Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_153828.3
Sequence Length
2240 nt
GC Content
0.4920
AUUGUUCCGGGAGCCGUCACCACAGUAGGUCCCUCGGCUCAGUCGGCCCAGCCCCUCUCAGUCCUCCCCAACCCCCACAACCGCCCGCGGCUCUGAGACGCGGCCCCGGCGGCGGCGGCAGCAGCUGCAGCAUCAUCUCCACCCUCCAGCCAUGGAAGACCUGGACCAGUCUCCUCUGGUCUCGUCCUCGGACAGCCCACCCCGGCCGCAGCCCGCGUUCAAGUACCAGUUCGUGAGGGAGCCCGAGGACGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGGACGAAGACCUGGAGGAGCUGGAGGUGCUGGAGAGGAAGCCCGCCGCCGGGCUGUCCGCGGCCCCAGUGCCCACCGCCCCUGCCGCCGGCGCGCCCCUGAUGGACUUCGGAAAUGACUUCGUGCCGCCGGCGCCCCGGGGACCCCUGCCGGCCGCUCCCCCCGUCGCCCCGGAGCGGCAGCCGUCUUGGGACCCGAGCCCGGUGUCGUCGACCGUGCCCGCGCCAUCCCCGCUGUCUGCUGCCGCAGUCUCGCCCUCCAAGCUCCCUGAGGACGACGAGCCUCCGGCCCGGCCUCCCCCUCCUCCCCCGGCCAGCGUGAGCCCCCAGGCAGAGCCCGUGUGGACCCCGCCAGCCCCGGCUCCCGCCGCGCCCCCCUCCACCCCGGCCGCGCCCAAGCGCAGGGGCUCCUCGGGCUCAGUGGUUGUUGACCUCCUGUACUGGAGAGACAUUAAGAAGACUGGAGUGGUGUUUGGUGCCAGCCUAUUCCUGCUGCUUUCAUUGACAGUAUUCAGCAUUGUGAGCGUAACAGCCUACAUUGCCUUGGCCCUGCUCUCUGUGACCAUCAGCUUUAGGAUAUACAAGGGUGUGAUCCAAGCUAUCCAGAAAUCAGAUGAAGGCCACCCAUUCAGGGCAUAUCUGGAAUCUGAAGUUGCUAUAUCUGAGGAGUUGGUUCAGAAGUACAGUAAUUCUGCUCUUGGUCAUGUGAACUGCACGAUAAAGGAACUCAGGCGCCUCUUCUUAGUUGAUGAUUUAGUUGAUUCUCUGAAGUUUGCAGUGUUGAUGUGGGUAUUUACCUAUGUUGGUGCCUUGUUUAAUGGUCUGACACUACUGAUUUUGGCUCUCAUUUCACUCUUCAGUGUUCCUGUUAUUUAUGAACGGCAUCAGGCACAGAUAGAUCAUUAUCUAGGACUUGCAAAUAAGAAUGUUAAAGAUGCUAUGGCUAAAAUCCAAGCAAAAAUCCCUGGAUUGAAGCGCAAAGCUGAAUGAAAACGCCCAAAAUAAUUAGUAGGAGUUCAUCUUUAAAGGGGAUAUUCAUUUGAUUAUACGGGGGAGGGUCAGGGAAGAACGAACCUUGACGUUGCAGUGCAGUUUCACAGAUCGUUGUUAGAUCUUUAUUUUUAGCCAUGCACUGUUGUGAGGAAAAAUUACCUGUCUUGACUGCCAUGUGUUCAUCAUCUUAAGUAUUGUAAGCUGCUAUGUAUGGAUUUAAACCGUAAUCAUAUCUUUUUCCUAUCUAUCUGAGGCACUGGUGGAAUAAAAAACCUGUAUAUUUUACUUUGUUGCAGAUAGUCUUGCCGCAUCUUGGCAAGUUGCAGAGAUGGUGGAGCUAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCUUUUCAGUUUGUGCACUGUGUAUGGUCCGUGUAGAUUGAUGCAGAUUUUCUGAAAUGAAAUGUUUGUUUAGACGAGAUCAUACCGGUAAAGCAGGAAUGACAAAGCUUGCUUUUCUGGUAUGUUCUAGGUGUAUUGUGACUUUUACUGUUAUAUUAAUUGCCAAUAUAAGUAAAUAUAGAUUAUAUAUGUAUAGUGUUUCACAAAGCUUAGACCUUUACCUUCCAGCCACCCCACAGUGCUUGAUAUUUCAGAGUCAGUCAUUGGUUAUACAUGUGUAGUUCCAAAGCACAUAAGCUAGAAGAAGAAAUAUUUCUAGGAGCACUACCAUCUGUUUUCAACAUGAAAUGCCACACACAUAGAACUCCAACAUCAAUUUCAUUGCACAGACUGACUGUAGUUAAUUUUGUCACAGAAUCUAUGGACUGAAUCUAAUGCUUCCAAAAAUGUUGUUUGUUUGCAAAUAUCAAACAUUGUUAUGCAAGAAAUUAUUAAUUACAAAAUGAAGAUUUAUACCAUUGUGGUUUAAGCUGUACUGAACUAAAUCUGUGGAAUGCAUUGUGAACUGUAAAAGCAAAGUAUCAAUAAAGCUUAUAGACUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-700.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -745.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 652.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((..(((......)))....))))))(((((((...))).........(((((((...(((((((((((((...(((((....((((((((...(((((.((....)).))))).......(((.(..(((((...((.((....))))((((((......))))))((((((((((...(((......))).((..((((((..(........)..)))).))..)))))))))))))))))..).)))((((((((..((((.((.(((((.((..(.(((.(.(((((((((((.((..(((((((((((((....)))))).)))((((((.(((...((.(((....(((((.(((((((...((((......)))).........))))))).)))))...)))))....)))..)))))).....(((......))).((((((((.(.(..((((.(((.((.((((.......)))).)).)).)...))))....).).))))))))..))))))))))).)))))).).))).)..))..))).))..))..))))..))))))))...)))).)))))))))....))).(((((((...((((((((((......)))....((((...............)))).((((....)))).)))).))).)))))))...))))))....((((......))))..(((((..(((((.((((((((.((((((..(((.(((..((((((((...((((.((.((((.((((((.((((.((......)).)))).)))..)))...)))).)).))))....))))...))))......))).)).)..))))))...((((((.((((.((.((((((......((((((((....((..(((((.(((.((.((((.(.(.((((.(.....(((..(((.....)))..))).......).)))).).))))).)).))))))))..)).((((..(((((((......)))))))....))))...........(((((((((....))))))))).)))))))).....))))))..))...))))))))))...)))))))).))))))))))((((((((.((((....(((..((((..((((((......))))).)..))))....................(((.(((((..((((((.(........).))))))..))).)).)))...........)))....)))).)))))))).............))))(((.((....)).)))...)))))))(((((((.........)))))))(((((((((((.((((((((((......((((((((((((((((((((((.....((((((.((((...........((((((((......((((((((((.............(((((((((((((.......)))))..))))............(((((((.((((..(((((((((...........))))))))).)))).))))))).(((((((.....)))))))..))))))))))))))(((.................))).....((((((((((((((((((.((((.(((((.((.....((((((((((((....(((((((((.(((.....(((.((((((((.((((((((..(....)..)))))))).)))))))).))).(((.((.((((((.......)))))).))...)))................((((((((((((((((((...)))...(((.((........))...))).......(((((.(((((........))))).)))))..)))))))))))))))....(((......)))....))).))))))))))))))).......))))))..)).)))))....))))...))))))....................))))))))))))..)))))))))))).))))))....))))).)))).(((..(((.......(((((((((((....))))))....))))).....))))))..............)))))))))))))........(((((((........))))))).)))))))))))))))))).))).....((((..............))))...)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,..,,,.((((((..(((......)))....)))))),{{|||{.,,||}.....,,{,(((((((...{(((,,..(((((.(.(((({,,...,}|})}},,))})),{(((((((,{({{(..((((((....(((((((((({{,.{(,.,.|},||(((((......)))))||{((({{{((...(((......|||.((..((((((..(........)..)))).)),,|||||||||}}}||{{{.....{.((((((((..((((.((.(((((.((..(.(((.(.(((((((((((.((..(((((((((((((....)))))).)))((((((.,,(.({.....,((((.(.(((((((({((.,(,{{.,,...}|||....,..,,}))))))))))))....))))....,,)},)))))).....(((......))).((((((((.(.(..((((.{((.((.((((.......)))).)).)).)...))))....).).))))))))..))))))))))),,))))).).))).)..))..)))},)..))..))))..)))))))).,,((((.{({|(((((,...(({.({((({{,,,({.,.,,|||.,,...)))},.,})}).}}|..}},},.,,,{}|,.(({{....)))).)))),)))}})))))),))))))),|,.,((((......)))).}.,........,.)))))).))))..)))))))}))......}}))))}|.,,.,,{{,{{,..{{{(((.((((.((......)).)))).))},,||{{{{{|||,{{,(((((((..((({,..((((((((....})))}}))),}}}}...((((..(((((((.,,(((.......,,|}}}.}}))))}..}|||,{{(((((,(,(((({(.......)))))).|},,|}}}}},,,)}}..))))))){{|,...,)),,,,.,}}||{{,||||{|||,{.{(,.{{,{||,||{{{{|,,},,...}}}}}},,,,}}},,,,{((((((((....))))))))}})))||},|{{{,.,|||,,|||,{(((((({{{((({....,{{{||...{|{||||{{{.{{.....}}.})))|{{{{{|{{{,|{{{((|,,..,))))),},.}}}||...,.....}}},...)}}|||.{((((..((((((.{........}.))))))..))).)).,)))))))))},..}}}}}},,.,}}))))))||}}},,}},},,..)))){{{.{{....)).)))...)))))))(((((((.........))))))),((((((((((.((((((((((.,.,{,((((((((((((((((((((((.....((((((.((((...........{(((((({...|,.(((((((((((..,,...,,,...||,{((((((((.......)))))..))))............(((((((.{(((..(((((((((...........))))))))).)))}.))))))).(((((({.....})))))).,}},)))))))))))|||.........................((((((((((((.(((((.((((.(((((,({,,{{.((((({,{(({{....{|||{{{{{.|||,.}}.(((.((((((((.{(((((((..(....}..)))))))}.)))))))).))){(((,{,,(((((,...{(({||{(({{{|,,,,,..,|||,.,,,.,,,,.|||||{|||||{||||||..,)))},.{{{,|{},,,....,|,,.|||.......{{{((,{((({........))))).))))),.}}}})}}||||}}}}....{||,,,...))),||||,|.}},},)))))}}|}},,,,,..}}}})},,}},}}})),...)))).))))},,|,...............,,..))))))))))))..))))))}})))).))))))....))))).)))).,,{..{{(...,,..{{(({(({(((,,..|}}}}}...})))}),,,.,)))))}..............})))))))))))).},,,...(((((((........))))))).))))))))))))))))))})}}||{..,{||...,,.........)))).,,)))}.....
Back