Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_080717.4
Sequence Length
3230 nt
GC Content
0.4678
AGUAAUAUUUAAUUUGUCGGAGACCACAAACCAACCUUGAGCUGGGAGGUACGUGCUCUUCUUGACAGACGUUGGAAGAAGACCUGGCCUAAAGAGGUCUCUUUUGGUGGUCCUUUUCAAAGUCUUCACCUGAGCCCUGCUCUCCAGCGAGGCGCACUCCUGGCUUUUGCGCUCCAAAGAAGAGGUGGGAUAGUUGGAGGGCAUGGAGGGAAUCAAAGUGUUUCUCCAUGAAAGAGAACUGUGGCUAAAAUUCCACGAAGUGGGCACGGAAAUGAUCAUAACCAAGGCUGGAAGGCGGAUGUUUCCCAGUUACAAAGUGAAGGUGACGGGCCUUAAUCCCAAAACGAAGUACAUUCUUCUCAUGGACAUUGUACCUGCCGACGAUCACAGAUACAAAUUCGCAGAUAAUAAAUGGUCUGUGACGGGCAAAGCUGAGCCCGCCAUGCCUGGCCGCCUGUACGUGCACCCAGACUCCCCCGCCACCGGGGCGCAUUGGAUGAGGCAGCUCGUCUCCUUCCAGAAACUCAAGCUCACCAACAACCACCUGGACCCAUUUGGGCAUAUUAUUCUAAAUUCCAUGCACAAAUACCAGCCUAGAUUACACAUCGUGAAAGCGGAUGAAAAUAAUGGAUUUGGCUCAAAAAAUACAGCGUUCUGCACUCACGUCUUUCCUGAGACUGCGUUUAUAGCAGUGACUUCCUACCAGAACCACAAGAUCACGCAAUUAAAGAUUGAGAAUAAUCCCUUUGCCAAAGGAUUUCGGGGCAGUGAUGACAUGGAGCUGCACAGAAUGUCAAGAAUGCAAAGUAAAGAAUAUCCCGUGGUCCCCAGGAGCACCGUGAGGCAAAAAGUGGCCUCCAACCACAGUCCUUUCAGCAGCGAGUCUCGAGCUCUCUCCACCUCAUCCAAUUUGGGGUCCCAAUACCAGUGUGAGAAUGGUGUUUCCGGCCCCUCCCAGGACCUCCUGCCUCCACCCAACCCAUACCCACUGCCCCAGGAGCAUAGCCAAAUUUACCAUUGUACCAAGAGGAAAGAGGAAGAAUGUUCCACCACAGACCAUCCCUAUAAGAAGCCCUACAUGGAGACAUCACCCAGUGAAGAAGAUUCCUUCUACCGCUCUAGCUAUCCACAGCAGCAGGGCCUGGGUGCCUCCUACAGGACAGAGUCGGCACAGCGGCAAGCUUGCAUGUAUGCCAGCUCUGCGCCCCCCAGCGAGCCUGUGCCCAGCCUAGAGGACAUCAGCUGCAACACGUGGCCAAGCAUGCCUUCCUACAGCAGCUGCACCGUCACCACCGUGCAGCCCAUGGACAGGCUACCCUACCAGCACUUCUCCGCUCACUUCACCUCGGGGCCCCUGGUCCCUCGGCUGGCUGGCAUGGCCAACCAUGGCUCCCCACAGCUGGGAGAGGGAAUGUUCCAGCACCAGACCUCCGUGGCCCACCAGCCUGUGGUCAGGCAGUGUGGGCCUCAGACUGGCCUGCAGUCCCCUGGCACCCUUCAGCCCCCUGAGUUCCUCUACUCUCAUGGCGUGCCAAGGACUCUAUCCCCUCAUCAGUACCACUCUGUGCACGGAGUUGGCAUGGUGCCAGAGUGGAGCGACAAUAGCUAAAGUGAGGCCUGCUUCACAACAGACAUUUCCUAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGGAGAAAGAGAGAGAAGGAGAGAGACAGUAGCCAAGAGAACCCCACGGACAAGAUUUUUCAUUUCACCCAAUGUUCACAUCUGCACUCAAGGUCGCUGGAUGCUGAUCUAAUCAGUAGCUUGAAACCACAAUUUUAAAAAUGUGACUUUCUUGUUUUGUCUCAAAACUUAAAAAAACAAACACAAAAAGAUGAGUCCCACCCCCCACUACCACCACACCCAUCAACCAGCCACAUUCACGCUACUCCCCAGAUCUCUUCCCCCAUUCCUUCUUUUGGGCUCUAGAAAGUCUUGCCUCAUUGAGUGUUUUUCCCUAGUGCGUAGUUGGAGUCUGUCCCUGUCUUGGUGUUAAUGUUGACAUUGUUAUAUAAUAAAUGAUAAUAUAUUUUUUUCUUUCAAUUUUCUUAAUGGGACCCAGUCCCUUAUUUGGGGGGAGGUCUGAGGCAAGUAUAUUUCAAAAUAUGUACUUGCGGGAUUCCCUUCAAGUAAACCAUCCCUGAAACCUAAAUUCACGUUUCCCCUUGACUAAGAAAAGCACCUACCUCUGCCAUGUGAUGUUUCUGAAAAGCCUCUGUAUGUCCCCAUUUGCUUUGGUUUUGUCCUGCCUUCUCCAAUAUCACGUGCUCAGUUUUGCCUCUACUUACCCAUGGAGUCAGGAUAACACUGACGCUCCCUGGCAUCCUAUCUUAUUCAGCCCUACCAUCUUGCCAGCUCUGUCUUUCCAGCUGUCUGUCGCUAAAACGUGGCCUAUAGCUUCCCUUCCGGAAAGCUUGCUUUGAAAAACUUAAAAAGCCCCCGUUUACAUGUAGGCAGGACUGUGAUAACAGUGCAAGCUCUGUGUUGACAAGAGUUGUGGACAAAAAGCCAAAAUAAAUAUUCUUCCUGAUUAAAAAAAUUUUUUUUGAAAAAAACAAGGCCAGCCCCAACCUUCCAAACCUCCAUCACCAACAACCCAAACUGGAUGUCAAGCAAAAUGCACAAUUCCUACAGAAGAGGCAAGACACAGUCACCAAUGAUAUCUCGCCAAAGAAACCACGCCCACACCAAUGCCAACACAAAACUGUGUUUACUGAAAGCCGAAAACAGUAUUAAAAAAAGUGUGUAAGUAAAGUGUUAUGGUAGGGUUCUUCAGAUGUAAUAUUUUACUGGUACUAUUUAUUUAUAAAUAGGAAUUCUAAUUAAGUAAUAACAUGAAAUGAAACCCAGCAUAGGAGCUGGCCAAGAGCUUUUAAUUUUAUUGAUACUCAAAACCAAGUUUGUGUUUUUUUGUUUUUUUUUGUUUUUUUCCUCUUUCGAAUGUGCUUUGCUUUUUUUGAUUAAAAAGAAUUUUUUUUUUCCUUUUUUAUAAACAGACCCUAAUAAAGAGAACAGGGUAAGAUGUGAGGCUGAGUGUGUUUAAGUACGUGAGAGAGUGUGAGUGUGUUUGUAAGUGAGUGUCCCUAUGCGAUUAUGUCUCUUUACGUUGCUAAGGGGGGAGGGUGAGGAUUAAGUACUCGUGCCUUAUAUUUGUGUGCCAAUUAAUGCCUAAUAAAUACCAUGUGCUUAAACAAGUACAAGGAAGUUGAACACCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-934.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -995.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 624.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((((((((.(((..(((..((.......))..)))..))).)))))..)))((((.(((((((..((((..(((.(((((....))))).))))))).))))))).)))).((((((.((((((((..((((.(((.....)))))))(((((.........))))).(.((((((((((((((((..(((((((((((........((((((((.........(((((........)))))....((((......(((((..(((.(.(((((((.(((.((.((((....((((....((((((((.(((((((((((.(((......((((......)))).(((((...(((((.(((..((...)).))).)))))..((((((((........))))))))(((((........)))))))))).((((.(((......)))...))))....(((((....)))))......)))))))))...))))).))))).....)))..))))....)))).)).)))(((...(((((((........))))))))))...........))))))).).)))...)))))...((.(((((...(((((((((((((((.............((((((..((((.(.....).))))(((((.......)))))..........))))))............(((((...))))).........(((((...))))).(((((((((((((((((..(((((((((...................................(((.(((...))).))).(.(((((........))))))................)))))((((.....))))..))))..)))).......((((((..(((((((.........)))))))...))))))...((((....))))...................))))))))).))))...))))))))...))))))).((....)).....((((.....)))).........))))))).......))))..))))))))..((((...))))....))))))))))))).)))))))))))).)).))))))))).))))))((((((.((((((((((..(((((((.((((.((......)).)))).((((.((........))))))))))))).....((((((...((((..(((.((((((((...((.((........)))).(((((((.((....)).))))))).((.(((((((((.((((((..(((((........(((((......((((((...))))))(((((((...((...(((((....))))).))..)))))))(((.((((........(((((((...((.(.((((((((.(((((....))))).).))))))).).))))))..)))(((((..((((((......(((....((((......))))....))))))))).)))))...))))))).......((((((((.((((.(.(....).).))))))))))))(((.......)))..((((((((............((((.((((.(((((...(((((((.(((.((.(.((((((.....((((.(((((((.(((.((((((.((....))...........((((......)))).((((((..........(((..(.((.(((((((...))))))).)).)..)))............)))))).))))))))))))))))..........................((((.((.....................)).))))....(((.........))).)))).....)))))).).)).))).)))))))...))))))))))))).))))))))))))).........)))))))))..))))))))))).))....((((((.((((((.((((...........)))).)))))).....((((((((((..........(((((...)))))((((((((((((((.(((...((((((((((........)))))))))).))))))))))))))))).........(((((..........)))))...))))..)))))))))))).......)))))))).)))..))))....)))))).......(((.......)))))))))))))............((((.(((...((((((.(((((........))))).)))))).(((((.((((((.((.((...((..(.(((((((((.(((.((((((((.....(.(((((......(((((((((......)))(((((((((((.((....)).))))).(((((...........)))))............)))))).(.(((((....))))).)..(((...((((.((((...)))).))))...)))...................((..(((((((((((((((((.(((((.((((..........))))....((.((((.................)))).)).(((((((..(((((.(((.....(((((((.((((.((((..((((..(((((..(((..(((((.((..(((.((((...(((..(((((..........(((((...........)))))..........)))))..)))..))))...)))..)))))))..).))..)))))....)))).(((((((....)))))))...(((...(((.((....)).)))...)))..(((((......)))))....(((...(((((...)))))..)))(((((((....)).)))))...........)))).)))).))))))).))))))))))))))))))))..)))))))))))))))))..))...........))))))......))))).)....))))))))))).))))))))).)....))...)).)).)))))).)))))....))).))))....((((..(((((((........)).)))))..))))))))))((((((..............))))))((((((..((........))...)))))).((.(((((((....))))))).))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......{(((((((((((((((.(((..(((..((.......))..)))..))).))))}.,)))((((.{({(((({.((((..(((.{((((....))))}.))))))).)))))}}.)))).((((({.((((((((,,((((.(((.....)))))))({(({.,.......,}}}),|{(((((((((((((({(..(((((((((((....,,..((((((((........,{((((........||||,..}}||{(,,{{...{{{{,.,...,.(((((((.(((.((.((((....((((....{{((((((.((((((((((,,({(,{....((((......)))).(((((...(((((.(((..{,...,}.))).)))))..((((((((........))))))))(((((........)))))))))).((((.,((......},)}..))))....(((((....))))).,..,}))))))))}.,}))))).))))).....}}}..))))....)))).)).))),,,...((((({({{,.....},,,})),,,}}}}.,,,,,.))))))).}.}}}...,}}))}..{(.(((((...(((((((((((((((...........{,(({{({..{{({.(,,,,.,.})))||(((.......))))),...,.....}}))}},....,.,,.,.{{{,,...||||}.,...,||}(((({...})))),||{{(((((((((((((..(((((((((...{,,,{,,.....,|,.................(((.(((...))).))).{.(((((........))))),............,,,.)))))((((.....))))..))))..)))).......((((((..(((((((.........)))))))...))))))...((((....))))...................))))))))).})},...))))))))...))))))).((....)).....((((.....)))).........))))))}.......))))..)))))))),.{(((...)))}....)))))))))))}).)))))))))))).)),,)))))))).})))))((((({.((((((((({..(((((((.((((.((......)).)))).((((.((........))))))))))))),,...((((((...((((..(((.((((((((..,(,.(({........,)),(((((((.((....)).))))))).((.(((((((((.((((((..(((((....,,,,(({{,......((((((...)))))),((((((,.,((...(((({....))))).,},.))))))}({({(((,..,.....(((((((...((.(.((((((((.(((((....))))).).))))))).).))))))..)))(((((..((((((......(((....((((......))))....))))))))).)))))...},))))).}}....((((((((.((((.(.{....}.).))))))))))))(((.......)))..{(((((((............((((.(((,{(((((...(((((((.(((.((.(.((((((.....((((.(((((((.{(,{((((((.,,....||...,((,....{{{,......,,}}.,,,,||}|,.......{|{.,{.{{.{((((({...})))))}.}}.)..}}|,,,.,,......,))))..)))))))}})))))))..........................((((.({.....................}}.))))....(((.........))).)))).....)))))).).)).))).)))))))...))))))))))))).))))))))))))).........)))))))))..))))))))))).))....((((({.{((({{.{((({{{,,...,,.}))),)))))}.....,{{{{,,{{,.,,,,,,,..(((((...)))))((((((((((((({,(((...((((((((((........)))))))))).))))))))))))))))).........(((((..........)))))...,})}.,))))))))))))...,,..)))))))).)))..))))....))))))..,}...{((.......)))}))))))))).,..,.,.....{(((.{((...((((((.(((((........))))).)))))).(((((.((((((.((.((...{(,.,.(((((((((.({,{((((((((....(({(((((..,{,,(({{(((((......)))||,,||||||({(.....))}}||||,(((((.......,,..)}}||...,{,.....,)}}))).{.(((((....))))),),|||({({({{{.||{|,,,))}}.}}}|{{{{{,.{(({.{{{.{(((((..(((((((((({,{(((({,,,,,}|||,.{{((..........}}}}.....,.,,{,...........,.....}))},)}.,((((((..(((({,(((.....(((((((.(((({({(({,{,,,.,|||{{..,{,,.((((((((..(((.((((...{((..(((((....,.,...(((((...........)))))..........)))))..))}..))))...)))..)}})))),.},))},}}}}},,},)}|}.(((((((....}))))))....,|....,,,||,...}},,||{,,|||,.{{(((......))))}....(((.,,{{{{{...}}})).,))),,,,||,.,,,)),)))})}}}),,,,....))),))},.))))))).)))))))))))))))))))))))))..)))))),)))}))}}.}}}}},.....)))))}.......,)))),.}}})))))))))}).))))))))).}....,)...)).)).)))))).)))))....))}.)))),},,((((..(((((,,.,......,).)))))..))))))))))|{{(({,....,..,.,,..)))},|((((((..({.......,)},..)))))),((.(((((((....))))))).)))))))))}......
Back