Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_153620.3

Sequence Length

2340 nt

GC Content

0.4658

AUCAUUUUUCUUCUCCGGCCCCAUGGAGGAAGUGAGAAAGUUGGCACAGUCACGCCGGGCUUCGCAGGACCAGGUCACUCAGUGACAGAUGGACAAUGCAAGAAUGAACUCCUUCCUGGAAUACCCCAUACUUAGCAGUGGCGACUCGGGGACCUGCUCAGCCCGAGCCUACCCCUCGGACCAUAGGAUUACAACUUUCCAGUCGUGCGCGGUCAGCGCCAACAGUUGCGGCGGCGACGACCGCUUCCUAGUGGGCAGGGGGGUGCAGAUCGGUUCGCCCCACCACCACCACCACCACCACCAUCGCCACCCCCAGCCGGCUACCUACCAGACUUCCGGGAACCUGGGGGUGUCCUACUCCCACUCAAGUUGUGGUCCAAGCUAUGGCUCACAGAACUUCAGUGCGCCUUACAGCCCCUACGCGUUAAAUCAGGAAGCAGACCCACCAAGAAGCCUGUCGCUCCCCCGCAUCGGAGACAUCUUCUCCAGCGCAGACUUUUGACUGGAUGAAAGUCAAAAGAAACCCUCCCAAAACAGGGAAAGUUGGAGAGUACGGCUACCUGGGUCAACCCAACGCGGUGCGCACCAACUUCACUACCAAGCAGCUCACGGAACUGGAGAAGGAGUUCCACUUCAACAAGUACCUGACGCGCGCCCGCAGGGUGGAGAUCGCUGCAUCCCUGCAGCUCAACGAGACCCAAGUGAAGAUCUGGUUCCAGAACCGCCGAAUGAAGCAAAAGAAACGUGAGAAGGAGGGUCUCUUGCCCAUCUCUCCGGCCACCCCGCCAGGAAACGACGAGAAGGCCGAGGAAUCCUCAGAGAAGUCCAGCUCUUCGCCCUGCGUUCCUUCCCCGGGGUCUUCUACCUCAGACACUCUGACUACCUCCCACUGAGGCGGCUCCAGCCCCAGACAACAGCCCAGGCAUCUCCUUGGGCUGGGACUUCUUACCCAAAGCACAUGCUUAGCUUAUCUUUCUUUCCAUUUACAGUCUCUUUCUUCCUUUCUAAUCCUAUCUGGGGAGCUCCUGGCCAGGAUAAUAUAUUUGCAGAUAAUUCUGGACCAGAGACUUGGUGCGGGGUUAACACCUUCAUCCAGAUUGGGUGCCAGCAUACAUUUUCUGGUGGGCCUUAACAUCCCUCCUGCUUUUAGGAGAAUUCACAGAACCUACUGUUCCUUUCAGAUGACCUUUUGGAAAAUAGUUCCCUUUGCCAACAGAAACAUGCCAGAAGGAAUCUUCUCAUCUUUUAUCUAACUAUAUGUACAGCUCUCCCCUCCCUUGUCCUUGAAAGUAGGAUAUAGCGAAAGGCGAGUCCAGGAGCUCAGGAAGAAGAGAUGCACUAUAUGUUUACACAAUUAAUUCAUCCCUUAAUUUAAGUCAUUUUCAUGUGUGUGAGUUUGCUGGUUGUAAAUACUUUGUCCUAAGAGAUUUAUCUUUAUACAGAUUUUCUAGAAAUGUUUAGGUUACUAAAACAGGGUGGGCAAACUCUCUAAACUGGUACAAUUUUAUAGGUGAAAGAAAAAAUUCCCUCAUUUAAACCCAAUCAGAUGCCUCAGAGGGUAGCCUUGAUUUGUUCUUACAGUUAAGAAGCCCUGCAGAGCACAAACUUCAGAAACCCGGCUUCCUGUGCUAAGUCUUUCCCAAUCUCUACCCCUUUCUUCUCGGGCCACCCUCUGUUUAAAAUUUGUGCUGGGUUAUUCAGAACCUAAAAGUAUUAUUCAAACCAAUUUCUUCCUUCCACAGUUAUCUUAGCUGGAUAUAAUGUAUUUUCAGCUCAAUUGUUAAUGUGAUGGAUGGCACAAUGAAUGUAUAUUUUGUGUUAUUCGUGAAUAGUCUUUUGCAUGUCGCACAAUGUUUGAUGUCCCCAAAGUACCACACUGAGUUCUAUCAGUUAUCCUUUGUGAGCCUAUGAUAUUCCCCAUUUCCUGUACAAUCAUGAACAGCUCUGAGAUCCUGGAGUGAUAUGAUCCAGAGCAGAGUUUACGGGUCUUAGGAUGUCUGUAAUAAAUAAAUAUACUCAAGUUUCAGGUAUGCUUAAGCAUCCGUGUAUUUGGCUGGGCUACAAUUUGUUAAUUCCUAUGAAGUUGGCACAUUUCAUGAGGGGAAAGGGAGAAGGGUGGUAAAUAUUUUCAAAGAGAUGGGCCUUUUCUUGAAUAAAAGUUAAUAACAGCUCCUUUAUUAUAAUCAAAGCUCAUAAUGGAAAAAAAGACUGAUGAAGAAAUUUAUGAAGCAGAUUUAUUUUUGAAACAAACAUGGAUACUUCCUGGGUCAAGUGCUAACCUUUUCACCUCCAACUGGAUGUUGACGUAUAUAUAAACAGAACUCCCUUCAAAAGCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-683.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -729.03

Frequency: 0.0000

Diversity: 446.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

................(((....((((((..(((((((.((((((((......((((((((..(((((.((.((((.(.((.((..((((((....(.((.(((........))).)).).....)))).))...)).))).))))..))..)))))..)))))).)).((((((((...((((((((.(((.(((....))).))).((((((..((((..(......)..))))..)))))).)))).))))...))))))))......(((.......)))............((((((.....(((((((((((((....((...))....))))....)))))))))..((.(((((...((((((((((((((.(((..((((((((((.(((((((((((.............((((((......((.....((((((......((((.((.((((.(((((...(((((.....))))).)))....(((((((((.......))))))))).(((..((((......))))..))))).))))))))))...))))))...))))))))..))))))...(((((((.....((.(((((.((.((((..((((........))))..).))).))))).))))((..((((((((.((....)).)).)))))).)).............))))))).((((....)))).........)))))..(((((((.(((((...((((((.(((((.((.((((((((((......))).)))......)))).)).))))).)))))).(((((((((........((((((.(........)))))))........(((((...)))))...((((.....)))).(((....)))........(((((((((......)))))))))))))))))).....((((....))))..))))).))))))).........(((((((.((((((.......(((....)))(((((((((((((((((....((((....)))))))))))((((((((....((((.((.....(((((((.....))..))))))).))))....))))))))(((........)))((((((....)))))).....((((......)))).......((((((((((((((......(((...((((....)))))))...)))))))).......))))))....................((((.((..(((..((((((.......))))))..).))..)).)))))))))))))))))))))))))))((((.(((((.....((((((((........))))))...))......)))))))))(((((((((.........((((((((.(((.((((...((((......))))))))))).....(((((....)))))))))))))))))))))).......((((((.......(((((((..(((....)))..)))))))((((((..(((((....((((((((.((((.((((((....(((((....(((((((((.((........)).)))......))))))))))).))))))...........................)))).))))))))......)))))...))))))..........((((((.(((((((..................((((........(((((((.(((...))).)))))))..........))))(((((((((((((............)))))))))))))))))))))))))).((((((.((...)).)))))).......)))))).(((((......))))).....))))))))))((((((...................))))))....((((((.((((.((......)).)))))))))).((((.((((((((((((((((((((.(((................))).))))))).)))))).))))))).))))))))))))))))))))).....(((((((((((......))))))).))))....))))).)))))))).....(((((......((((((.........((((((((((......))))..)))))).........))))))....)))))...((((.(.((((..(((((((...((((......)))).......))))))).)))).).))))..)))))))).)))))))...((((.....)))).....................))))))...)))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

................(((.,,.((((((..(((((((.((((((((......((((((((..(((((.((.((((.(.((.((.,,{((((....{.((.(({.{....},})).)).}.....)))).},...)).))).))))..)),.)))))..)))))).)).{(((((((...((((((((.{((.(((....))).))).((((((..((((..(......)..))))..)))))).)))),})))...)))))))|......(({.....,..}}.,,,,,,,,,,,{{,........(((((((((((((....{,...})....))))....))))))))).|((.(((((...(((((((((((((,,((({.((((((((((((,,(((((,({......{{......}}|,.......((,{((.(((.,........|.,.))))))|},.{{{...(((((.....))))).)))}...(((((((((.......)))))))))...,..((((......)))).,|{((((((((..{,(((((((((((.((((...({(({((((..,..{{,..,.....,|..{{(((.((.((((..((((........))))..),})).))))).)))))))))}.)))),..{,..((((((....)))))),,.....))))),...(((((((((.,,..{{{{{{(,{{,,{,,,,..(((((((.(((((...((((((.{((((.((.((((((((((......))).)))......)))).)).))))).)))))).(((((((((........((((((.(........}))))))........(((((...)))))...,,,,...,,|}||,{{{....))).,,,....(((((((((......)))))))))))))))))).....((((....))))..))))).))))))).,.,.,...((((({{(((((((.......((,....)))(((((((((((((((((..,.{........))})))))))((((((((..,,((((,(({,...,|||{,({,,,.....))))))).)))).,,.))))))))(((........,)){(((((....)))))}.....((((......)))).......((((((((((((((....,.{((...{{{{....}})))}}.,.)))))))).......))))))........,,.....},...((((.((..((,{,((((((.......)))))).,).))..)).))))))))))))))))))))))))))){{{{.{,{||.,{{{{{(,,,{{.......,|||,,,,}}).......,}}})))))}}||||||}}}},|||{{{.((((......|||}}}}}})}}..,..)))))))))......{((((((....)))))}))}))))).)..))))))),,.,|(((((.......(((((((..(({....)))..)))))))((((((..(((((....((((((((.((((.(({{{(,...{{{{(....(((((((((.{(,,......)).)))......))))))})))),}}}}}}...........................)))).))))))))......)))))...))))))..........{(((((.(((((((..................((((..,{....(((((((.{({...})}.))))))).,...}....))))(((((((((((((............)))))))))))))))))))))))))|{{{,,.|||,.,,}},}}}}},.......))))),)))))))))),.............}))))))),((({{.............{{....,}))}).,..((((((.((((.((......)).)))))))))).,{{{.((((((((((((((((((((.,({................})}.))))))).)))))).))))))).))}))))))))))))))))))....{(((((((((((......))))))),,)))},..))))).)))))))).....(((((,.....((((((.(({..{{,((((((((((......))))..)))))).,},..))}))))))..,,)))),...((((.(.((((..(((((((...((((......)))).......))))))).)))).).))))..)))))))).))))))),}}||.,,}},,{{{.............,},,.....,,})),...)))....