Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_138379.3
Sequence Length
1330 nt
GC Content
0.4895
AGACUCCUGGGUCCGGUCAACCGUCAAAAUGUCCAAAGAACCUCUCAUUCUCUGGCUGAUGAUUGAGUUUUGGUGGCUUUACCUGACACCAGUCACUUCAGAGACUGUUGUGACGGAGGUUUUGGGUCACCGGGUGACUUUGCCCUGUCUGUACUCAUCCUGGUCUCACAACAGCAACAGCAUGUGCUGGGGGAAAGACCAGUGCCCCUACUCCGGUUGCAAGGAGGCGCUCAUCCGCACUGAUGGAAUGAGGGUGACCUCAAGAAAGUCAGCAAAAUAUAGACUUCAGGGGACUAUCCCGAGAGGUGAUGUCUCCUUGACCAUCUUAAACCCCAGUGAAAGUGACAGCGGUGUGUACUGCUGCCGCAUAGAAGUGCCUGGCUGGUUCAACGAUGUAAAGAUAAACGUGCGCCUGAAUCUACAGAGAGCCUCAACAACCACGCACAGAACAGCAACCACCACCACACGCAGAACAACAACAACAAGCCCCACCACCACCCGACAAAUGACAACAACCCCAGCUGCACUUCCAACAACAGUCGUGACCACACCCGAUCUCACAACCGGAACACCACUCCAGAUGACAACCAUUGCCGUCUUCACAACAGCAAACACGUGCCUUUCACUAACCCCAAGCACCCUUCCGGAGGAAGCCACAGGUCUUCUGACUCCCGAGCCUUCUAAGGAAGGGCCCAUCCUCACUGCAGAAUCAGAAACUGUCCUCCCCAGUGAUUCCUGGAGUAGUGUUGAGUCUACUUCUGCUGACACUGUCCUGCUGACAUCCAAAGAGUCCAAAGUUUGGGAUCUCCCAUCAACAUCCCACGUGUCAAUGUGGAAAACGAGUGAUUCUGUGUCUUCUCCUCAGCCUGGAGCAUCUGAUACAGCAGUUCCUGAGCAGAACAAAACAACAAAAACAGGACAGAUGGAUGGAAUACCCAUGUCAAUGAAGAAUGAAAUGCCCAUCUCCCAACUACUGAUGAUCAUCGCCCCCUCCUUGGGAUUUGUGCUCUUCGCAUUGUUUGUGGCGUUUCUCCUGAGAGGGAAACUCAUGGAAACCUAUUGUUCGCAGAAACACACAAGGCUAGACUACAUUGGAGAUAGUAAAAAUGUCCUCAAUGACGUGCAGCAUGGAAGGGAAGACGAAGACGGCCUUUUUACCCUCUAACAACGCAGUAGCAUGUUAGAUUGAGGAUGGGGGCAUGACACUCCAGUGUCAAAAUAAGUCUUAGUAGAUUUCCUUGUUUCAUAAAAAAGACUCACUUAUUCCAUGGAUGUCAUUGAUCCAGGCUUGCUUUAGUUUCAUGAAUGAAGGGUACUUUAGAGACCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-383.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -404.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 350.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((....)))........((.((((.((((.((((((..(((..(((((.((((((((((((((((.((((....((.(((((..(((...)))..)))))))))))...))))))))((((......))))..............(((((((..(..(((((........)))))..)...)))))))((((((((.(((((((((((((((((((......)).(((((....(((((....))))).....)))))..........(((((..((((...))))..)))))...)))))))))..(((((.........((((....((..(.(((((((((.((((.......(((((((..((((((.......((((........))))((.((((......))).).))............((........))................................................................)))))))))))))......)))).)))..)))))))..))))))....(((.......)))))))).)))))...(((((((((......(((......)))...................((((((((((((((((((((((((....))))...((((((((((((((.((((((((((((((((..((..(((...)))...))..)))))).....(((((((........)))))))........((((((((..(((((....((((((....(((((((....))).........((((((....)))))).))))....)))))))))))((((.((((....(((((..(((...)))..))))))))).))))..............))))))))..))))))......(((....))).........(((..((((...........))))..))).))))..)))))))))...).))))...........)))))).)))))))...(((.....)))((((....))))((((......))))......(((..((..((((((.((((.......)))).))))))..))..)))..))))))).....)))))))))..........(((((((..((....)).)))))))....)))))))))))((((((....))))))((((((((((....)))....))))))).......)))))))).))))))))(((((.......)))))((((......))))....)))))).)))).)))).)))))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,...,{{{{|(((....))).......,((.((((.((((.((((((..,(({{(({((.((((((((((((((({.((((....((.(((((..(((...)))..)))))))))))...))))))))(((({....,)))).,...,....,,..(((((((..(..(((({.{,...,))))))..)...)))))))((((((((.((((((((((,(((({{{,,,.{{{{{,((({{{{..(((((....)))))....{{{{,..........}}}||({((((({.{{|||..,.)).))))))))))}).,}}}}.........,}}}...((({.,{((((((({((.((((..,....(((((((..((((((.,,..,,,{((........,}||({|.,((......}}},}.,,,,,........,||,,......|}..............||................,.....................,.........)))))))))))))......)))).))}..}))))}}}...))})...}}}}......}))).,,}}.}}}})...(((((((((......{{{.....,||}................,..(((((((,,((((,(((,,,((((....))))...|,||,||||,,|||}|||(((,(((,{{((({,{{..{{{..,|||...||..|||}}}...}|||{{(((,.,,,,{{||,,|||{|{.{{{,((((((((..(((((....((((((,...(((((((....)))}........((((((....)))))).,}))....)))))))))))((((.((((....(((((..(((...)))..))))))))).))))..............))))))))..||||||.....}|||,{{,,{|,,.,,||,.{{(,.(({{,,,,,......|}}}..,,},}}}}..}}}))))))..,}.)),,...,},},.,,)))))){|||||||,,.{{|,,...)}}|{||....}},,|||}.}}}}}},,,..,.,.|||..{|,.((((((.((((.......)))).})))))..)),,))}..)))}))).....)))))))))..........(((((((..((....)).)))))))..,.))))))))))}((((((....)))))),{,,((((((....)))}},.,}}}}}}.......)))))))).)))},||,(((((.......)))))}},,....,}))))....)))))).)))).)))).)})))).,,.
Back