Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_153819.1
Sequence Length
2310 nt
GC Content
0.6087
CGAUUUCAUUCCUCGCUCCCCACAGGUCCCUCUCCCCAAAAUAUUCCCAUCUUGUCCUAGCCCAUCCCCCAGACUAUCUCAAGGACCAGCUGUCCCCACGCCCCCGACCUCCACUAGGCCUGUGCCACCCGCUGCCUGCAGGAAGACGCCCGGUCCCGGGCCGGGUUAGCCCCAUGGGAACGGGGUUCGGUCCGAGCCCGGUGGGAGGCUCCCGGAGCGCAGCCUGGGCCCAGCCCACCCCGCGCCGGCGGCCAUGGCAGGCACCCUGGACCUGGACAAGGGCUGCACGGUGGAGGAGCUGCUCCGCGGGUGCAUCGAAGCCUUCGAUGACUCCGGGAAGGUGCGGGACCCGCAGCUGGUGCGCAUGUUCCUCAUGAUGCACCCCUGGUACAUCCCCUCCUCUCAGCUGGCGGCCAAGCUGCUCCACAUCUACCAACAAUCCCGGAAGGACAACUCCAAUUCCCUGCAGGUGAAAACGUGCCACCUGGUCAGGUACUGGAUCUCCGCCUUCCCAGCGGAGUUUGACUUGAACCCGGAGUUGGCUGAGCAGAUCAAGGAGCUGAAGGCUCUGCUAGACCAAGAAGGGAACCGACGGCACAGCAGCCUAAUCGACAUAGACAGCGUCCCUACCUACAAGUGGAAGCGGCAGGUGACUCAGCGGAACCCUGUGGGACAGAAAAAGCGCAAGAUGUCCCUGUUGUUUGACCACCUGGAGCCCAUGGAGCUGGCGGAGCAUCUCACCUACUUGGAGUAUCGCUCCUUCUGCAAGAUCCUGUUUCAGGACUAUCACAGUUUCGUGACUCAUGGCUGCACUGUGGACAACCCCGUCCUGGAGCGGUUCAUCUCCCUCUUCAACAGCGUCUCACAGUGGGUGCAGCUCAUGAUCCUCAGCAAACCCACAGCCCCGCAGCGGGCCCUGGUCAUCACACACUUUGUCCACGUGGCGGAGAAGCUGCUACAGCUGCAGAACUUCAACACGCUGAUGGCAGUGGUCGGGGGCCUGAGCCACAGCUCCAUCUCCCGCCUCAAGGAGACCCACAGCCACGUUAGCCCUGAGACCAUCAAGCUCUGGGAGGGUCUCACGGAACUAGUGACGGCGACAGGCAACUAUGGCAACUACCGGCGUCGGCUGGCAGCCUGUGUGGGCUUCCGCUUCCCGAUCCUGGGUGUGCACCUCAAGGACCUGGUGGCCCUGCAGCUGGCACUGCCUGACUGGCUGGACCCAGCCCGGACCCGGCUCAACGGGGCCAAGAUGAAGCAGCUCUUUAGCAUCCUGGAGGAGCUGGCCAUGGUGACCAGCCUGCGGCCACCAGUACAGGCCAACCCCGACCUGCUGAGCCUGCUCACGGUGUCUCUGGAUCAGUAUCAGACGGAGGAUGAGCUGUACCAGCUGUCCCUGCAGCGGGAGCCGCGCUCCAAGUCCUCGCCAACCAGCCCCACGAGUUGCACCCCACCACCCCGGCCCCCGGUACUGGAGGAGUGGACCUCGGCUGCCAAACCCAAGCUGGAUCAGGCCCUCGUGGUGGAGCACAUCGAGAAGAUGGUGGAGUCUGUGUUCCGGAACUUUGACGUCGAUGGGGAUGGCCACAUCUCACAGGAAGAAUUCCAGAUCAUCCGUGGGAACUUCCCUUACCUCAGCGCCUUUGGGGACCUCGACCAGAACCAGGAUGGCUGCAUCAGCAGGGAGGAGAUGGUUUCCUAUUUCCUGCGCUCCAGCUCUGUGUUGGGGGGGCGCAUGGGCUUCGUACACAACUUCCAGGAGAGCAACUCCUUGCGCCCCGUCGCCUGCCGCCACUGCAAAGCCCUGAUCCUGGGCAUCUACAAGCAGGGCCUCAAAUGCCGAGCCUGUGGAGUGAACUGCCACAAGCAGUGCAAGGAUCGCCUGUCAGUUGAGUGUCGGCGCAGGGCCCAGAGUGUGAGCCUGGAGGGGUCUGCACCCUCACCCUCACCCAUGCACAGCCACCAUCACCGCGCCUUCAGCUUCUCUCUGCCCCGCCCUGGCAGGCGAGGCUCCAGGCCUCCAGAGAUCCGUGAGGAGGAGGUACAGACGGUGGAGGAUGGGGUGUUUGACAUCCACUUGUAAUAGAUGCUGUGGUUGGAUCAAGGACUCAUUCCUGCCUUGGAGAAAAUACUUCAACCAGAGCAGGGAGCCUGGGGGUGUCGGGGCAGGAGGCUGGGGAUGGGGGUGGGAUAUGAGGGUGGCAUGCAGCUGAGGGCAGGGCCAGGGCUGGUGUCCCUAAGGUUGUACAGACUCUUGUGAAUAUUUGUAUUUUCCAGAUGGAAUAAAAAGGCCCGUGUAAUUAACCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-955.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -994.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 510.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((.(((.((.(((((.(.(((((.....((((((.((..((((.((((..(((((((....((((..((((.....))))..(((((((...((((((((.(..(((((((.((..(((((((((((.....((((.((((.((((((((...(((((((((.....(((((((...)))))))((((((..(..(((((.((...)))))))..)..))))))((((....))))))))))..)))..))))).)))))))..)))).((((.((((((......))))))..))))((((((...))))))...((((((((((((.(((....((((((((((((((((.....)))).))))))...((.....))((.((........)).))...))))))))).)))))........))))))).(((....))).....)))))))))......(((((.........)))))((((((((.((((..(((((((.((((.....))))))).....(((.(.(((((...(((((((((((((.((((....((.....))...((((((((......)))...(((((...((((((((((((((......))))..((((((((((((((.((((....)))).))........((((((.....(((((((((..((.(((((((((((.(.(((.(((((..(.((.........(((((((((...((((((.(((((((((.((((((((((((..(((((((.(((((...)))))....)))))))........))))))))))))...))))...................(((((.(((((((((((...(((((.......(((..((((......))))..)))..........(((((((.....)))))))..(((((((((((((..((...))..)).)))).)))))))(((((((((((((.(((...(((...(((((........))))).....)))(((.....((.(((((((.((.........)).))))))).)).....)))..)))..)))))..............(((((....)))))..((((((((((....)))).......((((((((....))))..)))).(((((((((..(((((((((((((((.....(((((....))))).((.((((......)))).))..........((((((((((....)).)))))))))))...)))).)))).))))))))))))).))))))...))))))))((((((..(((.((.(((.....))))).)))..)))).)))))))))))))))))).)))))...))))).))))))...)))))))))....)))..))))).))).).)))((...(((((((...((((.(((((...((.(((((.(....).))).))...))...)))))....))))...))))))).))...(((((..((((..((((((((.....))).)))))..))))..((((((((....)))))).))(((((..(((((.........))))).)))))....((((((.....))))))..)))))......))))).)))...)).)))))))))((((((((....))))))))))))))(((((.....))))).((((((((.(((((((..............))))......))).))))))))))))))))))))((((((...((((.......)))).((((((.((..(((.......)))..)).))))))(((......)))..))))))...))).)).))))).)))))..))))).))))(((.((..(.(((((....(((((.......)))))...))))))..))....)))...........))))))))))))).))))).).))))))).))))((((((...))))))..))))))))..))..)).))))))).)))))))))..)))))))...(((......)))......((((.((((((((((((((.(........))))))).........)))))))).))))))))..))))))).....)))))))))).)))))))))))).))))).)).))).)))........))))(((((((((((((....).))))......(((((((.((....))...))))))).((((....))))......))))).)))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........{{{{(((.(((.((.(((((.{{((((,....,((((((.{{,.((((.((((..(((((((.{,.(({(..((({....,|||}..(((((((,..((((((((.{..(((((((.((..,,(((((((((.....((((.(((({((((((((,..(((((((((.....(((((((...)))))))((((((.,(..(((((.((...)))))))..)..))))))((((....))))))))))..)))},))})).)))))))..)))).,|,,,((((((,{{{.,||||||,{||,(((((({...})))))).,||{((({((({(.((({...|(((||((((((((((.....)))).)))))).}}|{....,}}||.||},,}.,,,,)})),..)))}))))).,.}}),}}.....,,|}|||.({{....})).....)}))))))|,....,.{{{{|||,|{{{{{|{.{,{((.((((((,,..,,,||||}||||,}}}})),))})).,,,|((.(.(((((...(((((((((((((.((((....((.....}),..((((((((......)))...(((((...(((((((((((({{......||))..(((((((((((({(.{{({....}}}},}}........{(((({.....{((((((((..,{.((((((((.,({{,{((.(((((,{(,({.........(((((((((...((((((.((((((({(,(((({{|{(({{..{((((({.,,((|,..,}}}}|.,.}}}}}||,,......))))})|||}||...,,,,.,,.,,....,,,.,....(((((.(((((((((((,..(((((.,.....(((..((((......))))..)))..........((((({(,....)))))))..(((((((((((((..({...})..)).)))).)))))))((((((((((((((((....)))}..(((((........)))))(((((.(((.({(((({(,(((((((.((......,..)}.))))))).))..))))))..))).{(((((......{,...}..(((((....)))))..)))))))))))...,|||..,|||.{,{||||,,.,,,||...,)),.(((((((((..(((((((((((({{,.....(((((....))))).((.((((......)))).))....,,...(((((((((((....))}))))))))),},,,)))).))))},))))))))))))..})))),..})))))))||((((..(((.((.(((.....))))).)))..)))).}})))))))))))))))).)))))...))))).))))))...)))))))))...,}))..}|}}}.}|}{{{|.(((...(((((((...((((.{{(((..{{(.(({{{.{..,,).))).))...,},,.}))))....))))...))))))).))}{,|||....||||,|{((({{{{...,.))},,)}}}..}|}}|,||((((((....)))))).,.(((((..{{||{,....,,},))))}.}}))),...{{{|||,..,.,)))))..,}|,},..}..))))).)))...,,.))))))))|((((((((....))))))))))))))(((((.....))))).((((((((.((({{{{.............,||||,}}..,,)).)))))))))))))))))))){{{{{{...((((.......)))).((((((.((..(((.......)))..)).)))))){((..,,,,}}}..))))))...))).)),})))).)))))..))))).})}}(((.,,,.(.(((((...,(((((.......)))))...)))))},.)},...)))...........))))))))))))).))))).).)))})})}))))((((({...))))))..,...{{{....))})).))))))).))))))))).,)))))))..}|||......))}...,,.((((.((((((((((((((.(........))))))).........)))))))).))))))})..))))))).....)))))))),).)))))))))))).))))).)).))).))}.....,,.||||(((((((({((((....),))}}......(((((((.((....))...))))))).{(((....))))......))))).))}......,,,,..
Back