Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_153633.3
Sequence Length
1708 nt
GC Content
0.4941
AACUUUACAGGGUCGCUAGCUAGUAGGAGGGCUUUAUGGAGCAGAAAAACGACAAAGCGAGAAAAAUUAUUUUCCACUCCAGAAAUUAAUGAUCAUGAGCUCGUAUUUGAUGGACUCUAACUACAUCGAUCCGAAAUUUCCUCCAUGCGAAGAAUAUUCGCAAAAUAGCUACAUCCCUGAACACAGUCCGGAAUAUUACGGCCGGACCAGGGAAUCGGGAUUCCAGCAUCACCACCAGGAGCUGUACCCACCACCGCCUCCGCGCCCUAGCUACCCUGAGCGCCAGUAUAGCUGCACCAGUCUCCAGGGGCCCGGCAAUUCGCGAGGCCACGGGCCGGCCCAGGCGGGCCACCACCACCCCGAGAAAUCACAGUCGCUCUGCGAGCCGGCGCCUCUCUCAGGCGCCUCCGCCUCCCCGUCCCCAGCCCCGCCAGCCUGCAGCCAGCCAGCCCCCGACCAUCCCUCCAGCGCCGCCAGCAAGCAACCCAUAGUCUACCCAUGGAUGAAAAAAAUUCACGUUAGCACGGUGAACCCCAAUUAUAACGGAGGGGAACCCAAGCGCUCGAGGACAGCCUAUACCCGGCAGCAAGUCCUGGAAUUAGAGAAAGAGUUUCAUUACAACCGCUACCUGACCCGAAGGAGAAGGAUCGAGAUCGCCCACUCGCUGUGCCUCUCUGAGAGGCAGAUCAAAAUCUGGUUCCAAAACCGUCGCAUGAAAUGGAAGAAGGACCACCGACUCCCCAACACCAAAGUCAGGUCAGCACCCCCGGCCGGCGCUGCGCCCAGCACCCUUUCGGCAGCUACCCCGGGUACUUCUGAAGACCACUCCCAGAGCGCCACGCCGCCGGAGCAGCAACGGGCAGAGGACAUUACCAGGUUAUAAAACAUAACUCACACCCCUGCCCCCACCCCAUGCCCCCACCCUCCCCUCACACACAAAUUGACUCUUAUUUAUAGAAUUUAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAGGUUCUUUUCUCUCUUCCUCUCACCUUGUCCCUUGUCAGUUCCAAACAGACAAAACAGAUAAACAAACAAGCCCCCUGCCCUCCUCUCCCUCCCACUGUUAAGGACCCUUUUAAGCAUGUGAUGUUGUCUUAGCAUGGUACCUGCUGGGUGUUUUUUUUUAAAAGGCCAUUUUGGGGGGUUAUUUAUUUUUUAAGAAAAAAAGCUGCAAAAAUUAUAUAUUGCAAGGUGUGAUGGUCUGGCUUGGGUGAAUUUCAGGGGAAAUGAGGAAAAGAAAAAAGGAAAGAAAUUUUAAAGCCAAUUCUCAUCCUUCUCCUCCUCCUCCUUCCCCCCCUCUUUCCUUAGGCCUUUUGCAUUGAAAAUGCACCAGGGGAGGUUAGUGAGGGGGAAGUCAUUUUAAGGAGAACAAAGCUAUGAAGUUCUUUUGUAUUAUUGUUGGGGGGGGGUGUGGGAGGAGAGGGGGCGAAGACAGCAGACAAAGCUAAAUGCAUCUGGAGAGCCUCUCAGAGCUGUUCAGUUUGAGGAGCCAAAAGAAAAUCAAAAUGAACUUUCAGUUCAGAGAGGCAGUCUAUAGGUAGAAUCUCUCCCCACCCCUAUCGUGGUUAUUGUGUUUUUGGACUGAAUUUACUUGAUUAUUGUAAAACUUGCAAUAAAGAAUUUUAGUGUCGAUGUGAAAUGCCCCGUGAUCAAUAAUAAACCAGUGGAUGUGAAUUAGUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-510.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -541.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 429.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((.(((((...((.(((((.....((((((..((((..((.....(((((....((((.((((.......)))).)))).........)))))..((((((...........))))))..))...))))))))))(((((.....)))))............((((((......((((((..........))))))))))))...(((....((((.((........))))))..))).......)))))))...))))).)))))).(((((.(((((((((.....(((....(((((..(((.....(((.(((...(((.(((...(((((((.............((....))......((((...)))).(((((((.....))))))))))))))..))).)))..))).)))..((.....))..))).))))).)))....((((.(((((((((.((.(((...((((.(.....).)))).((((.....)))).))).))..))))..((((............)))).......))))).)))).))).))))))..))).))......(((((((........)))))))(((((.((((((((((((.....((((..((..((((........)))).(.(((((((...))))))).)........((((((.....((((........)))).....))))))))..))))...........)))))))..((..(.(((((.((((..(((((........((((((.((.((((...)))))).))))))..........).))))..))))))))).)..)).(((((((....(((((....((((((.....))))))........(((((((.(.((...(((.(((((((((((.(((.(((((..((((.....((((((......(((((((((((....)))))))))))...((((((((.((((((((((........(((..(((((..(((..((.((..................(((((((((((.............((((....((((((...(((((((........)).)))))...))).)))....)))).............)))......)))))))).....((((((....))))))..(((((..........)))))..)).)).))).)))))..)))........)))))))..)))))))))))...((((.((((.............))))..))))((((((.......((((((((.(.((..((((...(((..((((((...))))))..))).))))..)).).))))))))........))))))......))))))))))..))))).....))).))))))))))).))).)).).)))))))..((((..(((....((.....))...((((..(((((((.((((((((((.(((((...............))))).)))))....))))).)))))))..))))((((((((.((..(((((((.......)))).............)))..)).)))))))).(((((((((...))))))))).....)))..)))))))))....)).)))))...............))))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{({...((((((.(((((...((.((((({{...,(((((..(({,..{,.....{{{{(....{{{{,||||.......}}}}.}}}},,}.....,}}||}..{(((((...........))))))..}}...}})}))))}|(((((.....)))))}...........((((((......((((((..........))))))))))))...(((....((((.((.......})}))))..)))......})))))})...))))).)))))).(((((.(((((((((.....{{{....(((((..(((.....(((.(((...(((,{((...(((((({.............{{....}}....,,(({{.,.))}}.(((((((.....))))))),))))))..))).}}}..))),))}..||,,,,.},..))).))))).)}}....((((.(((((,((,.{,.,||...((((.(.....,.)))).{{{,.....}}}|,}}}.}}..})))..((((............)))).......))))).)))).)))}})))))..))).))...,..(((((((........))))))}{((((.((((((((((((.....((((..((..((((........)))).{.(((((((...))))))),|,.....,,{(((((.....((((........)))).....)))))}))..))))...........)))))))..{{..{.(((({,((((..((((..,{...,,,{{{((.{{.{{({...)))})},|||}}}........,.).))))..))))))))).}..))...((((({.{{,,,,{.,,.((((((.....)))))}.....,.,|||||{(.{.((.,.(((,(((((((((((,(((.(((((..((((.....{{{{((,,{{,.{((((((((((....}))))))))))},,|((((((({({,(((((((,,,,,{,,({{,,((({(..{{{.,|{,||,.....,,,.......,,(((((((((((........,,.,,((,{....((((((...{((((((........}).))))),}.))).)}),,,,)}|},{{,.....}}}}})),.....)))))))}.....{(((({....})))},..(((((..........))))),})},)).})).}}))),,))),,,.....)))))))..))))))))))}...((((.((((,{{........,,))))..)))}((((((.......((((((((.(.((..((((...(((..((((({...})))))..))).))))..)).).))))))))........))))))......))))))))))..))))).....))).))))))))))).))).)).}.)))))}|...{,{,{,,,....{{,....}}.,,((((..(((((((.((((((((((.{((((....,.....,....))))}.))))}...|))))).)))))))..))}}..{{|{{,.,,,}}}}|{{{..,,.,,)))),,||}||,}}}}||}|||||{,{{,{{{..{((((((({...})))))))),},,.}})))))))}}}))....)))}))}},,.............))))).)))))...}}},...
Back