Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_144608.2
Sequence Length
2071 nt
GC Content
0.5451
CAAUCUUUAAGAAGCUGCUACAGCUAUAAUGUAAGGUUAAGAGUUUAUUCUUUCAAAGCAGGUCUCCUCAUCUCUUAAACGCUAUACAUAUGAAGUAGAUAAAAACUGGUUUCUUUUUUGGUAGCAUUUAGGAUCUACAAAAGUGAUCCUUCAAUUACUUGGAAUUUCAAAAAAUUGAGGUUACCUAGUAACAAUGCACCAGUAGAACACAAAAUACUCUGACUUUGUUUAGUCUGUGGGAAAAGAAAAAUCUUUAAACUGGAAAGAUUUUGUAGUCUUACAAAGAUUACAUUGGAAUUGGAAUUACUGUAGUUCGUUUUUCCCUCUAGGAGGGCAGCCAUUUCUCUAAAAGUUGUGUAAAAGUUAAGACUAGGAUUUCAAAAUGCAAGCAGAUGUUGAUGAAGCAUACGAAAUGGGCAACUCCGUUUCUAUUUCGGAGCCGCAGCGACUCCGACUUUGUGCCCCAACCCUGUAAAGGGCAAAACCUCAUCCCUUCGGUGUAAACUUUCAAGAGAAGUGGGGCAGCACACUUUAGGCGUUUCACCAAGAGGCUGGCGACAUGCUAGGUCAGGUUGUCCGGAGAAUCGGGGCUGAAUGGGAGAGAUCUUGAGGGCAAGAGCCUCAGAGACCUUCAGGCACCGAGCUCGUGAAGGUUUCCAAGUGCCCCUCUCUAGCUGCUCCCAGGGGGAAUUAGUGGUUGCUACAGUAGUUUAAGAGGGUCGUGGUUUUUCGCAACCCGGGCGGCGAGAUGGCGCUUUGGUGUAAGCGAGGAGGACAGUACAGGACAUGAGUCCUGGUGAGGGACCCGAGGAGCAGGACAGAGAAGACGGCCCCUGAAUCCCAUUUGGCCCCUUGCUGGCUGGAGGUGUGAAAACCAGCGGUGGAGGCAGCCUUCGGGGCCUGCAUUUGAGAAUAAGGGUGUCACUAGUUCCAGGCGUCUGCUGAAAGAUUUGGAACAGAAGAUGAUGGCCACUCCGAACCAGACCGCCUGUAAUGCAGAGUCACCAGUGGCCCUGGAGGAGGCCAAGACCUCUGGUGCCCCGGGGAGCCCCCAAACACCCCCUGAGCGUCAUGACUCUGGUGGUUCCCUGCCCCUGACACCGCGGAUGGAGAGCCACUCAGAGGAUGAAGAUCUUGCUGGGGCUGUCGGUGGCCUGGGCUGGAACAGUAGGAGUCCCCGGACCCAGAGCCCAGGGGGCUGCUCAGCGGAGGCUGUGCUGGCCCGGAAGAAACACCGUCGGCGGCCAUCGAAGCGCAAAAGGCACUGGCGACCCUACCUGGAGCUGAGCUGGGCUGAGAAACAACAGCGGGAUGAGAGGCAGAGCCAGAGGGCCUCCCGGGUCCGCGAAGAGAUGUUCGCCAAAGGCCAGCCCGUGGCCCCCUACAACACCACCCAGUUCCUGAUGAAUGACAGGGACCCGGAGGAGCCCAACUUGGAUGUGCCCCAUGGGAUCUCCCACCCAGGUUCCAGUGGGGAGAGUGAGGCCGGGGACAGUGAUGGGCGGGGCCGAGCGCACGGUGAGUUCCAGCGGAAGGACUUCUCUGAGACUUACGAACGCUUCCACACCGAGAGCCUGCAGGGCCGCAGCAAGCAGGAGCUGGUGCGAGACUACCUGGAGCUGGAGAAGCGGCUGUCGCAGGCGGAGGAGGAGACUAGGAGGCUGCAGCAGCUGCAGGCGUGCACCGGCCAGCAGUCCUGCCGCCAGGUGGAGGAGCUGGCUGCCGAGGUCCAGAGGCUCCGGACCGAAAACCAGCGGCUUCGUCAGGAGAACCAGAUGUGGAACCGAGAGGGCUGCCGCUGUGAUGAGGAGCCGGGUACCUAGGGGUGCCUCCCAGCCUGGUGGACCCAAGGAGAAGGUCCCAUUUCGUGCACACUCAGGCCAGCUGGGUCUCAAGGAGGCAGGUGGCAGAUGAAAACCACCGUCAACACCCUGUGCGCCCUGAGAACAGCUAAAUCGGUUCAGACUCCCACCUCACCGUUUCCAUAGUUGGCUCUUUUGUGUCAUCUUACCCUUUACAGAGAAAUUAAAUGGCCUUGGUGGGACCAAAUGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-775.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -814.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 503.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((....(((((((.(((((....((.((((.(((....))).)))).)).....(((((((((.(((((((...((((.(((....(((((((.......((..((((...(((((.(((((.((((((.((....))))))))....(((((.((((((((((....)))))))).)).))))).)))))))))).))))..))......))).))))))).))))...))))).....(((((((((.......)))))))))((((((((...))))))))..........(((((((((((((((((..((((((((.((.((((((((((((((((.((((((...............((.(.(((....))).).))...(((((.....)))))..(((((((......)))))))....((((((.((...)).)))))).....(((((............)))))......((((.....))))..))))))..)))))))))(((((((..((((..(((((.((.(((......))).)).)))))))))...)))))))(((((...(((((....((((((...((((..((((....))))..))))(((((((((.....)))..))))))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))..).)))..)))))))))))))....((((.((((....)))).)))).((((.(.....).))))(((((((.(((((((.((.(((..((((((....))))))....((((....(((.((.(...........).)).)))...))))..))).)))))))))....((((((((....(((((.(((...(((..(((((((((((................((((.(.((.(((.((((((((((......((..(((..((........)).))).)).....)))).)))))).)))..)).).))))...)))))))))))..)))...))).)))))((((((((.(((((((..(((.((((..((((((((..((((((((((((((...((.((....)).))..)).))))))).))))).))))......)))))))).)))..(.((((((((((((.((.......))..)))).))))).)))).))))))).))...))).)))(((((((((((.(......(((.(((..(((((.(((.((.((.....)).))..)))((((((.((((((....((((((((........))))...(((.(.((((.(.((((.((((((.(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......(((........))).(((........))))))))))).)).))))...)))).).))))))))(((....)))..)))))))))))))))).......)))))..))).))).....).))))).))))))..(((((((.(((.((((....))))))).)))))))..)))))))))))))))..(((((((.(((((((((...((((((((......)).)).))))..)))......)))))).).)))))).)).)))))))))....))))).)))))))(((....)))..((((((((..((((.((((...))))))))))))))))((..((((((.(((((.(((.((......(((((((.((.((.((....(((....)))..))..)).))..)))))))......))..)))((((((....))))))....)))))..))))))...)).))))))(((((((.((.(.((((.((((((((((..(((((.((..(((((((...((((........))))..))))...)))..))))))).)))))....((((..((........)).))))...(((....))).(((((.(((.............))))))))........))))).))))).)).)))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((....(((((((.(((((....{{.,,{{.{{({{,..,..}))).}...,}.(((((((((.{(((({...{(((,{{{{.,,((((((((.......{{,,((((...(((((.(((({.((((((.((....))))))))....(((((.((((((((({....)))))))).)).))))).}))))))))).))))..}}......))}||))))}}.||||{{{||{{{.....{((((((((.......))))))))}(((((((|...,))))))),.........((((((((((((({({{..((((((((.((.((((((((((((((((.((((((.,,,...,{{,...||,.{,,{{,....,},|...,..{{{|{..,..})))}..((((((({....,)))))))....((((((.((...)).))))))...,.{((((...,..,.....))))}..,,,.,{{{.....))),..))))))..)))))))))(((((((..((((..(((((.((.(((......))).)).)))))))))...)))))))(((((...(((((....{((((,...||{(({((,{....}))))}||{((((((((((.....))}..)))))))))))}...)))))))))).)))))))))))))))))..}.})}..)))))))))))))....((((.((({....}))).)))){((((.(,...,).))))},|)|}},|||||||,|,.{....((((((....)))))),,,,||||,}{.{((.{(.{,..........).)).))),..)))),,,||{||||||||,(({(,,,((((({...(((((.(((...(((..(((((((((((.,,..,.........,({((,(,((.(((,(((({(((({.....,||,,|||,,|{.....,,,)).))}.}},,.,.))}}|,}}))).,}},,)).).)}}}.,,)))))))))))..)))...))).)))))((((((((,,{{||||..,{{,((((.{(({,((((..((((((((((((((,.,({.,{....,).))..)).))))))).))))).))))...,}.}}}})))|{||}{{({({((((((((((.,,....,,.||..)}}).)))}}.)))),))|||||,|}|,,|,,.,))||{||{|||||.{......||})|,|}}|(,(({(((..{,,(....{||.{{.{(..(((((,{((((((,...((((((((........)))).,.{{{.(.((((.{.((((.((((((,(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......,,,........}},.(((........))))))))))).)).))))...)))).}.))))})}|(((....))),.))))))))))))))))...)).))))),.,).,.,))}))).)))))),{||||,,..(((((((.(((.((({....))))))).)))))))..,)))))}))))))...}|||,|||}||||(((,(..{(,,,,|||}.}}}.,}.}}.||||,,|||{.....|))))}.}.}))))}}}}.)))))))))....))))).)))))))(({,,..|||..{(((((((..((((,((((..,)))))))})))))))}((..((((({.,(((({({{.,{......(((((((.((.((.{(....(((....)))..))..)).))..))))))),,....))}}))||(((((....))))))},},}))))}})))})}...)).}}}}}|(((((((.((.(.((((.((((((((((..(((({.((..(((((((...((((........))))..)))).,,)}).,)}))))).))))}.,,.((((..{(........}}.)))),},{{{....|}},{({,,{{({,............}}}))))}.......,))))).))))).)).)))))))).................
Back