Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_144778.4
Sequence Length
4691 nt
GC Content
0.3682
AGACUGUCUUUGCUUCAUCAUCUGAAGGUAAAAUUUUCCAGAUACGGCAGACGGCUUUCAGAGUACAAUAAACAGGGAAUGAGAACUAUUUACAUGGAAGUUUCUUUCUCAUGAUGCGGUGGAGAAGCCUCGGCCACUUGGUUCUGCCAGAUGUUCCUGGGGUUACUGUAAAUGGGAAGGACAGGCAGAGCUAAACAAGGUUUAUCAUUUAAAAGUGCCUGUGUGAAGUCACUUUUGCUGGAAAACUGCAGCUUGGGAGCUUUCUUUGUAUUCACAUCCCACUCUUCUGUCAAGUACACUUUACCCUGACCUUAUGAGUGGAUGAAGAUACCUCAGUUGUCUGACUUUGCCAAUUGCUUAAUUUCAGAAUUUAAAAAGGGGAAAGAAAAACAUCCUGCUAAAAUAUGAACAUCUGAGUGUCUUAUUUUCCAACAUCGUCAAUAGCUGUGAGCGUCAGCAUUAAAUAUUCUCCCAAGGAGUGCCAUGAUAUUGAAGUCACUUUAUUAAUAACAGCUGUAUCUGCAAAACAGUCAAGAGACUCGGACGUUGAAAGCCAGAGAUGACACUGAGCAUGCUUUUAUUGCGGCCUACCAUCUUUAAGUGGGACAUAUUGAUUGAUGAGUGAUUGCCUGUCCAUACACUCUCUCAUCAUCCUGUUCCUUGGAUUGGACUUCACUAAGCAAUUUAUCACUCACCUUCAGACUUACAUGUGGGAGUUUUCACAACAGUAGUUUUGGAAUCAUUAGAACUUGGAUUGAUUUCAUCAUUUAACAGAAACAAACAGCCCAAAUUACUUUAUCACCAUGGCUUUGAACGUUGCCCCAGUCAGAGAUACAAAAUGGCUGACAUUAGAAGUCUGCAGACAGUUUCAAAGAGGAACAUGCUCACGCUCUGAUGAAGAAUGCAAAUUUGCUCAUCCCCCCAAAAGUUGUCAGGUUGAAAAUGGAAGAGUAAUUGCCUGCUUUGAUUCCCUAAAGGGCCGUUGUUCGAGAGAGAACUGCAAGUAUCUUCACCCUCCGACACACUUAAAAACUCAACUAGAAAUUAAUGGAAGGAACAAUUUGAUUCAGCAAAAAACUGCAGCAGCAAUGCUUGCCCAGCAGAUGCAAUUUAUGUUUCCAGGAACACCACUUCAUCCAGUGCCCACUUUCCCUGUAGGUCCCGCGAUAGGGACAAAUACGGCUAUUAGCUUUGCUCCUUACCUAGCACCUGUAACCCCUGGAGUUGGGUUGGUCCCAACGGAAAUUCUGCCCACCACGCCUGUUAUUGUUCCCGGAAGUCCACCGGUCACUGUCCCGGGCUCAACUGCAACUCAGAAACUUCUCAGGACUGACAAACUGGAGGUAUGCAGGGAGUUCCAGCGAGGAAACUGUGCCCGGGGAGAGACCGACUGCCGCUUUGCACACCCCGCAGACAGCACCAUGAUCGACACAAGUGACAACACCGUAACCGUUUGUAUGGAUUACAUAAAGGGGCGUUGCAUGAGGGAGAAAUGCAAAUAUUUUCACCCUCCUGCACACUUGCAGGCCAAAAUCAAAGCUGCGCAGCACCAAGCCAACCAAGCUGCGGUGGCCGCCCAGGCAGCCGCGGCCGCGGCCACAGUCAUGGCCUUUCCCCCUGGUGCUCUUCAUCCUUUACCAAAGAGACAAGCACUUGAAAAAAGCAAUGGUACCAGCGCGGUCUUUAACCCCAGCGUCUUGCACUACCAGCAGGCUCUCACCAGCGCACAGUUGCAGCAACACGCCGCGUUCAUUCCAACAGGGUCAGUUUUGUGCAUGACACCCGCUACCAGUAUUGUACCCAUGAUGCACAGCGCUACGUCCGCCACUGUCUCUGCAGCAACAACUCCUGCAACAAGUGUCCCCUUCGCAGCAACAGCCACAGCCAAUCAGAUAAUUCUGAAAUAAUCAGCAGAAACGGAAUGGAAUGCCAAGAAUCUGCAUUGAGAAUAACUAAACAUUGUUACUGUACAUACUAUCCUGUUUCCUCCUCAAUAGAAUUGCCACAAACUGCAUGCUAAAUAAAGAUGUAGUUCUUCUGGACAGACCACAACUCUAAGAAGCUAGUGCUGCUAUCUCAUAUAUGAGUAUUAAAUAUGGUAUGCUUAGUAUAUUCCAACCUAAGAUAGUUAACUACCUGAGACCAGCUGUGAUGUUUAAAGACAUAAAGGAUAAAGUUUACUUUUAAAGGGUUUCUAAACAUAGUUUCUGUCCUAGGAAUAUUGUCUUAUCUCCAUAACUAUAGCUGAUGCAGAAAGUCCAGCCAGUUUACUCAUUUCGAUUCAGAAUAUUUCAAAUUUAGCAAUAAACAAUUAGCAUUAGUUAAAAAAGAAACAUAUUCCAAGGGCAGGUUCGAUUCUAGCUCUAAUUACUGUCAUGUCAUUUACCCACUGGAUCAAAGGGUAUGUUUCACUUCUUGACAAUAUAAAUGCUGCAGCAAAGAUGAGAGGUGAAGUAAAACCGAUACCUGUCCUGCAGGUCUAAAAUUUGAAUGGAAAUUCAAGCACAAGUACUGGGGACACAUCAAAGUGUGGUGUUUGGUUUGCCUGGAGAUGCCACGUUGAAUCAUGUGAUUCUAGAUUAACAUUAAAUAGAUUGAAAAAGAAACUUUGCACGGUAUGAGCUUCAUACCCCACCAAACAAAGUCUUGAAGGUAUUAUUUUACAAGUAUAUUUUUAAAGUUGUUUUAUAAGAGAGACUUUGUAGAAGUGCCUAGAUUUUGCCAGACUUCAUCCAGCUUGACAAGAUUGAGAGGCCCAUGCCAACAGUCUAAUCUAAGAGAUUAGUCUUUCAAACUCACCAUCCAGUUGCCUGUUACAGAAUAACUCUUCUUAACUAAAAACCUAGUCAAACAAGGAAGCUGUAGGUGAGGAGAUCUGUAUAAUAUUCUAAUUUAAGUAAGUUUGAGUUUAGUCACUGCAAAUUUGACUGUGACUUUAAUCUAAAUUACUAUGUAAACAAAAAGUAGAUAGUUUCACUUUUUAAAAAAUCCAUUACUGUUUUGCAUUUCAAAAGUUGGAUUAAAGGGUUGUAACUGACUACAGCAUGGAAAAAAAUAGUUCUUUUAAUUCUUUCACCUUAAAGCAUAUUUUAUGUCUCAAAAGUAUAAAAAACUUUAAUACAAGUACAUACAUAUUAUAUAUACACAUACAUAUAUAUACUAUAUAUGGAUGAAACAUAUUUUAAUGUUGUUUACUUUUUUAAAUACUUGGUUGAUCUUCAAGGUAAUAGCGAUACAAUUAAAUUUUGUUCAGAAAGUUUGUUUUAAAGUUUAUUUUAAGCACUAUCGUACCAAAUAUUUCAUAUUUCACAUUUUAUAUGUUGCACAUAGCCUAUACAGUACCUACAUAGUUUUUAAAUUAUUGUUUAAAAAACAAAACAGCUGUUAUAAAUGAAUAUUAUGUGUAAUUGUUUCAAACAUCCAUUUUCUUUGUGAACAUAUUAGUGAUUGAAGUAUUUUGACUUUUGAGAUUGAAUGUAAAAUAUUUUAAAUUUGGGAUCAUCGCCUGUUCUGAAAACUAGAUGCACCAACCGUAUCAUUAUUUGUUUGAGGAAAAAAAGAAAUCUGCAUUUUAAUUCAUGUUGGUCAAAGUCGAAUUACUAUCUAUUUAUCUUAUAUCGUAGAUCUGAUAACCCUAUCUAAAAGAAAGUCACACGCUAAAUGUAUUCUUACAUAGUGCUUGUAUCGUUGCAUUUGUUUUAAUUUGUGGAAAAGUAUUGUAUCUAACUUGUAUUACUUUGGUAGUUUCAUCUUUAUGUAUUAUUGAUAUUUGUAAUUUUCUCAACUAUAACAAUGUAGUUACGCUACAACUUGCCUAAAACAUUCAAACUUGUUUUCUUUUUUCUGUUUUUUUCUUUGUUAAUUCAUUUAAACUCAUUGAAAACAUAGUAUACAUUACUAAAAGGUAAAUUAUGGGAAUCACUGAAAUAUUUUUGUAGAUUAAUUGUUGUAACAUUGUCUUUCUUUUUUUUCUUUUGUUUCAUGAUUUUGAUUUUUAAAAUUAUUAGCACACAACUAUUUUCAGCCCUUUAAUAAUGGAGCAUCAAAAACAUCACCUGUAACCCCAAGCAAAUAUAGAAGACUGUAUUUUUUACUAUGAUAUCCAUUUUCCAGAAUUGUGAUUACAAUAUGCAAAGAGUCAUAAAUAUGCCAUUUACAAUAAGGAGGAGGCAAGGCAAAUGCAUAGAUGUACAAAUAUAUGUACAACAGAUUUUGCUUUUUAUUUAUUUAUAAUGUAAUUUUAUAGAAUAAUUCUGGGAUUUGAGAGGAUCUAAAACUAUUUUUCUGUAUAAAUAUUAUUUGCCAAAAGUUUGUUUAUAUUCAGAAGUCUGACUAUGAUGAAUAAAUCUUAAAUGCUUUGUUUAAUUAAAAAACAAAAAUCACCAAUAUCCAAGACAUGAAGAUAUCAGUUCAACAAAUACUGUAGUUAAGAGACUAACUCUCCACUUGUAUGGGAACUACAUUUCACUCUUGGUUUUCAGGAUAUAACAGCACUUCACCGAAAUAUUCUUUCAGCCAUACCACUGGUAACAUUUCUACUAAAUCUUUCUGUAACACUUAAAGAAUUCCCUCAUUCAUUACCUUACAGUGUAAACAGGAGUCUAAUUUGUAUCAAUACUAUGUUUUGGUUGUAAUAUUCAGUUCACUCACCCAAUGUACAACCAAUGAAAUAAAAGAAGCAUUUAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1090.27 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1192.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 1139.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.....((((((...((((((((((...))))).))))).((((((..(((((((.(.(.(((((((.((((..(((((((..((((......))))....)))))))...(.(((.(((....))).))).).((((...(.((((..((((.((((((((......(((((((((...((((((((((.................((((((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((((((((((....(((((((((.(((((.((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))(((((((.((((.(((((((....((.....))......))))...........((((..........))))............))).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((.........((((....(((((((((......))..).))))))..........(((((.........))))).....((((.(((((((.(((((((((((((.....(.((.(((.......))))))...))))))...(((((..(((..(((((...(((((...((.(((((...((..............))....))))).))...)))))...))))))))..))))).((((((.((((.((((((....))))))...)))).))))))...........((((.(((......((........))......))).))))...............))))))).)))))...)).)))).)))).........)))))).......(((....))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...)))......))))..))))).)))........(((..(((((.((((.((((......(((....)))..((.((((......)))).))...........((.(((...............................))).))..............(((......))))))))))))))))..)))((....))........))))))).))....))))))).))).))..)))))..(((((.(((((......)))))...)))))...))))))))))))))).))))......))))))))....((((((.....))))))))))..)))).).))))..))))))))))).)).)))))))...(((((.((.((((((((.((.(((((........(((((.(((..........)))))))).)))))....((((.....))))..)).)))))))))).))))).)))))).(((((.......))))).((((((.............(((....))).((((((((....)))).))))....(((((.((((((.(((((.((((.........)))).))))).)))).))....((((((........((((((..((.....)).......((((((((.(((.....))).))))))))))))))........))))))...))))))))))).........(((.((((((((.(((((...(((((((((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((((.((((((((.((.(....(((..(((((.....((.((((((((((.(((.((.........))...))).)))).)))).)).))...)))))..)))).)).)))))...(((((.........)))))....((((((((...((((((...((....))...(((((....)))))...........(((((((.((((.(((.........((((.(((.(((........))).))).))))))).)))).)))))))........(((((((((((..((((((((.((......))))))))))....)))......((((.((......((.((((...(((((((.((((((((((((..........))))))).))))).........)))))))..)))).))......)).))))(((((((.((((.((((((.(((...)))))))))....)))).)))))))....((((((((.(((((((.((....(((...((((((..((((((............((.(((((......(((......)))......)))))..))........))))))..))))))....))).))))))))).))))))))..))))))))...........(((((((..((.(((((...........))))).))..)).....))))).......)))))).............(((........)))...((((((...))))))......(((((((....)))))))..........))))))))......))))))))...)))))).)))))).))).)))))).....(((((((((((((......(((((((((............((((...(((((((...)))))))....))))((((((((...((((((..((((((((((...((((((((.....)))).))))...)).))))))))))))))))))))))...(((((...(((((.(((.(((((..((((((....)))...((.(((((((...))))))).))......((((((...(((((.((((((..((((......))))..((((......))))..))).))).)))))..))))))((((.((((......(((((.....(((((....((....((((((.(((....)).).))))))....))....)))))........(((((((.((.....)))))))))....((((((..(((..((((.....))))))))))))).....((((((......)))))).)))))....)))).))))....((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.((((((.((((...((..((((((((...))))))))..))....))))..))))))))).)))))....(((((.((((((((((((.(((((((..((........((((((((......)))))))).......))))))))))))....)))).))))).))))).((((((((((........(((((((((((.....(((((..........(((((((((....)))))))))........)))))............)))))))))))((((...))))...........)))))).))))..)).)))))))).)))))))))))))))).....)))))))))......(((.(((.((.....)).))).)))....(((((.......)))))........)))))))....)))))).)))..)))))...))).)))))...)))))........)))))))))......))).))))...((((....)))).........))))))......(((((....))))).))))).))))))))))..(((((.....(((.((((((.(((.(((((.....(((((.....(((.....))).....))))).....)))))..))).)))))))))....)))))((((((...))))))........((((((........)))))).)))))))))))).)))))))).)))((((...........))))((((((((((....((((..(((((((.....((((((..((((((((((((.((.((....((((((((........................((((..((((((((((...)))))))))).))))..............((((.........)).)).............((((.((..(((((.((((((((....))))))))........((((((((..(((((((((((((((((((.((((................((((.((..(.....)..)).))))(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..)))))))..........)))).))))))).......))))))))))))..))((((((...........))))))(((((((((...(((....)))...)))))))))((((....))))....(((......)))........(((((((.......)))))))........................))))))(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).))))..)))))..........)))))..)))))).))))))))....)))).)))))))...)))))...((((...))))..............(((((..((...))..))))))))))).......)))))))..)))).......((..(......)..)).))))))))))(((((((((.((((..((......))..)))))))))))))..........))))))......))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.....((((((...((((((((({...})))),})))).((((((..(((((((.(.(.((((({{{((((..(((((((.,{,,,.,,,{{||},....)))}))),..{.(((.(((....))).))).,,((((...|}|||{..{(((.((((((((.{....(((((((({..,((((((((((....,............((((((((((.(((((((.....((.(((((({.(((((((((((((((....(((((((((.((({((((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))((((((,{((((.(((((((..{,((.....))..}}..)))),.,,,....{((({,..........))))..,.,,......})).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((,........{(((,...||||,{,,.{{,{,.|{,.|.,,}}}}..,,......{{(((.{{{,,...,}|||,....|||{.(((((((.(((((((((((((.....{.((.{((.......))}))}...)))))}...{{(((,,{...{(({{(,,{(((((.{{{,.{({{{..,|,.,....,.,|...,}}....|)))}|)).,.,,,,,..,)))}},}}.|}}}}|..||{{{,,,,{.{((({|....,})})}..,||||||||((|,{{,.......,{{{,,||}||}}},|........},......,.,,)})},,,,,,.........))))))).)))))...}}.}))}.}))),......,,)))))).......{{{.,..))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...))),...,,}}},.}))))).))),{,.....(((..(((({,((({{((((......(((....)))..({,((((,.,.{,||||,,,.,|,.}}},,..,}|||},,,.,.,.......,......,...,,,,})}..}},.....,,}.,,,.(((......))))))))))))))))..))){{....))........))))))).))....))))))).))).))..))))}.,(((({.(((((......)))))...))}))...))))))))))))))).))))......)))))))).}},((((((.....))))))}}},..)))},},))),,.))))))))))).)}.)))))))...(((((.((.((((((((.{..(((((........(((((.(((..........)))))))).)))))..{{((((.....))}},))}.)))))))))).))))).)))))).(((((.......))))).((((((,,{.,,.......(({....},,.((((((((....)))).))))....{((((.({((((.(((((.((((.........)))).))))).)))).,,..,,((((({........{{{{((,,((.....}}.......|||||{((,(((,,...})).)))))))))))|||,.......)))))}...))))))))))).........,{{.((((((((.(((((...(((((((((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((({.((({{{((,((,(....{{(..(((({.....,,.{(((((((((.{{({((..,......||...,}|.}}}).}}}}.))})),..))))}..})),.)).))))}..,||{{{.........)))))....((((((((...(({((,...||{{{{{{...(((((....)))))........{..(((((((.((((.(((.........{{{{.{{{.{{(,.,.....}}},))).)}}}))).)))).)))))))....,,..,,|,.,{{{{,..((((((((.((......)))))))))).,,,|||.,,,........}}}..},||,{{{|}},{{{{(((,({{{,{(({(({......,,,,||||}}}}))))}.........}))))}}..}})}.}}}}}....))))))(((((((.((((.{(((((.,{.....,,))))),....)))).))))))).,..{(((((((.(((((({,{(,{{.,,,...{(((((..(((((({{.....,,...{{.{({{{......(((......)))......}}}}}..}}........})))))..))))))....))).}}))))))).)))))))}..,{{,,,,||.....,..,,,|,,.,|}.|,.{{{{{..||,.,}...))))}.||{{{|{{{{{|},,,..,,...|||,,,.}}}...,}}}}}|||}}}}....}})...{(((((...)))))},,....,((((((....))))))}.....},...))))))))......))))))))...))))))},))))).))).)))))).,,{.,{{|||||((((({{..{(((.(((((({......,...,|||{...(((((((...)))))))....,,..((((((((...((((((,.{(((((((((...((((((((,....})),.))))...)))))))))))))))))))))))))..(((((..(((...(((((..((((((...(((....)))..))))))..}}.}}).))).)))))......((((((.,.(((({.((((((..((({......))))..((((......))))..))),})).})))).,))))))..})))))).}}}}..,,}}||||,{(((({{{{(({{..{{{{{|,,||,,,,)).),||||||{,,,}},,,.}}||,{{{,,,...,.((((((({(({{|{{({{||{,...{(((((..{({.,{{{{.....}))})))))))))},|||||,,...,|(((|,{((((((((..((({({((((((({..((((({..{,(((((,,((((((((((((((((((((.(((((.(((((((({({((((.{{(,((({((,((((...((..((((((({...)))))))).,))....}}}}..}}))))})}.}))}}....{((((.((((((((({{{.{{((((,.,((..,,.{{.((((((((......)))))))),}.}}..))))))))))))....)))).))))).))))}.{{{,,{{{({....,,||(((((((((((..{(((((((.........,(((((((((....)))))))))........))))),}},...,....)))))))))),{{{{...,}}}...,.......))))))}}}}}..))})))))))).)))))))))))))))).....))))))))),,,,..{(({(((.{{.....,),))),)),....(((((.......))))).......}}}}))))},.}))))))..}}},}))))..))))))))))))},}}}.}},..})})))))))},..,,,,},.})))}}..{|||...,)}}}....,,},})))))}......(((((....))))).))))).))))))))))..{((((.{,..(((.((((((.(((.(((((.....,{{((,,,..,{||,,,..}}.....,.}}},....)))))..))}.))))))))).}}.))))}((((((...))))))........((((((........)))))).)))))))))))).)))))))).}}},{{{...........}}||((((((((((....((((..(((((((.....((((((..((((((((((((.((.((....{(((((({.....{{{,,..............((((..((((((((((...}))))))))).}}}}..............{{{(......,,.)).)},,......,,.....|||......,,|,|{{(((((,,|,)}|||}}|..,,....{{{.{{((..(((((((((((((((({{{.{{((......}.,|||....{(((.(({.(.....},,)).)))|(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..))))))),.,,|,,.|,||||,})))}}}..,....))))))))))))..)),||,,|},.........}}}|||{{(((((({..,{{{....,}}||.|}}}|||},{{{|,...)))}..,.{||,,,,,,)}}.,....,.{((((((.......)))))))............((((((..(((({,,...(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).)))),.)))))...})))).))))))....,})),))))))))....)))).))))))),..})))),,,,,,,..|}}||.......,,,....{((((..((...})..)))))))))))..,....)))))))..)))),..,,,,{{..,.....,),.},.))))))))))|{(((((({,((((..((......))..)))))))))))))}}},......))))))......})..
Back