Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_152866.3
Sequence Length
3556 nt
GC Content
0.3780
ACUCACCCUCCCAGUGUGCUUGAGAAACAAACUGCACCCACUGAACUCCGCAGCUAGCAUCCAAAUCAGCCCUUGAGAUUUGAGGCCUUGGAGACUCAGAUCCUGAACAAGAGAGAACAAAAUCUCUACUUUGAUGGAACUUCCAUUCUGUGGGGAAGAGACUGACAAUAAGCAAUUAAAUAAAUAAGAACUCAGCAGUAGGCCUUGCCUCAGAUCCAAGGUCACUCGGAAGAGGCCAUGUCUACCCUCAAUGACACUCAUGGAGGAAAUGCUGAGAGAAGCAUUCAGAUGCAUGACACAAGGUAAGACUGCCAAAAAUCUUGUUCUUGCUCUCCUCAUUUUGUUAUUUGUUUUAUUUUUAGGAGUUUUGAGAGCAAAAUGACAACACCCAGAAAUUCAGUAAAUGGGACUUUCCCGGCAGAGCCAAUGAAAGGCCCUAUUGCUAUGCAAUCUGGUCCAAAACCACUCUUCAGGAGGAUGUCUUCACUGGUGGGCCCCACGCAAAGCUUCUUCAUGAGGGAAUCUAAGACUUUGGGGGCUGUCCAGAUUAUGAAUGGGCUCUUCCACAUUGCCCUGGGGGGUCUUCUGAUGAUCCCAGCAGGGAUCUAUGCACCCAUCUGUGUGACUGUGUGGUACCCUCUCUGGGGAGGCAUUAUGUAUAUUAUUUCCGGAUCACUCCUGGCAGCAACGGAGAAAAACUCCAGGAAGUGUUUGGUCAAAGGAAAAAUGAUAAUGAAUUCAUUGAGCCUCUUUGCUGCCAUUUCUGGAAUGAUUCUUUCAAUCAUGGACAUACUUAAUAUUAAAAUUUCCCAUUUUUUAAAAAUGGAGAGUCUGAAUUUUAUUAGAGCUCACACACCAUAUAUUAACAUAUACAACUGUGAACCAGCUAAUCCCUCUGAGAAAAACUCCCCAUCUACCCAAUACUGUUACAGCAUACAAUCUCUGUUCUUGGGCAUUUUGUCAGUGAUGCUGAUCUUUGCCUUCUUCCAGGAACUUGUAAUAGCUGGCAUCGUUGAGAAUGAAUGGAAAAGAACGUGCUCCAGACCCAAAUCUAACAUAGUUCUCCUGUCAGCAGAAGAAAAAAAAGAACAGACUAUUGAAAUAAAAGAAGAAGUGGUUGGGCUAACUGAAACAUCUUCCCAACCAAAGAAUGAAGAAGACAUUGAAAUUAUUCCAAUCCAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAACAGAGACGAACUUUCCAGAACCUCCCCAAGAUCAGGAAUCCUCACCAAUAGAAAAUGACAGCUCUCCUUAAGUGAUUUCUUCUGUUUUCUGUUUCCUUUUUUAAACAUUAGUGUUCAUAGCUUCCAAGAGACAUGCUGACUUUCAUUUCUUGAGGUACUCUGCACAUACGCACCACAUCUCUAUCUGGCCUUUGCAUGGAGUGACCAUAGCUCCUUCUCUCUUACAUUGAAUGUAGAGAAUGUAGCCAUUGUAGCAGCUUGUGUUGUCACGCUUCUUCUUUUGAGCAACUUUCUUACACUGAAGAAAGGCAGAAUGAGUGCUUCAGAAUGUGAUUUCCUACUAACCUGUUCCUUGGAUAGGCUUUUUAGUAUAGUAUUUUUUUUUGUCAUUUUCUCCAUCAACAACCAGGGAGACUGCACCUGAUGGAAAAGAUAUAUGACUGCUUCAUGACAUUCCUAAACUAUCUUUUUUUUAUUCCACAUCUACGUUUUUGGUGGAGUCCCUUUUGCAUCAUUGUUUUAAGGAUGAUAAAAAAAAAUAACAACUAGGGACAAUACAGAACCCAUUCCAUUUAUCUUUCUACAGGGCUGACAUUGUGGCACAUUCUUAGAGUUACCACACCCCAUGAGGGAAGCUCUAAAUAGCCAACACCCAUCUGUUUUUUGUAAAAACAGCAUAGCUUAUACAUGGACAUGUCUCUGCCUUAACUUUUCCUAACUCCCACUCUAGGCUAUUGUUUGCAUGUCUACCUACUUUUAGCCAUUAUGCGAGAAAAGAAAAAAAUGACCAUAGAAAAUGCCACCAUGAGGUGCCCAAAUUUCAAAUAAUAAUUAACAUUUAGUUAUAUUUAUAAUUUCCAGAUGACAAAGUAUUUCAUCAAAUAACUUCAUUUGAUGUUCCAUGAUCAAGAAAGAAUCCCUAUCUCUAUUUUACAAGUAAUUCAAAGAGGCCAAAUAACUUGUAAACAAGAAAAGGUAACUUGUCAACAGUCAUAACUAGUAAUUAUGAGAGCCUUGUUUCAUAACCAGGUCUUCUUACUCAAAUCCUGUGAUGUUUGAAAUAACCAAAUUGUCUCUCCAAUGUCUGCAUAAACUGUGAGAGCCAAGUCAACAGCUUUUAUCAAGAAUUUACUCUCUGACCAGCAAUAAACAAGCACUGAGAGACACAGAGAGCCAGAUUCAGAUUUUACCCAUGGGGAUAAAAAGACUCAGACUUUCACCACAUUUGGAAAACUACUUGCAUCAUAAAUAUAUAAUAACUGGUAGUUUAUAUGAAGCAGACACUAAGUGCUAUAGACACUCUCAGAAUAUCAUACUUGGAAACAAUGUAAUUAAAAUGCCGAAUCUGAGUCAACAGCUGCCCUACUUUUCAAUUCAGAUAUACUAGUACCUUACCUAGAAAUAAUGUUAACCUAGGGUGAAGUCACUAUAAUCUGUAGUCUAUUAUUUGGGCAUUUGCUACAUGAUGAGUGCUGCCAGAUUGUGGCAGGUAAAGAGACAAUGUAAUUUGCACUCCCUAUGAUAUUUCUACAUUUUUAGCGACCACUAGUGGAAGACAUUCCCCAAAAUUAGAAAAAAAGGAGAUAGAAGAUUUCUGUCUAUGUAAAGUUCUCAAAAUUUGUUCUAAAUUAAUAAAACUAUCUUUGUGUUCUUUUCUGCAACAGAUGAUUCCAACAUGGGUGUUUGUCUAUUCUUCUUUACUCUUGAAACAUUAGACCAUGGGAGGCUCUUACAGCCUUGAGUUGAUAUUUAUACAACCCAAAUCUAGGUUUGAACGGUGAGGUGUCAGGUCAUCAAAUAUUCAUGUCUAUAUAGUCUUACACAGGUUCUCAAAAAAAAUGUUCAUGGGAUAGGUCAUUGAUAAUGGAUUCCUUAUUCUGAGAACUCCAGACGACUGAAAUAUAUGAGAGAAGGAAAAGGACAUAGUAGGAGCAGGCCUGAGAAAAAAAUGAAAGUCAGAAAUCUUUAAAAAAAUACAAGAUCUUAUUUCUAUCUUAUUUUUUCUCCUCUUCUGAAAUAUAUAUGAGGAUUCCUCUCCAAACCCAUGGUUUCUCUAAGAAUUUUGAGUCAUUUGUAUGACCUCAAAUAAUUAGUUUUAGCUGACCUCACAUAACUCCUUAUAAUAGGAGACAUCUUUAAUGUCUGCUAUUAAAGAAGGAUGAAAAUUCCUAUGACCUUCUCCCCGAUUAUCCCUUUGGCAAUAUAGAGUCAAAUAAUAACAUUGACCAAUAGUAAACAUGCUUUGCCAAGAAGUAGAAGAUAUAUUCUCUAGCCUUAGUUUUUCCUCCCAAUUUGCAUUUUUGUAAAAAUAAUGUUGUAUCCACAAAGGAAAUAAACUUUAAAAACCCAAGUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-861.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -934.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 791.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((((((..............))))..))))......((.....))..........((.((((.((((((((..........))))))))((.....))((((((....(((((((((((((((((...))))))...((((((.(((.((((.(((((((((.(((..((((.((..(((((((((((((...(((((...(((.((....)).))).)))))...))))))((((.((((...)))).))))...)))))))..........(((.(((.((.(((((((.............))))))))).)))))).)).))))..))).))).)))))).))))(((((.(((((((.............(((((.....(((((..(((.(((((..(((...)))...))))).)))..)))))......))))).............((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((.(((......)))...))).)))))))))).(((((.........)))))............(((((.((((((.......))))))..)))))......((((......))))....((((((.....((..(((((((((........(((((((((((((.(((((((((.((.............))))))).))))))))).........))))))))..((((((((((...((((((((((((((.(((((...(((((((((.(((((((((((..................(((((((...))))))).((((((((......))))).))).((((...(((((....)))))....))))..(((((((........(((.....)))................(((....)))(((((((.(((.....(((((....((((((...))))))...))))).....)))))..))))).)))))))....((.((((((((((((((.((((((((....(((......)))..))).)))))...(((((((((((........((((..((((.((...............((((((((................))))))))..((((((..............)))))).......(((((((((((.((((..(((((((..((...((((.((.(........).)).))))...)).........((((.((............)).)))).))))))))))).)))))))))))...)).))))))))....)))).........)))))))..((((((((.((((((((((((......(((.((((.((((((.((((...((((((((((.......)))))...(((((.((((...))))))))))))))))))..)))).))..)))).)))...((((........))))..(((((((......))))))))))....))))))))))))).)))).....(((((((((((((...)))))))....))))))...((((((((((((((((...(((((((((.(((((((.........))))..(((((((((((((((.....)))))............))))))))))...............))).)))))))))..((((..(((....)))...)))))))))))))))))))).......(((...........))).)))))))))).)))).)).((((...(((.((((((..(((((((((((.((.((.....))..)).))))))).................(((((((...)))))))((((((((......((((((((((...((((.......................))))....)...))))))))).........)))...)))))......................))))..)))))).)))....))))(((((..(((((.(((((((...))))))))))))..))))).(((((((...(((((((....)))).))))))))))))).))))))))...)))))))))......(((..(((((((((.(((...........))).)))))))))..)))...(((......((((..((((((............(((.((((.(((....))).)))).)))............))))))..))))....)))...(((.((((((((((....)))....)).))))).))).....((((.(((((((.((((((.(((((((.((((.............))).).....)))))))..))))))...((((((((...))).))))).((((((((..(((.(((....)))........((((.(((((((..(((........)))..)).))))).))))...(((((((..(((..(.......)..)))..))))))).....................)))))))))))...((((((((.........((((((((.((.((((((.((((((((.............))).))))).)).))))))))))).))).........)))))...)))...))))))).)))))))))..)))))).)))))))).))))).))))))).))))))).)).....)))))).........)))))))).)))))))))..........((((((((..(((((((((((((((((.((........((((((...((((((((..................((((((((((((((.....((((.......(((((((((((((.........(((((((.((.((((.(((((...(((((((((.....)))))(((((....))))).....))))..))))))))).)).)))))))...........))))))))))))).......))))........((((((........((((.((((((((((((((...)))))....))))))))).))))..(((....))).......))))))..))))))))))))))..))))))))..)))))).........)).))))))))).......................)))))))).))))))))...))))))))........((((...))))...(((((...)))))..((((....((((((((((....)))).))))))...)))).....)))...))))...)))))(((.((((((.((((((.....)))))).))))))))).((((.......)))).....))).)))))).........(((((((......(((((.........)))))....((((....)))))))))))))))))).))))...))))))......((((((((((.......((((...((((....))))...)))).......)))))..))))).........)))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........,,{((((({{{.,........,||},..}|||..,,,,{,,{,,.|,.,,{{{,,,.,...,||.}}}|||||||,,|||}}..||||...}}}}..,{{(((((,....{|||||{{{{,((((((...}))))}.,,{((((({(((,,{{{.,,,,{{,{{.,{(,{(((({(,,.(((((((((((((...(((((...(((.((....)).))).))))).,.))))))((((.((((...)))).))))...))))))},{,,{{{...(((.(((.((.,,,,(((,....,,,}....,))})))))})))))),.,.,,,)}.)))})))}}|,|||,||(((((((,(((((((.............(((((.....(((((..(((.(((((..(((...)))...))))).)))..)))))......))))).................((.(((((((((((((((((((((((...((((((((.(({......))}...))).)))))))))).(((((.........)))))....,{,,,,..(((((.((((((.......))))))..)))))....,{((({......)}))}...||||||.....{{..((((((((((.....{,((((,{{{(({((,(((((((((.((.............)))))))},)))})))),,...}},.,|||||,,..,,,{|||||{...((((((((((((((.(((((...(((((((((.(((((((((((..................(((((({...})))))).((((((((......))))},))).(({{...(((({....)))))....))))..(((((({........(((.....)))................{({...,||,(((((,..{{(,,,,,(((((....((((((...))))))...))))}.....))))),,))))).))))))),,..{|.((((((((((((((.((((({((....(((......)))..}}}.)))))...((((((({{{{........((((,.,(((.((...............((((((((......{.........))))))))..((((({........,}....}}}))).......{((((((((({.((({,{(((((((,.{{...((((.((.,.,......).)).))))...||.,....{({,,,,.{,............)),)}})}))))))))))).)))))))))))...)).))))))))....}}}}.........)))))))..(((({(({{((((((((((((......(((.((((.((((((.((((...((((((((((.......)))))...((((,,((((...))))))))))))))))))..)))).))..)))).)))...((((........))))..(((((((......))))))))))}...,}))))))))))}.)))).....(((((((((((((...)))))))....)))))}..{((((((((((((((((...(((((((((.{({((((.........)))),|{((((((((((({((.,,..,,,,).,,.,,.,,...)))))))},....,|||,.......))}.}))))))))..((((..(((....)))...)))))))))))))))))))}...,,,,(((...........))).)))))))))).)))).}}.((((,..(((.((((((..(((((((((((.((.{,.....,}.})).))))))),...,...........{(((((((...,))))))|,{{,{{{......(((((((((,...((((.......................))))....,...)))))))))..,..,,,,}}|...}}))),..,,.,,..............})))..)))))).)))..,.)))){((((..((((,{(((((({...})))))))))))..))))).(((((((...{{(((({....}))),,}})))))))))),})))))))...))))))))),,,...(((..(((((((((.{({...........})).)))))))))..)))..}||,....,.((((..((((((...,,,......(((,((((.(((....))).)))).}))}}}.,.......))))))..))))....,,,...{((.(((((((,,(,....,,..,,)).))))).))).....((((.(((((((.((((((.(((((((.,{,{,............,}}.,.....)))))))..))))))...((((((((...))).))))}.((((((((..{({.{{,....|))........((((.((((({{..({(........))),,)).})))).))}}...,,,((((,.,,,,.},,}....,..,,,..||||||,...}}}.}}}.......,,..))}))))))))..,(({(((((.........{({(((((.{{.((((((.((((((((.............))))))))).)).))))}}))))).}}}.........))))).,,)}}...))))))).)))))))))..))))))}}))))))).})))),)}},))).))))))).)).....}}}}}}.....,...))))))))})))))))))),)}......{{{{,,,,.,{(((((((({{{{||||,||........|{{{{{...|{{((({|,......,,...,,,,..{((((((((({(({.,..,||{{..,....{((((((((((((...,,,,{,(((((((.((.((((.{((((...(((((((((.....)))))|{{{({{,,||||,,,|,.)))}..))))})))).)}.))))))).,..}),,...))))))))))))}.....,.|||}......,{((((({........((((.{(((((((({{(({....}}})},.,))))))))),)))),.{{{..,,))).....,.}))}}|..|}))})))))))}},|}}}))}}|..})}|}}....,,...}}.}}}}}}}}||,.....,,,,.,|||,....,,)))})))),))))))))}||{,}}}},.........||||,..}})),,.,,{{{..,))))}..{{{{,,..((((((((((....))))},)))))...|||||....)})},.)})}...}}}}}||,.((((((.((((((.....)))))).)))))).|||||||.......})))....,)))}))}}},........,(((((((....{.(((((.........)))))}...{(({....}))}))))))))}}}}||||}}}...})))))....}}||||||||||.....,{((((....}))}},..|||.{{{||.{{{....,))),},,)})..,.......))))})).
Back