Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_139011.3
Sequence Length
4360 nt
GC Content
0.4041
AGAGCUGGGGAAAUGGGCCCGCGAGCCAGGCCGGCGCUUCUCCUCCUGAUGCUUUUGCAGACCGCGGUCCUGCAGGGGCGCUUGCUGCAGCCCUCACCGUCUGGCACCCUAGUCAUUGGAGUCAUCAGUGGAAUUGCUGUUUUUGUCGUCAUCUUGUUCAUUGGAAUUUUGUUCAUAAUAUUAAGGAAGAGGCAGGGUUCAAGAGGAGCCAUGGGGCACUACGUCUUAGCUGAACGUGAGUGACACGCAGCCUGCAGACUCACUGUGGGAAGGAGACAAAACUAGAGACUCAAAGAGGGAGUGCAUUUAUGAGCUCUUCAUGUUUCAGGAGAGAGUUGAACCUAAACAUAGAAAUUGCCUGACGAACUCCUUGAUUUUAGCCUUCUCUGUUCAUUUCCUCAAAAAGAUUUCCCCAUUUAGGUUUCUGAGUUCCUGCAUGCCGGUGAUCCCUAGCUGUGACCUCUCCCCUGGAACUGUCUCUCAUGAACCUCAAGCUGCAUCUAGAGGCUUCCUUCAUUUCCUCCGUCACCUCAGAGACAUACACCUAUGUCAUUUCAUUUCCUAUUUUUGGAAGAGGACUCCUUAAAUUUGGGGGACUUACAUGAUUCAUUUUAACAUCUGAGAAAAGCUUUGAACCCUGGGACGUGGCUAGUCAUAACCUUACCAGAUUUUUACACAUGUAUCUAUGCAUUUUCUGGACCCGUUCAACUUUUCCUUUGAAUCCUCUCUCUGUGUUACCCAGUAACUCAUCUGUCACCAAGCCUUGGGGAUUCUUCCAUCUGAUUGUGAUGUGAGUUGCACAGCUAUGAAGGCUGUACACUGCACGAAUGGAAGAGGCACCUGUCCCAGAAAAAGCAUCAUGGCUAUCUGUGGGUAGUAUGAUGGGUGUUUUUAGCAGGUAGGAGGCAAAUAUCUUGAAAGGGGUUGUGAAGAGGUGUUUUUUCUAAUUGGCAUGAAGGUGUCAUACAGAUUUGCAAAGUUUAAUGGUGCCUUCAUUUGGGAUGCUACUCUAGUAUUCCAGACCUGAAGAAUCACAAUAAUUUUCUACCUGGUCUCUCCUUGUUCUGAUAAUGAAAAUUAUGAUAAGGAUGAUAAAAGCACUUACUUCGUGUCCGACUCUUCUGAGCACCUACUUACAUGCAUUACUGCAUGCACUUCUUACAAUAAUUCUAUGAGAUAGGUACUAUUAUCCCCAUUUCUUUUUUAAAUGAAGAAAGUGAAGUAGGCCGGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGCGGGUGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUAAUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCAGACGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGAAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCAUGAACCCAGGAGGCAGAGCUUGCAGUGAGCCGAGUUUGCGCCACUGCACUCCAGCCUAGGUGACAGAGUGAGACUCCAUCUCAAAAAAAUAAAAAUAAAAAUAAAAAAAUGAAAAAAAAAAGAAAGUGAAGUAUAGAGUAUCUCAUAGUUUGUCAGUGAUAGAAACAGGUUUCAAACUCAGUCAAUCUGACCGUUUGAUACAUCUCAGACACCACUACAUUCAGUAGUUUAGAUGCCUAGAAUAAAUAGAGAAGGAAGGAGAUGGCUCUUCUCUUGUCUCAUUGUGUUUCUUCUGAGUGAGCUUGAAUCACAUGAAGGGGAACAGCAGAAAACAACCAACUGAUCCUCAGCUGUCAUGUUUCCUUUAAAAGUCCCUGAAGGAAGGUCCUGGAAUGUGACUCCCUUGCUCCUCUGUUGCUCUCUUUGGCAUUCAUUUCUUUGGACCCUACGCAAGGACUGUAAUUGGUGGGGACAGCUAGUGGCCCUGCUGGGCUUCACACACGGUGUCCUCCCUAGGCCAGUGCCUCUGGAGUCAGAACUCUGGUGGUAUUUCCCUCAAUGAAGUGGAGUAAGCUCUCUCAUUUUGAGAUGGUAUAAUGGAAGCCACCAAGUGGCUUAGAGGAUGCCCAGGUCCUUCCAUGGAGCCACUGGGGUUCCGGUGCACAUUAAAAAAAAAAUCUAACCAGGACAUUCAGGAAUUGCUAGAUUCUGGGAAAUCAGUUCACCAUGUUCAAAAGAGUCUUUUUUUUUUUUUUGAGACUCUAUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCAUGAUCUCGGCUCACUGUAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGUCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCGUGCACCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGGUGUGAGCCACCCUGCCCAGCCGUCAAAAGAGUCUUAAUAUAUAUAUCCAGAUGGCAUGUGUUUACUUUAUGUUACUACAUGCACUUGGCUGCAUAAAUGUGGUACAAGCAUUCUGUCUUGAAGGGCAGGUGCUUCAGGAUACCAUAUACAGCUCAGAAGUUUCUUCUUUAGGCAUUAAAUUUUAGCAAAGAUAUCUCAUCUCUUCUUUUAAACCAUUUUCUUUUUUUGUGGUUAGAAAAGUUAUGUAGAAAAAAGUAAAUGUGAUUUACGCUCAUUGUAGAAAAGCUAUAAAAUGAAUACAAUUAAAGCUGUUAUUUAAUUAGCCAGUGAAAAACUAUUAACAACUUGUCUAUUACCUGUUAGUAUUAUUGUUGCAUUAAAAAUGCAUAUACUUUAAUAAAUGUAUAUUGUAUUGUAUACUGCAUGAUUUUAUUGAAGUUCUUGUUCAUCUUGUGUAUAUACUUAAUCGCUUUGUCAUUUUGGAGACAUUUAUUUUGCUUCUAAUUUCUUUACAUUUUGUCUUACGGAAUAUUUUCAUUCAACUGUGGUAGCCGAAUUAAUCGUGUUUCUUCACUCUAGGGACAUUGUCGUCUAAGUUGUAAGACAUUGGUUAUUUUACCAGCAAACCAUUCUGAAAGCAUAUGACAAAUUAUUUCUCUCUUAAUAUCUUACUAUACUGAAAGCAGACUGCUAUAAGGCUUCACUUACUCUUCUACCUCAUAAGGAAUAUGUUACAAUUAAUUUAUUAGGUAAGCAUUUGUUUUAUAUUGGUUUUAUUUCACCUGGGCUGAGAUUUCAAGAAACACCCCAGUCUUCACAGUAACACAUUUCACUAACACAUUUACUAAACAUCAGCAACUGUGGCCUGUUAAUUUUUUUAAUAGAAAUUUUAAGUCCUCAUUUUCUUUCGGUGUUUUUUAAGCUUAAUUUUUCUGGCUUUAUUCAUAAAUUCUUAAGGUCAACUACAUUUGAAAAAUCAAAGACCUGCAUUUUAAAUUCUUAUUCACCUCUGGCAAAACCAUUCACAAACCAUGGUAGUAAAGAGAAGGGUGACACCUGGUGGCCAUAGGUAAAUGUACCACGGUGGUCCGGUGACCAGAGAUGCAGCGCUGAGGGUUUUCCUGAAGGUAAAGGAAUAAAGAAUGGGUGGAGGGGCGUGCACUGGAAAUCACUUGUAGAGAAAAGCCCCUGAAAAUUUGAGAAAACAAACAAGAAACUACUUACCAGCUAUUUGAAUUGCUGGAAUCACAGGCCAUUGCUGAGCUGCCUGAACUGGGAACACAACAGAAGGAAAACAAACCACUCUGAUAAUCAUUGAGUCAAGUACAGCAGGUGAUUGAGGACUGCUGAGAGGUACAGGCCAAAAUUCUUAUGUUGUAUUAUAAUAAUGUCAUCUUAUAAUACUGUCAGUAUUUUAUAAAACAUUCUUCACAAACUCACACACAUUUAAAAACAAAACACUGUCUCUAAAAUCCCCAAAUUUUUCAUAAACUCAGUUUUAAACUAACUUUUUUUCAAACCACAAUCUGAUUUAACAAUGACUAUCAUUUAAAUAUUUCUGACUUUCAAAUUAAAGAUUUUCACAUGCAGGCUGAUAUUUGUAAUUGUGAUUCUCUCUGUAGGCUUUGGGUAUAAUGUGUUCUUUUCCUUUUUUGCAUCAGCGAUUAACUUCUACACUCUAACAUGUAGAAUGUUACUACAAUAUUAAAGUAUUUUGUAUGACAAUUUUAUUUGAAAGCCUAGGAUGCGUUGACAUCCUGCAUGCAUUUAUUACUUGAUAUGCAUGCAUUCUGGUAUCUCAAGCAUUCUAUUUCUGAGUAAUUGUUUAAGGUGUAGAAGAGAUAGAUAUGGUGGAUUUGGAGUUGAUACUUAUAUAUUUUCUAUUUCUUGGAUGGAUGAAUUUGUACAUUAAAAGUUUUCCAUGGCAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1428.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1509.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 1002.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((((...((((..((((((((((..((.(...).)).))))..((((((((((((....)).))))))))))))))))....))))((((((...(((.....(((((..((((((.((((.(.((((.((((...((((.((.((((....((((((((...)))).))))....)))).))))))((((((((((((((((((((((((((.(.((((.((((..((((.....))))))))((((((.....))))))....(((.............))).)))).).))))).)))))).)))))))...((((....)))).))))))))....)))).)))).))))).).))))).)))))...)))...(((................)))......(((.((((..........)))).))).))))))))))))))).)....(((.((.(((((...........(((((((.((......)).)))).))).............(((.(((((((((((((....)))))).......((((.......))))((((...))))...)))))))))).((((.((((((((....(((((((((((.(((((.....((((((((.((...............(((((.........(((((....)))))..)))))....((((((........))))))(((((((.(((((......(((((((((..(((((.......(((((....))))).......))))))))))))))((((((.....)))))).....)))))...)).)))))..))))))))))..)))))((((((.(((((....)))))))))))(((.(.((((((.((((((((((......))))....(((..(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((..((((((...)))))).))))))))))))).((((((((((...))))))))))((((.(.((((...........)))).)..))))((((((((((...(((((....))))))))))))).)).....((((.......))))..((..(((((((((.(((((((.((((((....))))))((((((((.((..........(((((.((..........)).))))).........))))).))))))))))))..(((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((.((.((((((..((((((((((.(((((((((((((((.(((.((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((((.((((...........................................((((.((((...)))).))))..((((((...))))))...((((.((....((((.....))))..((((((......))))))...(((((.....)))))...)).))))..........)))).)))((((((.......)))))))))))))).)))).....((.(((((((.((...((((((.(((((.(((..(........)..))).))))).....))))))((((((((........)))))))).(((((((((((((.(.((((((((((.(((((((..((((((...((((......)))).......))))))..))))).((.(((((((.(..(((((((....))))....)))..).))))))))).(((..((((((.(((((((....))))))).))))))..)))......)).))))))))((.(((((...))))).))......((((.((.(((.(((((((.((((((......)))))).....)))))))))))))))))).)))))))...............))))))).(((.((((((....)))))).)))..)))))))))))........((((((((............))))))))...))).))))))))))))).)))).))).))))))))))))))).))))))))))..)))))).)).)))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))..)))))))))))))))))))))))))...))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))).((.(((((....((((..(((....)))..)))).(((((((...((.....))...)))))))..))))).))....(((((((((((((((.((((((....))))))))))))...).))))))))...)))))))))..)).......((((((((((..((((.......((((((..(((.((((((.((((...........)))))))))))))..))).))).....((((((...))))))..(((((((((.....)))))..))))...........))))..)))))))..)))(((.....)))...........((((..(((((.(((((........((((.((..(((((((((((..........))))).))))))...)).))))............((((((((.((((((..(((((..(((((((.(..((((((...(((.....(((.((((.(((((...............(((((((((((((......))))....((((.((((((.....))).)))...)))).....((((......))))....)))))))))(((((......)))))...........((((...............))))..((((...((((((((....(((((..((((((.((((((((....((((((......(((....)))((((.((((....)))).)))).)))))).....)))))))).))))))..)))))....)).))))))...)))).....((((((..(((((((..............................((((((...(((((((((.(((((((.....))))))).(((((......((((((....((((((.....(((((.(((((((((((((............))))))))......(((((....)))))...(((((((((......((((((..((((.((...(((((.........))))).))..))))..))))))((((.((..(((((.((((....))))...)))))))))))....)))))))))((((.(.....(((((........))))).......).)))).((((((...(.(((.((.....)).))).)....))))))))))).)))))))))))...))))))..)))))(((((..........)))))....)))))))))))))))))))..)))))))))........))))).)))).))))))...)))))).))))))))...)))))..)))))).))))))))))))).))))).))))...............(((((((((..........))))))))).)))))).......)))))))))))))))..)))......................)))))))))))).)))).................((((.......)))).....((((((((((.....((((((..((((...))))))))))....................(((...(((((((((((......))))))..)))))...))).))).)).)))))((((((.(((((...((((.....(.(((((...(((..((((((((((.((((((.....)))))).(((((.((......)).))))).(((((((...((.((((...((((((((.((((.((((((((((((((((.....))).)))))))))....)).)).)))))))))))))))).))..)))))))...)))))))))).))).....))))).)...))))..)))))))))))........)))))))))))))))))))))))...........))))).)).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((((((((...((((..((((((((((..((.{...|.)}.))))..((((((((((((....)),}))))))))))))))).}..)))){(((((.{.{((,....{((((..((((((.((((.(.((({.((((.,,((((.((.((((....{(((((((...)))).}))}....)))).))))))((((((({((((((((((((((((({.(.((((.{(((..((((.....)))))))|((((((.....))))))}...(((.,.........,.))).)))).).})))).)))))).)))))))...{(((....)))).}))))))),}}.)))).}))).))))).)}})))).))))}..,|,,......,........,{,,...,|}.......,,,{||},,,,))}}....}))..).)))))}))))))))).}....(((.((.((((({,{{{{{{.{,(({{({{.{{......}}.)))),}},.......,,,,,.{{{.{{{{{{{((((((....)))))).......((((.......))))||||,..||,....,,}))))))).((((.((((((((....(((((((((({,({{,{,..{,,{{{{,||.||||.,,,,,,.,,...((((({,....{,(,((({,{{{{,{.{{{{|||}{{{.((((((........)))))},,,,{,,,{({{{......(((((((((..(((((.{{....(((((....,)))}.....}}))))))))))))))((((((.....))))))....,|||,|{{.||||||||{{{.{|||||||{,,,,|{{(((({{(((((....)))))))))))|{{,{,{{{{{{|{||{{({{{|,.....,}}||...{(({((((((((({{((((((.....(((((((((((((({((({..{{{(((...||}|||.}))}}))))))}|,((((((((((...))))))))))|{((,(,((((...........}}}}....}|||,,((((((((.,,(({{{....))))})))))))).)}.....((((.......))))..((..(((((((((.(((((((.((((((....))))))((((((((.{{.,........(((((.((..........}}.))))).........})))))))))))))))))..(((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.,.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((.((.((((((..((((((((((.(((((((((((((((.(((.((((.(((((((((((((.(((((.(((((((((.....}|||.............................{(((((((((((,,({((,,(((.{,||||})))),.|||{((,,.{|,,{{,,{,.({.(((({{{{{(,,...)))),.||||||.,}.,,|}||}}...(((((.....))))){{||,,,.))}},,,,,..,(({((((,(((((,...,))))})))).)))},}).)))}|||,,|||(((((({,((...((((((.(((((.(((..(........)..))).))))).....))))))((((((((........)))))))).(((((((((((((.(.((((((((((.(((((((..((((((|..{(((......}))).......))))))..))))).((.(((((((.(..(((((((....))))....)))..).))))))))).(((..((((((.(((((((....))))))).))))))..)))......)).))))))))((.(((({...})))).)),.....(((((((.((,,(((((((.((((((......)))))).....)))))))))))))))))).)))))))...............))))))).{((.((((((....)))))),})}..))))))))),....||,..,}},|))))))))))))})),},))))).))))).))))))))))))).)))).))).))))))))))))))).))))))))))..)))))).)).)))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))..))))))))))))))))))))))))).,.))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))).((,((({,....{{{{..{{,....}}}..}))),(((((((...((.....)).,.}))))))..,}))),)}....((((((((((((((,{((((((....))))))))))))...}.))))))))...)))))))))..)),}},,,,||||||||||,,|{||,,,,,..{{{{{{..{{{.((((,((((((...........))))))}))}}}}.,|}},}}}.....((((({...})))))..(((((((((.....))))},.,})}...,,.,....}}}|..}}}}}}},}))}||{|,...,,|,,,.,,,..,,({{{..{((((.(((((|..,,,,.{(((,{...||||||{((((.,{,,,,,,.}}})}},}}}}}.,,}},))))}}}},}},.,,.{(((((({.((((((..(((((.,(((((((.,..((((((...,((({...{{{.((((.(((((...............(((({{{({({{{....,,||,,....{|{{.{{{{{{.....}}|{|||{{{|||,,,{{{((((...}}}||}}....,}}}))))},((((......))))}..,,,{|...,|,,{,|,.|||,,......,,....{{{{.,.{(((((({....(((((..((((({.((((((((....{{{{{,....,,(((.,,,||}{{{(.{{{,..,.}}}),))),})))))).....)))))))).))))))..))))}..,,)).)))))}...}))),,,,.((((((..{{{((((..............................((((((...(((((((((.{({((((.....)))))},.{{{{{....,.((((((....((((({.....(((((.(((((((((((((............))))))))......(((((....))))),.,(((((((((......{{,,(({{((((.{,...(((((.........))))).,}..}})}..}))))}({{(,(({,((({{.((((....))))..,))})})})))}}}},)))))))))||||,|,,,||{((((........)))))...},,,),))}).((((((...{.(((.((.....)).))).}....))))))))))).)))))})))))...)))))}..,}}},(((((..........)))))....)))))))))))))))))))..}))))))))........))))).)))).}}},,.}}})))))).,)))))))...)))))..)))))).})))))))))))).))))).,))),,,.........},.(((((((((..........)))))))))})))))).......))))))))))))))),,)))......................,)))}}}}}}}|,|||||...,,...........(({{.......,,,,........,,,,,,,...,|{{{({,.{((((...}))))}}}}}.....{{,...,,,......{{{...(((((((((({......})))))..)))))...)}}.}},.}},)))))).}}}..)}},,}}}}}}}.|}},||||.,,},}}.{{{((((((((........}}}}}}),)))}.(((((.((......)}.))))).|(((({,.,{({,((((...((((((((.((((.((((((((((((({((.....})).)))))))))....)).)}.)))))))))))))))).})}})))))))...))),))))))))))))))})))}))))))))||,.||,|,.....,.....,,.})))))))))))))))))))))).......}},.,)))).)).)))..
Back