACCAGCGCCGCCGCCGAGCCCGAGGGCCCCGGGGCCAGCUGCGCGGCCGCAGCCAAGGCGCCGGUGAAGAAGAACGCGAAGGUGGCCGGUGUGAGCGUGCAGCUAGAGAUGAAGGCGCUGUGGGACGAGUUCAACCAGCUGGGCACCGAGAUGAUCGUCACCAAGGCCGGCAGGCGGAUGUUUCCCACCUUCCAAGUGAAGCUCUUCGGCAUGGAUCCCAUGGCCGACUAUAUGCUGCUCAUGGACUUCGUGCCGGUGGACGAUAAGCGCUACCGGUACGCCUUCCACAGCUCCUCCUGGCUGGUGGCGGGGAAGGCCGACCCUGCCACGCCAGGCCGCGUGCACUACCACCCGGACUCGCCUGCCAAGGGCGCGCAGUGGAUGAAGCAAAUCGUGUCCUUCGACAAGCUCAAGCUGACCAACAACCUACUGGACGACAACGGCCACAUUAUUCUGAAUUCCAUGCACAGAUACCAGCCCCGCUUCCACGUGGUCUAUGUGGACCCACGCAAAGAUAGCGAGAAAUAUGCCGAGGAGAACUUCAAAACCUUUGUGUUCGAGGAGACACGAUUCACCGCGGUCACUGCCUACCAGAACCAUCGGAUCACGCAGCUCAAGAUUGCCAGCAAUCCCUUCGCGAAAGGCUUCCGGGACUGUGACCCUGAGGACUGGCCCCGGAACCACCGGCCCGGCGCACUGCCGCUCAUGAGCGCCUUCGCGCGCUCGCGGAACCCCGUGGCUUCCCCGACGCAGCCCAGCGGCACGGAGAAAGACGCGGCUGAGGCCCGGCGAGAAUUCCAGCGCGACGCGGGCGGGCCAGCAGUGCUCGGGGACCCGGCGCAUCCUCCGCAGCUGCUGGCCCGGGUGCUAAGCCCCUCGCUGCCCGGGGCCGGCGGCGCCGGCGGCUUAGUCCCGCUGCCCGGCGCGCCCGGAGGCCGGCCCAGUCCCCCGAACCCCGAGCUGCGCCUGGAGGCGCCCGGCGCAUCGGAGCCGCUGCACCACCACCCCUACAAAUAUCCGGCCGCCGCCUACGACCACUAUCUCGGGGCCAAGAGCCGGCCGGCGCCCUACCCGCUGCCCGGCCUGCGUGGCCACGGCUACCACCCGCACGCGCAUCCGCACCACCACCACCACCCCGUGAGUCCAGCCGCCGCGGCCGCCGCCGCCGCUGCCGCAGCUGCCGCGGCCGCCAACAUGUACUCGUCGGCCGGAGCCGCGCCGCCCGGCUCCUACGACUAUUGCCCCAGAUAACACGGGCCCUGUCGCGCUCCCGCCCCGGUCCUGCACAGCCCCGAAGUUCGCCGGGCCCGGCCACCCUGCCCCAAGGGCAAGCAAGGAAUACGUUCCCCCAGCCCCAGGGGCCACCGCGGCUCUCCCCUUCCCCAGCCUCGAAGCCAUGGGGGCCCCCUCGCCACCCCCAGCCCCUUGGGCUAUCGAAGUAUCCGGUUCCCCAGUCCCUGGAGCCACCGCGGGUCCUUCCCCGGCCCCGAGGGCCAAGGGGGUCCCCGCCCGCCAGUGCCAAAGCGCCCGGUCGGAGGCGGAAGGAAGUGAUAUUUAUUGUUCUCCCCGAGACCGCGUCGCCCGCGGCCCGGCCGGCAGUUGCAGUGUAGACAGCCCGAGAGCCCCGCCUGCAGGCGGUGUAGAUACAUGUAGAUACUGUAGAUACUGUAGAUACCGCCCCGGCGCCGACUUGAUAAACGGUUUCGCCUCUUUUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-963.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -999.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 525.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((......))....(((((((...(((((((((((((((((.((((.((((.(((.((.(...((((....))))...).))((((((((((((((......(((((((.((..(((((((((((..((.(((......)))))))).((((((((.(((..(((.....)))....((((((((..((.((((((..(((((((((...((((.((((...((((((((((((........(((((.((((.(((.......((.((.((.((((.(((...))))))).)).)).))((((((.(((((((((.((..((.((((.((((.((......)).)))).)))).))((((((.((.....))))).))).)).))))).)))).))))))...)))))))))))).......))))))))...........)))).)))).))))(((((((((((..........((((((((((((((.((.((.......(((((((..(((.....)))........((((((((((((..(((((.(.........).)))))...(((((((((...)))).)))))......((((....((((...(((((((((((.((.....)))))))))))))...))))))))....((((((..(((((((((........)))))))))))))))(((.(((......))).)))..)))))))))...)))..(((((((.((..(..(((((((((((((((..(((....((((.............(((.((....)).)))......((((...........))))...))))...)))((((((((...))))))))...((((((((...(((.......))).((((....)))).....)))))))))))))).)))))))))..)..)).)))))))...((((..((.((((....((((((((..(((((....)))))((((.....)))).....))).)))))...)))))).))))...(((.....)))))))))).....))))))))).))))))))))))))))))))...((((((((((((...((.((.(((....)))..(((((....((((((((.(((((((((((..(((..(((((((..(((((((..(((.(((..(((((.(((((((.......))).(((((((((((.((.((..(((.....))))))).)))))))))))((.(((((((.....(((.(((((((.(((((...((((((((.(...............).)))).))))...))))))))).))).))))))))))))......................(((....))).........(((((.(((((...(((((((.((((((..........((((((((((((((((...((......)).)).))))))......................((((((.((((.((((((((.((.((.((....)).)).)).)))))))).)).....)).))))).))))))).)).)))))).)))))))...........))))))))))...))))))))).)))))))))))))..)))..))...))...))).)))))))))))))))).....(((((..((((..(...((((....)))).)..))))..)))))....)))..))))).........)).)))))))))))))))))))).)))..))))))))..))))))))((((.......))))...))))))))))).(((..((.(((((.......)))))))..)))...))))))))..))..)))))))......))))))))))))))(((..(((...((((.....)))).))))))...)))))))..))))))))))))))(((((((((((((..(((........((.(((((....))))).)).......)))..))))))))...)))))......(((....))).............))))))).)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.{{{{{{{{.{(,,{(,((...(,((({(((((((((((.((((.((((((((.{{.{.,,((((....))))...}})}((((((((((((((...,,.(((((((.((..(((((((({{{,.((.(((......)))))}}}.((((((((.{((.,(((...,,,}|....((((((((..(,{((((((..(((((((((..,((((,(((((({(((({(((((((........(((|||((((|{((....{{,((.((.({,((((.{({...})))))).)).)}.||((((((.(((((((((.{{,.((.((((.((((.((......)).)))).)))).)){(((((,((.....)})),})),,)).))))).)))).))))))...))})))))))))..},...))))))))})........)))}..)))),)))){((((((((((..........((((((((((((((.((.((.......(((((((..{{{.....}}}}}.....||{{(((((((((,.(((({.,.,.......).)))))...(((((((((...)))),}))))......((((....((((...(((((((((((.((.....)))))))))))))...))))))))....((((((..(((((((((........)))))))))))))))(((.(((......))).)))..,))))))))..{||}{.(((((((.((..{..(((((((((((((((..(((....|||{.............{||.{{....}|{|},......((((...........))))...,,}}..,|||{{,,((({{,,|,}}}))},,.|||{{{{|..,|||.......,}}.((((....)))).....)))))))))))))).)))))))))..}..)).))))))),..||,{..{{.||{{.,,.{{{{{{||..{{{{|,..,),}}}|,...||....||},{{{|||.|||}}.,|},},)).)})).)}|||,,.,.)))))))))).....))))))))).)))))))))))))))))))),..((((((((((((..,((.((.(((....)))..(((((....((((((((.(((((((((((..{{{.{((((((({.((((((({{((((((({.((((({,.,,,,,..,|||}|),.|||||||||||((({{{..,{{.....))}))))||||||||||({((((((((({.....(((.(((((((.(((((,.,{(((((((,,.|{|....},.....}.)))).)))).,.))))))))).))).)))))))))))}....................,,(((,,,,)}}..,,.....{((((.(((({.,{(((((((.((((((.......||,|,((((({{(((((((...((......}}.)).)))|},...},.................}||{{{.{{((.((((((((.((.((.((....)).)).)).)))))))).)).....}).)}})).,)))))),)).)))))).))))))).........,,))))))))))....))))))))))))))),|||,,.,||,..,,,...),...)}}.)))))))))))))))).....(((((..((((..{...((({....}))).}..))))..)))))....))).,))))).........)).)))))))))))))))))))).)))..))))))))..)))))))).,,|..,,....)))}.,)}})))))))).{{{..{(,(((.{,..,,,.|||||}}.})))}..))))))))..))..))))))).....,))))))))))))))(((..((({{,(({,...,,),)))),})))...))})))),})))))))))))))}{|.|||,|.,,...,}).}))}....}},}|,||}}}.((((((((...((((.(((..{{...})..))))))).))))))))..||||,,{.||,......))))},)})),,,...,.
Back