Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_138715.3
Sequence Length
3618 nt
GC Content
0.3715
AAUUGUAAAGAGAGAGAAGUGGAUAAAUCAGUGCUGCUUUCUUUAGGACGAAAGAAGUAUGGAGCAGUGGGAUCACUUUCACAAUCAACAGGAGGACACUGAUAGCUGCUCCGAAUCUGUGAAAUUUGAUGCUCGCUCAAUGACAGCUUUGCUUCCUCCGAAUCCUAAAAACAGCCCUUCCCUUCAAGAGAAACUGAAGUCCUUCAAAGCUGCACUGAUUGCCCUUUACCUCCUCGUGUUUGCAGUUCUCAUCCCUCUCAUUGGAAUAGUGGCAGCUCAACUCCUGAAGUGGGAAACGAAGAAUUGCUCAGUUAGUUCAACUAAUGCAAAUGAUAUAACUCAAAGUCUCACGGGAAAAGGAAAUGACAGCGAAGAGGAAAUGAGAUUUCAAGAAGUCUUUAUGGAACACAUGAGCAACAUGGAGAAGAGAAUCCAGCAUAUUUUAGACAUGGAAGCCAACCUCAUGGACACAGAGCAUUUCCAAAAUUUCAGCAUGACAACUGAUCAAAGAUUUAAUGACAUUCUUCUGCAGCUAAGUACCUUGUUUUCCUCAGUCCAGGGACAUGGGAAUGCAAUAGAUGAAAUCUCCAAGUCCUUAAUAAGUUUGAAUACCACAUUGCUUGAUUUGCAGCUCAACAUAGAAAAUCUGAAUGGCAAAAUCCAAGAGAAUACCUUCAAACAACAAGAGGAAAUCAGUAAAUUAGAGGAGCGUGUUUACAAUGUAUCAGCAGAAAUUAUGGCUAUGAAAGAAGAACAAGUGCAUUUGGAACAGGAAAUAAAAGGAGAAGUGAAAGUACUGAAUAACAUCACUAAUGAUCUCAGACUGAAAGAUUGGGAACAUUCUCAGACCUUGAGAAAUAUCACUUUAAUUCAAGGUCCUCCUGGACCCCCGGGUGAAAAAGGAGAUCGAGGUCCCACUGGAGAAAGUGGUCCACGAGGAUUUCCAGGUCCAAUAGGUCCUCCGGGUCUUAAAGGUGAUCGGGGAGCAAUUGGCUUUCCUGGAAGUCGAGGACUCCCAGGAUAUGCCGGAAGGCCAGGAAAUUCUGGACCAAAAGGCCAGAAAGGGGAAAAGGGGAGUGGAAACACAUUAACUCCAUUUACGAAAGUUCGACUGGUCGGUGGGAGCGGCCCUCACGAGGGGAGGGUGGAGAUACUCCACAGCGGCCAGUGGGGUACAAUUUGUGACGAUCGCUGGGAAGUGCGCGUUGGACAGGUCGUCUGUAGGAGCUUGGGAUACCCAGGUGUUCAAGCCGUGCACAAGGCAGCUCACUUUGGACAAGGUACUGGUCCAAUAUGGCUGAAUGAAGUGUUUUGUUUUGGGAGAGAAUCAUCUAUUGAAGAAUGUAAAAUUCGGCAAUGGGGGACAAGAGCCUGUUCACAUUCUGAAGAUGCUGGAGUCACUUGCACUUUAUAAUGCAUCAUAUUUUCAUUCACAACUAUGAAAUCGCUGCUCAAAAAUGAUUUUAUUACCUUGUUCCUGUAAAAUCCAUUUAAUCAAUAUUUAAGAGAUUAAGAAUAUUGCCCAAAUAAUAUUUUAGAUUACAGGAUUAAUAUAUUGAACACCUUCAUGCUUACUAUUUUAUGUCUAUAUUUAAAUCAUUUUAACUUCUAUAGGUUUUUAAAUGGAAUUUUCUAAUAUAAUGACUUAUAUGCUGAAUUGAACAUUUUGAAGUUUAUAGCUUCCAGAUUACAAAGGCCAAGGGUAAUAGAAAUGCAUACCAGUAAUUGGCUCCAAUUCAUAAUAUGUUCACCAGGAGAUUACAAUUUUUUGCUCUUCUUGUCUUUGUAAUCUAUUUAGUUGAUUUUAAUUACUUUCUGAAUAACGGAAGGGAUCAGAAGAUAUCUUUUGUGCCUAGAUUGCAAAAUCUCCAAUCCACACAUAUUGUUUUAAAAUAAGAAUGUUAUCCAACUAUUAAGAUAUCUCAAUGUGCAAUAACUUGUGUAUUAGAUAUCAAUGUUAAUGAUAUGUCUUGGCCACUAUGGACCAGGGAGCUUAUUUUUCUUGUCAUGUACUGACAACUGUUUAAUUGAAUCAUGAAGUAAAUUGAAAGCAGGACAUAUGAGAAAACUGACCAUCAGUAUAUUUGUCCAGAUAAUUGGUGGAUCAAAAAUGCCACUUAACAGGAAGUUUAGUUUGUUAUGCACUUUAAAUGGAAUAAUUAGCUUGUUACAAUUCUAGGACAUGGUGUUUAAAAUUUAAAUCUGAUUAAUCCAUUUUAACAAACAAUGCAAACAUCUUCAGUGCAGAAGGAAGAGUGGUUUCAACUGUUUGGAGUCUUUUAUGAAGUCAGUCAACAUUUACAACCAAAGGGCGGGGGGGGGGGUGGGGGGUGCGUCUUUAGUCCUAAAGGGACAAUAACUCUGAGCAUGCCCCAAAAAAGUAGUUUAGCAACCUUUUGUUGGUAGUCAACCCAUCCCCAGGGCCAUAGUGUAGAGUGUGAAAAGCUACCCUGAAACCCAGUAAUUCUACCCUGAAAGUGACUGCCUGCAGAAAGACCAGCAGUUGAUAUUAAAGCGCAAAUGAAUUCAACCUCAGCCCUGAAAAUAACAGAAUUCUGAAGUUUCCUAUGACUAAUUCACAAAAAAAGUAAUUGUAAACUAGUACUAUUAUGGAAUUACUCUACUGUUCUUUCUUUAAUAGUGGCAAAUGAAAGCAUAAGCUUAAGCAUUUUUUCAUAUUCUGAAGUCUCACCACACAUAAUAACCAAGUGGUAGACUCACAGCCGUCCAACUUAAAAAGGCAAAACCUUACCUUGGAAUUGGAAUUACUGUAAACAGCCUACUGAAAAUGCAUUUUUAUCAUGUAACAUUCUUCUACUUGUUUAACAUUGCUGAUUUUCUCUGGCAGCAUAAUUUUGUGGUUAAGAGAAUGAAUUCUGAAUGUACACUUUCUGUCUCAAACCCUGGCUGUAAUUUCAGCUAGUUAAUAAUUCUUUGUGUUCAGUUCCACUAUCUAGGUAUUUUCUUCAAAAGGUAAAUACAAUGGUUUCUGAAAGAAUCAUUUGCAUUAUCAGCCUGUUUGGGAUGUCUGAGAUCAGUGCCUCUGGGUUGUUAAUACUGUAUUGCUGUAUGGUAUAUGUAUGCUGAUUUACUACUUAUGCGUAAGUGGUAUGCAUGGGAUGUCUGAAAUCAGUGCCUAUGGGUUGUCAAUAGUAUUAACUAUUAGUGUUAACUGUUAGUAUUAACUAUUAGUAUUAUUAACACUAAUAAUAGUACUAUUACUAUUACUAUUUUUAUUUUAAAAUAAAAUUUACCUUUAAAAUAAUAAUAGUACUAUUGCUAGUACUAGUACUAUUGCUAUUACUAGUACUAUUACUAGUACUAGUACUAUGACACUGUUAAUAGUACUAUUAACAACCCAUAGGCACUUGGGAUGUCUGAGAUCAGUGCCUAUGGGUUGUUAAUACUAUAUUGCUGUAUGGUAUAUGCAUGCUGAUUUACCACUUAUGCAUAGAUAUAUCUUUAAUAAGUAAUCUAAAAAUCCUUUUUGUAUUUGAGAGAAUCUACUAAGUUCAGUCCAGUCAAGAAAAGAACCUAAUAGCACCAAUACAAAUUGAGGACUUAAUUUACUUUGGAAUGUUGAAUUGCAUUUGUUCCAUUAAAAAAAACAGAAAUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-967.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1043.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 1068.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((.(((((((((...((((((..((((((((((((((.(((((((.......((((..............)))).....)))))))..)))).))))))........))))))))))...))..)))))))............(((((........)))))......))))).)))))))))....))))).))))).).)))))))))..............((((((((..((((.(((((((((...((((((.........((((...((((((...)))))))))).(((......)))...))))))......)))).......((((((((((....(((((.(......((((((((..............)))))))).((.((((((((((((((((((((((((((.....(((.((....)))))..)))))......((((((((.(((((((((...........((((((((...((((((((((((((((.(((((((.....((((((.(((((...((.....))...)).))).)))))).....(((((((..........((((.(((((...(((............)))...)))))...))))........))))))).....))))))).))......(((.(((((.((..(((((...((.(((.((((((((((((((((....((((...(((((((((((((((.((.((((((((((((....(((.((((....(((.....)))...)))))))...((.(((((((((((((..(((((((((...((......)).)))))))))(((((...((((...........(((((((...((.(((((......)))))...))...))))))).((.((....)).))(((.((((((...(((.(((.(((((...((((((((....))))))))...)))))..)))..)))..)))))).)))..((((((.((....)))))))).))))...))))).(((....)))....(((((.....(((....)))((((((((.(((((((.((((((.(....))))))).).....)))).)).)))))))))))))(((((.(((((((..((((....))))..)))((((((........((((((((..(((...)))((((((((((((...))((((((((((.((..((((((.((...)).))))))..))))))((((((((......(((((((((.((....(((((((..((((.....))))..)))))))(((((......))))).((((.(((((.(((.((.....)).)))))))).))))........((((((........)))))))).)).)))))))...)))))))).))))))((((((((........(((((...........)))))(((((((((......)))))))))...))))))))........))))))))))....)))).))))....))))))........(((.((((.(...((((((((.(((..((((....))))...))).)))))))).).)))).))).......((((((...)))))).(((((((((((((.((((((((.((((.((....(((.....)))((((....................))))....)).))))))))))))...)))))))))))))...((((((....))))))..(((((.....)))))(((..((((((....))))))..)))(((((....)))))........)))).))))).........)))))))).))))))).....(((((((.(((((((((....))))))))))))))))(((((((((((((...((((((((...))).)))))(((((((((((((((((((.....))))))((((((((((.............))))))..))))...............(((((((((((.(((((....))))))))))))).)))....(((((((..((..((((....((((((..........(((((((.(((((((....(((.((((...(((((...)))))..)))))))..))))))).)))))))...........))))))..)))).))..((((((((.(((((..(((((((((..(.(((((((.((.((.((((((..............((((.((((((((((((((((.((((((..((.(((((...)))))))..)).....)))).))))...........(((.((((.....)))).)))...)))).))))).(((...(((.((((..(.....)..)))).)))...)))......))).)))).....)))))).)).)))))))))))))))))))((((..((.((...(((........))))).))...)))).(((....))).((((......)))).............(((((((.((..............)).)))))))))))).)))))))).....)))))))...))))).))))))))..((((((((.......(((.(((((.(((((.............)))))))))).((((...(((((......((((..........))))....)))))....))))...)))......)))))))).....)))))).)))))))))))).))).))))...)).)))...(((((((((.(((......))).))).))))))....))))))))))))...))))...))).....))))))))))))).))).))..........)))))..))))))).)))...)))))))).........(((((....((((((((......))))))))....))))))).))))..))))))))...)))))))(((....))).....(((((((((....))))))))).)))))))))).......((((((((((.....)))))))))))))))))))))..))))...)))))).))((((((((((..(((((((((((((((.((((....)))).)))).....))))))))))).)))))))))).....(((((((.((((((((((............)))))))))).)))))))....((((((((.((((((((..........)))))))).)))))))).((((((((((((...))).)))))))))(((((((((((((((((((...(((.......))))))))))))))))))))))((((((((....))))))))((((((((.((......))..))))))))................).))))).....))))))))))((((.((((.......((((((.(((((..((((............................))))))))).)))))))))).))))))))).))))..))))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((.{(((.((.(((({..(((((((((.(((({.(((((((((...((((({..((((((((((((((.(((((((.......((((.{,.......}.}.)))).....)))))))..)))).))))))........)))))))))).,.))..))))))).......,....(((({...,....)))))......))))).)))))))))..,,)))}).))))).}.))))))))|,,............((((((((..((((.((((({{(,(((((({|.......{{,{({{..,{{{|||||..,|{{{{{{{{((({.....|,...,{{{,({({(((((((,,,((((((({,,{{{{..,,,,((((({,.,|,|||||,{{{{,,..,{(({(({..{{(((((((,((.((((((((.{((((((.((({,{,{,...{{{.{||,.{{(((((((({{,,...,{(((({.{{,...||{{{,..,||,,....|,{{{|{{{{{.,,,((((,{{{,{((.(((((((.....((((((.(((({...({.....))...)).))).)))))).....(((((((.......,,.(((({(((((...(((............)))...))))),},))))........))))))).....))))))).)}},,..}}}},|||{.|({{{,.{{{{{{,{|{{{.|,.,{{{{{|,,.{{{,.,,,,,...,(((({({{{{,,{{{{,........{{{,(((((..{(........,}.))))).,||,||||||.||,,.},.}))||},}}}}}}}.(((((((((.,........,}..))))))))).{(((((.((.(({(,,......(((((((..,(,.(((((......))))).}},}...))))))){((.(((((.(.(((.((,((((........))))))))).).)))))}}}((((((.((((...)))).))))))...,))}}..))))})))..{(((((.((....)))))))}.,,},....{{((((({......},},.,))))..|{{({{{.,{((.((((((((.(((((((.((((((.(....))))))).).....)))).)).)))))))).)),.||..}}}))||,,.,|||||,..}|||||||||{{(({{,,.,}}|||,.{.(((((((,,,|}}}}))))))))}})})))}}....|{||.{{..((((((.{{...)}.))))))..)))))),,|}}}}}}}}})}},}|,||}},,..,|.{((((((..((((.....))))..))))))}||||,...,}}))))).)}}}}))))|)})))}}}.}}.))},,,)))))}..))).)},,..||||{|,,,...,,))))}}))}))).}|,....|||,,}}}}}.}}}|,,||||||{{,,{{,,{(((({{..,..,,,|,.}}||,{((((((((......))))))))}.||})}}}}|},}}}.,}},||||,,..,}}},}.,....,,,,,,,}}}},...,{{{{....}))}}....{{{{{{{{.{||,||||{....}}},,|.}}}.}))))))),,..(((((((((((...(((,,{..(((((...((((((({..{((({{((((.((((((((((((..(((((...(((({{{{{{{(((((((((......((((((,.({{....}))........,,.,((((((((({..((((({....}))))}{{(((((.....)))))}((..((((((....))))))..))))))))))))))))))).......)))))))))...,{{{{(((.{((((({..{{{.{{,..(((((((.(((({((({....})))}))))))))))),}}))}.}}))))}.{((((((({...})).)))))}..)))))}}}..((((((.....)))))}((((((((((.............)))))},,}))){{,{(((((((({,.(((((((((((.(((({....})))))))))))).)))....(((((((..,,,.((((....((((((,.,,....,.(((((((.(((((((....((,.((((.{,{((({...})))),.)))),}),.))))))).))))))),}}....,...))))))..}}}}.,},.{(((((((.(((((..(((((((({,{(.{((((((.((.((.((((((,{.{{{........,{((,,{((((({((((((((.((((,(..{{.(((((...))))).,..}....,,)))).)))).........,.,((.((((.....)))).))}.,.}))).))))).{{{,,.{((.((((,.(.....,..)))).}}}...}}),,....,}}.)})))},.,)))))).)).)))))))))))))))))))......,,.,,...{{{........|||}}.|||.......|||....))).{{|{,.....}|}|{,{||,,,.....{((({{{,{,...||,},,,.,}.))})))))}}))))).)))))))).....)))))))..,,.((((....))))...}}))))))))))),}{(.(((((.(((((.............)))))))))),|{{(...{{{{,.,....{(((.....,,}}.,,}}.))})))))....}}},....}))))))))...)))))))))))).,{{{{{{{,,,.......}||,..||||{,,,{{{{(((((({((.(((......))).))},}))))}.,}},,..})))))}},.......,.....)))))))))))))))).)))))...}}...)))...))))))))))),,..,,,..,(((({{|({|....}||,}}}}}},{||||{{,|...,))))))))))}}))),,.||||||||}||,,.,))}))),)}),,)}}}|{{|||}|||(({{(((((,,,,||}}|||}}..{({........}}}...,{((((((((((((((.,{{(.(((({(((,{...,{(((((((((((((((.((((((((((..(((((((((((({{{.((((,,,,}}}}.)))),,,,}))))))))))){||||||||,}}}}},{((((({.((((((((((............)))))))))).))))))).,,.(((((((({(((((,((.(({{{....))))),)).))))))))}))))),||||||...)}},.)))))))))}.))))))))))))))))}.})))}))}.},|||||||||.||}}|||||,.(((((((((....)))))))))..})),)))})},))))))))))))))||{{.,,.{{{....}}},,},},.....,|||||||,,{{{,||,,{{{,{,....,|||}.,||,,,||||},,..,.}},..,}}}},..,}}}}}.}))))}))))}}.,)))))))))}..))))).))))..))))))))...........,,.......
Back