Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_148842.3
Sequence Length
2343 nt
GC Content
0.5911
AGGACUGGUGUUAAGGGUCACGCAAGAUGGCGGCGCCCAGAGGCUGCUGAGGCGCGGAACGGAGGAUGGCGCUGGUGGCGUUGGUGGCUGGGGCUCGGCUGGGGCGGCGGCUGAGCGGGCCGGGGCUGGGGCGAGGGCACUGGACGGCGGCCGGGCGCUCCCGGAGCCGGCGCGAAGCGGCAGAAGCCGAGGCGGAGGUGCCCGUGGUCCAGUACGUGGGCGAGCGCGCUGCCCGCGCCGAUCGCGUCUUCGUGUGGGGCUUCAGCUUCUCGGGGGCGCUGGGCGUGCCUUCCUUUGUGGUGCCCAGCUCCGGGCCCGGGCCCCGCGCCGGCGCCCGACCGCGCCGCAGGAUCCAGCCCGUGCCCUAUCGCCUGGAGCUGGACCAAAAGAUUUCAUCUGCUGCUUGCGGCUAUGGAUUCACACUGCUGUCCUCUAAGACUGCGGAUGUUACGAAAGUCUGGGGGAUGGGACUCAACAAAGAUUCUCAGCUUGGAUUUCACAGGAGCCGGAAAGAUAAAACGAGGGGCUACGAGUAUGUGUUGGAGCCCUCACCCGUCUCCCUGCCUCUGGACAGACCUCAGGAGACACGGGUGCUGCAGGUCUCCUGCGGCCGAGCUCACUCUCUUGUGUUGACUGACAGGGAAGGAGUCUUCAGCAUGGGAAACAAUUCUUAUGGGCAAUGUGGAAGAAAGGUGGUCGAAAAUGAAAUUUACAGUGAAAGUCACAGAGUCCACAGGAUGCAGGACUUCGAUGGCCAGGUGGUCCAGGUCGCCUGUGGUCAGGAUCAUAGUCUGUUCCUGACGGAUAAAGGAGAAGUCUAUUCUUGUGGAUGGGGUGCUGAUGGGCAAACAGGUCUGGGUCACUACAAUAUCACCAGCUCGCCCACCAAGCUGGGUGGAGACCUGGCGGGAGUGAACGUUAUCCAAGUUGCCACCUACGGUGAUUGCUGCCUGGCCGUGUCCGCCGACGGAGGACUUUUUGGUUGGGGAAACUCGGAGUACCUGCAGCUGGCCUCUGUCACUGACUCCACACAGGUGAAUGUGCCCCGCUGCUUACACUUCUCAGGAGUGGGGAAGGUGCGACAGGCUGCAUGCGGUGGCACGGGCUGUGCAGUGUUAAACGGAGAAGGACAUGUUUUUGUCUGGGGCUAUGGAAUUCUUGGGAAAGGUCCAAACCUAGUGGAAAGUGCCGUCCCUGAAAUGAUUCCACCCACUCUCUUUGGCUUGACGGAGUUCAACCCAGAAAUCCAGGUUUCCCGCAUCCGAUGUGGACUCAGCCACUUUGCUGCACUGACCAACAAAGGAGAGCUGUUUGUAUGGGGCAAGAACAUCCGAGGGUGCCUGGGAAUCGGUCGCCUGGAGGACCAGUAUUUCCCAUGGAGGGCACCUGCCCCAUCCGCCAGCGCCAAGACAACAGGCCCACUCCUCUGAUUACCUCCGGGGGAUGGACGGCAAACAGGUAAGGAGUUCCAUGCAACUGCGGAUGGAGCCCCUCUGAGAAACACAUGCCCCUCCAAGUGGGGUCUGGGGCCUGGAGAGACCCUCCCACCCAGCAGACCAGGAGAUAGCUGGGGGACAAGGGCAGACGGCCCCUGCCUGGGAAAAACCACACUCACACCCCACCCCGAAGAGCUGUGGAGACCAAACCAAGACUACGCUACACACAGAACGCCGAGAAGAUAAACCAAGCUUUACACGAGCAGGAUGGGGAUGGGAAAACUAAAGGGGCCCCCUGUGACCGAGGAGCAGGGUCCCCAGGGGGCAGCUCCCACGGAGCGGGCUUGAACAGGGACCACCCCUGCAGAGCCAGCCAGGGCGGAGAGCCAUACCCUGGCCCCAGCGCGCCCCGACACACAUGCUUUUCUCCAUGACACGAGGCCAGUCCCCAGGAGCAGCCCCAGGAGCACAACCUGAGAUUUCUAAGCUUGCAGGUUACAAAAAACAAAAAAAACAGAGAAGCUGCCUGCGUAAAAAGUGCCACCCACGGAGGCAGGACACAGGCAGCGUGUGGCCCAUUCAGCAGGCCCAGGUCUUCAGGGUGAGGCUGCUGGCGAGGGCAGGGGAGAGGGGGCAUUCUGGUUAAAAGCAAGAAAUUCCAAAUACUCCUCCCUCGGGAUCAACAUCCCCCCAAAUAAGGGCGCCCAGGGAUCUUGCCUGGGGAAAGUGGGGUGCAGAAGGCAUGACCCACGCCACAGCGGGCUCUCAGCACCCUUCCCACGUCCCAUGUCACAGGCUCUUUGAGCUGCUGGCUUUGUUCUCUCAAGUCAGGUCUGAGGGAACCCAUCGGCUUCUGUAAUAAUCGUAUUGCCUAUAUACUUGAAUUAAAAAUAUAUGGUGGCUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-990.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1025.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 613.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((....)))..((((..(((......)))..))))((((.(((.(((.(.(.(((.((..(((.(((((((.(((((((((...(((.(((.(((.(.(((((.((((...((((((((((.(((((((..((((((((((.(((((((.(((((((((((((((.((((((((((((....)))).((((....))))(((((((.....((((((((.......))))))))..))))))).))))))))..)))))........)))))))))).))).)))).))).....))))))).))))))).)))))..))))))))).))))).)))).))).)))...)))))((.(((((..(((((.(.((((..(((..(((((((..(((((((..((.((((((.........((((.((((((((.((((.((.......))..))))))))))))((((.((......)).))))((((((((..((.((((((((((.............((((((.(((.......))).))))))(((((((.((((((..(((....)))...)))).)).)))))))(((((((...)))))))))).))))..((.(((((........))))))).((((((.....((((((((....))))))))(((.((.(.......).)).))).....................(((.((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((((...(((((((..(.(((((((.((.....)).))))))).)..........(.(((((((....))))))).)((((.(((((.....((.((((...............)))))).))))).).)))(((((((.(((.(((((........))....))).))).))))))).))))))))))))))))))((.(((.(((((.(((.....))).)))))))).))))))))).))))))..))).)))))).))))))))).((((......))))(((((((.((..........)).)))))))...((((..(.((((((.(.(((.((.((.((((.....((((((...((((((((.(((((...((((.(((((.......(((.((((((((((((......(((((...(((..(((........)))..))))))))...(((((.((((......)))).)))))..(((((((((((((((((((((((...((..(((.((.(((.(((((..((......))..)).)))..))).))))).)).)))))...))))))..)))))......))))))))))))....))))))).)))((((..((((((..(((.((((((((.........)))(((.(((((((........))))))))))..((((..(((...(((.(((((((.(......).))))))).)))))).........)))).((((...(((..((((((....((((.....))))..))))).)..)))))))...))))).)))...))))))...))))..(((((((.....((..........((((((((......(((((.........................))))).................((..((((.....)))).))..)))).))))..........))((((((((.((((.........))))..)))))))).(((((...))))).(((((...(((((.....)))))..))))).(((((((.((....))...)))))))))))).))))))))))).))))).)))))))).))))))..)))).)))))).).)))))))...)..))))...))).))..)))))))).))))(((......)))...............((((((((.((......((((.((...)).))))..)).))))))))..))))))))..)))))))...)))))))...)))..)))).).)))))))))).))(((.(((((.(((.(((................))))))...))))))))(((((....)))))(((......)))..((((((.......))))))....(((((((((.....))))..)))))))))))))).(((...)))..)).)))..)))))).).)))))).))))((((((((((((....(((((((((.(......))))))))))...)))))....((((((....))))))(((((((.((.......)).))))))).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{({....}}}..((((,.(((......))),.}))}((((.(((,{{{,{,{.((.{((..(((.((,(((((,((((((((,,,(((.(((.(((.(.(((((.((((...((((((({((,(((((((..((((((((((.(((((((.(((((((((((((((.(((((((({(((....}}}}.((((,..,|||}((({(((,....{{|||||,,|.,..))))))))),.)}))))).)))))))).})}))},.....,.)))))))))).))).)))).))).....))))))).))))))),))),))}))))))))).))))).)))).))).))}...}}}||((.(((((..,((((.(.((((..(((..{((((({..(((((((..((.(((((({...,,,{.((((,(((((((,{((((.((.......))..)))))))))))){(((.((......)).}}}|({((({{{,,((,((,{,(((,,...........{,((((({.(((.......))).})))))|((((((,((((((..(({....))}...)))).)).)))))){(((((((...)))))))),|{||||.|{{((((((........)))))},.|||)|},},..(((((((,....})))))))}}}..||||||,..,}|||||||......,,..,,,.|,{{{..,,|,{(((((.{({.,{..(((((((((((((.(((((((((((...(((((((,{{.(((((((.((.....)).))))))).,.......,..{.{((((((....))))))}.|(((,.{{(((.....((.{(((.............,.})))}||}}|||,|.,}}{{|||||.|||,|||{{,,,,,...),,...))}.})},))}}}}}.)))))))))))))))))){{.(((.(((((.(((,...,))).)))))))).}}})))))).)))))).}))).))))))|}}}}}}}}},|{((|,,...||||(((((((,((....,,,,,,}}.}}))))),.,((((..(.{(({{{.,}|,},||}}}{(((({.{{.((((((...((((((((.(((((...((((.(((((..{((((((,,{((((..(((,{...{{...,))...|.})).}))).,....)))))))}|||,,,,,,{{{{.{{{,{{{{{{{{..{|||,,..,,(((,((((({((({,({{,(({{..,..{||,|,,||{}||,,{..,{......))}}),})),.,,,,})))},..)})),))}}.}|||||{{|||}}..{(((.,,,,,..)))).{,.{((((((.({{((((..((((((..(((.((((((((.........)))(((.(((((((........)))))))}))..((((..((({..{((.(((((((.(......).))))))).)))))).........)))).({{{...|||{{(((((({...((((.....)))),.)))}}}),,)),}}}}...))))).)))...))))))...))))}}.)|))))))}.,|,..........(((((((({..,.,((((({,,................,},...}}}})..,.,,,....,.....,,..((({.....)))).}}.})))).)))).........,}}((((((((.((((.........))))..)))))))).(((((...))))).(((((...(((((.....)))))..))))).(((((((.((....))...)))))))))))).)}))))))))).))))).)))))))).))))))..}))))))))}}.,}})))))}...)..)))),,||||.|}..}}}}}}}}.})))||{........,...............((((((((.((......((((.((...)).))))..)).)))))))).,))))))))..)))))))...)))))))..,)))..)))).).)))))))))),|||.({(((((..{(,({(,.....,,.,,,,...)),....,,))))))))(((((....)))))(((......)))..((((((.......))))))....(((((((((.....))))..))))))))))}))}.}}}.}}))).)),.)))..)))))).},}}}}}),}}}},{(((({({(((....(((((((({,(......)))))))))),,,)))))....((((((....))))))(((((((.((.......}).))))))),)))))},.
Back