Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_152858.3
Sequence Length
1727 nt
GC Content
0.4296
CGCUUCCCUUACUGAGCUUGCUGAGCUCCGGGGCCCGCGGAGCUCGCGCCAGGCUCCUGGGAAAGGACGGGGAGUGUUACCGGGGAGCAGCUGCUCCAUUGUGCCUCGAGGCCCCGAUCGGGCUAGGCCGACGGCCUCCCUCCCUUCACCUUUCCUCUCCUGGCGGGGUUCGGCGGCGGGCGAGUGACUGCGGCCACGCCUGAAAGGCGACUCUCCUGAUUCAAGAUGACCAACGAAGAACCUCUUCCCAAGAAGGUUCGAUUGAGUGAAACAGACUUCAAAGUUAUGGCAAGAGAUGAGUUAAUUCUAAGAUGGAAACAAUAUGAAGCAUAUGUACAAGCUUUGGAGGGCAAGUACACAGAUCUUAACUCUAAUGAUGUAACUGGCCUAAGAGAGUCUGAAGAAAAACUAAAGCAACAACAGCAGGAGUCUGCACGCAGGGAAAACAUCCUUGUAAUGCGACUAGCAACCAAGGAACAAGAGAUGCAAGAGUGUACUACUCAAAUCCAGUACCUCAAGCAAGUCCAGCAGCCGAGCGUUGCCCAACUGAGAUCAACAAUGGUAGACCCAGCGAUCAACUUGUUUUUCCUAAAAAUGAAAGGUGAACUGGAACAGACUAAAGACAAACUGGAACAAGCCCAAAAUGAACUGAGUGCCUGGAAGUUUACGCCUGAUAGGUAAACAAAUCAUACUCCCCAGUCAAGACUUCCCUGACAGUCCCACUACGAGAAAGCUGUGGUGGGACAGCCAAGUACUCGUUUCCACACCAAGACUCAGACUUUUUGAGCCAAAAAAAAGCCACAUUCUUACACUGUCCAGCUUGUAAUGGUUAAUGUAAAACUUACCAGAUGAACCUUGUGUUUCAGCUUUUUUCUUUUCCCCUUCCCCUUGCUUCAGAGGCCUGAUGGCGUCGGACUAUUCCGAAGAAGUGGCCACCUCCGAAAAAUUCCCCUUCUAGAACAUGUAGACACUUGAGAAAUGUUUCUGUUUGAAGAAAAUAGAGGGAGAAACAGAAGUCUUAAGUCUGUGGCACACUGUGUCUUCAGACAGUUUGAAGGAAUGAAAACCUAGAGAUUUUAAAUCAUGAAUUGAACAUGUAAAAUUCCAGUAAAAUGUAAAAACGGAAUAUGCAUCGCUCUUAACCUUGAGCAUAGUGACUUAGAGACACUGUGUAUCAGUUUUGCCAAUAAGACUGUGGACUUCAUGAUUGUUGUUGAACUUCUGGGUCAAAACUCAAAUGAGGUGAAUUUUGCCUUUAAAGGGUUUAUUUGCUGAGAACCAACUUUCAAUAGUCAUGAGAGAAUCAAAUAAUAGAUGUCCGUACAAGUAGCGCAUAUAUUUAACCAUUUAGUUUGGGGCUCUAUAUUACUUGCUUGAGCCUUAAUCAAUGUGGUUUUAUUCAAUGGUUUGUUCUUUGAAUGGUUGCAAAAACUGUAGAUAAUCUUACUGAGGACUGUACAAACAUGAAGGUGUGGUAUCAAACUUCAGGUUGAAACUGUUUGAAGCAUUAUAAACAUUCAUUUCACAACUAGAUUGUAUAAGGAUAUUAGCUGUGAUGAGACUCACUGCAUUAUUUUUUUUAGUGAAUUUUAUGAAAUCCCCGUUCCAUUCAACAGGCACAUGUUUAAAAGAGCUUUGUCGUUGGUGUUAAUGGGGGAAUGUGUUCCUUCAUUGUAUUUGGGCCUUUUGUAUUGCACUCUUGAUAUUAAAUUAAAUGUGCCUUGAAA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-488.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -523.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 333.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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