Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_145913.5
Sequence Length
4009 nt
GC Content
0.4368
GAACAAAACCUGCCCAGAGCGCUCCCUGUGUAGAUUCGCUGGAAGCAGCUGGAGGCUCCAGUUCUCAUCUGCUCAGGUGUCCCCGGCGCCUUGGCGAACUCGGCCACUCCAGUUCCUCACGUGGUGAGCACUCAGGGCAGCGGGUCGAUUUUCCGAGGUCCCAUACCUGGGUUUGAGGGGCGCGGCUCGCAGCGGCGGGUGCAGGGGCGACUGCCAGCCCUCACCCCGCCUCGGGGUGCGUUCGGAGGCCGACACCUGGAGGACGCCUCCAGUCCCCGCGGGACGCCACGCCUGCGCGCCAGGGAUCCGGGAUAAGAAGUGCGCGCCGGGCUCCGGCUGCGCGCCGCGGGGCCACCAGUUUGCGCGCAGGGCUCAGGCGACCGUGCGGCCAUGGACACGCCACGGGGCAUCGGCACCUUCGUGGUGUGGGACUACGUGGUGUUCGCGGGCAUGCUGGUCAUCUCGGCCGCCAUCGGCAUCUACUACGCCUUCGCUGGGGGCGGCCAGCAGACCUCCAAGGACUUCCUGAUGGGCGGCCGCAGAAUGACCGCAGUGCCCGUGGCGCUGUCCCUCACCGCUAGCUUCAUGUCAGCCGUCACUGUCCUGGGCACCCCCUCCGAGGUCUACCGUUUUGGGGCCAUUUUUAGCAUCUUUGCCUUCACCUACUUCUUUGUGGUGGUCAUCAGCGCGGAGGUCUUCCUCCCGGUGUUCUACAAACUGGGAAUUACCAGCACCUACGAGUAUUUAGAACUUCGAUUUAACAAAUGUGUUCGUCUCUGUGGAACAGUCCUCUUCAUUGUUCAAACAAUUCUGUAUACUGGAAUUGUUAUUUAUGCCCCUGCCCUGGCUUUGAAUCAAGUCACAGGAUUUGAUCUGUGGGGCGCGGUAGUGGCAACGGGGGUGGUCUGCACAUUCUACUGCACACUGGGUGGUCUUAAAGCAGUUAUCUGGACAGAUGUUUUUCAAGUUGGGAUCAUGGUGGCUGGAUUUGCAUCCGUGAUUAUACAGGCUGUGGUGAUGCAAGGUGGAAUCAGCACUAUUUUAAAUGAUGCCUAUGAUGGUGGAAGAUUAAAUUUCUGGAAUUUUAAUCCUAACCCUUUGCAAAGACACACCUUCUGGACAAUUAUUAUAGGAGGGACCUUCACAUGGACCAGCAUCUACGGUGUCAACCAAUCCCAGGUGCAGAGAUAUAUUUCUUGUAAAAGCAGAUUCCAGGCAAAACUGUCUCUCUACAUCAAUCUUGUGGGACUCUGGGCAAUCCUCACAUGCUCAGUGUUUUGUGGGCUCGCCCUAUAUUCCAGGUACCAUGACUGUGAUCCUUGGACAGCCAAGAAAGUGUCUGCACCAGACCAGCUCAUGCCUUAUUUGGUACUGGACAUUCUGCAAGAUUAUCCAGGACUUCCUGGACUUUUUGUGGCCUGUGCUUACAGUGGGACAUUAAGCACAGUGUCCUCCAGUAUUAAUGCCUUAGCAGCAGUAACUGUGGAAGAUCUAAUCAAACCUUACUUCAGAUCGCUCUCAGAAAGGUCUCUGUCUUGGAUUUCCCAAGGAAUGAGUGUGGUGUAUGGAGCCCUGUGUAUUGGAAUGGCUGCGCUGGCGUCACUUAUGGGAGCUUUGUUGCAGGCAGCACUCAGCGUAUUUGGUAUGGUUGGUGGACCACUUAUGGGCCUGUUCGCUUUGGGCAUUUUGGUUCCCUUUGCCAACUCAAUUGGAGCACUUGUUGGUCUGAUGGCUGGAUUUGCCAUUUCUCUAUGGGUUGGAAUUGGAGCUCAAAUAUAUCCUCCACUUCCUGAGAGAACAUUGCCAUUGCACCUUGAUAUCCAAGGCUGUAACAGCACCUACAAUGAGACAAAUUUGAUGACAACCACAGAAAUGCCAUUUACUACUAGUGUUUUUCAAAUAUACAAUGUUCAAAGGACUCCACUGAUGGAUAACUGGUAUUCUUUAUCAUAUCUGUACUUCAGCACUGUUGGAACUUUGGUAACAUUAUUAGUGGGGAUACUUGUCAGUUUAUCAACAGGAGGAAGAAAACAGAACUUAGACCCCAGAUACAUACUAACCAAAGAGGACUUUUUAUCCAAUUUUGAUAUUUUUAAGAAAAAGAAGCAUGUUUUGAGCUAUAAAUCACAUCCAGUGGAAGAUGGUGGAACUGAUAAUCCUGCUUUCAACCACAUUGAAUUGAACUCAGAUCAGAGUGGCAAGAGCAAUGGGACUCGUUUGUGAAGCUGCUCUGAUACUAGAUAUCCUUAAAUGAUGUUUCAAUUUUAUAUGUUUUCUAAGAUAAUUGGAUCAGGUUUUCUUUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUAUCAUGAGUGUUUGGGGGAUAAGUUUUUGUUAAAACAAAGUCUGGACUAUCUUCAUUUACUACAUCAUUAAUUGAUGUUACUCUGGAGUUUAGAAUUCUGGCAUUGACAUUUCCCUCUCUUUCCUUUAUUUCGAUGAAGCUAUAAUUGUGAAAAUUGUAACUACAUAGAUGCUGAAAGGCUAAUACACACAUAUGCACAUGUAUUUGAUUGUCAAAGGUAUAUUCUUAAAUUUGGGUAUUAUUGAAAAUAUUUUCCAUGCCUUGGUGCUAGCAUAUAAGUUUGGAAGUUUGCCAACAUCACAAUUCAUCUUGAAAAGAGCUUUUUUCCCUCCUACCACAUACACCAUUCUUAGGGAGCAAUGAGGUAACAGGUCUGUGUUGUCUAGAUCUUUGCUUUUUAUCCCCCUAUCAGUCCAGGGCAUAUACUAACCUGCAAACUGAUUCUGAAUCAGGAAGGUGGUAAUCAAUAAGUAUUCUGGCUGGGAAAGACCGUGGGCCCAAUGAUCAAAGUCUUCUUGGUGCUGUUCAUUAAUUCUUGUGCCUUUUGGCUUGUUUUCUAGAGUUUCUGGGCUUUGGCUGCUGAUACUGCCUUUCUUAGACUGUAAUUUUUAUCUGCAUGCCCAGUUUCUGACCUAUCAACUUGGGUUUUAUUGUGCACUCUAACUGAGCUUGUCUUCAUAAUUUUCUGUUUAUUGCCCUGGGCUUGGAUAUGUCUCAAGACACUCAUGUGAAUCAUGCCACCCCAAAUCCUGGCUUAUCAAGUCCCAGACUAUAAAUUAUGAACUCCCAUUAGCUUGGUACUAACAUAUACUUGAUGUAGGUAUUUAUGGACUUGAUGAUCCAAGAAUAUUAUAUUCUUCAAAAUGGUUAAGCUCCAUGGAGUUAGAUGACUACACUUAAUGCUAUUAAGUUGAACUUUUGAAUGUCAACUAAUUUGCAAUCAAUUAAAGAUACAUAUGCCUAGAAAUUUUGAAAUUUCGGUAUAUUUAUCCAGUUAAAGGGCUAAAUUAUAUAAGCAAACACUACUUUUUUUAAAACGUCUGGACUCAAAAAAUGCUUUGUUCCAUGUUUUAAAAUUUUUAAGUAGCAGUCUCAAAGUUGCUUAGCUGUUUAUUUUGCUAUGUUCCUAGCUAAGAGUUUGGUUAUAGGAGUUCAUCAAUAACUUAUUUUUUGUACAGUUCCCACAUUAGAUACUGUUUAAAAGUUCUUUUUUAAACUCAAUUUUUUUUAGAAACAUAAGAGAAAUAUUUAGAUACAUACAAAUGUUUUUAUGAUUAAAUAAUUUUAUGCUUAUUUUCUGAUACGUGUUAUUUAGGUAAUCAUGCCCUGUACAUUUAGAGGUUGCUAACUGACAAUGUUAAGAAAUUUAAAAAAAAAAAAAAGCCUGGGCAUGAUGGCUCAUGCUUGUAAUCUGAACAUUUGGGAGGCUGAGGCAGGAAGAUCGCUUGAGGUCCAGAGUUUAAGUCCAGCCUGGAAACAUAGUUAGACCUCAUCUCUACAAAAAUAAAAAAUAAAAAUAAAAAAAACUUAGCUAGGCAUGUUGCCACAUACUUGUAGUCCCAGUUAUUAGGGAAGCUGAGGUGGGAGGAUAGCUUAAGCCCAGGAUUUCAAGGCUGCAUUGAGCUAUGAUUACACCACUGCACUCCAGCCUGGGUAACAGAGUGAAAUCUUGUCUCUGGGAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1248.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1325.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 1185.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((.(((.((((((((((..((...((((((((((((((((...))))).......))))).(((((((...)))))))((((.......)))).))))))))..)))).)).)))).))).)))))).((((((......)))...))).((((((((((.(((((((...))))((((.((.(((((..(((((........)))))))))).((((((.((((.(((((..(((((.((((((((((...)))))))((((...))))((((...(((((((((..((..((((.(.......(((((((((((...))))).))))))).))))....)).....))))))))).....))))...)))))))).))))).)))).))))))............((((((.(((((.....(((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((.........))).....(((((((........).))))))(((....)))))).)))))))).)).))))))))).)))))))))))))))))).))))))((((((.(((.(((((......((((((((((((.((((((..(((((((((...(((((........(((....)))...((((.((......))))))((...((.((.(((((....))))))).))....))...((((......))))....((((((......((((.................))))..))).)))(((((((.......))))))).(((((((((.......)))))))))......))))).((((((.....((.(((((((....)))))))))..)))))))))))))..))..)))))).))).((((........))))..((((((((.((((((.(.....(((((((.((......))((((((((((...((((((..(((((((((..(((.((....((((.(((.((((..........)))).))).........(((((((...((((.(((..(((((((..........))))))).....((..((..(((.....(((((((...........)))))))...)))..)).)).))).))))...))))))).((((.((((((.(((((((......))))......((((((...(((((....)))))..(((((.......)))))(((.(((((((.........))))))).))).((((((.....))))))..(((((...(((....)))...)))))(((((.(((((((((((.(((.(((((((((...(((.(((.(((((((((((......((((((...((((((....))))))..))))))((((((((((((..((...))..))))))))).))).)))))))).(((((((.((((((((...((((((....((((.((((.((.(((..(((((((((..((((......))))((((((.....))))))...((((((..((((((((((((((((....((..((((.((....)))))))))))))).)))))).))))....)))))))))).)))))))).))))))))))))))....))..))))).)))..)))))))(((((.......)))))..))).))).)))...)))))))))(((((.......)))))((((((..(((.((((...(((...........)))))))..)))..))))))....((((..((.(((((.....))))).((.(((((((((......(((((...((((((.......((((((((((((.((((((.((((((((((..(((((...)))))..))))))...)))).))).))).)))))))..........)))))...........(((((..((.((((.......(((((.(((((((((((..(((....))).(((((..(((((.((..(((.(((..(((((((((.......(((((((((((...(((((((.....((((((..((((((.(((((((..((((((.......(((..((..((((..((.((((((........))).))).))..))))...))..)))..(((((((((((((((....((((..(....)..))))...))))))))))).)).))....))))))..)))))))...........))))))))))))))))))).)))))))))))((((((((((((((((((((((((((((....((((((...(((..(((((........((((((((....(((......((((((.....)))))).....)))))))))))....)))))..)))...))))))......((((((....)))))).(((((((.....)))))))))).))).))))).........))))))))))))))))))))))))))...))).((((.....))))......((((((....((((....)))).))))))(((((((..((........))..)))..)))).........((((...)))))))..)).))))))))))((((((............(((((.(....(((((((.(((((((.......))))))))))))))....).)))))(((((.((((...........))))...)))))(((((...)))))..))))))....))))))))))).))))).....)))).))..))))).)))))))))))...)))))))))))...........(((....))).......(((((...)))))))..))))))).))))))....))))).).)))).......)))))).(((.((((....((((((......))))))..)))).)))(((.....))).........................))))))))).))))....))))...)))))..)))))))))..))))))....))))))))))....((((...)))).......(((((((((..(((((((((((((.((((.......)))).))))))((((((((((((.((..(((((((...)))))))....)).)))))).))))))(((((((....))).))))..(((.....((((((.(........))))))).....)))..........((((.(((((((..((((((....))))))))))))).))))........)))))))....(((((.(((((.((((((.((((((((((..((((..((((......)))).)))))))))))))).....))))))..............((((((((...((........))...)))))))).))))).))))))))))))))......((((((((((((.(((((((((..((((((((.(((((((((....)))))))))...((((((((((......))))))))))...((((.((((....)))).)))).(..((((....))))..)....(((((...((((((((.((((........((((((......))).)))..)))).)))).))))..)))))...............((((.(((((......))))).)))))).)))))).....))))).))))..))))))))......)))))))))))))))))).))).)))))......(((((..(((((((((..(...................................((((...))))(((....)))..((((........)))).)..)))))))).)..)))))...))))))))).....)))))))).))))))........)).)))).))).)))))))))).(((((...........)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........{(((((,(((.((((((((((..({..,(((({,|{|((((((({,.,||||||{.....,|||.(((((((...))))))){|||}}},}.})}}.,)))))))},,)})}.)).)))).))).)))})).|||||,.,{{{{|,|{|.{||{,||||||||,.(((((((((,{((|{.,|}{||(((((..(((((........)))))))))),||{{||,|{||,||||(,.(((((,,,((((({((.,,}}||||},{({{{{||,.((((..{(((((((((..(((.((((.(.......(((((((((((...))))).))))))).)))).}}.},.....))))))))),}...)))).}}))))))}).))))}.)))).)))))}.,,})).})}}}((((((.(((((.....((((,,(((((((((((.((((((((((((((((((((((.........))).,,{{(((,,,,..}}}}}.}.}},,,.{{{....))))))})))))))).)),,)))))))},)))))))))))))))))).))))))((((((.(((.(((((......(((((((((.,((((,,,{.((,,,.||,,...}|||{.......{((({{{,|||,,{((((.{(......}}}||||....((.((.(((((....))))))).)).,|||,.{{(((({{....,,,,...((((((((({..,(({{..,{{,...,,,...,,)}))},,}},},.(((((((.......))))))).((((((((({.....,))))))))).....{{{(,|{((((({,{...(,{(((((((....))))))))).}))))))).))))((((((((|((((((({.((((,,......||||,.,,((({((,,,.{(((({{..{((((((({{,.,.,,,||{{({({{(((((((({{((..{{,{{||{{|}||||||,,,,{{{{|{|{|{|||||||{,,({,{|||{|||.........(((((((...((((.(((..(((((((.{{...,},.)))))))....,{(,.{,..{{{.....(((({({,..........}})))))|..|,}..,}.)).))).)))),..))))))},||{,.|{{||||||{(({(....,,||||{|....||{||||||((((,....})}}|,.(((((.......)))))|{(.(((((((........,})))))).)),.{{{(((....,)),}},.|{{{{{,,,|||,..,}}},,.}|||||{,{||||||||((({|,{|||(((((((((...(((,{,{.{((((((((((......((((((...((((((....))))))..))))))((((((((((((..((,..,),,))))))))).)}).)))))))),|((((((.((((((((...({((((....(((,,(({{(((.(((..(((((((({..((((......)))){(((((.....)))))}..,((((((..((((((((((((((((....{{..((((.((....))))))}})))))).)))))),})))..,.)))))))))).)))))))).))))))))))})}}.,,,))..))))).)))..))))))}{((((.......))))}..})).,)).)))...)))))))))(((((.......))))){(((((..(((.((((...(((...........)))))))..)))..)))))}...,((,,,{((((((((.....))))).}}}||{{|||{{...,,.{{{{(,..{{(((({{.....,.(({{((((((.((((((.((((((((((..(((({...}))))..)))))}..})))).))).))).)))))))}},,,,},..|||{|.,{{{.,{.,{(((((,,((.{(((....,,.{{{{{.{{{{||||{{{.,|||,.,}}}}|||{{||||{{{|||||,(((,{{(,,(((((((((,,..,,{(((((((((((...((((((({.,,,.{,,,,,,{((({,.(((((((..((((((.......{{{..{{.,((((..((.((((((........))).))).))..))))...}}..}}}..{|{((((((((((((....(((({{,....)},))))...))))))))))).)).}},,..))))))..)))))))..}}},..,..}},}},}}})})))))))).)))))))))))|{||{{||||((((({{{...,,,.,{||||}||||{{,|,||{..((({{...,,,,,(((((((,..{{{{{......((((((.....)))))).....})))))))))).,,.))))}.,)))...)))))).,,,,{,,,{,,.{,.{((.((.(((((((.....))))))).)).))).))}},,.}}}}},,}}}}}}}}}}}}})}}}}))))))))...))).|||||,,.,||},......||||{{....{{{|....}}}},}}}}}|{|||{|,.,||,.....,,))}.}}}..}))),,,}},,..,||}.,}}))}}}}.,,},})))})})))}{{{,|.,.,.,{.,,,,{{{{|,|..,,|{{|||{.{||{{{|.,.,,,))))))}})))))))....)})))||(((((,((((,,,........}}}}...}||||{{,,,.,,}))||||}))||},,,,}|||||}}}}},|||||,{,..}}}}.}|,,||||}||}},,,)))}}.}}))})))}},},....,,,,.,.||{....))).,,,...{{{||,,,,}))))}..}))}}}},)))}))}})})}}}},}.}}||,......,,.}}}|{((,((((....((((((......))))))..}}}).))}{{{...,,))),.|},....,,,,......}},}},}))))}))))}}})}},{{{{....)))),.,}})))...),.))))))}}..,,{{||||{,....((((...))))....,,,(((((((((..{((((({{(((((.((((.......)))).)))))|((((((((((((.((..(((((((...)))))))....)).)))))).))))))|(((({{..,,))}.}}}}..(((.{{{.{(((({,(........)))))))}}}..)))......,...((((.(((((((..((((((....))))))))))))).))))..,}},..})))))}....(((((.(((((.(((({{.((((((((((,.{(((..((((......)))).)))))))))))))).....})))}|{,,.......}}})||||{{{{...{{...,,,|,},...)))))})).))))).))))}))))))))).,},...,{{{(((((((.(((((((((..((((((((.(((((((((....)))))))))...{(((((((((......))))))))}}.,,{(({.{(((....}))}.)}}},|,,{||||,,,}}}||||.|{,({{{{,,,{{|(({{{.{||{,|||,|,.{{((({......))}.)))}}))}}.))))},)))..)))}},,,,,..........((((.(((((......))))).)))))),}))))).....)))))}}))).,||}}}},,.,.}}}|{{{||{.,||,|,....{{{|.,,)))).....,,}},))))))}...........,,,,....,...............,,}}}}}}|,,,}})))))}}}})))))))||||}}},..,,)))),)})))))})))})},}.})}...))))))))).....)))))))).)))))).,,,,.{,{,.{||,.}}|,}}},)))))}.|||{|,}.,,,}..,.))))))),,,.....
Back