Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_145109.3
Sequence Length
2256 nt
GC Content
0.5860
AGUCUGUCUCCGGCGCCGCCCGUCGCGGACUCGUCCUUGCUGCAGUCGCCGCCGCAGUCCUCGCCGCAGUCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCUGCUCCUCCGCCUGGCCUGGGCCGUCUGCCCGCAGCCAUGAGCGUGCUCGGCCCCGGUGGAGCCCGCAGUCCUCUAGAUUAGUCUCCACCGCCGUCCAGGACCCACUUGCAGCAUGGAGUCGCCCGCCUCGAGCCAGCCCGCCAGCAUGCCCCAGUCCAAAGGAAAAUCCAAGAGGAAGAAGGAUCUACGGAUAUCCUGCAUGUCCAAGCCACCCGCACCCAACCCCACACCCCCCCGGAACCUGGACUCCCGGACCUUCAUCACCAUUGGAGACAGAAACUUUGAGGUGGAGGCUGAUGACUUGGUGACCAUCUCAGAACUGGGCCGUGGAGCCUAUGGGGUGGUAGAGAAGGUGCGGCACGCCCAGAGCGGCACCAUCAUGGCCGUGAAGCGGAUCCGGGCCACCGUGAACUCACAGGAGCAGAAGCGGCUGCUCAUGGACCUGGACAUCAACAUGCGCACGGUCGACUGUUUCUACACUGUCACCUUCUACGGGGCACUAUUCAGAGAGGGAGACGUGUGGAUCUGCAUGGAGCUCAUGGACACAUCCUUGGACAAGUUCUACCGGAAGGUGCUGGAUAAAAACAUGACAAUUCCAGAGGACAUCCUUGGGGAGAUUGCUGUGUCUAUCGUGCGGGCCCUGGAGCAUCUGCACAGCAAGCUGUCGGUGAUCCACAGAGAUGUGAAGCCCUCCAAUGUCCUUAUCAACAAGGAGGGCCAUGUGAAGAUGUGUGACUUUGGCAUCAGUGGCUACUUGGUGGACUCUGUGGCCAAGACGAUGGAUGCCGGCUGCAAGCCCUACAUGGCCCCUGAGAGGAUCAACCCAGAGCUGAACCAGAAGGGCUACAAUGUCAAGUCCGACGUCUGGAGCCUGGGCAUCACCAUGAUUGAGAUGGCCAUCCUGCGGUUCCCUUACGAGUCCUGGGGGACCCCGUUCCAGCAGCUGAAGCAGGUGGUGGAGGAGCCGUCCCCCCAGCUCCCAGCCGACCGUUUCUCCCCCGAGUUUGUGGACUUCACUGCUCAGUGCCUGAGGAAGAACCCCGCAGAGCGUAUGAGCUACCUGGAGCUGAUGGAGCACCCCUUCUUCACCUUGCACAAAACCAAGAAGACGGACAUUGCUGCCUUCGUGAAGGAGAUCCUGGGAGAAGACUCAUAGGGGCUGGGCCUCGGACCCCACUCCGGCCCUCCAGAGCCCCACAGCCCCAUCUGCGGGGGCAGUGCUCACCCACACCAUAAGCUACUGCCAUCCUGGCCCAGGGCAUCUGGGAGGAACCGAGGGGGCUGCUCCCACCUGGCUCUGUGGCGAGCCAUUUGUCCCAAGUGCCAAAGAAGCAGACCAUUGGGGCUCCCAGCCAGGCCCUUGUCGGCCCCACCAGUGCCUCUCCCUGCUGCUCCUAGGACCCGUCUCCAGCUGCUGAGAUCCUGGACUGAGGGGGCCUGGAUGCCCCCUGUGGAUGCUGCUGCCCCUGCACAGCAGGCUGCCAGUGCCUGGGUGGAUGGGCCACCGCCUUGCCCAGCCUGGAUGCCAUCCAAGUUGUAUAUUUUUUUAAUCUCUCGACUGAAUGGACUUUGCACACUUUGGCCCAGGGUGGCCACACCUCUAUCCCGGCUUUGGUGCGGGGUACACAAGAGGGGAUGAGUUGUGUGAAUACCCCAAGACUCCCAUGAGGGAGAUGCCAUGAGCCGCCCAAGGCCUUCCCCUGGCACUGGCAAACAGGGCCUCUGCGGAGCACACUGGCUCACCCAGUCCUGCCCGCCACCGUUAUCGGUGUCAUUCACCUUUCGUGUUUUUUUUAAUUUAUCCUCUGUUGAUUUUUUCUUUUGCUUUAUGGGUUUGGCUUGUUUUUCUUGCAUGGUUUGGAGCUGAUCGCUUCUCCCCCACCCCCUAGGGUACCAGCAGGCAGAGCCUUGCCCUCUGCUCAGGCUGGGGUCCAGUGGGAGGGGCCCAAGAUCUCUGCUCAGAGAAGUGCAGGGGGAGCCUUCCAGCUCACUCUCCCUGAGGACUGGCUUGACAGGGGCUAUGGGUUUGCUUUGGUGUUGUUUUUAAAAAAAGAAAAUAUAUUUUUUUGAAAAAACGACUGCCCAUCCCGGGUCCUUUCCCUGAUGGGUUGGGGCAGUUACCUGGUUGCUGUUUUAAUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-887.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -924.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 676.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((..(((....(((((.((((.....((((((((((.((((((((..(((((((((((.((.((.((....)).)).))..((((((((.....((((((((...((((((.(((.(((((((..((((.((((...(((((((...((((((.....)))).)))))))))))))(((.((((......(((((.(((....((..((.....))..))...))))).)))....))))...)))...(((....)))(((....)))..((((((.....)))))).......(((((((........((((((...((..(((((...(((((..(((((.......)))))........((((((((((..(((((....)))))..)))))))))).)))))))).))..))...))))))........)))))))..(((.....)))))))..))))))).)))..))))))))))))))..(((....)))))))))))..))))))))....)).)..)))).......))))..))).))))))).(((((((.(((.((((((..(((......)))..)))))).))))))))))..(.((((.....)))).).........)))).)))))...)))..))))))))).........)))).((((.((((....)))).))))....((((((((((((((...((((.(((((..(((((....((((..((((.((((.(.(((((.......(((((((..(((........))).)))))))(((((....)))))...)))))).)))).))))..)))))))))))))).))))...)))))))))).)))).((((((((...((((((((((.((((((...(((((.(((...(((((.(((((.........)))))....))))))))))))).))).((((.......)))).........((((((((..(((((((.(((((((....(((((.((.(((...))).)).))))).....)))))))..(((((((((...((((..(((...((..(((((((..(((..(.(((((...))))).).)))..))))))).))...)))..))..)).))))..)))))....((((((................))))))..)))).)))((((((((.(((.(((((((.(((((((((..(((..(((((((((((..(((......)))))))).....))))))..((((((..((.(((.(((((((((.............))).)))))).((((..(((((.....))))))))).)))))))))))(((((.(((..((.....(((((((((.....((((...((.((((((((((.((((.(((((..(((....(((....)))((((((..((((.((((((...((.(((....(((......)))))).)).))))....))))))..)))))))))..)))))..))))...)))))...(((((...))))).((((((((((.(((.((.(((((.........))))).)).(..(((..(((((((((..................)))))...))))....)))..)...((((..(((((((((((((((.(((((..(((..((((...))))..)))..))))))))..)))))............(((((....))))).........)))))))..))))...))).))))))))))(((((((.....((((.(((.(((((.....)))))..)))))))(((((....))))).....(((.....)))................))))))).......))))).))....))))..)))))))))......))..)))..))))))))...))))))((((.(((.((.(((..(((((.(((((((.......)))))))...)))))..))))).))).)))).))).)))))))..)))..)))).))))))))))))..((((.((.(((.....))))))))))))..))))))))))))))))))......(((.((((((((((((.........)))))))))))))))))))(((((((..(((......))).)))))))(((((((((.((...)).)))))))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{{{.(((((((((..(((..,.(((((.((((..,..((((((((((.((((((((..{((((((({((.((.{{.{{.,,.||.||{||..((((((((..,..(((((((({,,({(({{.(((.(((((((,.((((,((((..,(((((((...{{((((.....)))).)}))))))))))){|{,{({{.,.,..|..{{.|||.{||(((((((((..((((.((((|,..((((.(((((({{...}},...(((((,.,((.(((((.{,...((({{{.....}}))))..({...,,||..............,,...,||...{|||...,}|)).))))).))..,.))))).........((((((((((..(((((....)))))..)))))))))),))))).))))..}}....))).))))...)..))))}))).{{{.....)))))))..))))))).)))..))))})))))))))..|{{....}}}))))))))..)))))}))....)).}..)))).......))))..))).))))))).(((((((.(((.((((((..(((......)))..)))))).))))))))))..,,{{{{,...,}}}|,|....,,}..)))).)))))...)))..))))))))).....|||.|}|,,{(((.((((....)))).)))}..,,(({{{(((((((((...((((.{((((..{{{{{.{,.((((..((((.(((({({{({,,.|||,..(((((((..(((........))).))))))){{{{{....})}}}...}},))).)))).))))..))))})))}))))).))))...)))))))))|||||}.((((((((...((((((((((.{(({...{{((((({((,{{,,,((({(((((.{{{((((..,,,,}}}}),)),})))|{(......}}|.....(((.(((((((((((.(((({{{{...{{{{{{{|||||||,.,.{((((,{{{(((..,|||{||{|||}}..,{,||||}|||||({({((({,..,.{{{{((({,..{{,{{{((({..{{{...,(((({,,,|||}|,..}}}..))})))}||,..|}|||,....||})||,,,},}))....(((((((((...({{{{{..{{..,..,..))...}}).))),...)))))))))..,,,))))),,},}}}...(((((((((((,,(((..,...,}}))}}},}}.})))))}.{||||}}...{(((((((((((({.,..((((.......||....||{,..,}}}},,,(((((.{,((((((.{(.(..((((((((.....(((((({...,((.(((((...,{,{,||,,{{(,...,..}}}},||,|,}})))))))))))))).....).)))))))..},)}.}}|}||}}.|,}|}|}||{(({....{{{||||,.,},))))}})))),,,,{{|||||,.,,..)))))}))))).,)},)))))))))))).,,..))))){{{|.|||||||{||,|||.|,,))))),,))})))))))),.{({{{,{{(((((,,..,{,...,|,|,...}))})},}}))}...,}}}.,,,,})))})))))))))))...)))(((((({{(....,,})))))))..(((.(((((((((((((...((((((...,,{.(((((....))))).,(((,.(,(((,.,...))}..,,.,.}))),,||||...}},,)),...((((.(((.(((((.....)))))..)))))))(((((....)))))........,,,..))))))....))))))))))))).))).....,,}}}}.))})..))))}},||{{|{{{{(((((((((..(({.((((.(({{.,,,..,((((.(((.((.(((..(((((.(((((((.......)))))))...)))))..))))).))).)))).....)}}}.,.)))).)))..)))))))))))))}..((((.((.(((.....))))))))))))..)))))))))))))))))).,,}||(((((((((,{((((({,.......))))))),,))))))))),(((((((..(((......))).))))))}{{{||||||.,|...)).))))))))}......................
Back