Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_152380.3
Sequence Length
3445 nt
GC Content
0.4801
ACUAGGACUGGAAGAUCGGGCUGUGUCUAGGCCGCUGUCCGCGAAAUCCGAGACGUUUUUUCAGCUUGGCUAGGACCGACUUCGCUGCCGGUUUGAGCUUUCUCUGCACUCGGGGGUCUCCUGCCGUCCUCGACCGGUGGCGUAACUUGGGAAGAGAUUCUGAGCAGAGCACUGGUUCAGAUUCUGAGGUCCUCACUGAGCGGACUUCCUGCUCCUUCAGUACUCACACUGACCUGGCCUCUGGUGCUGCAGGCCCUGUGCCUGCUGCCAUGUCUUCCAUGGAGGAGAUUCAGGUGGAGCUGCAAUGUGCUGACCUCUGGAAGCGGUUCCAUGAUAUUGGAACUGAAAUGAUCAUCACCAAAGCAGGCAGGAGGAUGUUUCCUGCCAUGAGAGUGAAAAUCACUGGCCUAGAUCCACAUCAGCAGUACUACAUAGCAAUGGACAUUGUGCCUGUGGACAAUAAAAGAUACAGAUAUGUGUAUCAUAGCUCCAAGUGGAUGGUGGCUGGCAAUGCUGAUUCCCCUGUGCCCCCAAGAGUUUAUAUACACCCUGAUUCUCUAGCUUCUGGAGACACCUGGAUGAGACAGGUGGUCAGUUUUGACAAACUCAAGCUUACCAACAAUGAGUUGGAUGAUCAAGGACAUAUCAUUCUGCACUCUAUGCACAAAUACCAGCCUCGAGUUCAUGUGAUUCGCAAAGACUUCAGCAGUGACCUUUCACCCACUAAGCCUGUUCCUGUUGGGGAUGGGGUGAAAACGUUCAACUUUCCUGAGACUGUGUUCACCACAGUUACGGCCUAUCAGAAUCAGCAGAUUACCAGAUUAAAAAUUGACCGAAACCCUUUUGCUAAAGGAUUCAGAGAUUCUGGGAGAAACAGAACUGGACUUGAAGCCAUCAUGGAGACAUAUGCAUUCUGGAGACCUCCUGUGCGCACACUCACCUUCGAAGACUUCACCACCAUGCAGAAGCAGCAAGGAGGCAGCACAGGCACUUCCCCAACCACCUCCAGCACUGGGACACCAUCCCCUUCGGCUUCUUCUCAUCUUUUAUCUCCAUCCUGUUCUCCUCCAACUUUUCAUCUGGCCCCCAACACUUUCAAUGUGGGCUGCCGAGAAAGCCAGCUGUGUAAUCUAAACCUCUCUGAUUAUCCACCAUGUGCCCGAAGCAACAUGGCUGCCUUGCAGAGCUACCCAGGGCUGAGUGACAGUGGCUACAACAGGCUUCAGAGUGGCACCACUUCAGCCACUCAGCCCUCUGAAACCUUCAUGCCUCAGAGGACUCCAUCCCUGAUCUCAGGAAUACCAACUCCUCCCUCGUUGCCUGGCAACAGCAAGAUGGAAGCCUACGGUGGCCAGCUGGGGUCCUUUCCCACUUCCCAGUUUCAGUAUGUCAUGCAGGCAGGCAAUGCUGCCUCCAGCUCCUCAUCACCACACAUGUUCGGGGGCAGCCACAUGCAGCAGAGCUCCUACAAUGCCUUCUCCCUUCACAACCCUUACAACCUGUAUGGAUACAAUUUCCCCACUUCCCCUAGGCUAGCUGCAAGCCCGGAAAAACUGAGCGCCUCUCAAAGCACUUUACUCUGUUCUUCUCCUUCCAACGGGGCCUUUGGAGAGAGGCAGUACCUGCCGUCAGGGAUGGAGCACAGCAUGCACAUGAUUAGCCCUUCACCCAAUAACCAACAGGCAACCAACACUUGUGAUGGCCGGCAGUAUGGGGCAGUUCCAGGCUCCUCCUCCCAGAUGUCCGUGCACAUGGUUUAAAGGCCAGUCCAAACACCACGGAGCAUUUGGCAAUCAAGGCCCCAGAGUCUCCGUGGUCAGAUCCUCCUCUUUGGGAGUCCAGUGUCUUUGAAAAACAGGAACCGUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUGGCCGAAGACAUAUACCCAAGAACAAGAGAUACCUUUAAGCCAGUGAAGGAUACUUGCGAUAGAAUCAUCCGCAACUCAGUGGCCAUUCUUCUGCCUUCCCAGACCUUAGUUUUAUAAAGCAUUGUCUGUUCCAGAGUGGCCUUUGAAGAGACUGAAUAAUCACUUCGUCAUAAUGUUAAGGGAGAUGCUAGUGUGUGGCAGCCAUGAAAAGUUACACAUACACACCCACAUACAGACAGACCUACCUAUACAUACGUGCACACACACAUACAUAUUCAUACACAAUUCAUACACAUGCAAUCAUACAUGCACACUGACUCUGAACUGGGUGAACUCUGUGGAGGGAGGCCCAGAAUGGGUGCUUUCACCAAGAAUUUGUCUGUGUACAACUCUAGAUGGAGUGGGCCAGCAGUAGCUGCCAGUCUUUCUCCCCUGCAGCUUCCUCUGCUUCUGGAAUGAACCAUGUAUCCUGGAGACCCUCCCAAUGGAUGAGAGUGGAAAGACAUCAGUACAACUGGACUUGGCUUCCGGAAAAAGAUUGCUUUUGAACUUUGGCUCUCUUCACUUGUAUGCUAUCAUUGAUAUUCCCAGUGGUGCCCGUGGAAAGAGGGAGAAAGAGAAGCUGAACAGGAGAAAGACAAACAGAAAGAAUAGAGAACAGGAACGAGGUGGAGAGCAAGACUGACAGAGAAAGUGUGAGCAAUGAUGAGAAUUUUAAUUCACCAAGGAGACGUGUUUUUGGUUUGUCCCCCCAAACCCCGCCCGCCCCACUACAGGUUAUGGAAAGAAUCAUGGCAUUACUGAGGAGUAAACCUCUCUGGCACACUGAGCAUGGUCAGGGCAUUGGUCAGAGGGACAGAGCAAGGAAUGCAUCCUGAGCCCACAGCUUUGACCACUGUGAUCCAGAAGAGAGGUGCACUACGUGGGAAGUGCUGAUUCCACAGCAUGCAGCCUGGUAGGGGAAGGAAAAUAAAAGGGUGUGAAGAAGGAAUAGUUUUAUAAUCUCGGAAGAUGAUACCAAGAGCAGAGGCAACAAAUAGAGGCCUGGCCUCCAGGUGCCGGAUCCAGACACCUGACCUAGAAUGCCUGCCCGCUAUCCCUGUGGCAGGAAAUAUCCCCUCAUGUCCCAGGGAAUUGCAGAUGGGUCUUCUAUACCCUUCUACCUGCCCUUAGAUCUCCAUUUUUAUCAAAUAGUACAUUGCAUUUUGAAGUUUUGGGUUUUGUCCUUCAUCUUUCCCUUUCCCUUCAAAUCUUUUAAUGGUAAGAAAGCAAGUGAAGCUUGGUGCAAGCUAAAAUUUUUAAAUGGUGUGGAAAUGCAAAUAAUACCAAGUAAAAUAAUACAGAUAUUAUUAAAGUUUCUGGUUUUGAGGUGUUGUAGAUAAAUGUAUUUAUGUGCCUAGUGGGGAAUCCAAUAUUAUGAAUAUGAAAAAGGGGGCAAUAAAAGGGUAUGUAAAAUAUGUAUGAAGAAAAGGUGUACAAAAAUUUGCCCUUAUGCACGGAACUCUGUUUCUAAGUGCCAAGCACAGAAAGCCGCUAAAUAAAAUCUUUGCAAUUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1055.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1125.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.((.....(((.(((....))).)))))))))(((((.....((..(((((((..(((((((.((......)).(((((((((((.(((.............(((.((....)).)))..))))))))))))))..(((((((((.((((((((.((((.(((((((.((((..((((.(((((.....((((((.....))))))..(((((......)))))...(((.(((((.((..(((((((((((((((((((.((((......(((((((((..(((((((((.(((..(((((((.(((((.....((((((((......))))))))...((((..((((.....((((((((((.....)))))))).))...))))..))))..........((((((...(((((....(((....)))...)))))...))))))........((((((......))))))...(((.(...((.(((((((((((...(((((((((((((((..((((((.((.................(((((((...)))))))((((((.......))))))((((....)))).((((((.............))))))(((((((.........)))))))((((.....)))).........((...(((((..((((...))))..)))))..)).((((....))))...............)).))))))))))))((((....))))......(((.(((((((.....))))))).))).......))))))))).....))))...................(((((....))))).(((((...(((((.......))))))))))..(((((.(.((..((.((....(((((...(((....))).))))).....)).))...)).).)))))))))))).))...).)))..)))))))))))).))).................(((...(((........)))....)))................))))).)))).)))))))))..(((((.((.(((.((((.((.......))))))..)))))))))).....((.((((((...........)))))).))((((((((.....)).))))))((((((.(((((..(((...((((((.(.((((((((((((...(((((((.(((((((.........)))))))((.(((((((............))))))).)).....((((....))))...........((..((.(((((...)))))))..))...)))))))...))))))).)))(((......)))...)))))))))..)))..)).))))))))).....((((((((((((.................))).))))))))).))))))))))).))........((((((.((((((((((.(((((...........(((.......)))...((((((((..((((((((((.((.(((.....))).(((((((((...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((((....))))))....((.((((((.(((.(((((.....(((....))).......))))))))........(((((.........))))))))))).)).((((((((((........)))))..(((((...(((((...(((.(((((((((((...........(((((((((.(((((((.......)))...))))))))))))).........(((((((((.((...(((((((((.....((((((......................))))))..))))))))))).)))).....)))))...))))))))))))))..))))).(((((...........))))).((((.(((((((((..........(((((..(.((((....)))))..)))))....))))))))).))))...(((.(((.......))))))..........)))))))))).(((((((((...........)))))))))...((((((....(((((((................(((......)))............................((((........))))..)))..))))...))))))...)))))))))))))(((((...)))))(((((((((..(..(((((((.(((...(((((....))))).(((.(((....)))))).((((((((((....(((((((.(((..((((((((....((((.(((((.((((...))))....)))))...)))).(((...(((((...))))).)))...))))))))..)))...........((((..(((((((..(.((...((.(((((((.......))))))))).)).)..)))))))..)))).)))))))....))))))))))...........))).)).)))))..)..))).))))))......))))))))))))))......((.((((........)))).))((((..(((.((((((.((((((((.(...(((..((((...(((((.(((((((((........))))))......((((......)))).........)))))..)))...))))...)))..).)))))))).)))))))))..)))).....(((((.........)))))........))))))))).....((((((........)))))).)).))))).)))))))))))))........))))))))))))..)))...(((((...(((((....)).)))....))))).))))))....)))).))))))))..))))).))))))))))))...)))).))))..)))))))......((((((.(((((((....))).....)))).))))))..((((...((((....(((((((((.((..(((((((.((((((((((.....((...((((((((.(((((.((((((((((..(((((((((((.(((...(((((((...............))...))))).)))))))....)).))))))))))))))).)))))((((....))))..((((((((...((((((....((((.(((.....))).)))))))))).)))))))).....))))))))..)).....))))))).)))..(((((...)))))......))))))).)).))))))))).......(((((...........))))).......))))...))))))))).))).))))))))))))))))..)))))))..))..........)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{{,{(((....(((.(((....})).)))}.})))|,|...}}}.{|..(((((((..(((((((.,{......}}.(((((((((({{(((........,....(((,((....)).)))..))))))))))))))..(((((((((.((((((((.((((.(((((((.((((..((((.(((((.....((((((.....))))))..(((((......)))))...(((.(((((.({..((((((((((((((.(((({.((((((((.(((((((((..(((((((((.(((..{((({(({.,(({,....((((((((......))))))))...,|||,,{|||....,||((((((((,...,)))))))).||,,{||||..,)))}}...,..,.((((((...(((((.,,,(({....}))...)))))...)))))),.......((((((......))))))..,(({..,{{,({((((((,((((...(((((((((...,(.(((.....(((({{..........,,..(((((((...)))))))((((((.......))))))((({....}))),}}}}}..,.,,,{{{{{...,,)))||{{{|{,..,{....|||||},(({(,,,..}))}.........|},,.||{{{..{{{|,..)))}..)}}}|{{{.((((({.((((((((.,....{{{{,,,{,..,)))}},))))))))}..},)},,))...}))}(((((((.....)))))))..)))......)))))))))..,,.))))...................(((({....})))).{((((...(((((.......)))))))))}...((({,({{.{{(,...}}},}||.}}}{((,{,..,(((((((|,...,|,.{{{{.|..{.{{{{..||...}}..)}))}.,)}})))))).))))))).,..}}.}},.....,},,|||...|||.}}}}}))),)},.))))....,},},.......))))).)))).)))))))))..,,{((.((,(((.(((,,((.......))))))..)))}}))}||,..(((((((((((...........)))))}...((((((((.....)),})))))((((({{((({(,,(((...((((((.(,{.((((((((((...(((((({.(((((((.........))))))),{.(((((((..,......}..))))))).}}.{{{{{(((....))))........,.......,.|{((|,||},,,))),.,))}))))))))...))))))},)))(((......))).,,,,,)))))}..))).,)).))))))))),,,..((((((((((((.................))).)))))))))....}))}))}},))}.......,,{((({(..{(((((,,(((((,,....,}}..(({.......}}}...((((((((..{(((((((((.((.(((.....)}}.(((((((((...(((((((.((((((({,{(((((((({,((((((((((....)))))).{{{,(((((({{,(((.(((((,....(((....}))....)}.)))))))).....,{.{((((.........))))),.))),})))))}}}(((((........)))))..(((((.,.(((((...(((.(((((((((((...,,,.....(((((((((.,((((((.......}}},,}))},)))))))))...,,.,{.,({((((((.{{...(((((((((,{{{{(({({,.,.,},,,,,............,,,},}..)))))))))}}.)))))},...,)}),,.))))))))))))))..))))),|(((({,......,},)))),.((((.(((((((((..,{......(((((..,.((((....)))),..)))))...,))))))))).))))...(((.(({.......))))))..........)))))......((((((({{.,,........)))}))))),}.((((((....(((((((................(((....,,)}}............................((((........)))}..)))..))))...))))))...}))))))))))))(((({...}))))(((((((((..{..{((((((.(((.{.(((((....))))).((,{(((....)))))).((((((((((....(((((((,(((.,(((((({,....{{{{.{((((,(({(...}}})|}..}}}}|,{{||}|,{,{.,,{{(((...}||||,..,...,))))),|..||,...}},,},..||||.,|||||{{|,{.{,...({.(((((((.......))))))))).))}),.,})))))}},,)),)))))))....))))))))))...........))).)),,)))}..}..)))}})))))},,,..})))))))))))))......,{.{,,{,{,....,))),.,,{(((..{((.{{((((.((((((((.,,..{((..((((,,,{{,{{.{({((((((|......})))))).,,,,,{(((,,....}})),,|||....}}}}}..|)),,.))))...))}..}.)))))))).)))}}}})),.)))),.|..{{{{|,,,...,,,)))))..,,,,..))))))))).....((((((........)))))).)).)))))},)))))))))))),.......)))))))))))),})),,,.},.......,,,,))))))},.......}.))))))))}....,))).))))))}}..))))).))))))))))))...)))).))))..)))))))..,,..((((((.((((((,.....,,,,,..)))).))))))..{{{(...((((.,,,(((((((((.{{..(((((((.((((((((((.....{{...((((((((.(((((.((((((((((.,{,{({{(((((.(((...((({(,{.{,{...........))...))))).}})))))}...}}.}))),)))))))))).})))){(((....})))..((((((((...((((((....((((.(((.....))).)))))))))).)))))))).....)))))))),,)}.,...)))))))},)),.,{{({...,}})),.....))))))).}}.))))))))).......{{{{{|,.....,,,,|||},......})))),,.)))}))))).))).))))))))))))))))..))))))).,},..........}},}}......
Back