Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_170743.4
Sequence Length
4566 nt
GC Content
0.5456
GGGGACCUGGGCCCGGGCGGGGACGCCGCGGCAGGAAGGCCAUGGCGGGGCCCGAGCGCUGGGGCCCCCUGCUCCUGUGCCUGCUGCAGGCCGCUCCAGGGAGGCCCCGUCUGGCCCCUCCCCAGAAUGUGACGCUGCUCUCCCAGAACUUCAGCGUGUACCUGACAUGGCUCCCAGGGCUUGGCAACCCCCAGGAUGUGACCUAUUUUGUGGCCUAUCAGAGCUCUCCCACCCGUAGACGGUGGCGCGAAGUGGAAGAGUGUGCGGGAACCAAGGAGCUGCUAUGUUCUAUGAUGUGCCUGAAGAAACAGGACCUGUACAACAAGUUCAAGGGACGCGUGCGGACGGUUUCUCCCAGCUCCAAGUCCCCCUGGGUGGAGUCCGAAUACCUGGAUUACCUUUUUGAAGUGGAGCCGGCCCCACCUGUCCUGGUGCUCACCCAGACGGAGGAGAUCCUGAGUGCCAAUGCCACGUACCAGCUGCCCCCCUGCAUGCCCCCACUGGAUCUGAAGUAUGAGGUGGCAUUCUGGAAGGAGGGGGCCGGAAACAAGACCCUAUUUCCAGUCACUCCCCAUGGCCAGCCAGUCCAGAUCACUCUCCAGCCAGCUGCCAGCGAACACCACUGCCUCAGUGCCAGAACCAUCUACACGUUCAGUGUCCCGAAAUACAGCAAGUUCUCUAAGCCCACCUGCUUCUUGCUGGAGGUCCCAGAAGCCAACUGGGCUUUCCUGGUGCUGCCAUCGCUUCUGAUACUGCUGUUAGUAAUUGCCGCAGGGGGUGUGAUCUGGAAGACCCUCAUGGGGAACCCCUGGUUUCAGCGGGCAAAGAUGCCACGGGCCCUGGACUUUUCUGGACACACACACCCUGUGGCAACCUUUCAGCCCAGCAGACCAGAGUCCGUGAAUGACUUGUUCCUCUGUCCCCAAAAGGAACUGACCAGAGGGGUCAGGCCGACGCCUCGAGUCAGGGCCCCAGCCACCCAACAGACAAGAUGGAAGAAGGACCUUGCAGAGGACGAAGAGGAGGAGGAUGAGGAGGACACAGAAGAUGGCGUCAGCUUCCAGCCCUACAUUGAACCACCUUCUUUCCUGGGGCAAGAGCACCAGGCUCCAGGGCACUCGGAGGCUGGUGGGGUGGACUCAGGGAGGCCCAGGGCUCCUCUGGUCCCAAGCGAAGGCUCCUCUGCUUGGGAUUCUUCAGACAGAAGCUGGGCCAGCACUGUGGACUCCUCCUGGGACAGGGCUGGGUCCUCUGGCUAUUUGGCUGAGAAGGGGCCAGGCCAAGGGCCGGGUGGGGAUGGGCACCAAGAAUCUCUCCCACCACCUGAAUUCUCCAAGGACUCGGGUUUCCUGGAAGAGCUCCCAGAAGAUAACCUCUCCUCCUGGGCCACCUGGGGCACCUUACCACCGGAGCCGAAUCUGGUCCCUGGGGGACCCCCAGUUUCUCUUCAGACACUGACCUUCUGCUGGGAAAGCAGCCCUGAGGAGGAAGAGGAGGCGAGGGAAUCAGAAAUUGAGGACAGCGAUGCGGGCAGCUGGGGGGCUGAGAGCACCCAGAGGACCGAGGACAGGGGCCGGACAUUGGGGCAUUACAUGGCCAGGUGAGCUGUCCCCCGACAUCCCACCGAAUCUGAUGCUGCUGCUGCCUUUGCAAGGACUACUGGGCUUCCCAAGAAACUCAAGAGCCUCCGUACCUCCCCUGGGCGGCGGAGGGGCAUUGCACUUCCGGGAAGUCCACCUAGCGGCUGUUUGCCUGUCGGGCUGAGCAACAAGAUGCCCCUCCCUCCUGUGACCCGCCCUCUUUAGGCUGAGCUAUAAGAGGGGUGGACACAGGGUGGGCUGAGGUCAGAGGUUGGUGGGGUGUCAUCACCCCCAUUGUCCCUAGGGUGACAGGCCAGGGGGAAAAAUUAUCCCCGGACAACAUGAAACAGGUGAGGUCAGGUCACUGCGGACAUCAAGGGCGGACACCACCAAGGGGCCCUCUGGAACUUGAGACCACUGGAGGCACACCUGCUAUACCUCAUGCCUUUCCCAGCAGCCACUGAACUCCCCCAUCCCAGGGCUCAGCCUCCUGAUUCAUGGGUCCCCUAGUUAGGCCCAGAUAAAAAUCCAGUUGGCUGAGGGUUUUGGAUGGGAAGGGAAGGGUGGCUGUCCUCAAAUCCUGGUCUUUGGAGUCAUGGCACUGUACGGUUUUAGUGUCAGACAGACCGGGGUUCAAAUCCCAGCUCUGCUGUUCACUGGUUGUAUGAUCUUGGGGAAGACAUCUUCCUUCUCUGCCUCGGCUUCCUCAUCUGCAGCUACGCCUGGGUGUGGUGAGGGUUCUAGGGGAUCUCAGAUGUGUGUAGCACGGAGCCUGCUGUGUCCUGGGUGCUCUCUACGUGGUGGCCGGUAGAAUUCUCCAUCUAUCCAGGCUCCAGGAGACCCCUGGGCAUCUCCCACCUGUGGCCCCUAAACCCAGAGUGACUGAGAGCACUUAACAUUCAGCUUGUCUCAUCCCCAGUCUACCUCCUUCCUUCUACCCUCACUGCCUCCCAGUCAGGAGAGUGAGCUCUCAGAAGCCAGAGCCCCACCCAAGGGGACCCUGGUCUCUCCGCCUUCACCUAGCAAUGGGAACCCUGCUUCCCAGGGGAGGAACCAACUGCUCCACCUUCUAGGGACCCAGUUUGUUGGAGUAGGACAGUAACAUGGCAGGAAUCGGACUUCUGGGCCUGUAAUCCCAGUUUGGAUGGCACGUUAGACUCUUGGUUGACCGUUGUGGUCCUUAGAAGUCCCAUUCUCCCUUCCAGUUAUGAGAAACCAAUGCCUUCUAGAUUCAGGUGACUAUCCUUACCUGGGGGUGCUGAUGCAUCCUCAGUUAACCUACACCCACCUGAAUAUAGAUGAGCGUAGCUGAGUUUUCACCCGUAGGACCGAAGUGUUUUGUGGUGGAGUAUCUGAACAACCUUGGCUCUGUGGCCAUUCAACCUGCCAGGACUAACAUUUCUGGAUUUGUGAAGAAGGGAUCUUCAAAGCCAUUGAACCCACAGAGCUGUGUUGCUUUAAAGCCACCACAAGGGUACAGCAUUAAAUGGCAGAACUGGAAAAGCUUCUUAGGGCAUCUCAUCCAGGGAUUCUCAAACCAUGUCCCCCAGAGGCCUUGGGCUGCAGUUGCAGGGGGCGCCAUGGGGCUAUAGGAGCCUCCCACUUUCACCAGAGCAGCCUCACUGUGCCCUGAUUCACACACUGUGGCUUUCCACGUGAGGUUUUGUUUAGAGGGAUCCACUACUCAAGAAAAAGUUAGCAAACCACUCCUUUUGUUGCAAAGGAGCUGAGGUCAAGGGUGGCAAAGGCACUUGUCCAAGGUCGCCCAGCAGUGCUGCUCUGAUGACUUGUGCACAUCCCCAAGGGUAAGAGCUUCGAUCUCUGCACAGCCGGGCCAACCUCUGACCCCUUGUCCAUGUCAGUAAAAUAUGAAGGUCACAGCCAGGAUUUCUAAGGGUCAGGAGGCCUUCACCGCUGCUGGGGCACACACACACACAUGCAUACACACAUACGACACACACCUGUGUCUCCCCAGGGGUUUUCCCUGCAGUGAGGCUUGUCCAGAUGAUUGAGCCCAGGAGAGGAAGAACAAACAAACUACGGAGCUGGGGAGGGCUGUGGCUUGGGGCCAGCUCCCAGGGAAAUUCCCAGACCUGUACCGAUGUUCUCUCUGGCACCAGCCGAGCUGCUUCGUGGAGGUAACUUCAAAAAAGUAAAAGCUAUCAUCAGCAUCAUCUUAGACUUGUAUGAAAUAACCACUCCGUUUCUAUUCUUAAACCUUACCAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGUCGGAGUUUUGUUCUUUUUGCCUAGGCUGGAGUGCAGUGGUACAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCAGCCAAACCUUACUAUUUUUUUAAAGAAUUUUUUCCAGAGUUUAAUUUCUGACAUAGCUUAAGUUUUCCAGUAACUCUAAACUCCAUCUCCUUUAUCGUCAUUAAGUCAUUCACAAAAAGCCAGGAGAAGCAUUUGGAAAGGGCAUGAUAAUCAGUAUAAUAAUUUGCCUUGUGUGGUCAGCACUUAACUGUUUACAAAGCCCUUUCACGUGCACAGCAGGUGGGAACUGCGCGGUGUGGGCUGGGCCUGCGCUGGAAGCAUAUCCCGUGAAAAGUGUUAGUGCCUUAGGUGAAAGCAACAUGUAUCCCUUUAGACUACUAACGGUAUAUGUUGUUCUUAUGUAUUUGUAUUUAUUUCUAUUUUUUCUAUGUUUAUGUCAUAUUUAAACGAUAUCCUACUGCUUGUUGGUAUUACCCUAAACUGUUUAAAUAAAGAGCUCUAUUUUUAAAGAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1741.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1824.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 1201.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((((((((....)))).)))..((..((((((((.((((.........((((((((((((....((.(((((...)))))))...))))).)))))))(((((((((((((((((((((.((.(((......))).(((((((...((.((......(((...(((((...((((...(...(((((((...(((....((((...((((.(.(((((...((((....((((((((....((((....((((((((...((.(((((......))))).)).....((((......)))).)))))))).....)))).((((((.(((.((.(((((((.(((((............))))).((((((((......)))))).))..........))))))).)).))).)))))).)))).))))...)))).))))).)))))..))))))).))))).)).).)))).)))))...)))......))))))))))).....)).)))))))))..))).))))))))).....(((..........))).))))))))))))..)).)))))).)).)))(((((((((...(((((...(((.(((((..((((...(((((...((((((.....))))..........))...))))).....((((((((((((((((((((((.(((((.......))))))))))(((((.((((.(((......)))...((((..((...(((((((((((((((((.(((((((((...((..((((..(((.((((.((..........)).)))).))))))).)).)))))))))))))).).))))))))))).))..))))...))))))))).....((((((((((((...((((((..((....))..(((((..((((.(((.....))).))))..)))))(((....)))..(((.(......).)))(((......)))))))))(((((((((((((.(((..(((((..(((((....((((.((((((((.((((((...............((((((((((.((....((((((.((((((....)).)))).))))))...))..))))))))))...))))))..((((((((((((((.((....)).))))))))))....))))..))))))))))))...)))))..)))))((((...))))((((((..((..(((((((((((((.....(((((((((...((((.(((((((((((.((((.(((.(((.........((((((.((((...)))).))))))...((((........))))..(((..((((.((((((((((((.....(((.((........)).))).....))))))((((((...))))))(((((((((((...(((.(.((((....)))).))))..))))))))))).)))))).))))..)))........(((.(((((.(((((((..(((((..(((...))).)))))..((((..(((((((.(((((((((((((..((((((.((((.((((.(.((((....)))).).))))(((((((((.((((((((((((((.(((.((..((((((..((((.((((......((((....((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((...))))).(((((.(((((.....))).)).))).)).))).....))))))))))...(((((.((..(((((((..(((...)))..)))))))..)).)))))((((((((((((.((((((..((.((((((....)))))).....((((((((((.(..(((((((((((.......)))))(((...(((((....((((.((.(((((..((.(((...(((((..((((..((......))....))))...))))).....))).))....))))))).)))))))))....)))..(((((((((...(((.(((((((.(((.(((((((..((((((..((((((.........))))))......))).)))..)))))))..))).)))))))..)))...))))))))).....(((((((((((.....(((.((((((((........)))))))))))))))))))))).......((((...))))....))))))...).)))))))))).........)).)))))))))))))..........((......))(((((.(((((((((((...((((((....((((((((...)))).((((..((((.((..(((((((((((....(((.((((((((((........)))).)).)))))))(((((((....))..)))))((((((.((........))))).)))...)))))))))))..)).))))..).))).......))))...)))..)))...)))))))))))..)))))....(((((....)))))(((.(((((.(((((......)))).).))))).))))))))....((((....))))......))).))))))))))).)).....))))....)))).)))))))))))).))).)).))).)))).....)))))..)))))).)))..))))))))))))))))..((((.(((((...((((...))))...)).))).))))......))))..(((((............)))))....(((((.((((.(((((((((.......(((.((((((((((....)))))))))).)))........))))))))).)))).).))))..........((((((....((((..((......((((((((...((((((((((((.((((((((((...(((((....((((((.......)))))).....((((((.....))))))......))))).))))))))))(((..(((....)))...))).(((((((((...............(((.((..((..((((((((..(((.....(((((...........)))))...)))))))))))..))..)).)))(((((((..(((((((.....))))...........)))..)).))))).)))))))))........(((.((((....)))))))))))..))))))))....))))))))......................(((((((......)))))))))..))))..))))))....))).)))))))..)))))))).))).))))).))))))..))))))).)))))))..((((..(((.(((((.....((.(((((.(((((((...(((..(((((((..((.(...((((((((((((....(((((((.........(((..((..((((((.(((((((((((((............(((........)))..((((((....))))))....(((((.....)))))...((((((..(...(((...((((((((.((((((((((((((((........((((((((...((((....))))....))))))))..((((...))))..((((.(((.((.((...(((.(((....))))))..)).))))).)))).((((.....))))....(((......))).(((((........).)))).......((((((.(((.......((((...((.......))...)))).........))).))))))))))))))))))((....))(((((((((((((..(......)..))))))))..))))).)))).)))))))).....))))..)))))))))))...)))))).))))....))))..)))))......)))))))....))))))))))))..)))..)))))))..)))....))))))).))))))).))))))))...))))......)))))))))))).)))))((((......))))......((((((......)))))))))))))...................(((....)))(((((......)))))..))))))..))...))))))..........))).)))))))).)))))..))))))))))))....)).)))))...((((...((((((((.((.(((.((((.(((......(((......)))......))))))).)))))..))))))))..))))..)))))))))).)))).)))))))).)))))..))).)))))).(((((...(((((((((....(((((..((.((((.(((((((((((((...((((....)))).))))))))))))).)))).))...))))).........)))))).)))..)))))..(((((((((((((((..((.....)).))))))..........))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.(((((((((((((....)))).)))..((..((((((((.((((,.....,.,{(((((((((((....,(.(((((...))))}}),..))))).))))))}(((((((((((((((((((((.((.(({,,{,..{{,.{((((((,{{{(.{{....,,(((...(((((...((((...,.,,((((({{...|||,..,{(((...((((.(.(((((...((((....((((((((.,..|{({,.,|{((({(((...((.(((((......))))).)).....((((......)))).)}}}}}},.,..,}}}|.(((({(,(((.((,((({{{{.,((.((((((..{(.....|||{{,{(((((......})))))}))}....}}..}))))),)}}),)))})))))}.)))).))))...)))).))))).))))),.)))),.}.))))).}}.).)))).)))))...))).,..,,)))))))}})).,,}))).)))))))))..))))))))))))).....(((..........))).}}))))))))))..)).)))))).)).}}}(((((((((...(((((..{(((({((({..||||,..{({,,...|,((((.....))))...........|,..|||,......((((((((((,{{,,((((,{{.,||||,,{{{..,,,))))||{(((((,{{{{....|},{(((.|.{{((((..{(...(((((((((((((((((.(((((((((...((..((((..(((.((((.((..........)).)))).)))))))})}.)))))))))))))).).))))))))))).,}..}}}}.}}))))},)))}}...((((((((((((..{((((((,{,,....))..(((((..((((.(((.....))).))))..)))))(((....)))..(((.(......).))),,{......}}}))))))|((((((((((((.(((.((((((..({({(..,.((((.{{(({{{{.,(((((,....{{{,,,,,|||,.,{{||||}|..{{,(,,|,,}|||((({{,,|,.}|||{|||}|},|{|||{..|,((({({({{,.||||||{(((((((((((((.((....)).))))))))))....}}}}..}}}||||}}})),,.)))||,.|}||||{(({(({.{({((((({((((((({,...(((|({||{,.,|{||}|,|}..|||||,(((((((({({{,,,.,,{..||||,}}}}}}((((((.((((...}))).)))))){{((((((,(((.{({{{({{(((..((((.((((((((((((.....(((.((........)).))).....))))))((((((...))))))(((((((((((...(((.(.((((....)))).))))..))))))))))}.)))))).))))..))}......((((((((((.((.(,(((.((((((((((((((|||..((((.((.(((((..((((((((,,.,..,,((,{{{..,|,||)).((((.(.((((({{{(((((((((((((.((((((,((((((((((((,.,{||||...,,((((((((((..(((...{{{{,,({{{{((.(({,,...})}.|))|||||,,|,|||..,|||.}})))))})}|||,|||||,{{,,|||,...)))}.}}))}......,|||||}||{(((((((.{(,,(((((((..(((...)))..))))))),,)).))))))).))),.|,|))))))..)))))))))))))..,.,,,....(((((,..,((({((.((((.,(((((.......)))))......({{......,}}}.})))..)))}))..})))}....))).)))))}))))....))))).)))...)))).}.)).)))),|{,...}}))))....)))).)))}.,)))))).))).|.....((((((((((.(((,(((((((..((((((,.(((({(,........))))))},....,)),}))..))))))}..))),)))))))..))),.).)).)))))))))}{((((((((((.....(((.((((((((........)))))))))))))))))))))}......((((.(((((((({.....(((((({.,....{((((((....}}}})))}}}}{{,{{((,.{{({,,,{{,((((((((((((((.(((((((((((...{(((((....{{{(((((,..}))),((({..((((,((..(((((((((((....(((.((((((((((........)))),)}.)))))))((((({(,...))..)))))((((((.((........))))).)))...))))))))))),,)}.))))..),))),},,,,.}}}}...}}}..)))...)))))))))))..)))))....(((((....)))))(((.(((((.(((((......)))).).))))).)))...{{{.,,{({{{{{,{(((..{{{{|.,.,,,|||||||,,......},)))}.}}).,)}))),)))),,))})))),),))).},|{{{{.{((,{(((({.(((((((((({|||||.||||},,...(({{.(((((,,,({({...)}})}},}),,}),))))..}))))))).)))},.,}}.}}}}}}}},.,........,,{.((((.(((((((((.......(((.((((((((((....)))))))))).)))........))))))))).)))).).)))))))))}}....,,.,,,.}))|||}}.}}.{{(((((((((....,.((((((((,.{((((((((((...(((((....((((((.......)))))).....((((((.....))))))......))))).))))))))))|.)))}.}}},..,))))))))}||})}}}))....})))))))}.)))).....|}}}}..}))|.,}}}.}}}}))|||,,,},..}},.}}}}}}}})))))))}}))||||.}}},)))||||,||}}|||||||...}}.))))))}...}}}})),,},)}))))).,,)))))))}.......,,,.((((....))))|||||||{,||||||||{{,,|}},|}||,........,||,,,..,,...(((((({......))))))){{(((({|..((((((,...|((.|..}|},..,))))))}.||,,|}}}}|||},,,,,},,)))).}|||||}.,|{|{..(((.(((((.....({.(((((.(((((((...{((,,(({((((..{,.,...((((((((((((....(((((((.........(((..((..((((((.(((((((((((((.............||.............((((((....))))))....(((((,...,)))))...((((((..{...,(({.,((((((((.((((((((((((((((........((((((((...((((....))))....))))))))..((((...))))..((((.((,,((.((...(((.(((....))))))..)).))))).)))).{{((.....}}}}....(((......))).{{{{{.......,}.}))).......((((((.,((.......((((...{,{{....,)....)}}}.}.......))}.))))))))))))))))))((....))(((((((((((((,.(......),,})))))))..))))).)))).)))))))).,.},),,,..))))))))},)}}.}))))).))))....))))..))}}}.,,...)))))))....))))))))))))..,)},.)))))))..})}....))))))).)))))}}.)))))))).}}}))),,)},}}}))}))}}})}})))}|||||..,.{{||||,.....((({{{.},,..}}}}))}))),,,,,}}},,...........,|||....}}}{((({......)))))....,}},...}}}}}},,},..}},}....))).)))))))).)))),..)))))))))))).....)))))))}..((((.,,((((((((.(,.(((.((((.{({....,,(((......))},},...})))))).))),,..)))))))),.))))..)))))))))),)))),)})))))..))))),.))).)))))).(((((...,,,(((((({(..(((((..((.((((.(((((((((((((...((((....)))).))))))))))))).)))).))...))))).,,..,,,}})))}}.,}}..))))}..{((((((((((((,(,.((.....)).)))))}.........,))))))))}.,,,...,,.,.,,,..,,}.....
Back