Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_133497.4
Sequence Length
2178 nt
GC Content
0.5941
AGAGCAGUCAACAGCUGACUGCGUUCAGACCCUGCAGGCUGGGCUGGCCUGCCCAGGACCUGAGAAGGGGCAGCUCCGGUGGCAAUGUCUGAGCCCCUAGCUGUGCUGGUCCGGGCUGGCCUCUCUAAGACAGUGCAGGCCACGUGAUCCAUCCUCCUAGAGGCAGUGAGCAGGUGAGGGACCCCUACCACAGCCAGGAGGAAAAAGCUAGGCGUCCACUUUCCGCAGCCAUGCUCAAACAGAGUGAGAGGAGACGGUCCUGGAGCUACAGGCCCUGGAACACGACGGAGAAUGAGGGCAGCCAACACCGCAGGAGCAUUUGCUCCCUGGGUGCCCGUUCCGGCUCCCAGGCCAGCAUCCACGGCUGGACAGAGGGCAACUAUAACUACUACAUCGAGGAAGACGAAGACGGCGAGGAGGAGGACCAGUGGAAGGACGACCUGGCAGAAGAGGACCAGCAGGCAGGGGAGGUCACCACCGCCAAGCCCGAGGGCCCCAGCGACCCUCCGGCCCUGCUGUCCACGCUGAAUGUGAACGUGGGUGGCCACAGCUACCAGCUGGACUACUGCGAGCUGGCCGGCUUCCCCAAGACGCGCCUAGGUCGCCUGGCCACCUCCACCAGCCGCAGCCGCCAGCUAAGCCUGUGCGACGACUACGAGGAGCAGACAGACGAAUACUUCUUCGACCGCGACCCGGCCGUCUUCCAGCUGGUCUACAAUUUCUACCUGUCCGGGGUGCUGCUGGUGCUCGACGGGCUGUGUCCGCGCCGCUUCCUGGAGGAGCUGGGCUACUGGGGCGUGCGGCUCAAGUACACGCCACGCUGCUGCCGCAUCUGCUUCGAGGAGCGGCGCGACGAGCUGAGCGAACGGCUCAAGAUCCAGCACGAGCUGCGCGCGCAGGCGCAGGUCGAGGAGGCGGAGGAACUCUUCCGCGACAUGCGCUUCUACGGCCCGCAGCGGCGCCGCCUCUGGAACCUCAUGGAGAAGCCAUUCUCCUCGGUGGCCGCCAAGGCCAUCGGGGUGGCCUCCAGCACCUUCGUGCUCGUCUCCGUGGUGGCGCUGGCGCUCAACACCGUGGAGGAGAUGCAGCAGCACUCGGGGCAGGGCGAGGGCGGCCCAGACCUGCGGCCCAUCCUGGAGCACGUGGAGAUGCUGUGCAUGGGCUUCUUCACGCUCGAGUACCUGCUGCGCCUAGCCUCCACGCCCGACCUGAGGCGCUUCGCGCGCAGCGCCCUCAACCUGGUGGACCUGGUGGCCAUCCUGCCGCUCUACCUUCAGCUGCUGCUCGAGUGCUUCACGGGCGAGGGCCACCAACGCGGCCAGACGGUGGGCAGCGUGGGUAAGGUGGGUCAGGUGUUGCGCGUCAUGCGCCUCAUGCGCAUCUUCCGCAUCCUCAAGCUGGCGCGCCACUCCACCGGACUGCGUGCCUUCGGCUUCACGCUGCGCCAGUGCUACCAGCAGGUGGGCUGCCUGCUGCUCUUCAUCGCCAUGGGCAUCUUCACUUUCUCUGCGGCUGUCUACUCUGUGGAGCACGAUGUGCCCAGCACCAACUUCACUACCAUCCCCCACUCCUGGUGGUGGGCCGCGGUGAGCAUCUCCACCGUGGGCUACGGAGACAUGUACCCAGAGACCCACCUGGGCAGGUUUUUUGCCUUCCUCUGCAUUGCUUUUGGGAUCAUUCUCAACGGGAUGCCCAUUUCCAUCCUCUACAACAAGUUUUCUGAUUACUACAGCAAGCUGAAGGCUUAUGAGUAUACCACCAUACGCAGGGAGAGGGGAGAGGUGAACUUCAUGCAGAGAGCCAGAAAGAAGAUAGCUGAGUGUUUGCUUGGAAGCAACCCACAGCUCACCCCAAGACAAGAGAAUUAGUAUUUUAUAGGACAUGUGGCUGGUAGAUUCCAUGAACUUCAAGGCUUCAUUGCUCUUUUUUUAAUCAUUAUGAUUGGCAGCAAAAGGAAAUGUGAAGCAGACAUACACAAAGGCCAUUUCGUUCACAAAGUACUGCCUCUAGAAAUACUCAUUUUGGCCCAAACUCAGAAUGUCUCAUAGUUGCUCUGUGUUGUGUGAAACAUCUGACCUUCUCAAUGACGUUGAUAUUGAAAACCUGAGGGGAGCAACAGCUUAGAUUUUUCUUGUAGCUUCUCGUGGCAUCUAGCUCAAUAAAUAUUUUUGGACUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-911.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -946.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.....)))))))(((((((((((.((((((((((......))))))..))))...))))((((((..((.(((.........))))).))))))..(((..((.(.(((((((.((.....)).).))))))).))..)))(((((((...(((.(((.(.(((.(......)))).)))).))))))))))...(((((((.(.((((((((((.((((.(((((..(((((((......((((((((.(((((......(((((((....(((.(((((....((((((((..((((((.(((((....)))))(((((.(((......))).)))))(((..(.((((....))))..)..)))....................(((.(((((.(((((..(((((..(((((((((((((.(((.(((((..(((((((((.(((((((.((((.((((.(....(((.........)))....).)))))))).).)))))))))).(((((..(((...(((((((.((.((((((...((((((.(..(((((.((((((((((..((...((......)).))..))).)))).........))))))))..))))))).)).)))))).))..)))))....)))..))).))......)))))..)))......)).))))))))).)))))))....)))))..))))).((((((((((((........(((((((((..(((((((((((.(((((.((.(((((..(.((((((((..((....)).)))))).).).)..))).)).)).))))).))))))))))).....(((.(((..((((((............))))))..))).)))(((((.((((.(((((.(......).))))).)))).)))))...))))))))))))))))))).))............(((((..((((....(((((((((((.....))))))))))))))))))))((((....)))))))))))).(((((((((((((......(((((((((((((.((((((((.(((((((.(((((...((((.((........)).)))).))))).....((((((((.(((.......))).)))))))))))))))..)))))))).))..))))).((((((...(((((((((.((.(((((((...........((((((....(((((......)))))))))))....))))).)).)))))))))))))))))..((((........))))..)))))).((((((((((.((((((.((...(((..((((.....))))..))))).))))))))........((((((((((((...(((...)))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).....))))).)))))).))))...........))))).))))))))))))))).)))))......(((((.(((((.......................))))).)))))(((((((........))))))))))).))))))......(((((........)))))(((((((((.((((((....((.(((((.((((((....)))))).((((((........))))))........(((.........)))..))))))).)))))).((((.((.....))))))((((..(((((((...(((((...((((((((.(((((......((.((((.((((((...(((((((.(((........)))....))))).))((((...(((((((((...((((..((((((((......))............(((((((...((((((((((((((...)))))))....)))))))...))))))).............))))))...))))..))))))))).))))......................))))))..))))))......))))).)))...))))).)))))..)))))))..)).))........))))))))).(((((((.(((....(((....)))))).)))))))))))).)))))))...........)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((.....)))))))((((((({((((((,(((((({.(,((.||{(|({,||}}....||}((((((..((.(((.........))))).)))))).}}||}}||}|}{||||{,}||..}..,,,)})))}},,.,}..},,(((((((...(((.(((.(.(((.{......)))).)))).))))))))))...(((((((.(.((((((((((.((((.(((((..(((((((......((((((((.{((((....,{(((((((....(((.(((((..,.((((((((..((((((.(((((....)))))(((((.(((......))).))))){(((((.......))))).,.,,{{......................((,,(((({.{((((,,((((({.(((((((((((((((((.(((((..((((((((,{(((((((.((((.((((.,....(({..{{{....)))....).)))))))).)})))))))))).(((((..(((...(((((((.({{((((((...((((((.{..(((((.(((((,,(({..,,...,(....,,},.|},,})},)))}.......}}))))))))..})))))).)),}))))).})..)))))....)))..))).))......)))))..)))......)).))))))))},)))))))....,}))}.}}}}||{((((((((((((.,,{,...((((((((((,(((((((({{((({(((,((.(((((....(,((((((,{{,....,,.},)))),)})}.,.))).)).)).)))).})))))))))))}},,,(((.(({..||||||..,......,.,||}|||,,|}}.,}}|||||,{|||.((({(,(,,,,..}.))))),)))).))))),,.,))))))))))))))))))})).,|||,....,.{((((..((((....(((((((((((.....)))))))))))))))))))}((((....)))))))))))).{(((((((((((({{....{,{(((((((({{.((((((((.((((((({((((,,..((({.{|},...}}})).||||,,,}))}.}}.((((((((.(((.......))).)))))))))))))))..)))))))).}}..)))))}||{{{{...((((((((,,{(,(((((((,,,.....,,,((((((...{(((((......))))}))))))....||}}}.)),})))})}}})}))))))..||||,|,.,,|,}|||..,,}})}}||,||||{|||.||||||||..||||}}||||||.,.||}},,}||||{,,.....))))}....,{||{{{|{|{|,|.{{{...})).})))))))...}))}},,,)}}))))))))))))))})).)))))))))))).....))))).)))))).))))..,,.......))))).))))))))))))))).)))))......(((((.(((((.......................))))).)))))(((((((,,...,,.))))))))))).))))))......(((((........)))))(((((((((.((((((....((.(({({.{(((((....)))))}.((((((........))))))........(({,..,,|.......,))))))).))))))..,{{.{{.....},||,(((((..(((((((...(((((...((((((((.(((((.{,...{.(((((.((((((.,{(((((((.(((........)))....))))).)}|{((...(((((((((.,.((((,.((((((((......)).,{,...,},..(((((((...((((((((((((({...}))))))....)))))))...))))))).............}))))).,.)))),.))))))))).}))}.{,,.......,,,,},.....))))))..)))))}....},))))).)}),,,))))).)))))..)))))))..)).))),,.....))))))))).(((((((.(((....(((....)))))).)))))))))))).)))))))...........}))))))....
Back