Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_138423.4
Sequence Length
3974 nt
GC Content
0.4084
CCCGCCUCCCAACCGUGAGGUGUUGGGUUUGGGGGACGCUGGCAGCUGGGUUCUCCCGGUUCCCUUGGGCAGGUGCAGGGUCGGGUUCAAAGCCUCCGGAACGCGUUUUGGCCUGAUUUGAGGAGGGGGGCGGGGAGGGACCUGCGGCUUGCGGCCCCGCCCCCUUCUCCGGCUCGCAGCCGACCGGUAAGCCCGCCUCCUCCCUCGGCCGGCCCUGGGGCCGUGUCCGCCGGGCAACUCCAGCCGAGGCCUGGGCUUCUGCCUGCAGGUGUCUGCGGCGAGGCCCCUAGGGUACAGCCCGAUUUGGCCCCAUGGUGGGUUUCGGGGCCAACCGGCGGGCUGGCCGCCUGCCCUCUCUCGUGCUGGUGGUGCUGCUGGUGGUGAUCGUCGUCCUCGCCUUCAACUACUGGAGCAUCUCCUCCCGCCACGUCCUGCUUCAGGAGGAGGUGGCCGAGCUGCAGGGCCAGGUCCAGCGCACCGAAGUGGCCCGCGGGCGGCUGGAAAAGCGCAAUUCGGACCUCUUGCUGUUGGUGGACACGCACAAGAAACAGAUCGACCAGAAGGAGGCCGACUACGGCCGCCUCAGCAGCCGGCUGCAGGCCAGAGAGGGCCUCGGGAAGAGAUGCGAGGAUGACAAGGUUAAACUACAGAACAACAUAUCGUAUCAGAUGGCAGACAUACAUCAUUUAAAGGAGCAACUUGCUGAGCUUCGUCAGGAAUUUCUUCGACAAGAAGACCAGCUUCAGGACUAUAGGAAGAACAAUACUUACCUUGUGAAGAGGUUAGAAUAUGAAAGUUUUCAGUGUGGACAGCAGAUGAAGGAAUUGAGAGCACAGCAUGAAGAAAAUAUUAAAAAGUUAGCAGACCAGUUUUUAGAGGAACAAAAGCAAGAGACCCAAAAGAUUCAAUCAAAUGAUGGAAAGGAAUUGGAUAUAAACAAUCAAGUAGUACCUAAAAAUAUUCCAAAAGUAGCUGAGAAUGUUGCAGAUAAGAAUGAAGAACCCUCAAGCAAUCAUAUUCCACAUGGGAAAGAACAAAUCAAAAGAGGUGGUGAUGCAGGGAUGCCUGGAAUAGAAGAGAAUGACCUAGCAAAAGUUGAUGAUCUUCCCCCUGCUUUAAGGAAGCCUCCUAUUUCAGUUUCUCAACAUGAAAGUCAUCAAGCAAUCUCCCAUCUUCCAACUGGACAACCUCUCUCCCCAAAUAUGCCUCCAGAUUCACACAUAAACCACAAUGGAAACCCCGGUACUUCAAAACAGAAUCCUUCCAGUCCUCUUCAGCGUUUAAUUCCAGGCUCAAACUUGGACAGUGAACCCAGAAUUCAAACAGAUAUACUAAAGCAGGCUACCAAGGACAGAGUCAGUGAUUUCCAUAAAUUGAAGCAAAGCCGAUUCUUUGAUGAAAAUGAAUCCCCUGUUGAUCCGCAGCAUGGCUCUAAACUGGCGGAUUAUAAUGGGGAUGAUGGUAACGUAGGUGAGUAUGAGGCAGACAAGCAGGCUGAGCUGGCUUACAAUGAGGAAGAAGAUGGUGAUGGUGGAGAGGAAGACGUCCAAGAUGAUGAAGAACGAGAGCUUCAAAUGGAUCCUGCAGACUAUGGAAAGCAACAUUUCAAUGAUGUCCUUUAAGUCCUAAAGGAAUGCUUCAGAAAACCUAAAGUGCUGUAAAAUGAAAUCAUUCUACUUUGUCCUUUCUGACUUUUGUUGUAAAGACGAAUUGUAUCAGUUGUAAAGAUACAUUGAGAUAGAAUUAAGGAAAAACUUUAAUGAAGGAAUGUACCCAUGUACAUAUGUGAACUUUUUCAUAUUGUAUUAUCAAGGUAUAGACUUUUUUGGUUAUGAUACAGUUAAGCCAAAAACAGCUAAUCUUUGCAUCUAAAGCAAACUAAUGUAUAUUUCACAUUUUAUUGAGCCGACUUAUUUCCACAAAUAGAUAAACAGGACAAAAUAGUUGUACAGGUUAUAUGUGGCAUAGCAUAACCACAGUAAGAACAGAACAGAUAUUCAGCAGAAAACUUUUUAUACUCUAAUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUUUUAGUCUUGUUUCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAGGCAAUUUUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAAUAGAGAGCUAAUAAUUGUAUAUUUAAUAAAGACGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCUCCUGCAUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGAAUUCCAGGCAUGAGCCACUGCGCCCAGUCUACACACUAAUUCUUGUUAGCCCAACAGCUGUUCUGUUCUAUCUACCCCUCAUUUCACGCUCAAGGAGUCAUACCUAGAAUAGUUACACACAAGAGGGAAACUGGAAGCCAAACACUGUACAGUAUUGUGUAGAAAGUCACCUCCCUACUCCUUUUAUUUUACAUGAGUGCUGAUGUGUUUUGGCAGAUGAGCUUUCAGCUGAGGCCUGAUGGAAAUUGAGAUAACCUGCAAAGACAUAACAGUAUUUAUGAGUUAUAUCUUAGUUCUUGAAAUUGUGGAAUGCAUGAUUGACAAUAUAUUUUUAAUUUUUAUUUUUUCAAGUAAUACCAGUACUGUUUAACUAUAGCCAGAACUGGCUAAAAUUUUUAUAUUUUCAGAGUUGAAGUUGGUGAAGACAUUCAUGAUUUAAACACCAGAUCCUGAAAGGGGUUAAAUCUACUUUGAAAUGAAUCUGCAAUCAGUAUUUCAAAGCUUUUCUGGUAAUUUUAGUGAUCUUAUUUGAUUAGACUUUUUCAGAAGUACUAAAUAAGGAAUUUUAACAGGUUUUUAUUAAUGCACAGAUAAAUAGAAGUACAGUGAGGUCUAUAGCCAUUUUAUUAAAAUAGCUUAAAAGUUUGUAAAAAAAUGAAUCUUUGUAAUUACUUAAUAUGUUAGUUAAGAACCCGUCAAGCUUAUAUUUGCUAGACUUACAAAUUAUUUUAAAUGCAUUUAUCUUUUUUGACACUAUUCAGUGGAAUGUGUAAGCUAGCUAAUUCUUGUUUUCUGAUUUAAAGCACUUUUAAAUCUUAUCCUGCCCCCUAAAAACAAAAGGUUUUGAUCACAAGGGGAAAUUUAAGAUUGUUAACCCUGUUUUUCAGAAGGGCUACUGUUAAUUGCACAUAAACAUGAAAUGUGUUUUCCCCUGUGUACUAACACAUUCUAGGCAAAAUUCAAACUUAUAGUGGUAAAGAAACAGGUUGUUCACUUGCUGAGGUGCAAAAAUUCUUAAGACUUCUGUUUGAAAUUGCUCAAUGACUAGGAAAAGAUGUAGUAGUUUACUAAAAUUGUUUUUCUACCAUAUCAAAUUAAACAAUUCAUGCCUUUAUAGGGUCAGGCCUACAAUGAAUAGGUAUGGUGGUUUCACAGAAUUUUAAAAUAGAGUUAAAGGGAAGUGAUGUACAUUUCGGGGGCAUUAGGGUAGGGAGAUGAAUCAAAAAAUACCCCUAGUAAUGCUUUAUAUUUUAAUACUGCAAAAGCUUUACAAAUGGAAACCAUGCAAUUACCUGCCUUAGUUCUUUUGUCAUAAAAACAAUCACUUGGUUGGUUGUAUUGUAGCUAUUACUUAUACAGCAACAUUUCUUCAAUUAGCAGUCUAGACAUUUUAUAAACAGAAAUCUUGGACCAAUUGAUAAUAUUUCUGACUGUAUUAAUAUUUUAGUGCUAUAAAAUACUAUGUGAAUCUCUUAAAAAUCUGACAUUUUACAGUCUGUAUUAGACAUACUGUUUUUAUAAUGUUUUACUUCUGCCUUAAGAUUUAGGUUUUUUAAAUGUAUUUUUGCCCUGAAUUAAGUGUUAAUUUGAUGGAAACUCUGCUUUUAAAAUCAUCAUUUACUGGGUUCUAAUAAAUUAAAAAUUAAACUUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1089.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1170.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 1054.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((.(((((((.....).))))))...))))).((((((((((((((....))))))......((((((((...(((((((((.(((((((........).)))))))))))))))..((((((((((((((......((((.....)))))))))))))))))).(((((...)))))...(((.((((((((.....((((((((.(((.((((((((.(((.(((.(((.......)))..)))..(((((((.(((.((((....))))))))))))))...((((...))))))).)))))))).))).)))..)))))......)))))))).))))))))))).......))))))))((.(((.((((..(((((((((((((((((((((.....))))).(((((.(((((.(((.((((.(....).)))).)))((((.(((((.(((((((((.......)))....))))))..(((((((((............((((.((((((.((((((((...................))))).))).))))))))))...)))))))))..)))))))))...(((((......)))))))))).))))))))))))))))..))))).))))))).))...........((((..((((((.((((((...((((((((.(.....((((..(((((((((((...)))).)))..))))..))))..((((....(((((.(((((...((.(((((.....))))).))....((((....))))((.(((((.((.(((((((((((((((.(((..(((((.((((((((..((..((((((((((((.((((((........)))))).(((((((...(((((((.(((....)))((((.....((((.(((..((......)).))).)))).....))))....(((((.......)))))((((((((((.(((((........(((((((((((((((.....((((((.........(((((..(((.((((((............(((((..((.(.((......)).).))..))))).)))))).))).....))))).(((((((((((((((.(.(((((((((((......((((...(((((((.((((((..(.((((((((((....((((((...((((((......((((...(((((.....((...(((......))).)))))))(((((....((((((((..((((((......))))))...))))).......((.....)).............)))....)))))((((((.((..((((........))))....)).)))))).............((((((...(((((((((((...)))........))))))))....))))))..)))).......))))))..))))))...((((.(((...))).))))......................))).)))))))..)..)))).)).))..)))))..))))((((...((((.((.....))))))...)))).(((((.....)))))((((((.....)))))).....(((((....(((...(((.(((((.(((....((((((..((((((.(((.((((....)))).))))))))).((((((.........))))))..........(((((((.....)))))))...))))))....)))(((((.(((((((....))))))))))))..((.((((((.(((((((((((((((......((((.(((....(((..((((((.((((.(((...(((...(((((.......)))))...)))..((...((((((........))))))...))......))).)))).))))))..)))))).))))))))))).((..((((((((((((......(((((...(((......(((((...((((...............)))).)))))...))).)))))....(((((((.(((((.(((((((((.(((((((.(((...............(((((.(((((.......))))).)))))..((((((((((((......((......))......))))))))...)))).........))).)))))))..)))))............(((((((...))).))))((((((((.((....((.(.((((....)))).).))..)).)).)))))).......(((((((....))).))))..)))).)))))))))))).....(((((....)))))........))))))))))))..))..................)))))))))))))).))....))))))))...)))....))))).(((((((((.((.(((((((((((((((......................)))))))).)))))))))))).)))))).))))).))))))).)))).((....))))))))))))).......((((.(((((...........))))).)))).)))))).....))))))))..)))))))........))))).))))))))))..((((((((((((((....((((.....((((((....))))))............(((((((((.((...(((((...................)))))((((((....))))))...)).)))))))))((((..(((.....))).))))))))....))))))............))))))))(((((((((....))))).)))).....)))))))....))))))).......(((.................))).)))))...(((((((((((..((((((..(((((..((((..(((((((...(((((((...((((((......)))))).....(((.(((........))).)))))))))))))))))...)))).....)))))..)...))))).))))))))).))..)))))))..))..))))))))((((((((.....)))))))).((((((((((((..(((((.....))))).......((((((((.....(((.((...((((..........))))..)).)))....((((((.........))))))))))))))((((....)))).((((((((((..(((((((....(((....(((((.....(((..(((((....))))))))...)))))...)))...))))))).)))).......))))))...(((((.((((...((.......))....)))).))))).............(((((((((((.((((...))))...))))..)))))))(((....)))..(((((((...))))))).....((((((.....))))))))))))...))))))(((..((..........))..)))..((((.(((((................))))).))))..........))))).......)))))))))))))))))).......(((((....)))))(((((((.(((.....)))..)))))))................)).))))).))((((((((..(((((((.(((..........))).)))))))...(((((((....)))))))))))))))....)))...)))))))....))))(((((..(((((.(((.....))).)))))......)))))......(((......)))....).)))))))))))))).)))))))))).((((...((((((((.(((((.(((.......................)))))))).))))))))...))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((.(((((((.....).))))))...))))),((((((,(((((((....))))))}.},..(((((((,.,,{((((((({{(((((({........).))))))))))))))}|,((((((((((((((.,.,..({{{,,..}})}}))))))))))))))}(((((...)))))..{(((.((((((((....,((((((((.(((.((((((((.(((.(((.(((.......)))..)))..(((((((.(((.((((....))))))))))))))...((((...))))))).)))))))).))).)))..)))))......)))))))).)))))))))))..,,,.,|||}||||((.{((,((((,,((((((((((((((({(((((.....))))){(((((.((((({({(.((((,,..,,),)})}.)}||(((.(((((.(((({({{({,.,,|,,}}....|}|||},.{({((((({.....|||,...((((.((((({.((((((((.....,......,......,))})}})).})))))))))...)))))))))..)))))))))}},(((((......)))))))))).))))))))))))))))..))))}.))))))).,}.,}.,,,,}},|(((..((((((.(((((,..,((((((((.{.....((((..(((((((((((...}))).)))..))))..)))).,{{{{....,((((((,......||,,||||.,,,{|||||,||,{{,({{{....}}}|((.(((((.((.(((((((((((((((.(((..(((((.((((((((..{{..((((((({{(((.((((({.......,}}}}}}.,{(((((,..,{{{(((.{((....}}},||,.....||{|.......|,|{{{{{{{{,,{(({{{{.,,||{{{.{{(,(((({,({,{(((((((((((((((.(((({........(((((((((((((((.....((((((.........(((({,,(((,((((((......,.....(((((..((.(.{(......}).).))..))))).)))))).}},,,{,.}}}))}|{(((((((((((({.,.((({{{(((({{(((..((((...(((((((.((((((..{.((((((((((....((((((.,.((((((..,,..((((,..,((,,...,{((,.,(((,,....|||{|||}||,(((((....((((((((..((((((......))))))...)))))...,...{{.....},....,,......,)))....))))),|{|{{,|,},|||,......,}))))....)),)}|||},,...........((((((,..(((((((({(...,........)},))))))))..,.)))))),.))))...,,..)))))).,))))))...{(((.(((...))).)))).,................,,..))).)))))))..}..))))},).))..)))))..))))||||...{{{{.((,,...||||}|,||||||..((((....,)}))|((((((.....))))))}.,||{({((....,|{.,|({(.,(({.{(((....)))}.}}}|{{{(,,{{|.||{(.,,.}}|}.}}})))))}.((({((,{.,{{{..,,))))}}}},}}}..(((((((.....))))))).,,{,.{(((((,...|||||,(((((({....}))))))|||||{|{{.{|||||,{{||{((((((((.(({{...}}}}))))))},,,,|,,....{{(((.......)))},..{((((.......))))}...||||{{{,,,{{{{{(|{......}},,,....))|,,.,,}}}})}|,,.({{{,,.{((,,....}}}}}})),.|{,.((((((((((((.......,,,{{{,,,.......{{{{{...{({{...............)))}.))))}..,}}}..|}}},,..(((((((.(((((.(((({(({{.{((((((..|{|.......}}.....(((((.(((((.......))))).))))}...,,,((((((((......((......))......))))))))...,,||,........}}},))))))}..}}}))...........,(((((({.,.|||.||,,(({(((({.((....{{.|.((((....)))).).}}..}}.||.}|||}}.......(((((((....)))}}))),.)))).)))))))))))).....{{{{{...,)))})........))))))))))))..,,..,,,,,.......}}||}||})))}}}}))).)}.,}}},}}},,,..,)))}...}))},.{{{{{{{{(,{{,({{{{{|||||{{{,.|,,,,,...,,..........}}}}}|||{|||||||.||||||||}||,|}}}|,||}|})|.},},.{{....)),,}}))))}},..}}}}.||||}|||,|,}},,,}}}}.}}}}}.}}}}.)))))).....)))))))),.}))))))........))))}.})))))}}},....,,|{|...(((({.{{(.{{,....|||,||}.}})))}}}............{((((((((.{{,..({(((,{.,..,,,,}},}}}...)}}}}((((((....))))))...}}.))))))))},,.}}))}}}}.}},,,})))}.}))}}}},)))}}.}))))).}..,}}))))))|{(((((((....))))).))},....,}}}}}}}....))))}}|,,,..,.{,,.,||.,,,.,,,,,.,.,}}.)))))..,((,(((((,,,,}|||,|}}.{((((..((((..{((((((...(((((({...((((((......)))))).....(((.(((........))).)))))))))))))))))...}))).....}}}}}..,{{{{,|||{,,,,)))))}))..)))))))..}}..))))))))((((((((,...,)))))))).,{((((((((((..{{(((.....}}))},,.{{{.((((((((.....,,,.{{,,.((((..........))))..}}.}}}....((((((.........))))))}))))))){(({....})}},{{{{{(((((..(((((((....(((..,.(((((.....(((,.{((((....))))))))...)))))...)))...))))))).)))),...,,.,|||||,,.{(({(,((({...||,,....,}),,,,)))}.))}}}............,((((((((((({((,....,))),..})))..)))))))|||}},.},}..{((((({...})))))).....((((((.....))))))))))))}..,)))||(((..{{..........}).,)))}.((((.(((((................))))).))))....,.....))))).......)))))))))))))))))).......(((((....)))))(((((((.((({...,)))..)))))))................)).))))}.}}{{{{({{,..(((((((.{({........,.}}}.)))))))...(((((((....)))))))}}}}}}||,...|||{|||,||}},.....,,||,{{|,}|||({.{{|....,))),))))}...,..}))))),}},,|||||{,..,},..,})})})))))))))))).)))))))))}.,,,|}}}|(((((((.((({{{(((.......................)))))))).))))))),...,,,.......
Back