Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_152990.4
Sequence Length
2073 nt
GC Content
0.4385
AGUCCACUCUGCACCCAACCUCAGCGGGCGCACUUUUCUGAGUUGCGCAUACCCUCUCAAUUAUUAAAGGUUGCAGACGGAAAAGUUAGUAGUUUUCGGAAUUGUAGAAUACGCUCGUGCAGCGCCAGGACGGCUAAUGCUUACCCGAAAAUGUGGAACCCUGAUCUCCCCAUGCGUGGAGCGAGGUUGGAGGUAGCGUAGUAAGAAUACUGGAGUUGCUUAAACGCAUUUGCUCGAAAGUCACUACCCUGGAUAUACAUUCUGGCCAAAAGAAAGGGGGAAAAACUCCACAUUUUUCUCAAAUACUGAGUUUCAUGAAGAGAACCUCCAACAAAUGGUAUAUAAAGGAAAACAAAGCAAACAAAAGAGGGAAACUUUGCAAUUUAUUAACUCAAGCAUGAAAAUACAGAAAAUAAAGAGGGCUCAACAUACUUGGAAAAGGAAAAAACAUGAAGAAAAAACAUGAUGGCAUUGUUUAUGAAACUAAAGAAGUUCUCAAUCCAUCUCCCAAAGUAACACAUUGUUGCAAAUCACUGUGGUUAAAAUACAGUUUUCAGAAGGCAUACAUGACCCAACUUGUCAGCUCCCAGCCAGUUCCAGCCAUGUCAAGGAACCCAGAUCAUAAUCUACUUUCUCAGCCCAAGGAGCAUAGCAUUGUUCAGAAGCAUCACCAGGAGGAAAUAAUUCACAAGUUGGCCAUGCAGCUGAGACACAUUGGGGACAACAUUGAUCAUAGGAUGGUUCGAGAGGAUCUUCAACAGGAUGGCAGAGAUGCACUAGAUCAUUUUGUCUUCUUUUUCUUUAGAAGAGUUCAGGUGUUGCUGCAUUUUUUCUGGAACAACCAUUUGCUGUAAAAGGAAAGUAAAGGUCAAGUGGUCAAGUUCUGUUUUCUUUUUACCCUCUGAGAAACAUGAAUCCCACUGGGACAGAUGGGAAGAACACCCUUCUCCGUCUCCCUCUUUUUGUACCCAUCACUGUUGGUCUACACCCAGUUUGUUGAAGAACUGCGGGUUCACGAGCCAUUUGUCUCUUCGGAGGAGCUAGCUAUGAGAUGUCUGCGAUCACAUCACGGUAAAGCCCAAGGAGUAAUUAGGACCCCAGGAAGCCUUGCUGCCCAGAAAACACCAGCGCUGUGGAUGGUCCCAGGGCUCCUUGUGAGGAAACCUUGAACAUUUCCUUCCAGGAAUGAAAGAGAACCUCGUCCUCAAACUAAAGGCCACAGAAAUGGGCACUACCUCCUGGCCCACUCCCUGGGCACCAUGCCCUCUGGUGACCUGUUGGCUCCACUCUUGUCACUCAUGUCCAGAUCUGCAGUGCCAGCUUCUCCUUCUCGGUGACAUGUCACCUCCCUGCCCCAAUCCUGGCUCCAACCCUCUCUGGAAAAUCGAAGUGAAACAUUUGUCUCUAAUACUCAAAUUCAACAUAUGGCUCAUCUCAUCUACCUUCCCAUUUCCAUGCCUAGAGGCCCCACUACUACCACUAGCACCGUUGGGUGUUUCCUUCUCAGGCUCUGAUUCUACAACAUUUACGUUCUUUUCUCACCUUUGAUCCCCUCACUCCUCUGUGACCCCCUUCAAGUCUUCCUUCACCACUCCAGUGUUUUCCCAUACCACUCGACCCUGCUCGAAGGUAUCUUUCCCUGCUCUGUCAUCCUCUUUUAGGCAUGCCUGCUUAAAAUCGGGAGUGCUUAGUCCUUGGCCAACAGUCCUGCCUUCUAGAAGAAUGUAAGACCUGAAAGAGUUAUGAAUCUAUCACUAGGCAAAAACUUCUCUUUUCCUAUUGCUGGAUGGUUUUGCUAUUAUUGGUUGGUGGGCCCUUUGCCUGUGGAAUGUAUUUCACUCAUUCUCUCCUGCACGCUGUUAGGCAGUUCUUUCACCUGCAUGCUUCUUCUUUUACCUUUUUGUCUACCUCAUAGUCCCUCUCUCCCCUCCUUUAAAAGAAUUAUAAAUAUUAGGAAAGCUUGUUGUUAUAAAUUAAAAGUUUACAUAUGUAUCUUGAGUUCUUCAUAGGGGAAGUGUUAUUUUAAAAAAUUCUAAAAAUGAAAUAAAUAUUGUUAUUUUAUUGAGCAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-526.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -565.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 639.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((.((..((.....))((((((((....))).)))))....................)).))))))(((..((((((((.(((((.((..(((((((......)).)))))..))))))).))))..))))..))).....))))).............((((((((((..(((((.(((((.(((((.(((.(((....((((((((((((..((...(((..((.((.........((((.(((((((((((((((.(((..(((((((...(((..(((....((((.....))))....)))..))).(((..........))).......((((((((............((((((((((((((...............)))......((((((.......(((((.((((.......(((((((((.......((.((((.......(((((.((((.......((((.....))))..))))))))).......((((((...)))))).....((((((.......))))))..(((((.(((.....((((.......)))).......))).(((((...........)))))..((((....))))...............(((((.(((.((((..(((..(((((((((((((((..........((((((((..((((((((.((((...(((((((((....(((((((((((((..((((((((.......(((((..((((....(((((.((........((((((........))))))..)).)))))..)))).....))))).....(((.((((((..........)))))))))..(((((....(((((((((.(((..........)))))))).)))).)))))((((..(((((((((......)))).)))))))))))))))))...))))).))).))))).((.((((((((......)))))).))))....((((((...(((...(((((((.((.........(((((........)))))..(((...(((((.(((((.....((...((((((.(....(.((((((.............((((((.((((...(((((((((.(.(((((((.........))))))).)))))......(((...))))))))...))))....))))))...)))))))...))))))).))))))).))))))))..))))))))).)))....)))))).....))))).)))))))))))..)))))..)))))))).))))))).)))))..))).......)))...)))).)))))))).........((((((...(((((((..(((.(((..................))).)))..)))..........))))...)))))).(((((((((................((((((....))))))..))))).))))))))))))).)).........))))))))).....))))..))))).....)))))).........)))).)))))))..........)))))))).(((((..((((......)))).))))).)))))))..)))((..((((.(((((((((....)))))))))..))))..)).......)))))).((((.((((((..((((......((((((((..............(((((.((.((((.((((.......)))))))).)).))))))))))))).....))))..))))))........)))))))))))))))))......)).))..))).))..)))))))))))))))...)))))))).)))))...)))))....)))))...............((((((.......(((((((..(.((((...(.((((((...............)))))).)....)))).)..)))))))...))))))........................((((((((((......))))))))))..)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{({{((((({.{,..{{...{.||((((((((....))),}))))....|,.,,...........))}))}))),{(,,{{(({{((,({{{{.((..(((({{(....,.}|,|||||.,|||||}},|||||.||}}.,|||,..,,|}|||.,.....,,{{{,({{{{.,||{|.||||||||{{||{{,{{(({,,((,{{{{{(((((((......))}.,,|||}.,..,},,,,.,{{{,,({{{{{.{{{(,,.....}}},.(((((.....(((..(({....((((.....))))....}))..)))..|}}}}.......|)}}}}}..}||,..,,,.|||,.......((((((({{{{{{{............,,.|},,|,...,{{{{{......,(((((.({{{......,(((((((((..,,...{(.(({{.......(((((.((((.....{,{{((.....)))),.))))))))).......((((({...}))))).....((((((.......))))))..{{{{,.(((.....((((.......)))),,,...,})|.{{{{{,{{,.,{..,,||||}..((((....}}}}..,,,,...{,,..,((({{.,{(,({{{..{{(,.({{((((((((((((..........((((((((..((((((((.((((...(((((((((....((((((((((((({.((((((((,.,,,,.{((((,{(((((((((({,,.{{.{,,,,..((((((........)))))),..,})))}},.,))))}}}}})))),,...(((.((((((..........)))))))))..(((((....(((((((((((((..........)))))))).)))).)))))((({.,(((((((((......)))).)))))))))}))))))).,.))))).)))}})))).,{.((((((((......)))))).))}}....((((((...(((...{((((((.((..,,...,.(((((........)))))..(((...(((((.(((((.....((...((((({,(...,(.((((((.........,{{.(((|((,.,,|}}}}},))|{{{||,(((((,..{{,...{,||||||,.,))))}}}...|||...}}}|}}}},.......,||||,||,...)))))}}...,)))))).))))))).)))))}}}..))))))))).)))..,.)))))).....})))).)))))))))))..)))))..)))))))).))))))).)))))..,}},......,}||..,,,}.}})))}||...,,,,,.||||{{...(({((((..(((.(((..............,...))).)))..))),.,,......}}}}...}}}}}}.{{{{|||||................{(((((....)))))),})))}},))))}}})},}},.,|........,))}}}}}}}.....}})}..}}}||,,...}}})))}......,})})}.}}})}}}...},,,}}}))))}},,.{{{{{..((((......)))),)))}}.,,,,.,}}}},}},,.{{{{.(((((((((....})))))))).})))}}})))}}))}}})))),,,,.({({{(({,,(({{.}}}|.|||,|||{,}|,||||,,,,,.{{{{{.((.((((.(((,.......}))})))}.}).})))}))))}})),,,,.}))),,))))))}..,,})}}}||{(({||..,,},,..}}},},...}|||},|}|}},,|))}}}}))..,..})))},}}}},},}}}}}.},.,,,}}.}}}}}},.,}}..}}}}.,|||{{({{{,...(((((((..,.((((.,.{.((((((..,{,,...,}},..)))))).)....)))).}..)))))))..,)))))},}.,....,,,.........,...((((((((((......)))))))))),,)))})...
Back